Novel ToxA Insertion Element in Pyrenophora tritici-repentis

Мұқаба

Дәйексөз келтіру

Толық мәтін

Аннотация

Pyrenophora tritici-repentis is the causative agent of tan spot in wheat. Among the necrotrophic effectors produced by the fungus, the most studied is the necrosis-inducing protein toxin Ptr ToxA, encoded by the ToxA gene. Previously, we identified 10 strains of P. tritici-repentis from Kazakhstan and Russia, the amplified fragment of which with ToxA-specific primers turned out to be larger than expected. Sequencing of these fragments of three P. tritici-repentis strains revealed the presence of a 170 bp insertion element PtrHp2 located in exon 2 of the ToxA gene. The PtrHp2 sequence includes three pairs of mutually complementary regions of 16, 8 and 6 bp in length, forming a hairpin-type secondary structure. The inability of P. tritici-repentis strains possessing PtrHp2 in the ToxA gene to cause necrosis on the leaves of cv. Glenlea, which differentiates the presence of Ptr ToxA in the pathogen has been established. This fact indicates a violation of the expression of the mutant ToxA gene. However, the mutant ToxA gene with PtrHp2 is retained in 45% of the fungal mitotic progeny. The fragments homologous to the PtrHp2 are found in non-coding parts of ToxB gene and its homologues in P. tritici-repentis strains, as well as in the genomes of other fungi. This observation indicates the transposon nature of PtrHp2.

Толық мәтін

Pyrenophora tritici-repentis (Died.) Drechsler – аскомицетный гемибиотрофный фитопатогенный гриб, является возбудителем желтой пятнистости листьев пшеницы. Болезнь вызывает существенные потери урожая пшеницы во всем мире, которые при благоприятных для патогена условиях могут составлять 18–49 % [1, 2].

Гриб P. tritici-repentis продуцирует три известных хозяин-специфичных некротрофных эффектора: Ptr ToxА, Ptr ToxB и Ptr ToxC, которые кодируются генами ToxА, ToxB и ToxC соответственно и индуцируют симптомы некроза или хлороза на сортах пшеницы с соответствующими генами восприимчивости Tsn1, Tsc2 и Tsc1 [3, 4].

Известно, что ген ToxА попал в геном гриба P. tritici-repentis путем горизонтального переноса от другого патогена, обитающего на листьях пшеницы, – Parastagonospora nodorum (Berk.) Quaedvl., Verkley & Crous [5]. Появление ToxA в геноме P. tritici-repentis считается одной из основных причин увеличения экономической значимости желтой пятнистости листьев пшеницы [6].

В штаммах Parastagonospora nodorum описано 15 гаплотипов (Н1 – Н15) гена ToxА, отличающихся одиночными заменами в 25 нуклеотидных сайтах [7]. Эти гаплотипы кодируют различные изоформы белка, которые различаются по активности в отношении растения, а также влияют на интенсивность спороношения гриба [4]. В то же время в штаммах Pyrenophora tritici-repentis ген ToxА отличается консервативностью [5, 8], обнаружены только три его гаплотипа (Н14 – Н16), которые в результате более тщательного анализа были отнесены к одному гаплотипу ToxA1, согласно последней предложенной номенклатуре гаплотипов гена ToxA [9]. Второй гаплотип гена ToxA обнаружен в японских изолятах P. tritici-repentis [10] и обозначен ToxA24 [9].

Гаплотипы ToxА различаются наличием мутаций типа SNP, которые могут влиять на структуру транслируемого белка. Другим механизмом изменчивости гена можно считать структурные изменения в гене, обусловленные появлением инсерций или делеций. Поскольку ген ToxA кодирует один из основных известных факторов патогенности P. tritici-repentis, необходимо постоянное наблюдение за его изменениями, которые могут влиять на вирулентность гриба. Ранее нами были обнаружены отдельные штаммы P. tritici-repentis, у которых увеличен размер амплифицированного фрагмента со специфичными для последовательности ToxA праймерами за счет предполагаемой инсерции [11].

Цель исследования – провести анализ структуры мутантных генов ToxA у штаммов P. tritici-repentis и оценить влияние предполагаемого инсерционного элемента на патогенные свойства гриба.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Коллекция штаммов

В качестве объектов исследования были выбраны десять моноконидиальных штаммов P. tritici-repentis, выделенных из листьев пшеницы с симптомами желтой пятнистости и имеющих ген ToxA с предполагаемой инсерцией. Среди них пять штаммов были из северо-казахстанской популяции 2022 г. (Каз22-С), один – из северо-казахстанской популяции 2020 года (Каз20-С) и четыре – из татарстанской популяции 2022 года (Тат22) [12].

Экстракция ДНК, ПЦР и электрофорез

Культуры гриба выращивали на среде V4, разработанной на основе смеси соков четырех овощей, при 22 °С в течение 7–10 сут [13]. Выделение геномной ДНК из мицелия грибов проводили СТАВ-методом [14].

Для детекции гена ToxА амплифицировали ДНК каждого штамма с праймерами TA51F/TA52R (TA51F 5′-GCGTTCTATCCTCGTACTTC-3′; TA52R 5′-GCATTCTCCAATTTTCACG-3′) [15] с ожидаемым размером продукта 573 пн. Наличие специфичного фрагмента и его размер определяли путем электрофореза продуктов амплификации в 1.7%-ном агарозном геле, окрашенном бромистым этидием. Продукты амплификации гена ToxA (около 800 пн), превышающие ожидаемый размер, элюировали из геля и очищали с помощью метода, основанного на сорбции ДНК на тонкодисперсной двуокиси кремния [16].

Определение и анализ нуклеотидной последовательности ToxA

Определение нуклеотидной последовательности фрагмента гена ToxА трех штаммов P. tritici-repentis Каз20-C-12, Каз22-C-А-53 и Каз22-C-A-64 проводили методом Сэнгера в фирме Beagle (Санкт-Петербург, Россия). Процедуры выравнивания и ручного редактирования нуклеотидных последовательностей проводили с помощью программы Vector NTI Advance 10 (Thermo Fisher Scientific). Полученные нуклеотидные последовательности были размещены в базе данных GenBank NCBI (OR072645–OR072647) и проверены на сходство с ранее депонированными с помощью инструмента BLAST. Визуализацию выравнивания полученных и референсных последовательностей проводили в программе Jalview 2.11.3.0 [17].

Вторичная структура инсерционного элемента гена ToxA была рассчитана с использованием программы RNAstructure 6.0 [18], предсказывающей структуру с максимальной свободной энергией, и визуализирована с помощью программы StructureEditor 6.0.

Анализ патогенности анализируемых штаммов

Расовую принадлежность десяти штаммов P. tritici-repentis, несущих ген ToxA с инсерционным элементом, определяли путем инокуляции пшеницы сорта Glenlea, линий 6B365 и 6B662, дифференцирующих образование некротрофных эффекторов Ptr ToxA, Ptr ToxВ и Ptr ToxС соответственно [19, 20]. Отрезки листьев от 5–10 растений каждого дифференциатора в возрасте семи дней помещали в кювету на поверхность фильтровальной бумаги, увлажненной 0.004%-ным раствором бензимидазола, и опрыскивали суспензией конидий каждого штамма P. tritici-repentis с концентрацией 3000–5000 конидий/мл по 200–300 мкл суспензии на каждый образец. Кюветы инкубировали при температуре 22 °C и освещенности 1500 Лм, фотопериод составлял 12 ч. Оценку вирулентности проводили на 5–6-е сут по наличию или отсутствию некрозов и хлорозов на инокулированных листьях [13, 21].

Анализ митотической стабильности гена ToxA

Для штамма P. tritici-repentis Каз20-С-12, несущего ToxA, при пересеве отдельных конидий с помощью стерильной иглы были получены 22 моноконидиальных субклона. Выделение геномной ДНК из мицелия и детекцию гена ToxA в геноме субклонов проводили как описано выше. В качестве параллельного контроля проводили амплификацию гена CHS1, присутствующего во всех штаммах P. tritici-repentis, с помощью праймеров CHS-79F и CHS-354R (CHS-79F 5′-TGGGGCAAGGATGCTTGGAAGAAG-3′ и CHS-354R 5′-TGGAAGAACCATCTGTGAGAGTTG-3′) по протоколам авторов [15].

РЕЗУЛЬТАТЫ

Анализ нуклеотидной последовательности фрагмента гена ToxA

Продукты амплификации гена ToxA с размером более 800 пн у трех штаммов P. tritici-repentis (Каз20-С-12, Каз22-С-А-53 и Каз22-С-А-64) (рис. 1) были вырезаны из агарозного геля, очищены и секвенированы. Полученные нуклеотидные последовательности оказались идентичны. Их сравнение с референсными последовательностями гена ToxA штаммов P. tritici-repentis AB42 (MN062700), EW13061-2-1 (MH017415), EW4-4 (MH017417), NZ1 (MH017419) и SN001C (MH017418) выявило области 100%-ного сходства на участках 741–803 и 974–1468 пн. Между сходными участками гена анализируемых штаммов находится инсерционный элемент размером 170 пн (рис. 2). Также обнаружен мотив из восьми нуклеотидов CCGGTTAС, который расположен перед инсерцией и идентичен последовательностям анализируемых и референсных штаммов P. tritici-repentis, однако он также присутствует в конце инсерционного элемента PtrHp2.

 

Рис. 1. Электрофорез продуктов амплификации фрагмента гена ToxA штаммов P. tritici-repentis со специфичными праймерами. М – маркер длин фрагментов GeneRuler 100 bp; 1, 2 – негативный контроль; 3 – штамм Каз20-С-12; 4 – Каз22-C-А-53, 7 – Каз22-C-А-64, 5, 6 и 8 – штаммы P. tritici-repentis из популяции Каз22-С.

 

Рис. 2. Выравнивание нуклеотидных последовательностей фрагмента гена ToxA изученных и референсных штаммов P. tritici-repentis. Красным выделен инсерционный элемент PtrHp2 размером 170 пн, черным выделен повторяющийся мотив из 8 пн.

 

Внутри инсерционного элемента выявлены три пары взаимно комплементарных участков длиной 16, 8 и 6 пн, которые формируют вторичную структуру инсерционного элемента в виде «шпильки» (рис. 3).

 

Рис. 3. Вторичная структура инсерционного элемента PtrHp2 в гене ToxA гриба P. tritici-repentis.

 

Вирулентность штаммов P. tritici-repentis, несущих ген ToxA с инсерционным элементом

Анализ расовой принадлежности штаммов P. tritici-repentis с помощью инокуляции отрезков листьев пшеницы сортов-дифференциаторов выявил среди анализируемых десяти штаммов гриба представителей двух рас, не образующих эффектор Ptr ToxA. Четыре штамма из Татарстана, а также Каз20-12 и Каз22-С-А-64 были отнесены к авирулентной расе 4, еще четыре штамма из Казахстана, включая Каз22-С-А-53, – к расе 5, поражающей линию, дифференцирующую штаммы гриба с геном ToxB.

Митотическая стабильность гена ToxA с инсерционным элементом

Среди 22 моноконидиальных субклонов штамма P. tritici-repentis Каз20-С-12, несущего ген ToxA с инсерционным элементом PtrHp2, у десяти субклонов (45%) в результате ПЦР амплифицировался продукт ~800 пн, подтверждающий присутствие гена. У остальных субклонов продукт амплификации отсутствовал при наличии положительной реакции ПЦР со специфичными праймерами для гена CHS1.

ОБСУЖДЕНИЕ

Мониторинг расового состава популяций P. tritici-repentis и присутствия специфичных генов-эффекторов в геноме отдельных штаммов гриба позволяет получать фундаментальные знания о микроэволюции популяций и молекулярно-генетических аспектах взаимоотношений в системе растение-хозяин – патоген [22].

Ранее нами при анализе популяций P. tritici-repentis были выявлены десять штаммов, у которых при проведении специфичной ПЦР гена ToxA получены продукты амплификации большего размера, чем ожидаемый [12]. Штаммы P. tritici-repentis с подобной аномалией гена ToxA были отмечены в популяции гриба из Казахстана, выделенной в 2017 г. [11], а также другими исследователями для единичных штаммов P. tritici-repentis из России, Казахстана [23], Дании, Германии и Новой Зеландии [24]. Данные находки представляют особый интерес, поскольку свидетельствуют о наличии инсерции в амплифицируемом фрагменте гена ToxA, которая может влиять на функциональность гена.

В настоящем исследовании последовательности амплифицированных фрагментов гена ToxA у трех штаммов P. tritici-repentis из Казахстана оказались идентичны и в сравнении с последовательностью гена дикого типа включали инсерционный элемент длиной 170 пн, обозначенный PtrHp2, по аналогии с обнаруженным ранее в гене ToxA инсерционным элементом PtrHp1 [24]. Последовательность PtrHp2 не имеет гомологии с элементом PtrHp1 длиной 165 пн [24]. Кроме того, PtrHp2 расположен в районе экзона 2 гена ToxA, в отличие от PtrHp1, который находится в области 3’UTR ToxA экзона 3 [24]. Интересно, что сайты инсерций оказались одинаковыми как для штаммов с элементом PtrHp1, так и для всех проанализированных нами штаммов с элементом PtrHp2, что свидетельствует об уникальности событий инсерции в гене ToxA после его горизонтального переноса в геном P. tritici-repentis. С другой стороны, оба элемента PtrHp1 и PtrHp2 имеют сходство в наличии взаимно комплементарных участков и вторичной структуре в виде «шпильки». Известно, что инсерции, образующие «шпильки», могут быть включены в механизмы сайленсинга генов, в которых они находятся [25].

Поиск гомологичных инсерционному элементу PtrHp2 последовательностей выявил 100%-ный идентичный участок 170 пн в некодирующей области гена ToxB (OP418007) штамма P. tritici-repentis SС29-1 из Канады [10]. Также выявлена полная идентичность инсерционного элемента PtrHp2 и фрагментов в некодирующей области генов ToxB1 (AY425480) и ToxB2 (AY425481) штамма P. tritici-repentis DW7 из США [26]. Гены ToxB1 и ToxB2 являются гомологами мультикопийного гена ToxB, контролирующего продукцию хлороз-индуцирующего белка-эффектора Ptr ToxB [26]. Локусы ToxB1, ToxB2 и ToxB3 имеют признаки укороченного ретротранспозона, т. е. содержат инвертированные повторы длиной 36 пн, фланкированные прямыми повторами длиной 6 пн [26]. Выявленная гомология всей последовательности инсерционного элемента с участками генов ToxB1 и ToxB2 позволяет предполагать, что механизм возникновения данной инсерции связан с укороченными ретротранспозонами, которые ассоциированы с локусами ToxB и могут стать причиной амплификации или делеции гена путем неравного кроссинговера с подобными последовательностями, расположенными в другом месте генома [26].

В геноме трех штаммов гриба Pyrenophora teres f. maculata из США, Новой Зеландии и Дании [27] на хромосоме 3 обнаружен фрагмент размером 159–165 пн, имеющий 94–100% сходства с последовательностью инсерционного элемента PtrHp2. Факты совпадения последовательности PtrHp2 в гене ToxA P. tritici-repentis с фрагментами генов у других видов грибов также свидетельствуют о его транспозонной природе.

Показано, что в процессе горизонтального переноса ген ToxА находился внутри транспозона ToxhAT размером 14 тпн, который, в свою очередь, расположен на участке генома размером 140–250 тпн, богатого транспозонами [28], а именно внутри транспозона “Starship”, имеющего размер 143 тпн [29]. Новый класс транспозабельных элементов, называемых Starships, относится к группе гигантских мобильных элементов размером более 50 тпн, которые участвуют в горизонтальных переносах генов и играют особую роль в эволюции грибов [30, 31].

Шесть анализированных штаммов P. tritici-repentis, несущих ген ToxA с инсерционным элементом PtrHp2, были отнесены к авирулентной расе 4, которая не продуцирует ни один из известных эффекторов, и четыре штамма – к расе 5, которая продуцирует только Ptr ToxB. Данные результаты свидетельствуют о нарушении экспрессии гена ToxA в исследуемых штаммах гриба, что выражается в отсутствии симптомов некроза на листьях пшеницы сорта Glenlea, восприимчивого к эффектору Ptr ToxA.

Анализ конидиального потомства анализируемого штамма Каз20-С-12 с геном ToxA, содержащим PtrHp2, показал, что более 55% конидий не имеют искомого гена. Ранее нами была продемонстрирована гетерокариотичная природа штаммов P. tritici-repentis с использованием в качестве маркеров генов-эффекторов ToxA и ToxB [32]. Поскольку исходный штамм Каз20-С-12, по всей видимости, является гетерокарионом, то ядра, несущие ген ToxA, имеют одинаковые шансы с ядрами, утратившими этот ген, формировать новые конидии.

Таким образом, выявлены редкие события инсерции элемента PtrHp2, имеющего, по-видимому, транспозонную природу и способного формировать структуру шпильки с инвертированными повторами в гене ToxA. Причем элемент PtrHp2, открытый нами, локализован в кодирующей области ToxA и, по-видимому, нарушает работу гена, т. е. выполняет регуляторную или иную функцию. В то же время он не влияет на жизнеспособность изолятов, его несущих, и сохраняется при бесполом размножении. Для понимания возможной биологической роли инсерционных элементов в гене ToxA P. tritici-repentis необходимо проведение дополнительных исследований.

Настоящая статья не содержит каких-либо исследований с использованием в качестве объекта животных.

Настоящая статья не содержит каких-либо исследований с участием в качестве объекта людей.

Авторы заявляют, что у них нет конфликта интересов.

×

Авторлар туралы

N. Mironenko

All-Russian Research Institute of Plant Protection

Хат алмасуға жауапты Автор.
Email: nina2601mir@mail.ru
Ресей, St. Petersburg, Pushkin, 196608

A. Orina

All-Russian Research Institute of Plant Protection

Email: nina2601mir@mail.ru
Ресей, St. Petersburg, Pushkin, 196608

N. Kovalenko

All-Russian Research Institute of Plant Protection

Email: nina2601mir@mail.ru
Ресей, St. Petersburg, Pushkin, 196608

Әдебиет тізімі

  1. Rees R.G., Platz G.J., Mayer R.J. Yield losses in wheat from yellow spot: Comparison of estimates derived from single tillers and plots // Aust. J. Agric. Res. 1982. V. 33. P. 899–908. https://doi.org/10.1071/AR9820899
  2. Bhathal J., Loughman R., Speijers J. Yield reduction in wheat in relation to leaf disease from yellow (tan) spot and Septoria nodorum blotch // Eur. J. Plant Pathol. 2003. V. 109. P. 435–443. https://doi.org/10.1023/A:1024277420773
  3. Adhikari T.B., Bai J., Meinhardt S.W. et al. Tsn1-mediated host responses to ToxA from Pyrenophora tritici-repentis // Mol. Plant Microbe Interact. 2009. V. 22. № 9. P. 1056–1068. https://doi.org/10.1094/MPMI-22-9-1056
  4. Tan K.C., Ferguson-Hunt M., Rybak K. et al. Quantitative variation in effector activity of ToxA isoforms from Stagonospora nodorum and Pyrenophora tritici-repentis // Mol. Plant Microbe Interact. 2012. V. 25. P. 515–522. https://doi.org/10.1094/MPMI-10-11-0273
  5. Friesen T.L., Stukenbrock E.H., Liu Z. et al. Emergence of a new disease as a result of interspecific virulence gene transfer // Nat. Genet. 2006. V. 38. P. 953–956. https://doi.org/10.1038/ng1839
  6. Faris J.D., Liu Z., Xu S.S. Genetics of tan spot resistance in wheat // Theor. Appl. Genet. 2013. V. 126. P. 2197–2217. https://doi.org/10.1007/s00122-013-2157-y
  7. Stukenbrock E.H., McDonald B.A. Geographical variation and positive diversifying selection in the host specific toxin Sn ToxA // Mol. Plant Pathol. 2007. V. 8. P. 321–332. https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2007.00396.x
  8. Мироненко Н.В., Баранова О.А., Коваленко Н.М., Михайлова Л.А. Частота гена ToxA в популяциях Pyrenophora tritici-repentis на Северном Кавказе и северо-западе России // Микология и фитопатология. 2015. Т. 49. № 5. С. 325–329.
  9. Aboukhaddour R., Hafez M., McDonald M. et al. A revised nomenclature for ToxA haplotypes across multiple fungal species // Phytopathology. 2023. V. 113. № 7. P. 1180–1184. https://doi.org/10.1094/PHYTO-01-23-0017-SC
  10. Hafez M., Despins T., Nakajima K., Aboukhaddour R. Identification of a novel ToxA haplotype of Pyrenophora tritici-repentis from Japan // Phytopathology. 2022. V. 112. P. 1597–1602. https://doi.org/10.1094/PHYTO-01-22-0001-SC
  11. Мироненко Н.В., Баранова О.А., Коваленко Н.М. Характеристика географически отдаленных популяций Pyrenophora tritici-repentis по вирулентности и генам токсинообразования ToxA и ToxB // Вестн. защиты растений. 2019. № 1. С. 24–29. https://doi.org/10.31993/2308-6459-2019-1(99)-24-29
  12. Мироненко Н.В., Орина А.С., Коваленко Н.М., Зубко Н.Г. Расовый состав и изменчивость гена ToxA в географически отдаленных популяциях Pyrenophora tritici-repentis // Микология и фитопатология. 2024. Т. 58. № 3. С. 246–253. https://doi.org/10.31857/S0026364824030064
  13. Михайлова Л.А., Гультяева Е.И., Кокорина Н.М. Лабораторные методы культивирования возбудителя желтой пятнистости пшеницы Pyrenophora tritici-repentis // Микология и фитопатология. 2002. Т. 36. № 1. С. 63–67.
  14. Murray H.G., Thompson W.F. Rapid isolation of high molecular weight DNA // Nucl. Acids Res. 1980. V. 8. P. 4321–4325. https://doi.org/10.1093/nar/8.19.4321
  15. Andrie R.M., Pandelova I., Ciuffetti L.M. A combination of phenotypic and genotypic characterization strengthens Pyrenophora tritici-repentis race identification // Phytopathology. 2007. V. 97. P. 694–701. https://doi.org/10.1094/PHYTO-97-6-0694
  16. Boom R., Sol C.J., Salimans M.M. et al. Rapid and simple method for purification of nucleic acids // J. Clin. Microbiol. 1990. V. 28. P. 495–503. https://doi.org/10.1128/jcm.28.3.495-503.1990
  17. Waterhouse A.M., Procter J.B., Martin D.M.A. et al. Jalview Version 2 – a multiple sequence alignment editor and analysis workbench // Bioinformatic. 2009. V. 25. P. 1189–1191. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp033
  18. Reuter J.S., Mathews D.H. RNAstructure: Software for RNA secondary structure prediction and analysis // BMC Bioinformatic. 2010. V. 11. https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-129
  19. Lamari L., Gilbert J., Tekauz A. Race differentiation in Pyrenophora tritici-repentis and survey of physiologic variation in western Canada // Can. J. Plant Pathol. 1998. V. 20. P. 396–400. https://doi.org/10.1080/07060669809500410
  20. Lamari L., Strelkov S.E. The wheat – Pyrenophora tritici-repentis interaction: Progress towards an understanding of tan spot disease // Can. J. Plant Pathol. 2010. V. 32. P. 4–10. https://doi.org/10.1080/07060661003594117
  21. Михайлова Л.А., Мироненко Н.В., Коваленко Н.М. Популяции Pyrenophora tritici-repentis на Северном Кавказе и Северо-Западе России: расовый состав и динамика вирулентности // Микология и фитопатология. 2014. Т. 48. Вып. 6. С. 393–400.
  22. Афанасенко О.С., Новожилов К.В. Проблемы рационального использования генетических ресурсов устойчивости растений к болезням // Экол. генетика. 2009. Т. 7. № 2. С. 38–42. https://doi. Org/10.17816/ecogen7238-43
  23. Lepoint P., Renard M.E., Legreve A. et al. Genetic diversity of the mating type and toxin production genes in Pyrenophora tritici-repentis // Phytopathology. 2010. V. 100. P. 474–483. https://doi.org/10.1094/PHYTO-100-5-0474
  24. Moolhuijzen P.M., See P.T., Oliver R.P., Moffat C.S. Genomic distribution of a novel Pyrenophora tritici-repentis ToxA insertion element // PLoS One. 2018. V. 13. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0206586
  25. Chang S.S., Zhang Z., Liu Y. RNA interference pathways in fungi: mechanisms and functions // Annu. Rev. Microbiol. 2012. V. 66. P. 305–323. https://doi.org/10.1146/annurev-micro-092611-150138
  26. Martinez J.P., Oesch N.W., Ciuffetti L.M. Characterization of the multiple-copy host-selective toxin gene, ToxB, in pathogenic and nonpathogenic isolates of Pyrenophora tritici-repentis // Mol. Plant-Microbe Interact. 2004. V. 17. P. 467–474. https://doi.org/10.1094/MPMI.2004.17.5.467.
  27. Wyatt N.A., Friesen T.L. Four reference quality genome assemblies of Pyrenophora teres f. maculata: A resource for studying the barley spot form net blotch interaction // Mol. Plant Microbe Interact. 2021. V. 34. P. 135–139. https://doi.org/10.1094/MPMI-08-20-0228-A
  28. McDonald M.C., Taranto A.P., Hill E. et al. Transposon-mediated horizontal transfer of the host-specific virulence protein ToxA between three fungal wheat pathogens // mBio. 2019. V. 10. https://doi.org/10.1128/mBio.01515-19
  29. Gourlie R., McDonald M., Hafez M. et al. The pangenome of the wheat pathogen Pyrenophora tritici-repentis reveals novel transposons associated with necrotrophic effectors ToxA and ToxB // BMC Biol. 2022. V. 20. Art. 239. https://doi.org/10.1186/s12915-022-01433-w
  30. Gluck-Thaler E., Vogan A.A., Branco S. Giant mobile elements: Agents of multivariate phenotypic evolution in fungi // Cur. Biol. 2022. V. 32. № 5. P. R234–R236. https://doi.org/10.1016/j.cub.2022.01.020
  31. Urquhart A.S., Vogan A.A., Gardiner D.M., Idnurm A. Starships are active eukaryotic transposable elements mobilized by a new family of tyrosine recombinases // Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2023. V. 120. https://doi.org/10.1073/pnas.2214521120
  32. Мироненко Н.В., Орина А.С., Коваленко Н.М. Генетический полиморфизм ядер штаммов Pyrenophora tritici-repentis по генам-эффекторам ToxA и ToxB // Генетика. 2021. T. 57. № 5. C. 528–535. https://doi.org/10.31857/S0016675821040093 (Mironenko N.V., Orina A.S., Kovalenko N.M. Nuclear genetic polymorphism in Pyrenophora tritici-repentic strains for ToxA and ToxB effector genes // Rus. J. Genetics. 2021. V. 57. P. 533–539. https://doi.org/10.1134/S1022795421040098)

Қосымша файлдар

Қосымша файлдар
Әрекет
1. JATS XML
Жүктеу
2. Fig. 1. Electrophoresis of the amplification products of the ToxA gene fragment of P. tritici-repentis strains with specific primers. M – fragment length marker GeneRuler 100 bp; 1, 2 – negative control; 3 – strain Kaz20-C-12; 4 – Kaz22-C-A-53, 7 – Kaz22-C-A-64, 5, 6 and 8 – P. tritici-repentis strains from the Kaz22-C population.

Жүктеу (95KB)
Метадеректер
3. Fig. 2. Alignment of nucleotide sequences of the ToxA gene fragment of the studied and reference strains of P. tritici-repentis. The 170 bp PtrHp2 insertion element is highlighted in red, and the 8 bp repeating motif is highlighted in black.

Жүктеу (388KB)
Метадеректер
4. Fig. 3. Secondary structure of the PtrHp2 insertion element in the ToxA gene of the fungus P. tritici-repentis.

Жүктеу (105KB)
Метадеректер

© Russian Academy of Sciences, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».