Планирование исследования атомной структуры кристаллов. I. Оптимизация сбора данных на современных дифрактометрах

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Показаны недостатки заданий-“стратегий” на съемку дифракционных экспериментов, которые создает программное обеспечение дифрактометров. Причиной этих недостатков является то, что традиционно используемая целевая функция решает ограниченную, локальную задачу, например получения наилучшего покрытия обратного пространства. Предложен подход, который реализует принципы статистической рандомизации эксперимента и позволяет достичь стратегической цели структурного анализа – получения модели, способной отразить тонкие детали атомного строения. Найдено сбалансированное по большинству факторов задание на съемку, которое за меньшее время приводит к получению экспериментальных данных более высокого качества, чем то, что дают традиционные задания. Использование кристалла-эталона, ранее измеренного десятки раз на дифрактометрах по всему миру, показало преимущество экспериментальных данных, получаемых новым способом. Повышение сбалансированности и точности данных дало максимальное улучшение значений критериев уточнения до R1/wR2 = 0.53/0.59% и Δρ = –0.47/+0.30 э/Å3. В достижении стратегической цели исследования кристалла-эталона (подтверждение ангармонической модели параметров атомных смещений) можно было убедиться не только по “очищению” разностных синтезов Фурье электронной плотности, что порой визуально и субъективно, но и по статистически безупречному снижению R-факторов уточнения на 30–40 отн. %. Данные такого высокого качества нужны для исследования динамики структурных моделей при внешних воздействиях, для обнаружения и моделирования фазовых переходов, критических точек, био- и химической активности соединений, проверки расчетных методов структур.

Об авторах

А. П. Дудка

Отделение “Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова” Курчатовского комплекса кристаллографии и фотоники НИЦ “Курчатовский институт”, Москва, Россия

Email: dudka@crys.ras.ru

Список литературы

  1. Dudka A.P., Khrykina O.N., Bolotina N.B. et al. // J. Alloys Compd. 2017. V. 692. P. 535. https://doi.org/10.1016/j.jallcom.2016.09.059
  2. Дудка А.П. // Кристаллография. 2008. Т. 53. № 4. C. 744.
  3. Otwinowski Z., Borek D., Majewski W., Minor W. // Acta Cryst. A. 2003. V. 59. P. 228. https://doi.org/10.1107/S0108767303005488
  4. Paciorek W.A., Meyer M., Chapuis G. // J. Appl. Cryst. 1999. V. 32. P. 11. https://doi.org/10.1107/S0021889898005172
  5. Paciorek W.A., Meyer M., Chapuis G. // Acta Cryst. A. 1999. V. 55. P. 543. https://doi.org/10.1107/S0108767398015037
  6. Pflugrath J.W. // Acta Cryst. D. 1999. V. 55. P. 1718. https://doi.org/10.1107/S090744499900935X
  7. Zhurov V.V., Zhurova E.A., Pinkerton A.A. // J. Appl. Cryst. 2008. V. 41. P. 340. https://doi.org/10.1107/S0021889808004482
  8. Domagala S., Nourd P., Diederichs K., Henn J. // J. Appl. Cryst. 2023. V. 56. P. 1200. https://doi.org/10.1107/S1600576723004764
  9. Dudka A. // J. Appl. Cryst. 2010. V. 43. № 6. P. 1440. https://doi.org/10.1107/S0021889810037131
  10. Дудка А.П. // Кристаллография. 2016. Т. 61. № 2. С. 209. https://doi.org/10.7868/S0023476116020077
  11. Smirnova E.S., Alekseeva O.A., Dudka A.P. et al. // Acta Cryst. B. 2019. V. 75. P. 954. https://doi.org/10.1107/S2052520619010473
  12. Zhou Z., Li C., Fan L. et al. // J. Appl. Cryst. 2024. V. 57. P. 741. https://doi.org/10.1107/S1600576724002899
  13. Ketawala G., Reiter C.M., Fromme P., Botha S. // J. Appl. Cryst. 2024. V. 57. P. 529. https://doi.org/10.1107/S1600576724000116
  14. Dudka A. // J. Appl. Cryst. 2010. V. 43. P. 27. https://doi.org/10.1107/S0021889809051577
  15. Krause L., Herbst-Irmer R., Stalke D. // J. Appl. Cryst. 2015. V. 48. P. 1907. https://doi.org/10.1107/S1600576715020440
  16. Dudka A. // J. Appl. Cryst. 2007. V. 40. P. 602. https://doi.org/10.1107/S0021889807010618
  17. Pauw B.R., Smales G.J., Anker A.S. et al. // J. Appl. Cryst. 2023. V. 56. P. 1618. https://doi.org/10.1107/S1600576723008324
  18. Кендалл М., Стьюарт А. Многомерный статистический анализ и временные ряды. М.: Наука, 1976. 736 с.
  19. Клименкова А.А., Максимов Б.А., Молчанов В.Н. и др. // Кристаллография. 2007. Т. 52. № 2. С. 238.
  20. Rigaku Oxford Diffraction, 2018, CrysAlisPro Software System, Version 1.171.39.46, Rigaku Corporation, Oxford, UK.
  21. Дудка А.П. // Кристаллография. 2008. Т. 53. № 2. С. 372.
  22. Hamilton W.C. // Acta Cryst. 1965. V. 18. P. 502. https://doi.org/10.1107/S0365110X65001081

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».