Моделирование эпидемий: нейросеть на основе данных и SIR-модели

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Ранее был предложен метод построения начального приближения для решения обратной задачи акустики градиентным методом на основе сверточной нейронной сети, обученной предсказывать распределение скоростей в среде по волновому отклику (И.Б. Петров, А.С. Станкевич, А.В. Васюков, Докл. РАН, 2023). Показано, что нейронная сеть, обученная на откликах от простых слоистых структур, может быть успешно использована при решении обратной задачи для существенно более сложной модели. В настоящей статье мы изложим алгоритмы обработки данных об эпидемиях и пример применения нейронных сетей для моделирования распространения COVID-19 в Новосибирской области, основанный только на данных. Построена нейросеть NN-COVID-19, которая использует данные об эпидемии. Показано, что нейронная сеть на порядок лучше, чем SEIR-HCD, предсказывает распространение COVID-19 на 5 дней. При появлении нового штамма (Омикрон) после переобучения нейросеть способна предсказать распространение эпидемии более точно. Отметим, что нейросеть использует не только эпидемиологические данные, но и социальные (праздники, введение и соблюдение ограничительных мер и т.п.). Предложенный подход позволяет уточнять математические модели. Сравнение кривых, построенных по SEIR-HCD модели и нейронной сетью, показывает, что графики решения прямой задачи практически совпадают с графиками, построенными нейросетью. Это позволяет уточнить коэффициенты дифференциальной модели. Библ. 19. Фиг. 12. Табл. 2.

Об авторах

О. И. Криворотько

Институт математики им. С.Л. Соболева СО РАН

Email: o.i.krivorotko@math.nsc.ru
Россия, 630090, Новосибирск, пр-т Акад. Коптюга, 4

Н. Ю. Зятьков

Институт математики им. С.Л. Соболева СО РАН

Email: o.i.krivorotko@math.nsc.ru
Россия, 630090, Новосибирск, пр-т Акад. Коптюга, 4

С. И. Кабанихин

Институт математики им. С.Л. Соболева СО РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: o.i.krivorotko@math.nsc.ru
Россия, 630090, Новосибирск, пр-т Акад. Коптюга, 4

Список литературы

  1. Zyatkov N., Krivorotko O. Forecasting recessions in the US economy using machine learning methods // The 17th International Asian school-seminar “Optimization problems of complex systems” (OPCS). 2021. P. 139–146. https://doi.org/10.1109/OPCS53376.2021.9588678
  2. Chen S., Guo W. Auto-encoders in deep learning – a review with new perspectives // Mathematics 2023. V. 11. P. 1–54.
  3. Jie Gui, Zhenan Sun, Yonggang Wen, Dacheng Tao, Jieping Ye. A review on generative adversarial networks: algorithms, theory, and applications // IEEE Transact. on Knowledge and Data Engineer. 2023. V. 35. № 4. P. 3313–3332.
  4. Ling J., Jones R., Templeton J. Physics-informed machine learning: A new paradigm for computational mechanics // Comput. Meth. Appl. Mech. Engineer. 2016. V. 309. P. 209–233.
  5. Leyva-Vallina M., Nagy Z. Data-driven vs. physics-based modeling: A comparison from an industrial perspective // Chemic. Engineer. Sci. 2018. V. 182. P. 80–93.
  6. Huang Y., Zhang J., Yang X., Drury C.F., Reynolds W.D., Tan C.S. Comparing the performance of machine learning algorithms for predicting soil organic carbon stocks in different land use systems // Geoderma. 2020. V. 375. P. 114448.
  7. Brunton S.L., Proctor J.L., Kutz J.N. Discovering governing equations from data by sparse identification of nonlinear dynamical systems // Proceed. Nation. Acad. Sci. 2016. V. 113. № 15. P. 3932–3937.
  8. Криворотько О.И., Кабанихин С.И. Математические модели распространения COVID-19. Препринт Ин-та матем. им. С.Л. Соболева СО РАН. 2022. № 300. 63 с.
  9. Петров И.Б., Станкевич А.С., Васюков А.В. О поиске начального приближения в задаче волновой инверсии с помощью сверточных нейронных сетей // Докл. АН, 2023.
  10. Nikparvar B., Rahman M.M., Hatami F., et al. Spatio-temporal prediction of the COVID-19 pandemic in US counties: modeling with a deep LSTM neural network // Sci. Rep. 2021. V. 11. P. 21715.
  11. Shawaqfah M., Almomani F. Forecast of the outbreak of COVID-19 using artificial neural network: Case study Qatar, Spain, and Italy // Result. Phys. 2021. V. 27. P. 104484.
  12. Гузев М.А., Никитина Е.Ю. Динамика “имперских хвостов” на примере коронавирусной инфекции // Дальневосточный матем. журн. 2022. Т. 22. № 1. С. 38–50.
  13. Криворотько О.И., Кабанихин С.И., Зятьков Н.Ю., Приходько А.Ю., Прохошин Н.М., Шишленин М.А. Математическое моделирование и прогнозирование COVID-19 в Москве и Новосибирской области // Сиб. журн. вычисл. матем. 2020. Т. 23. № 4. С. 395–414.
  14. Krivorotko O.I., Zyatkov N.Y. Data-driven regularization of inverse problem for SEIR-HCD model of COVID-19 propagation in Novosibirsk region // Eurasian J. Math. and Comput. Appl. 2022. V. 10. Iss. 1. P. 51–68.
  15. Chen T., Guestrin C. XGBoost: A scalable tree boosting system. In Proceedings of the ACM SIGKDD international conference on knowledge discovery and data mining // ACM. 2016. P. 785–794.
  16. Hochreiter S., Schmidhuber J. Long short-term memory // Neural Computat. 1997. V. 9. № 8. P. 1735–1780.
  17. Srivastava N., Hinton G., Krizhevsky A., Sutskever I., Salakhutdinov R. Dropout: A simple way to prevent neural networks from overfitting // J. Mach. Learn. Res. 2014. V. 15. № 1. P. 1929–1958.
  18. Ioffe S., Szegedy C. Batch normalization: Accelerating deep network training by reducing internal covariate shift // Inter. Conf. Mach. Learn. 2015. V. 37. P. 448–456.
  19. Nair V., Hinton G.E. Rectified linear units improve restricted Boltzmann machines // Proceed. of the 27th Inter. Conf. Mach. Learn. (ICML-10). 2010. P. 807–814.

© О.И. Криворотько, Н.Ю. Зятьков, С.И. Кабанихин, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».