МЕТОДИКА ДЛЯ СТАБИЛЬНОГО ВЫДЕЛЕНИЯ ДВУЦЕПОЧЕЧНОЙ РНК ИЗ ШТАММА Escherichia coli НТ115 БЕЗ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ФЕНОЛА

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Получение фракции двуцепочечной РНК – неотъемлемая часть исследований РНК-интерференции, направленных на решение как фундаментальных, так и прикладных задач. Наработка дцРНК в культуре бактерий – распространенная методика в силу сравнительно невысокой стоимости и потенциала для масштабирования. В данной статье мы предлагаем новый метод для быстрого и эффективного выделения дцРНК из культуры бактерий в качестве альтернативы классической фенол-хлороформной экстракции. В разработанной нами методике фенол заменен на менее токсичный метанол, а выделенная таким образом бактериальная тотальная РНК содержит до 25% целевой молекулы, при этом примесь ДНК в ней отсутствует, что в том числе делает допустимым применение такой дцРНК без дополнительных этапов очистки. Применение разработанной методики будет оправдано в лабораториях, занимающихся как фундаментальными, так и прикладными исследованиями РНК-интерференции. Однако для масштабирования технологии для применения в сельском хозяйстве могут потребоваться корректировки описанного в данной работе протокола.

Об авторах

А. А Иванов

Институт цитологии и генетики СО РАН; Новосибирский государственный университет

Email: a.ivanov2@g.nsu.ru
Россия, Новосибирск; Россия, Новосибирск

Т. С Голубева

Институт цитологии и генетики СО РАН; Балтийский федеральный университет им. Иммануила Канта

Россия, Новосибирск; Россия, Калининград

Список литературы

  1. Castel S.E., Martienssen R.A. // Nat. Rev. Genet. 2013. V. 14. P. 100–112. https://doi.org/10.1038/nrg3355
  2. Svoboda P. // Front. Plant Sci. 2020. V. 11. P. 1237. https://doi.org/10.3389/fpls.2020.01237
  3. Li H., Guan R., Guo H., Miao X. // Plant Cell Environ. 2015. V. 38. P. 2277–2285. https://doi.org/10.1111/pce.12546
  4. Islam M.T., Davis Z., Chen L., Englander J., Zomorodi S., Frank J., Bartlett K., Somers E., Carballo S.M., Kester M., Shaked A., Pourtaheri P., Sherif M.S. // Microb. Biotechnol. 2021. V. 14. P. 1847–1856. https://doi.org/10.1111/1751-7915.13699
  5. Kalyandurg P.B., Sundararajan P., Dubey M., Ghadamgah F., Zahid M.A., Whisson S.C., Vetukuri R.R. // Phytopathology. 2021. V. 111. P. 2166–2175. https://doi.org/10.1094/phyto-02-21-0054-sc
  6. Mitter N., Worrall E.A., Robinson K.E., Li P., Jain R.G., Taochy C., Fletcher S.J., Carroll B.J., Lu G.Q. (Max), Xu Z.P. // Nat. Plants. 2017. V. 3. P. 1–10. https://doi.org/10.1038/nplants.2016.207
  7. Islam M.T., Sherif S.M. // Int. J. Mol. Sci. 2020. V. 21. P. 2072. https://doi.org/10.3390/ijms21062072
  8. Konakalla N.C., Bag S., Deraniyagala A.S., Culbreath A.K., Pappu H.R. // Viruses. 2021. V. 13. P. 662. https://doi.org/10.3390/v13040662
  9. Sundaresha S., Sharma S., Bairwa A., Tomar M., Kumar R., Bhardwaj V., Jeevalatha A., Bakade R., Salaria N., Thakur K., Singh B.P., Chakrabarti S.K. // Pest. Manag. Sci. 2022. V. 78. P. 3183–3192. https://doi.org/10.1002/ps.6949
  10. Gan D., Zhang J., Jiang H., Jiang T., Zhu S., Cheng B. // Plant Cell Rep. 2010. V. 29. P. 1261–1268. https://doi.org/10.1007/s00299-010-0911-z
  11. Tenllado F., Martinez-Garcia B., Vargas M., Diaz-Ruiz J.R. // BMC Biotechnol. 2003. V. 3. P. 3. https://doi.org/10.1186/1472-6750-3-3
  12. Ivanov A.A., Golubeva T.S. // J. Fungi. 2023. V. 9. P. 1100. https://doi.org/10.3390/jof9111100
  13. Verdonck T.W., Yanden Broeck J. // Front. Physiol. 2022. V. 13. P. 836106. https://doi.org/10.3389/fphys.2022.836106
  14. Ann S.-J., Donahue K., Koh Y., Martin R.R., Choi M.-Y. // Int. J. Insect Sci. 2019. V. 11. P. 4032. https://doi.org/10.1177/1179543319840323
  15. Wang Z., Li Y., Zhang B., Gao X., Shi M., Zhang S., Zhong S., Zheng Y., Liu X. // Adv. Funct. Mater. 2023. V. 33. P. 3143. https://doi.org/10.1002/adfm.202213143
  16. Guan R., Chu D., Han X., Miao X., Li H. // Front. Bioeng. Biotechnol. 2021. V. 9. P. 3790. https://doi.org/10.3389/fbioe.2021.753790
  17. Strezsak S., Beuning P., Skizim N. // Anal. Methods. 2021. V. 13. P. 179–185. https://doi.org/10.1039/DDAY01498B
  18. Aranda P.S., Lajoie D.M., Joreyk C.L. // Electrophoresis. 2012. V. 33. P. 366–369. https://doi.org/10.1002/elps.20110335
  19. Livshits M.A., Amosova O.A., Lyubchenko Y.L. // J. Biomol. Struct. Dyn. 1990. V. 7. P. 1237–1249. https://doi.org/10.1080/073911102.1990.10508562
  20. Wickham H., Averick M., Bryan J., Chang W., McGowan L.D.A., François R., Grolemund G., Hayes A., Henry L., Hester J., Kuhn M., Pedersen L.T., Miller E., Bache M.S., Muller K., Ooms J., Robinson D., Seidel P.D., Spinu V., Takahashi K., Yanghan D., Wilke C., Woo K., Yutani H. // J. Open Source Softw. 2019. V. 4. P. 1686. https://doi.org/10.21105/joss.01686

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».