Биохимия
ISSN (print): 0320-9725
Свидетельство о регистрации СМИ: ПИ № ФС77–71478 от 23.11.2017
Учредитель: Российская академия наук
Главный редактор: Донцова Ольга Анатольевна, академик РАН, профессор, доктор химических наук
Число выпусков в год: 12
Индексация:
- РИНЦ,
- перечень ВАК,
- ядро РИНЦ,
- RSCI,
- Белый список (2 уровень)
В журнале «Биохимия» публикуются исследования по всем областям биохимии, а также исследования по биохимическим аспектам молекулярной биологии, биоорганической химии, микробиологии, иммунологии, физиологии и биомедицинских наук. Тематика журнала также охватывает новые экспериментальные методики, теоретические достижения, имеющие значение для биохимии, обзоры современных биохимических тем исследования, мини-обзоры, гипотезы и краткие сообщения.
Приветствуются материалы научно-исследовательских работ по следующим актуальным направлениям:
- Иммунология
- Иммунохимия
- Клеточная биология
- Нейробиология
- Энзимология, механизмы и кинетика ферментативных реакций
- Биоинформатика
- Прикладные аспекты биохимии (биотехнология)
- Протеомика
- Молекулярное моделирование
- Гликобиология, гликомика
- Липидология, обмен липидов
- Геномика и регуляция экспрессии генов
- РНК и рибосома
- Медицинская биохимия
- Молекулярная медицина
- Молекулярная эндокринология
- Биохимия крови и кардиология
- Биохимия мышц
- Онкология
- Проблемы развития, старения, эволюции
АУДИТОРИЯ
Журнал ориентирован на научных сотрудников, аспирантов, преподавателей университетов и средних школ, студентов и специалистов, работающих в научно-исследовательских институтах. Издание является источником информации для библиотек научно-исследовательских отделений университетов, биотехнологических и биомедицинских отделений вузов.
НАУКОМЕТРИЧЕСКИЕ ПОКАЗАТЕЛИ
Импакт-фактор РИНЦ (2021 г.): 2.908

НАУКОМЕТРИЧЕСКИЕ ПОКАЗАТЕЛИ ПЕРЕВОДНОЙ ВЕРСИИ
Импакт-фактор Web of Science (2021 г.): 2.824
Импакт-фактор Web of Science журнала Biochemistry (Moscow) в 2012–2021 гг.
SCImago Journal Rank (2020 г.): 0.747
Рейтинг SCImago Journal Rank журнала Biochemistry (Moscow) в 2013–2020 гг.
ИНДЕКСИРОВАНИЕ И РЕФЕРИРОВАНИЕ ПЕРЕВОДНОЙ ВЕРСИИ
- AGRICOLA
- ASFA
- Academic OneFile
- BIOSIS
- Biological Abstracts
- CAB (Abstracts, International)
- ChemWeb
- Chemical Abstracts Service (CAS)
- Current Contents/Life Sciences
- EBSCO
- EMBASE
- EMBiology
- Expanded Academic
- Food Science and Technology Abstracts (FSTA)
- Global Health
- Google Scholar
- Health Reference Center Academic
- Journal Citation Reports/Science Edition
- Medline
- OCLC
- Reaxys
- SCImago
- SCOPUS
- Science Citation Index, Science Citation Index Expanded
- Summon by ProQuest
Текущий выпуск



Том 90, № 3 (2025)
Статьи
К вопросу о дуализме роли нейтрофилов в процессах канцерогенеза, а также возможности их использования для терапии злокачественных новообразований
Аннотация
Нейтрофилы – фагоцитирующие лейкоциты миелоидного ряда, являющиеся наиболее распространёнными миелоидными клетками в крови человека, в норме составляющими от 65 до 80% всех циркулирующих лейкоцитов. За годы исследований этих клеток появляется всё больше доказательств, свидетельствующих о функциональной пластичности нейтрофилов и их неоднозначной роли в процессах развития опухолей. Подобно М1/М2-классификации макрофагов, в отношении нейтрофилов может быть применена N1/N2-парадигма, где N1-нейтрофилы проявляют опухоль-супрессивные свойства, а N2-нейтрофилы способствуют развитию опухоли и подавлению иммунитета. Важной естественной особенностью нейтрофилов является их подвижность и способность преодолевать физические барьеры, в силу чего эти клетки, а также их везикулы и мембраны могут быть использованы для доставки терапевтических препаратов к клеткам опухоли. Кроме того, сами нейтрофилы могут быть активированы и мобилизованы для борьбы с опухолью. В настоящем обзоре описывается современное состояние исследований роли нейтрофилов в процессах канцерогенеза, а также возможные подходы к использованию этих клеток и их производных в качестве систем направленной доставки терапевтических препаратов для лечения злокачественных новообразований.



Взаимосвязь невезикулярного транспорта стеринов и их распределения между рафтами и нерафтовой фазой плазматической мембраны
Аннотация
Стерины существенно влияют на барьерные свойства мембраны. Вероятно, это объясняет тот факт, что в плазматической мембране (ПМ) их концентрация максимальна. В комплексе со сфинголипидами стерины формируют рафты – участки бислоя, физико-химические свойства которых отличны от таковых в окружающей мембране. Таким образом, при наличии в мембране рафтов, мембранные белки могут выбирать оптимальное для их функционирования липидное окружение, наилучшим образом подходящее по толщине и жесткости бислоя, спонтанной кривизне и профилю латерального давления. Стерины и сфинголипиды в рафтах находятся в соотношениях, близких к стехиометрическим. Теоретически избыточный стерин вне рафтов может критически снизить степень упорядоченности укладки фосфолипидов. Стерины синтезируются в эндоплазматическом ретикулуме (ЭР). Активный, против градиента концентрации, транспорт стеринов из ЭР на ПМ осуществляется белками семейства Osh. Белки Lam осуществляют пассивный обратный транспорт стеринов с ПМ в ЭР. Инактивация Osh-белков не снижает общий уровень стеринов ПМ, но непонятным образом снижает скорость их перемещения внутри ПМ. Следовательно, везикулярный транспорт стеринов из ЭР на ПМ, вероятно, более активен, чем невезикулярный, осуществляемый белками Osh. Поскольку стерины в рафтах заякорены прочнее, чем вне их, а также стерически менее доступны, мы предполагаем: белки Lam транспортируют избыточные стерины именно из нерафтовой фазы ПМ в ЭР, а белки Osh возвращают их на ПМ. Таким образом, совместная активность белков Osh и Lam может обеспечивать поток стеринов из нерафтовой части ПМ в рафты. Возможно, при снижении концентрации стерина в нерафтовой части мембраны скорость работы Lam-белков снижается, поскольку увеличивается степень упорядоченности фосфолипидов и, следовательно, сила удержания молекулы стерина в мембране. Возможно, так поддерживается гомеостаз концентрации и распределения стерина в ПМ.



RAGE-опосредованное влияние формальдегида на течение болезни Альцгеймера
Аннотация
На сегодняшний день болезнь Альцгеймера (БА) является неизлечимым заболеванием и несёт за собой огромные социально-экономические последствия. Одним из известных механизмов патогенеза БА является отложение амилоидных бляшек в результате накопления бета-амилоида (Aβ). Рецептор конечных продуктов гликирования (RAGE) играет важную роль в транспорте Aβ через гематоэнцефалический барьер (ГЭБ). Также взаимодействие лиганда с RAGE регулирует экспрессию белка-предшественника амилоида (APP), что играет ключевую роль в накоплении Aβ. В этом аналитическом обзоре мы разбираем биохимический механизм токсического воздействия экзогенного формальдегида в гиппокампе, которое приводит к развитию инсулинорезистентности, и дальнейшие молекулярные механизмы нейровоспаления, способствующие повышенной экспрессии RAGE. Накопление эндогенного формальдегида в организме может происходить в результате нарушения его утилизации. Однако накопление, связанное с поступлением в организм экзогенного формальдегида, имеет гораздо более острые и опасные последствия. Формальдегид является одним из основных токсинов, предельно допустимая концентрация которого стабильно превышена во многих городах России, а также стран Восточной, Южной и Юго-Восточной Азии, Центральной Африки, Северной и Южной Америки. Формальдегид играет большую роль в патогенезе нейродегенеративных заболеваний, так как биохимический механизм его действия тесно связан с увеличением накопления Aβ. У людей, более подверженных накоплению Aβ (в силу возраста или генетической предрасположенности), воздействие экзогенного формальдегида может оказать дополнительное влияние на это накопление. Ранее уже проводились эксперименты, изучающие роль формальдегида в нейродегенеративных заболеваниях. Была найдена корреляция между степенью загрязнения воздуха и гипергликемией. Однако подробный механизм дальнейшего развития нейродегенеративного состояния остаётся неясным. Данный обзор подчёркивает важность изучения взаимодействия между токсинами окружающей среды и нейродегенеративными заболеваниями, что может привести к созданию терапевтического подхода, основанного на защите нейронов от воздействия токсических веществ у лиц, подверженных данной патологии.



Создание иммунохимических систем для определения скелетных изоформ тропонина и человека
Аннотация
Тропонин И (ТнИ) наряду с тропонином С (ТнС) и тропонином Т (ТнТ) входит в состав тропонинового комплекса – белка тонких филаментов поперечнополосатой мышечной ткани, играющего ключевую роль в регуляции мышечного сокращения. В организме человека ТнИ представлен тремя изоформами: сердечной, которая синтезируется только в миокарде, и быстрой и медленной скелетными, которые синтезируются в мышечных волокнах быстрого и медленного типов соответственно. Скелетные изоформы ТнИ могут быть использованы в качестве маркеров повреждения скелетной мускулатуры различной этиологии: при механических травмах, мышечной атрофии (саркопении), миопатиях, а также рабдомиолизе. В отличие от классических маркеров мышечного повреждения, креатинкиназы или миоглобина, которые помимо скелетных мышц представлены ещё и в других тканях, скелетные изоформы ТнИ специфичны для мышечных волокон. В данной работе получена панель моноклональных антител (мАт), на основе которых были созданы системы для иммунохимического определения скелетных изоформ ТнИ в вестерн-блоттинге (чувствительность 0,01–1 нг белка на дорожку), в иммуногистохимии и в иммунофлуоресцентном анализе (ФИА). Разработанные нами методы ФИА пригодны для определения концентрации быстрой скелетной изоформы ТнИ (бсТнИ; предел обнаружения, ПрО, 0,07 нг/мл), медленной скелетной изоформы ТнИ (мсТнИ; ПрО 0,1 нг/мл) или обеих скелетных изоформ ТнИ (ПрО 0,1 нг/мл) в крови человека, а другие методы, позволяющие дифференцированно выявлять различные комплексы (двойной, с ТнС, или тройной, с ТнТ и ТнС) скелетных изоформ ТнИ, – для определения состава форм тропонинов в крови человека.



Периферические иммуновоспалительные показатели при болезни Паркинсона. Зависимость от стадии заболевания
Аннотация
Согласно современным представлениям, нейровоспаление и периферические иммунные нарушения играют ключевую роль в развитии болезни Паркинсона (БП), одного из наиболее распространенных и тяжелых нейродегенеративных заболеваний. Вместе с тем, как меняются клеточно-молекулярные иммунные показатели при развитии и прогрессировании БП, известно мало. Работа посвящена анализу популяций иммунных клеток (моноцитов, Т- и В-клеток и их субпопуляций), экспрессии толл-подобных рецепторов (TLR) и спонтанной и индуцированной митогенами продукции про- и противовоспалительных цитокинов в периферической крови пациентов со стадиями II и III идиопатической БП и здоровых лиц. Показано, что особенностями II стадии БП является снижение количества CD3+ Т-клеток, повышение экспрессии TLR2 на CD4+CD25+ Т-регуляторных клетках, а также увеличение спонтанной продукции клетками периферической крови провоспалительных цитокинов IFNγ и IL-17A по сравнению со здоровыми лицами. Для III стадии БП характерно снижение продукции индуцированного митогенами IFNγ. Относительное количество CD19+CD25+ В-регуляторных клеток у пациентов с БП было повышено нeзависимо от стадии. Таким образом, полученные результаты указывают на существующие различия клеточно-молекулярных иммунных показателей у здоровых лиц и у пациентов с БП, которые зависят от стадии заболевания. Полученные данные являются важными для понимания молекулярных основ развития БП и прогноза ее течения, выделения биомаркеров тяжести заболевания и возможного применения новых методов лечения в зависимости от стадии заболевания.



Исследование молекулярного механизма усиления АТФазной активности бактериальной АТФ-синтазы детергентом LDAO
Аннотация
Протонная FOF1-АТФ-синтаза катализирует реакцию образования АТФ из АДФ и неорганического фосфата, сопряжённую с трансмембранным транспортом ионов водорода за счёт энергии протон-движущей силы (pmf). При падении pmf направление реакции обращается, и АТФ-синтаза начинает создавать pmf, перенося протоны через мембрану за счёт гидролиза АТФ. В этом случае АТФазная активность FOF1-комплекса может подавляться за счёт неконкурентного ингибирования АДФ, а у ряда бактерий также за счёт конформационных изменений регуляторной субъединицы ε. Известно, что детергент лаурилдиметиламиноксид (LDAO) ослабляет оба этих ингибиторных механизма, и в его присутствии АТФазная активность фермента значительно увеличивается. По этой причине LDAO используется для полуколичественной оценки выраженности этих регуляторных механизмов у АТФ-синтаз из разных организмов. Однако на сегодняшний день место связывания LDAO с АТФ-синтазой неизвестно. Также не установлено, как именно связывание LDAO ослабляет АДФ-ингибирование и ингибирование субъединицей ε. Мы провели молекулярный докинг, результаты которого указывают на возможность связывания LDAO в каталитических центрах АТФ-синтазы, как не занятых нуклеотидами, так и содержащих нуклеотиды. Молекулярно-динамические симуляции показали, что присутствие LDAO может влиять на подвижность участка субъединицы β (остатки 404–415 в ферменте Escherichia coli), расположенного вблизи каталитического центра. Эксперименты на ферментах E. coli и Bacillus subtilis с мутацией в этом участке показали, что аминокислота в положении β409 E. coli и соответствующем ему положении β419 B. subtilis действительно оказывает некоторое влияние на степень активации фермента LDAO. Кроме того, было обнаружено, что в присутствии 100 мМ сульфата LDAO активирует фермент B. subtilis значительно сильнее, чем в среде без сульфата. Вероятной причиной этого является усиление АДФ-ингибирования фермента в присутствии сульфата.



Мавакамтен подавляет влияние N-терминального фрагмента сердечного миозин-связывающего С-белка с мутацией L352P на актин-миозиновое взаимодействие при низких концентрациях кальция
Аннотация
Мутации саркомерных белков, связанные с гипертрофической кардиомиопатией (ГКМП), ведут к нарушению актин-миозинового взаимодействия, его кальциевой регуляции и гиперсократимости миокарда. Около половины таких мутаций обнаружены в гене MYBPC3, кодирующем сердечный миозин-связывающий белок C (cMyBP-C). Новым подходом для нормализации сократительной функции сердца при ГКМП является использование ингибиторов функции β-сердечного миозина, одним из которых является мавакамтен. Мы исследовали влияние мавакамтена на кальциевую регуляцию актин-миозинового взаимодействия в присутствии N-терминального фрагмента (С0–С2) cMyBP-C с мутацией L352P, используя изолированные сократительные белки сердца в in vitro подвижной системе. Мутация L352P не влияла на максимальную скорость скольжения регулируемых тонких филаментов по миозину в in vitro подвижной системе и кальциевую чувствительность скорости, но приводила к недоингибированию актин-миозинового взаимодействия при низких концентрациях кальция. Мавакамтен снижал максимальную скорость скольжения тонких филаментов в присутствии С0–С2-фрагментов cMyBP-C дикого типа и мутантной формы этого белка (L352P), при этом в присутствии мутированной формы белка при низкой концентрации кальция наблюдалась полная остановка движения актиновых филаментов. Замедление кинетики присоединения поперечных мостиков и ингибирование актин-миозинового взаимодействия при низких концентрациях кальция в присутствии мавакамтена может снижать гиперсократимость при ГКМП и степень гипертрофии миокарда.



Воздействие комбинированного ионизирующего излучения облегчает симптомы поведенческих расстройств и модулирует активность микроглии мозга мышей линии Tau P301S
Аннотация
Таупатии – группа нейродегенеративных заболеваний, патогенез которых связан с аномальным фосфорилированием и агрегацией ассоциированного с микротрубочками тау-белка. В настоящее время патогенетического лечения таупатий не существует, однако процесс нейровоспаления, сопровождающий заболевание, представляется перспективной терапевтической мишенью. Согласно литературным данным, ионизирующее излучение (ИИ) может быть одним из эффективных инструментов управления нейровоспалением. В представленной работе мы исследовали влияние комбинированного ИИ (γ-кванты и ядра 12C) на локомоторные способности и маркеры активации микроглии в мозге мышей линии Tau P301S, представляющих собой трансгенную модель таупатии. Облучение привело к облегчению поведенческих симптомов у мышей: повышению выносливости и усилению двигательной активности на ранней симптоматической и терминальной стадиях заболевания соответственно. В то же время облучение привело к повышению уровня провоспалительных и противовоспалительных цитокинов в мозжечке и в меньшей степени в гиппокампе облучённых животных. Полученные данные свидетельствуют о значимом модулирующем влиянии ИИ на врождённую иммунную систему, а также указывают на высокий потенциал радиотерапии как метода лечения нейродегенерации.



Влияние in situ ограниченного протеолиза Х-вируса картофеля на изменение структуры вирионов, согласно данным малоуглового рентгеновского рассеяния и тритиевого мечения
Аннотация
Вирусные капсиды семейства потексвирусов характеризуются наличием на поверхности вирионов частично неупорядоченных N-концевых фрагментов белков различной протяжённости. Настоящее исследование посвящено изучению влияния in situ удаления N-концевого домена белка оболочки (БО) на структурную организацию и физико-химические свойства вирионов X-вируса картофеля (ХВК). В работе рассматриваются вирионы ХВК, содержащие интактную Ps-форму БО, а также вирионы, включающие in situ деградированную Pf-форму, лишённую 19/21 аминокислотных остатков с N-конца (ХВКΔN). Для изучения применялись методы синхротронного малоуглового рентгеновского рассеяния (МУРР), просвечивающей электронной микроскопии (ПЭМ), тритиевой бомбардировки и ряд других физико-химических методов. Анализ изображений, полученных методом ПЭМ, выявил сходство архитектуры нитевидных вирионов ХВК и ХВКΔN. Результаты МУРР продемонстрировали различия в организации капсидов вирионов ХВК и ХВКΔN: для последних характерно сокращение размеров упорядоченных областей, что свидетельствовало о частичном нарушении структуры белкового каркаса вируса. Кроме того, по кривым рассеяния МУРР были рассчитаны параметры спиральной упаковки вирионов в растворе и выполнено структурное моделирование частиц. Результаты моделирования также указывают на изменения в структуре капсидов вследствие удаления ΔN-пептида. С использованием информации о вторичной структуре модели ХВК (PDB ID: 6R7G) и данных наших предыдущих исследований по тритиевому мечению поверхностных участков вирионов ХВК и ХВКΔN был проведён сравнительный анализ профилей включения метки в элементы вторичной структуры белка. С помощью данного подхода удалось предсказать локализацию ΔN-пептида над остатками аминокислот соседних субъединиц спирали (122–129 и 143–153) и показать стабилизирующее влияние этого пептида на структуру вириона в целом. Увеличение уровня метки в C-концевой области после удаления ΔN-пептида также свидетельствует о снижении компактности вириона. В целом, полученные знания будут полезными при использовании вирусоподобных наночастиц в биотехнологии.



Особенности эндоцитоза GD2-специфичных антител разных форматов в опухолевых клетках
Аннотация
Одним из наиболее перспективных направлений таргетной терапии рака на основе моноклональных антител является использование конъюгатов антител с лекарством (ADC). К настоящему моменту для применения в клинике одобрено 15 препаратов данного класса и более 100 находятся на стадии клинических испытаний. ADC нацеливают на разные опухолевые маркеры, и в том числе на углеводные антигены в составе гликосфинголипидов. Среди них ганглиозид GD2 является наиболее перспективным опухолевым маркером, и в недавних работах показан значительный потенциал применения анти-GD2 ADC. Важными характеристиками маркера, от которых во многом зависит эффективность ADC, являются способность к интернализации рецептора после формирования комплекса антиген–антитело и его попадание в лизосомы клеток. Способность к интернализации и механизмы эндоцитоза комплексов GD2-специфичных антител с GD2 изучены слабо. В данной работе было проведено исследование механизмов интернализации комплексов ганглиозида GD2 и наиболее актуальных для применения GD2-специфичных антител различного формата, включающих полноразмерные антитела, минибоди и scFv-фрагменты. Все использованные варианты антител интернализовались опухолевыми GD2-позитивными клетками и попадали в лизосомальные компартменты. Полноразмерные антитела и минибоди показали высокую эффективность эндоцитоза GD2-позитивными клетками, который реализуется преимущественно за счет механизмов макропиноцитоза и кавеол-опосредованного эндоцитоза. Полученные данные могут быть востребованы для разработки более эффективных таргетных препаратов для лечения GD2-позитивных опухолей.


