De novo sequencing and comparative analysis of two Phalaenopsis orchid tissue-specific transcriptomes


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

In recent years, Phalaenopsis has become a very popular potted flower for the international flower market. The aim of this work was to build a tissue-specific transcriptome to obtain genomic data about the biosynthesis of anthocyanins in Phalaenopsis, compare gene expression levels in different colored Phalaenopsis plants, and to ultimately analyze the anthocyanin biosynthetic pathway in Phalaenopsis. Illumina sequencing technology obtained 888749 and 1057077 sequencing contigs in red and yellow Phalaenopsis buds, respectively. De novo assemblies yielded 51771 unigenes, and 801 differentially expressed genes were obtained using the reads. These included 358 up-regulated and 443 down-regulated genes in the yellow bud compared with the red bud. Many of the identified differentially expressed genes were related to the biosynthesis of anthocyanins. Quantitative real-time PCR confirmed expression levels of key genes and transcription factors involved in anthocyanin biosynthesis in Phalaenopsis were the same as in our dataset. Our findings allowed the deduction of the anthocyanin biosynthetic pathway in Phalaenopsis.

Об авторах

L. Gao

College of Horticulture

Автор, ответственный за переписку.
Email: changweizh@njau.edu.cn
Китай, Nanjing, Jiangsu

D. Jiang

College of Horticulture

Email: changweizh@njau.edu.cn
Китай, Nanjing, Jiangsu

Y. Yang

College of Horticulture

Email: changweizh@njau.edu.cn
Китай, Nanjing, Jiangsu

Y. Li

College of Horticulture

Email: changweizh@njau.edu.cn
Китай, Nanjing, Jiangsu

G. Sun

Zhenjiang Institute of Agricultural Sciences in Hilly Area of Jiangsu Province

Email: changweizh@njau.edu.cn
Китай, Jurong, Jiangsu

Z. Ma

Zhenjiang Institute of Agricultural Sciences in Hilly Area of Jiangsu Province

Email: changweizh@njau.edu.cn
Китай, Jurong, Jiangsu

C. Zhang

College of Horticulture

Email: changweizh@njau.edu.cn
Китай, Nanjing, Jiangsu

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Pleiades Publishing, Ltd., 2016

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».