Совершенствование методов тестирования почвы на выявление спор возбудителя рака картофеля Synchytrium endobioticum с использованием молекулярных методов

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Возбудитель рака картофеля гриб Synchytrium endobioticum (Schilb.) Percival. является ограниченно распространенным карантинным объектом на территории Российской Федерации. Основной путь распространения гриба - зараженные клубни картофеля и различный посадочный материал, содержащий частички почвы, зараженной спорами гриба. Одной из ключевых проблем в выявлении заболевания является применение в лабораторной практике достоверных методов прямого тестирования почвы на выявление покоящихся спор гриба без использования токсичных для персонала химических препаратов. Представлена апробация молекулярных методов диагностики почвы на выявление S. endobioticum методом прямого выделения ДНК гриба из почвенных образцов с использованием набора реагентов «МетаГен/ MetaGen». Идентификацию проводили с использованием набора серии «Фитоскрин» « Synchytrium endobioticum -РВ». Предварительно набор был апробирован с использованием ДНК, выделенной из наростов рака картофеля различными коммерческими наборами. Установлено, что оптимальным методом выделения ДНК из наростов для исследований является использование набора «ФитоСорб-Автомат 48» на роботизированной станции НК Tecan. Проведенные исследования показали, что чувствительность метода прямого выделения ДНК из почвенных образцов различной степени зараженности не уступает методу флотации с использованием четыреххлористого углерода. Данный метод позволяет работать с образцами почвы различных типов, включая торфянистые.

Об авторах

Юлия Владиславовна Цветкова

Всероссийский центр карантина растений (ВНИИКР); Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Автор, ответственный за переписку.
Email: yutska@mail.ru

младший научный сотрудник лаборатории микологии испытательного лабораторного центра, Всероссийский центр карантина растений; аспирант биологического факультета Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова

140150, Российская Федерация, Московская обл., г. Раменское, р.п. Быково, ул. Пограничная, д. 32; 119234, Россия, г. Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 12

Вера Алексеевна Яковлева

Всероссийский центр карантина растений (ВНИИКР)

Email: yakovleva_va@mail.ru

кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник - начальник отдела фитосанитарной биологии

140150, Российская Федерация, Московская обл., г. Раменское, р.п. Быково, ул. Пограничная, д. 32

Список литературы

  1. Braun H. Biologische Spezialisierung bei Synchytrium endobioticum (Schilb.) Perc. Zeitschrift Für Pflanzenkrankheiten (Pflanzenpathologie) Und Pflanzenschutz. 1942; 52(11):481-486.
  2. Hey A. Die Biotypenforschung beim Erreger des Kartoffelkrebses Synchytrium endobioticum (Schilb.) Perc. in Deutschland. Nachrichtenbl. Dtsch. Pflanzenschutzdienst. 1948; 2:1-3.
  3. Hey A. Zur Biotypenfrage des Kartoffelkrebses. Mitt. Biol. Zentralanst. f. Land u. Forstwirtschaft (Berlin-Dahlem). 1953; 75:173-175.
  4. Hey A. Stand und Aussichten der Pflanzenquarantäne im Kartoffelbau. Leipzig: S. Hirzel; 1954.
  5. Baayen RP, Bonthuis H, Withagen JCM, Wander JGN, Lamers JL, Meffert JP, et al. Resistance of potato cultivars to Synchytrium endobioticum in field and laboratory tests, risk of secondary infection, and implications for phytosanitary regulations. EPPO Bulletin. 2005; 35(1):9-23. doi: 10.1111/j.1365-2338.2005.00775.x
  6. Baayen RP, Cochius G, Hendriks H, Meffert JP, Bakker J, Bekker M, et al. History of potato wart disease in Europe - a proposal for harmonisation in defining pathotypes. European Journal of Plant Pathology. 2006; 116:21-31. doi: 10.1007/s10658-006-9039-y
  7. Çakir E, Van Leeuwen GCM, Flath K, Meffert JP, Janssen WAP, Maden S. Identification of pathotypes of Synchytrium endobioticum found in infested fi lds in Turkey. EPPO Bulletin. 2009; 39(2):175-178. doi: 10.1111/j.1365-2338.2009.02285.x
  8. Przetakiewicz J. First report of new pathotype 39(P1) of Synchytrium endobioticum causing potato wart disease in Poland. Plant Disease. 2015; 99(2):285-286. doi: 10.1094/PDIS-06-14-0636-PDN
  9. EPPO Standards. PM 9/5 (2). National regulatory control systems for Synchytrium endobioticum. EPPO Bulletin; 2017.
  10. van de Vossenberg BTLH., van Gent-Pelzer MPE, Boerma M, van der Gouw LP, van der Lee TAJ, Vossen JH. An alternative bioassay for Synchytrium endobioticum demonstrates the expression of potato wart resistance in aboveground plant parts. Phytopathology. 2019; 109(6):1043-1052. doi: 10.1094/PHYTO-01-19-0024-R
  11. Dimitrova L, Laginova M, Becheva A, van Leeuwen GCM. Occurrence of potato wart disease (Synchytrium endobioticum) in Bulgaria: identifi of pathotype(s) present. EPPO Bulletin. 2011; 41(2):195-202. doi: 10.1111/j.1365-2338.2011.02453.x
  12. Vloutoglou I, van Leeuwen GCM, Eleftheriadis E, Sarigkoli I, Simoglou KB, Tsirogiannis D, et al. First report of potato wart disease caused by Synchytrium endobioticum (Schilb.) Perc. in Greece: detection, impacts and pathotype identification. Hellenic Plant Protection Journal. 2015; 8 (S1):9Special issue.
  13. Dorozhkin NA, Sharikov KE. Instruktsiya po opredeleniyu zarazhennosti pochvy rakom kartofelya (Synchytri-um endobioticum (Schilb.) Perc. [Instructions on determining soil infection with potato wart (Synchytrium endobioticum (Schilb.) Perc.)]. Minsk; 1950. (In Russ).
  14. EasyWay product line kits. Available from: https://www.syntol.ru/catalog/nabory-reagentov-dlyavydeleniya-dnk-i-rnk/nabory-reagentov-easyway.html [Accessed 11.03.2020]. (In Russ.)

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать


Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».