Пермский медицинский журнал основан в 1923 году. 1923-1933гг. вышло десять номеров журнала (по 1 выпуску в год). 1934-1994гг. – журнал не издавался как Пермский медицинский. Выходил как Труды Пермского медицинского института (всего 160 тематических и политематических выпусков). С 1994 года вновь выходит как Пермский медицинский журнал (т. 11) по четыре выпуска в год. С 2009 года ежегодно выходит 6 выпусков в год.