Генетическая и морфологическая диверсификации гастропод семейства Baicaliidae

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

На основании сравнения нуклеотидных последовательностей интрона гена α-субъединицы АТФ-синтазы из 11 видов гастропод, принадлежащих к быстро эволюционирующему байкальскому эндемичному семейству Baicaliidae, морфологических описаний этих видов и ранее опубликованных последовательностей митохондриального гена, кодирующего первую субъединицу цитохром с-оксидазы построено филогенетическое древо, объединяющее все признаки. Филогения, основанная на последовательностях интрона, хорошо соответствует морфологическим представлениям. Показано, что сестринские виды обычно имеют сходные субстратные предпочтения. Некоторое несоответствие топологии полученного древа с систематикой основанной на морфологических признаках, вероятно, связано с быстрой морфологической эволюцией моллюсков сем. Baicaliidae.

Об авторах

Мария Владимировна Коваленкова

Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук (ЛИН СО РАН)

Email: kovalenkovam@mail.ru
аспирант, вед. инженер, лаборатория геносистематики беспозвоночных

Татьяна Яковлевна Ситникова

Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук (ЛИН СО РАН)

д. б. н., с. н. с., лаборатория биологии водных беспозвоночных

Дмитрий Юрьевич Щербаков

Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук (ЛИН СО РАН)

Email: sherb@lin.irk.ru
д. б. н., заведуйщий лабораторией геносистематики беспозвоночных

Список литературы

  1. Дарикова Ю. А., Щербаков Д. Ю. (2009) Эволюция интрона гена фосфофруктокиназы у брюхоногих моллюсков семейства Baicaliidae. Молекулярная биология. Т. 43 (5): С. 838-844.
  2. Зубаков Д. Ю., Щербаков Д. Ю., Ситникова Т. Я. (1997) Анализ филогенетических взаимоотношений байкальских эндемичных моллюсков сем. Baicaliidae на основе нуклеотидных последовательностей фрагмента митохондриального гена СО1. Молекулярная биология. Т. 31 (6): С. 32-36.
  3. Кожов М. М. (1936) Моллюски озера Байкал. В кн.: Труды Байкальской лимнологической станции АН СССР. М. 320 с.
  4. Перетолчина Т. Е., Букин Ю. С., Ситникова Т. Я. и др. (2007) Генетическая дифференциация эндемичного байкальского моллюска Baicalia carinata (Mollusca, Caenogastropoda). Генетика. Т. 43 (12): С. 1667-1675.
  5. Перетолчина Т. Е., Ситникова Т. Я., Щербаков Д. Ю. (2008) Эволюционные взаимоотношения между близкородственными видами эндемичных гастропод рода Baicalia (Mollusca, Caenogastropoda). Известия Иркутского государственного университета, Серия «Биология. Экология». Т. 1 (2): С. 67-70.
  6. Ситникова Т. Я. (1991) Новая структура байкальского эндемичного семейства Baicaliidae (Mollusca, Gastropoda, Pectinibranchia). В кн.: Морфология и эволюция беспозвоночных. С. 281-295.
  7. Ситникова Т. Я. (2004) Переднежаберные брюхоногие моллюски (Gastropoda: Prosobranchia) Байкала: морфология, таксономия, формирование фауны. Автореф. дис… докт. биол. наук. СПб. 45 с.
  8. Щербаков Д. Ю. (2003) Сравнительное исследование эволюционных историй букетов видов байкальских беспозвоночных. Автореф. дис… докт. биол. наук. М, 39 с.
  9. Brown J. M., Lemmon A. R. (2007) The importance of data partitioning and the utility of Bayes factors in Bayesian phylogenetics. Systematic Biology. V. 56: P. 643-655.
  10. Darriba D., Taboada G. L., Doallo R., et al. (2012)jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing. Nature Methods. V. 9: P. 772.
  11. Doyle J. J., Doyle J. L. (1987) A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemistry Bulletin. V. 19: P. 11-15.
  12. Feher Z., Albrecht Ch., Major Á., et al. (2012) Extremely low genetic diversity in the endangered striped nerite, Theodoxus transversalis (Mollusca, Gastropoda, Neritidae) - a result of ancestral or recent effects? North-western Journal of zoology. V. 8(2): Р. 300-307.
  13. Felsenstein J. (1989) PHYLIP - Phylogeny Inference Package (Version 3.2). Cladistics. V. 5: P. 164-166.
  14. Freya M. A., Vermeij G. J. (2008) Molecular phylogenies and historical biogeography of a circumtropical group of gastropods (Genus: Nerita): Implications for regional diversity patterns in the marine tropics. Molecular Phylogenetics and Evolution. V. 48: P. 1067-1086.
  15. Guindon S., Gascuel O. (2003) A simple, fast and accurate method to estimate large phylogenies by maximum-likelihood. Systematic Biology. V. 52: P. 696-704.
  16. Hausdorf B., Ropstorf P., Riedel F. (2003) Relationships and origin of endemic Lake Baikal gastropods (Caenogastropoda: Rissooidea) based on mitochondrial DNA sequences. Molecular Phylogenetics and Evolution. V. 26: P. 435-443.
  17. Hedtke S. M., Glaubrecht M., Hillis D. M. (2011) Rare gene capture in predominantly androgenetic species. PNAS. V. 108 (23): P. 9520-9524.
  18. Jarman S. N., Ward R. D., Elliott N. G. (2002) Oligonucleotide primers for PCR amplification of coelomate introns. Marine Biotechnology. V. 4: P. 347-355.
  19. Katoh K., Asimenos G., Toh H. (2009) Multiple Alignment of DNA Sequences with MAFFT. Bioinformatics for DNA Sequence Analysis. In: D. Posada, editor. Methods in Molecular Biology. V. 537: P. 39-64.
  20. Keever C. C., Sunday J., Puritz J. B., et al. (2009) Discordant distribution of populations and genetic variation in sea star with high dispersal potential. Evolution. Vol. 63 (12): P. 3214-3227.
  21. Martens K. (1997) Speciation in ancient lakes. Trends Ecol. Evol. V. 12 (5): P. 177-182.
  22. Martin D. P., Lemey P., Lott M. et al. (2010) RDP3: a flexible and fast computer program for analyzing recombination. Bioinformatics. Vol. 26: P. 2462-2463.
  23. McDonald M. J., Wang W. C., Huang H. D. et al. (2011) Clusters of Nucleotide Substitutions and Insertion/Deletion Mutations Are Associated with Repeat Sequences. PLoS Biology. V. 9 (6).
  24. Michel E. (1994) Why snails radiate: a review of gastropod evolution in long-lived lakes, both recent and fossil. Speciation in Ancient Lakes/Eds. Martens K., Godderis B., Coulter G., Arch. Hydrobiology. Vol. 44: P. 285-317.
  25. Puritz J. B., Addison J. A., Toonen R. J. (2012). Next-Generation Phylogeography: A Targeted Approach for Multilocus Sequencing of Non-Model Organisms. PLoS ONE. V. 7(3).
  26. Rieppel O. (2005) The philosophy of total evidence and its relevance for phylogenetic inference. Papeis Avulsos Zoology. V. 45(8).
  27. Ronquist F., Taslenko M., van dar Mark P., et al. (2012) MrBayes 3.2: efficient Bayesian phylogenetic inference and model choice across a large model space. Systematic Biology. V. 61(3): P. 539-542.
  28. Sitnikova T.Ya., Roepstorf P., Riedel F. (2001) Reproduction, duration, of embryogenesis egg capsules and protoconchs of the family Baicaliidae (Gaenogastropoda) endemic to Lake Baikal. Malacologia. V 43 (1-2): P. 59-85.
  29. Sherbakov D.Yu. (1999) Molecular phylogenetic studies on the origin of biodiversity in Lake Baikal. Trends in Ecology & Evolution. Vol. 14: P. 92-95.
  30. Teske P. R., Rius M., McQuaid Ch. D., et al. (2011) “Nested” cryptic diversity in a widespread marine ecosystem engineer: a challenge for detecting biological invasions. BMC Evolutionary Biology. Vol. 11: P. 176.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Коваленкова М.В., Ситникова Т.Я., Щербаков Д.Ю., 2013

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».