Особенности эволюции митохондриальной ДНК байкальских эндемичных губок. I. Митохондриальный геном Swartschewskia khanaevi

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Определена нуклеотидная последовательность митохондриального генома нового вида губки из байкальского эндемичного семейства Lubomirskiidae – Swartschewskia khanaevi, длина которого составила 26 638 пн. Филогенетический анализ на основе 14 белок-кодирующих митохондриальных генов подтвердил принадлежность описанного недавно нового вида S. khanaevi к роду Swartschewskia. Выявлено увеличение скорости накопления нуклеотидных замен в белок-кодирующих генах у видов рода Swartschewskia относительно других видов семейства Lubomirskiidae. Показано, что для всех исследованных митохондриальных геномов Lubomirskiidae характерно наличие большого количества и разнообразия инвертированных повторов в межгенных районах, что отличает их от других представителей класса Demospongiae.

Об авторах

О. О. Майкова

Лимнологический институт Сибирского отделения
Российской академии наук

Автор, ответственный за переписку.
Email: idboo8@mail.ru
Россия, 664033, Иркутск

Д. Ю. Щербаков

Лимнологический институт Сибирского отделения
Российской академии наук

Email: idboo8@mail.ru
Россия, 664033, Иркутск

Список литературы

  1. Manconi R., Pronzato R. Phylum Porifera // Ecology and General Biology: Thorp and Covich’s Freshwater Invertebrates. Amsterdam: Elsevier, 2015. P. 133–157. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-385026-3.00008-5
  2. Manconi R., Pronzato R. Phylum Porifera // Keys to Palaearctic Fauna: Thorp and Covich’s Freshwater Invertebrates. Amsterdam: Elsevier, 2019. P. 45–87. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-385024-9.00003-4
  3. Bukshuk N.A., Maikova O.O. A new species of Baikal endemic sponges (Porifera, Demospongiae, Spongillida, Lubomirskiidae) // ZooKeys. 2020. V. 906. P. 113–130. https://doi.org/10.3897/zookeys.906.39534
  4. Itskovich V., Gontcharov A., Masuda Y. et al. Ribosomal ITS sequences allow resolution of freshwater sponge phylogeny with alignments guided by secondary structure prediction // J. Mol. Evol. 2008. № 67. P. 608–620.
  5. Maikova O., Khanaev I., Belikov S. et al. Two hypotheses of the evolution of endemic sponges in Lake Baikal (Lubomirskiidae) // J. Zoolog. Syst. Evol. Res. 2015. V. 53. P. 175–179.
  6. Schroder H.C., Efremova S.M., Itskovich V.B. et al. Molecular phylogeny of the freshwater sponges in Lake Baikal // J. Zool. Syst. Evol. Research. 2002. V. 40. P. 1–7.
  7. Yakhnenko A.S., Itskovich V.B. Analysis of mtDNA variability in closely related Baikal sponge species for new barcoding marker development // Limnology. 2020. V. 21. № 1. P. 49–57. https://doi.org/10.1007/s10201-019-00599-7
  8. Itskovich V., Belikov S., Efremova S. et al. Phylogenetic relationships between freshwater and marine Haplosclerida (Porifera, Demospongiae) based on the full length 18S rRNA and partial COXI gene sequences // Porifera Research Biodiversity, Innovation and Sustainability. Rio de Janeiro: Museu Nacional, 2007. P. 1–9.
  9. Maikova O., Sherbakov D., Belikov S. The complete mitochondrial genome of Baikalospongia intermedia (Lubomirskiidae): description and phylogenetic analysis // Mitochondrial DNA. Part B: Resources. 2016. V. 1. P. 569–570. https://doi.org/10.1080/23802359.2016.1172273
  10. Lavrov D.V. Rapid proliferation of repetitive palindromic elements in mtDNA of the endemic Baikalian sponge Lubomirskia baicalensis // Mol. Biol. Evol. 2010. V. 27. P. 757–760.
  11. Ефремова С.М. Губки (Porifera) // Аннотированный список фауны озера Байкал и его водосборного бассейна. Т. 1. Озеро Байкал. Кн. 1. Новосибирск: Наука. 2001. С. 179–192.
  12. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Д. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. М.: Мир, 1984. 480 с.
  13. Katoh K., Toh H. Recent developments in the MAFFT multiple sequence alignment program // Brief Bioinform. 2008. V. 9. P. 286–298.
  14. Ronquist F., Huelsenbeck J.P. MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models // Bioinformatics. 2003. V. 19. P. 1572–1574.
  15. Kalyaanamoorthy S., Minh B.Q., Wong T.K.F. et al. Model Finder: Fast Model Selection for Accurate Phylogenetic Estimates // Nature Methods. 2017. V. 14. P. 587–589.
  16. Lavrov D.V., Maikova O.O., Pett W. et al. Small inverted repeats drive mitochondrial genome evolution in Lake Baikal sponges // Gene. 2012. V. 505. P. 91–99.
  17. Wang X., Lavrov D.V. Seventeen new complete mtDNA sequences reveal extensive mitochondrial genome evolution within the Demospongiae // PLoS One. 2008. V. 3. № 7. P. 1–11.
  18. Eo S.H., De Woody J.A. Evolutionary rates of mitochondrial genomes correspond to diversification rates and to contemporary species richness in birds and reptiles // Proc. Biol. Sci. 2010. V. 277. P. 3587–3592. https://doi.org/10.1098/rspb.2010.0965
  19. Gazave E., Lapebie P., Renard E. et al. Molecular phylogeny restores the supra-generic subdivision of homoscleromorph sponges (Porifera, Homoscleromorpha) // PLoS One. 2010. V. 5. № 12. e14290.
  20. Майкова О.О., Степнова Г.Н., Беликов С.И. Вариабельность некодирующих последовательностей митохондриальной ДНК губок семейства Lubomirskiidae // ДАН (Биохимия и Биофизика). 2012. Т. 442. № 5. С. 709–711.
  21. Lukic-Bilela L., Brandt D., Pojskic N. et al. Mitochondrial genome of Suberites domuncula: Palindromes and inverted repeats are abundant in non-coding regions // Gene. 2008. V. 412. P. 1–11.
  22. Erpenbeck D., Voigt O., Wörheide G. et al. The mitochondrial genomes of sponges provide evidence for multiple invasions by repetitive hairpin-forming elements (RHE) // BMC Genomics. 2009. V. 10. № 591. P. 1–14.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2.

Скачать (42KB)
Метаданные
3.

Скачать (167KB)
Метаданные

© О.О. Майкова, Д.Ю. Щербаков, 2023

Согласие на обработку персональных данных

 

Используя сайт https://journals.rcsi.science, я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных») даю согласие на обработку персональных данных на этом сайте (текст Согласия) и на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика» (текст Согласия).