Mitochondrial Genetic Diversity of Eurasian Otter (Lutra lutra) from European Part of Russia and Transcaucasian Countries

Capa

Citar

Texto integral

Acesso aberto Acesso aberto
Acesso é fechado Acesso está concedido
Acesso é fechado Somente assinantes

Resumo

In this study we examined mitochondrial DNA diversity of Eurasian otter from European part of Russia and Transcaucasian countries and compared it with other European populations. We used a fragment of mtDNA control region (255 bp) and also included previously detected haplotypes from NCBI. Six haplotypes were found in 75 samples from European part of Russia and Transcaucasian countries. Lut1 was the most common haplotype (62.1% of samples), Lut4 was detected in 17.6% of samples, other 4 haplotypes were newly detected. Haplotype diversity for European part of Russia and Transcaucasian countries were h = 0.56 ± 0.054, nucleotide diversity were π = 0.0016 ± 0.002. When we elongated the fragment of mtDNA (820 bp), haplotype (0.85 ± 0.03) and nucleotide diversity (π = 0.002 ± 0.001) were increased and 14 haplotypes were found. Geographic distribution of haplotypes depends neither on region, nor on river system. Central haplotype was detected throughout European part of Russia and Transcaucasian countries, as well as minor haplotypes, observed in lesser number of regions. Therefore, genetic diversity of Eurasian otters from European part of Russia and Transcaucasian countries is higher than in the rest of Europe. Besides, the population structure repeats European pattern with several regional features.

Sobre autores

N. Sokolova

Severtsov Institute of Ecology and Evolution Rassian Academty of Sciencec

Autor responsável pela correspondência
Email: nadezhdasklva@gmail.com
Russia, 119071, Moscow

N. Korablev

Polistovsky National Nature Reserve

Email: nadezhdasklva@gmail.com
Russia, 182840, Pskov oblast, pos. Bezanitsy

P. Korablev

Central-Forest State Nature Biosphere Reserve

Email: nadezhdasklva@gmail.com
Russia, 172521, Tver oblast, pos. Zapovednyi

J. Hernandez-Blanco

Severtsov Institute of Ecology and Evolution Rassian Academty of Sciencec

Email: nadezhdasklva@gmail.com
Russia, 119071, Moscow

G. Kaloyan

Scientific Center of Zoology and Hydroecology of National Academy of Science of Republic Armenia

Email: nadezhdasklva@gmail.com
Armenia, 0014, Yerevan

A. Gyonjyan

Scientific Center of Zoology and Hydroecology of National Academy of Science of Republic Armenia

Email: nadezhdasklva@gmail.com
Armenia, 0014, Yerevan

A. Malkhasyan

World Wildlife Fund, Armenia Office

Email: nadezhdasklva@gmail.com
Armenia, 0019, Yerevan

P. Sorokin

Severtsov Institute of Ecology and Evolution Rassian Academty of Sciencec

Email: nadezhdasklva@gmail.com
Russia, 119071, Moscow

Bibliografia

  1. Гимранов Д.О., Косинцев П.А. Географическое распределение морфотипов зубов речной выдры (Carnivora, Mustelidae, Lutra lutra L., 1758) в Северной Евразии // ДАН. 2012. Т. 443. № 1. С. 130–139. https://doi.org/10.1134/S0012496612020019
  2. http://www.ohotcontrol.ru/resource/number/
  3. Красная книга Российской Федерации. Животные. 2-е изд. М.: ВНИИ Экологии, 2021. 1128 с.
  4. Туманов И.Л. Редкие хищные млекопитающие России (мелкие и средние виды). СПб.: Бранко, 448 с.
  5. Mucci N., Pertoldi C., Madsen A.B. et al. Extremely low mitochondrial DNA control region sequence variation in the otter Lutra lutra population of Denmark // Heredity. 1999. V. 130. № 3. P. 331–336.
  6. Ferrando A., Ponsà M., Marmi J., Domingo-Roura X. Eurasian otters, Lutra lutra, have a dominant mtDNA haplotype from the Iberian Peninsula to Scandinavia // J. Heredity. 2004. V. 95. № 5. P. 430–435. https://doi.org/10.1093/jhered/esh066
  7. Kalz B., Jewgenow K., Fickel J. Structure of an otter (Lutra lutra) population in Germany-results of DNA and hormone analyses from faecal samples // Mamm. Biol. 2006. V. 71. № 6. P. 321–335. https://doi.org/10.1016/j.mambio.2006.02.010
  8. Finnegan L.A., Néill L.Ó. Mitochondrial DNA diversity of the Irish otter, Lutra lutra, population // Conserv. Gen. 2010. V. 11. № 4. P. 1573–1577. https://doi.org/10.1007/s10592-009-9955-4
  9. Lanszki J., Hidas A., Szentes K. et al. Genetic structure of otter (Lutra lutra) populations from two fishpond systems in Hungary // Mamm. Biol. 2010. V. 75. № 5. P. 447–450. https://doi.org/10.1016/j.mambio.2009.09.006
  10. Stanton D.W.G., Hobbs G.I., Chadwick E.A. et al. Mitochondrial genetic diversity and structure of the European otter (Lutra lutra) in Britain // Conserv. Gen. 2009. V. 10. № 3. P. 733–737. https://doi.org/10.1007/s10592-008-9633-y
  11. Mucci N., Arrendal J., Ansorge H. et al. Genetic diversity and landscape genetic structure of otter (Lutra lutra) populations in Europe // Conserv. Gen. 2010. V. 11. № 2. P. 583–599. https://doi.org/10.1007/s10592-010-0054-3
  12. Geboes A.L., Rosoux R., Lemarchand C. et al. Genetic diversity and population structure of the Eurasian otter (Lutra lutra) in France // Mamm. Res. 2016. V. 61. № 2. P. 121–129. https://doi.org/10.1007/s13364-015-0258-5
  13. Honnen A.C., Roos A., Stjernberg T., Zachos F.E. Genetic analysis of Eurasian otters (Lutra lutra) reveals high admixture in Finland and pronounced differentiation in Sweden // Mamm. Biol. 2015. V. 80. № 1. P. 47–53. https://doi.org/10.1016/j.mambio.2014.09.005
  14. Jo Y.S., Won C.M., Jung J. Testing microsatellite loci and preliminary genetic study for Eurasian otter in South Korea // J. Spec. Research. 2012. V. 1. № 2. P. 240–248. https://doi.org/10.12651/JSR.2012.1.2.240
  15. Cassens I., Tiedeman R., Suchentrunk F., Hartle G.B. Brief communication. mitochondrial DNA variation in the European otter (Lutra lutra) and the use of spatial autocorrelation analysis in conservation // J. Hered. 2000. V. 91. № 1. P. 31–35. https://doi.org/10.1093/jhered/91.1.31
  16. Рожнов В.В., Ячменникова А.А., Найденко С.В. и др. Мониторинг переднеазиатского леопарда и других крупных кошек. М.: Тов-во науч. изд. КМК, 2018. 121 с.
  17. Bandelt H.J., Forster P., Röhl A. Median-joining networks for inferring intraspecific phylogenies // Mol. Biol. Evol. 1999. V. 16. № 1. P. 37–48. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026036
  18. Leigh J.W., Bryant D. PopART: Full-feature software for haplotype network construction // Methods Ecol. Evol. 2015. V. 6. № 9. P. 1110–1116 https://doi.org/10.1111/2041-210X.12410
  19. Excoffier L., Lischer H.E.L. Arlequin suite ver. 3.5: A new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows // Mol. Ecol. Res. 2010. V. 10. P. 564–567.
  20. Pérez-Haro M., Vinas J., Manas F. et al. Genetic variability in the complete mitochondrial control region of the Eurasian otter (Lutra lutra) in the Iberian Peninsula // Biol. J. Linnean Soc. 2005. V. 86. № 4. P. 397–403.
  21. Sommer R., Benecke N. Late and post glacial history of the Mustelidae in Europe // Mamm. Rev. 2004. V. 34. № 4. P. 249–284.
  22. Данилов П.И., Туманов И.Л. Куньи Северо-Запада СССР. Л.: Наука, 1976. 256 с.
  23. Гептнер В.Г., Наумов Н.П., Юргенсон П.Б. Млекопитающие СССР. Т. 2. Морские коровы и хищные. М.: Высш. шк., 1967. С. 553–584.
  24. Барышников Г.Ф., Пузаченко А.Ю. Краниометрическая изменчивость речной выдры (Lutra lutra: Carnivora: Mustelidae) в Cеверной Евразии // Тр. ЗИН РАН. 2012. Т. 316. № 3. С. 203–222. https://doi.org/10.31610/trudyzin/2012.316.3.203

Arquivos suplementares

Arquivos suplementares
Ação
1. JATS XML
2.

Baixar (318KB)
3.

Baixar (1MB)
4.

Baixar (281KB)
5.

Baixar (352KB)

Declaração de direitos autorais © Н.А. Соколова, Н.П. Кораблев, П.Н. Кораблев, Х.А. Эрнандес-Бланко, Г.А. Калоян, А.А. Гёнджян, А.Г. Малхасян, П.А. Сорокин, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».