Distribution Peculiarities of Y-Chromosome Haplogroups in the Population of St. Petersburg in Connection with the Problem of Creation Reference Data Bases

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

In the sample of male residents of St. Petersburg, Y-chromosome haplogroups were determined by genotyping 18 STR Y-chromosome (DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS19, DYS385A, DYS385B, DYS456, DYS437, DYS438, DYS447, DYS448, DYS449, DYS391, DYS392, DYS393, DYS439, DYS635 and DYS576) and data on genetic demography were collected by means of a questionnaire. The distribution of Y-chromosome haplogroups in St. Petersburg residents generally corresponds to the published data on Russian gene pool, with the most frequent haplogroups R1a, R1b, E1b1b1, N, T, I1, I2, J1 and J2, and with the predominance of haplogroup R1a. The presence of “southern by origin” haplogroups (C3, G2a, G2c, J1, J2, L, O2, O3, Q, R2 and T) entering the megalopolis with a flow of migrants, with a total frequency of 16% (in Moscow – 18.1%) was noted. A comparative analysis of the frequency distributions of Y-chromosome haplogroups in residents of St. Petersburg and Moscow revealed statistically significant differences in the frequency of haplogroup E1b1b1, and differences in the ratio of I1 and I2, determined by geographic position. Based on the survey data, a sample of Russian men who had no ancestors of another ethnicity in the male line in the two previous generations was formed. Significant differences in the frequency of “southern-origin” haplogroups were established between the initial sample of residents of St. Petersburg (16%) and the sample of men with Russian ancestors in two previous generations (4.1%). The obtained result confirms the spectrum of haplogroups of “southern origin” as penetrating into the gene pool of the population of a megalopolis with migrant flows and indicates the need for genetic and demographic questionnaires when forming reference databases for a megalopolis, as well as for their timely updating due to changes in the gene pool under the influence of migration.

About the authors

I. G. Udina

Vavilov Institute of General Genetics, Russian Academy of Sciences

Author for correspondence.
Email: irina_udina@mail.ru
Russia, 119991, Moscow

A. S. Gracheva

Vavilov Institute of General Genetics, Russian Academy of Sciences; Negovsky Research Institute of General Reanimatology, Federal Research and Clinical Center of Intensive Care Medicine
and Rehabilitology

Email: irina_udina@mail.ru
Russia, 119991, Moscow; Russia, 107031, Moscow

S. A. Borinskaya

Vavilov Institute of General Genetics, Russian Academy of Sciences

Email: irina_udina@mail.ru
Russia, 119991, Moscow

O. L. Kurbatova

Vavilov Institute of General Genetics, Russian Academy of Sciences

Email: irina_udina@mail.ru
Russia, 119991, Moscow

References

  1. Юсупов Ю.М., Балановская Е.В., Сабитов Ж.М., Балановский О.П. Комплексные исследования этногенеза: союз геногеографии и этнографии // Вестник антропологии. 2017. Т. 38. № 2. С. 28–35.
  2. Hammer M.F., Chamberlain V.F., Kearney V.F. et al. Population structure of Y chromosome SNP haplogroups in the United States and forensic implications for constructing Y chromosome STR databases // Forensic Sci. Int. 2006. V. 1. № 164(1). P. 45–55. https://doi.org/10.1016/j.forsciint.2005.11.013
  3. Grugni V., Battaglia V., Hooshiar Kashani B. et al. Ancient migratory events in the Middle East: new clues from the Y chromosome variation of modern Iranians // PLoS One. 2012. V. 7(7). https://doi.org/10.1371/journal.pone.0041252
  4. Caputo M., Sala A., Corach D. Demand for larger Y‑STR reference databases in ethnic melting-pot countries: Argentina as a test case // Int. J. Legal Med. 2019. V. 133 № 5. P. 1309–1320. https://doi.org/10.1007/s00414-019-02012-5
  5. Курбатова О.Л., Победоносцева Е.Ю., Веремейчик В.М. и др. Особенности генетико-демографических процессов в населении трех мегаполисов в связи с проблемой создания генетических баз данных // Генетика. 2013. Т. 49. № 4. С. 513–522. https://doi.org/10.7868/S0016675813040085
  6. Цыбовский И.С., Веремейчик В.М., Котова С.А. и др. Создание судебной референтной базы данных по 18 аутосомным STR для ДНК-идентификации в Республике Беларусь // Генетика. 2017. Т. 53. № 2. С. 249–258. https://doi.org/10.7868/S0016675817020138
  7. Курбатова О.Л., Янковский Н.К. Миграция – основной фактор популяционной динамики городского населения России // Генетика. 2016. Т. 52. № 7. С. 831–851. https://doi.org/10.7868/S0016675816070067
  8. de Knijff P. On the forensic use of Y chromosome polymorphisms // Genes (Basel). 2022. V. 17. № 13(5). https://doi.org/10.3390/genes13050898
  9. Курбатова О.Л., Удина И.Г., Грачева А.С. и др. Генетико-демографические параметры населения г. Санкт-Петербурга. Миграционные процессы // Генетика. 2019. Т. 55. № 9. С. 1071–1082. https://doi.org/10.1134/S001667581909008X
  10. Курбатова О.Л., Грачева А.С., Победоносцева Е.Ю., Удина И.Г. Генетико-демографические параметры населения г. Москвы. Миграционные процессы // Генетика. 2021. Т. 56. № 12. С. 438–1449. https://doi.org/31857/S0016675821120080
  11. Понарин Э.Д., Алмакаева А.М., Немировская А.В., Ильченко Н.А. Обзор российских регионов ЛССИ. Москва: ВШЭ, 2012. 121 с. // Свидетельство о регистрации базы данных 2021620200, 02.02.2021. Заявка № 2020622484 от 02.12.2020.
  12. Гуреев А.С., Ананьева Е.Д., Рубанович А.В. и др. Ассоциация UVNTR-аллелей гена MAOA с субъективной оценкой благополучия у мужчин // Генетика. 2018. Т. 54. № 5. С. 556–562. https://doi.org/10.7868/S0016675818050065
  13. Inglehart R.F., Borinskaya S., Cotter A. et al. Genetic factors, cultural predispositions, happiness and gender equality // J. of Res. in Gender Studies. 2014. V. 4(1). P. 32–100.
  14. Whit Athey’s Haplogroup Predictor. [Электронный ресурс]. Режим доступа: http://www.hprg.com/hapest6/ hapest6G2a/hapest6.htm?order=orig
  15. Удина И.Г., Грачева А.С., Курбатова О.Л. Частоты гаплогрупп Y-хромосомы и процессы миграции в трех поколениях жителей Москвы // Генетика. 2022. Т. 58. № 11. С. 1325–1333. https://doi.org/10.31857/S001667582110121
  16. Балановская Е.В., Балановский О.П. Русский генофонд на Русской равнине. М.: Луч, 2007. 416 с.
  17. Ближневосточные гаплогруппы J1, J2, E1b1b1, G2a, T и др. Описание и связь с археологическими культурами. [Электронный ресурс]. Режим доступа: http://haplogroup.narod.ru/eur_hap2.html
  18. Карта географического распространения гаплогрупп Y-хромосомы на территории Евразии. [Электронный ресурс]. Режим доступа: https://pp.vk.me/ bu05HtNeinmUcGTLgwGE0Asv1Z0Xa-wlcEtYHg/nI-BfaaxxKUQ.jpg
  19. Гаплогруппы коренных древних европейцев, гаплогруппа I, I1 и I2 у народов Европы. [Электронный ресурс]. Режим доступа: http://haplogroup.narod.ru/ineurope.html
  20. Курбатова О.Л., Победоносцева Е.Ю., Удина И.Г., Грачева А.С. МЕГАПОЛИС–ДНК–1Р. Свидетельство о регистрации базы данных 2021620596, 29.03.2021. Заявка № 2021620445 от 19.03.2021.
  21. Курбатова О.Л., Победоносцева Е.Ю., Удина И.Г. и др. МЕГАПОЛИС-ДНК-2Р // Свидетельство о регистрации базы данных 2021620610, 30.03.2021. Заявка № 2021620452 от 19.03.2021.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
2.

Download (70KB)

Copyright (c) 2023 И.Г. Удина, А.С. Грачева, С.А. Боринская, О.Л. Курбатова

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».