Sequencing and annotation of the chloroplast genome of Triticum timonovum Heslot et Ferrary

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

The chloroplast genome of the synthetic octaploid Triticum timonovum Heslot et Ferrary k-43065 (France) was sequenced for the first time. Plastome sequencing was carried out on a Genolab M sequencer (GeneMind, China). The genome assembly was carried out using the NOVOwrap program. The size of the chloroplast genome of T. timonovum was 136158 bp. Meanwhile, the length of the inverted repeat region was 21552 bp, the SSC region was 12795 bp. and LSC – 80257 bp. The chloroplast genomes of T. timonovum and different T. timopheevii accessions from the GenBank database were compared. As for the chloroplast genome, T. timonovum was closer to T. timopheevii (AB976560.1), but differed from it by the presence of one insert A at position 47891.

Full Text

Restricted Access

About the authors

А. R. Kuluev

Institute of Biochemistry and Genetics - Subdivision of the Ufa Federal Research Centre of the Russian Academy of Sciences

Author for correspondence.
Email: kuluev@bk.ru
Russian Federation, 450054, Ufa

R. T. Matniyazov

Institute of Biochemistry and Genetics - Subdivision of the Ufa Federal Research Centre of the Russian Academy of Sciences

Email: kuluev@bk.ru
Russian Federation, 450054, Ufa

B. R. Kuluev

Institute of Biochemistry and Genetics - Subdivision of the Ufa Federal Research Centre of the Russian Academy of Sciences

Email: kuluev@bk.ru
Russian Federation, 450054, Ufa

L. Yu. Privalov

Institute of Biochemistry and Genetics - Subdivision of the Ufa Federal Research Centre of the Russian Academy of Sciences

Email: kuluev@bk.ru
Russian Federation, 450054, Ufa

A. V. Chemeris

Institute of Biochemistry and Genetics - Subdivision of the Ufa Federal Research Centre of the Russian Academy of Sciences

Email: kuluev@bk.ru
Russian Federation, 450054, Ufa

References

  1. Heslot H., Raymond R. Obtention experimentale d’un autotetraploide aberrant (Triticum timonovum) a partir de Triticum timopheevi Zhuk. // Compt. Rend. Hebd. Séances Acad. Sci. 1959. V. 248. P. 452–455.
  2. Мурашёв В.В., Морозова З.А. Сравнительный морфогенез Triticum timopheevii (Zhyk.) и синтезированного октоплоидного вида T. timonovum Heslot еt Ferrary // Вест. Моск. у-та. Серия 16. 2008. T. 63. № 3. C. 127–133.
  3. Badaeva E.D., Badaev N.S., Filatenko A.A. et al. Cytological investigation of cereal, hexa- and octoploid species containing G genome // Genetika (Mos.). 1990. V. 26. № 4. P. 708–716.
  4. Badaeva E.D., Filatenko A.A., Badaev N.S. Cytogenetic investigation of Triticum timopheevii (Zhuk.) Zhuk. and related species using the C-banding technique // Theor. Appl. Genet. 1994. V. 89. P. 622–628.
  5. Shi C., Hu N., Huang H. et al. An improved chloroplast DNA extraction procedure for whole plastid genome sequencing // PLoS One. 2012. V. 7. № 2. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0031468
  6. Bolger A.M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: A flexible trimmer for Illumina sequence data // Bioinformatics. 2014. V. 30. P. 2114–2120. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170
  7. Wu P., Xu C., Chen H. et al. NOVOWrap: An automated solution for plastid genome assembly and structure standardization // Mol. Ecol. Resour. 2021. V. 21. № 6. P. 2177–2186. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13410
  8. Shi L., Chen H., Jiang M. et al. CPGAVAS2, an integrated plastome sequence annotator and analyzer // Nucl. Ac. Res. 2019. V. 47. P. W65–W73. https://doi.org/10.1093/nar/gkz345
  9. Zheng S., Poczai P., Hyvönen J. et al. Chloroplot: An online program for the versatile plotting of organelle genomes // Front Genet. 2020. V. 11. https://doi.org/10.3389/fgene.2020.576124
  10. Katoh K., Standley D.M. MAFFT multiple sequence alignment software version 7: Improvements in performance and usability // Mol. Biol. Evol. 2013. V. 30. № 4. P. 772–780. https://doi.org/10.1093/molbev/mst010
  11. Han M.V., Zmasek C.M. phyloXML: XML for evolutionary biology and comparative genomics // BMC Bioinformatics. 2009. V. 10. P. 1–6. https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-356
  12. Mori N., Kondo Y., Ishii T. et al. Genetic diversity and origin of timopheevi wheat inferred by chloroplast DNA fingerprinting // Bred. Sci. 2009. V. 59. P. 571–578. https://doi.org/10.1270/jsbbs.59.571
  13. Gogniashvili M., Naskidashvili P., Bedoshvili D. et al. Complete chloroplast DNA sequences of Zanduri wheat (Triticum spp.) // Genet. Resour. Crop. Evol. 2015. V. 62. P. 1269–1277. https://doi.org/10.1007/s10722-015-0230-x

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2. Fig. 1. a is a visual representation in the form of a ring of the sequenced chloroplast genome of T. timonovum k-43065. The genes are displayed in different colors, the blue circle in the middle shows the GC level. IRA is the inverted repeat region A, IRB is the inverted repeat region B. Genes located outside the outer circle are transcribed clockwise, and genes located inside are transcribed counterclockwise. b is a phylogenetic tree based on the alignment of nucleotide sequences of chloroplast genomes of various T. timopheevii samples from GenBank, T. turgidum MG958546.1 and T. timonovum k-43065. The Secale cereale subsp is presented as an appearance. segetale (MZ507427.1).

Download (597KB)
Indexing metadata

Copyright (c) 2024 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».