Test System for Amplification of the Complete Mitochondrial Genome of Siberian Sturgeon (Acipenser baerii)

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

A PCR system for amplification of the complete mitochondrial genome of the Siberian sturgeon (Acipenser baerii) has been developed, allowing to obtain six overlapping amplicons for sequencing by the NGS method. DNA sequencing of 24 representatives of aquacultured Siberian sturgeon of the Lena origin was carried out. The data on the extremely low diversity of mtDNA in the Lena sturgeon bred in aquaculture conditions have been confirmed. Heteroplasmic regions have been detected in all sequenced samples.

About the authors

N. V Bardukov

Federal Research Center for Animal Husbandry named after Academy Member L.K. Ernst

Dubrovitsy, Moscow Region, Russia

N. B Pisarenko

Federal Research Center for Animal Husbandry named after Academy Member L.K. Ernst

Dubrovitsy, Moscow Region, Russia

A. K Nikipelova

Federal Research Center for Animal Husbandry named after Academy Member L.K. Ernst

Dubrovitsy, Moscow Region, Russia

V. I Nikipelov

Federal Research Center for Animal Husbandry named after Academy Member L.K. Ernst

Dubrovitsy, Moscow Region, Russia

A. N Rodionov

Federal Research Center for Animal Husbandry named after Academy Member L.K. Ernst

Dubrovitsy, Moscow Region, Russia

A. V Dotsev

Federal Research Center for Animal Husbandry named after Academy Member L.K. Ernst

Dubrovitsy, Moscow Region, Russia

M. E Romazeva

Federal Research Center for Animal Husbandry named after Academy Member L.K. Ernst

Dubrovitsy, Moscow Region, Russia

A. A Belous

Federal Research Center for Animal Husbandry named after Academy Member L.K. Ernst; All-Russian Research Institute of Integral Fish Farming – Branch of the Federal Research Center for Animal Husbandry named after Academy Member L.K. Ernst

Email: belousa663@gmail.com
Dubrovitsy, Moscow Region, Russia

P. I Otradnov

Federal Research Center for Animal Husbandry named after Academy Member L.K. Ernst

Dubrovitsy, Moscow Region, Russia

N. A Zinovieva

Federal Research Center for Animal Husbandry named after Academy Member L.K. Ernst

Dubrovitsy, Moscow Region, Russia

References

  1. Рубан Г.И. Адаптивные эколого-морфологические особенности сибирского осетра (Acipenser baerii Brandt) // Биология внутренних вод. 2019. № 2–1. С. 71–78. https://doi.org/10.1134/S032096521902013X
  2. Malyutin V.S. On the history of fish husbandry of Siberian sturgeon Acipenser baerii from the Lena river for acclimatization and commercial cultivation // J. Ichthyology. 2009. V. 49. № 5. P. 376–382. https://doi.org/10.1134/S0032945209050038
  3. Рубан Г.И. Сибирский осетр Acipenser baerii Brandt: структура вида и экология // Ин-т проблем экол. и эвол. им. А.Н. Северцова РАН. М.: Изд-во ГЕОС, 1999. 236 с.
  4. Электронный ресурс: http://aquacultura.org/science/genetic-research/
  5. Greaves L.C., Reeve A.K., Taylor et al. Mitochondrial DNA and disease // Journal of Pathology. 2012. V. 226. № 2. P. 274–286. https://doi.org/10.1002/path.3028
  6. Moritz C., Dowling T.E., Brown W.M. Evolution of ani-mal mitochondrial DNA: Relevance for population biology and systematic // Annual Rev. Ecol., Evol., and Systematics. 1987. V. 18. P. 269–292.
  7. Liu J., Tan C., Xiao K. et al. The complete mitochondrial genome of Dabry's sturgeon (Acipenser dabryanus) // Mitochondrial DNA B Resour. 2017. V. 2. № 1. P. 54–55. https://doi.org/10.1080/23802359.2017.1280698
  8. Nedoluzhko A.V., Sharko F.S., Tsygankova S.V. et al. Molecular phylogeny of one extinct and two critically endangered Central Asian sturgeon species (genus Pseudoscaphirhynchus) based on their mitochondrial genomes // Scientific Report. 2020. V. 10. № 722. https://doi.org/10.1038/s41598-020-57581-y
  9. Ludwig А., Belfiore N.M., Pitrа C. et al. Genome duplicаtion events аnd functionаl reduction of ploidy levels in sturgeon (Аcipenser, Huso аnd Scаphirhynchus) // Genetics. 2001. V. 158. P. 1203–1215.
  10. Мюге Н.С., Барминцева А.Е., Расторгуев С.М. и др. Полиморфизм контрольной области митохондриальной ДНК у восьми видов осетровых и разработка системы идентификации видов на основе ДНК // Генетика. 2008. Т. 44. С. 913–919. https://doi.org/10.1134/S1022795408070065
  11. Jenneckens I., Meyer J.N., Debus L. et al. Evidence of mitochondrial DNA clones of Siberian sturgeon, Acipenser baerii, within Russian sturgeon, Acipenser gueldenstaedtii, caught in the River Volga // Ecology Letters. 2000. V. 3. P. 503–508. https://doi.org/10.1046/j.1461-0248.2000.00179.x
  12. Dadkhah K., Mianji G.R., Barzegar A. et al. Characterization of the mitochondrial Huso huso genome and new aspects of its organization in the presence of tandem repeats in 12S rRNA // BMC Ecology and Evolution. 2023. V. 23. № 55. https://doi.org/10.1186/s12862-023-02166-2
  13. Hu Q., Pan Y., Xia H. et al. Species Identification of Caviar Based on Multiple DNA Barcoding // Molecules. 2023. V. 28. № 13. https://doi.org/10.3390/molecules28135046
  14. Chen X.W., Jiang S., Shi Z.Y. et al. Mitochondrial genome of the Siberian sturgeon Acipenser baerii // Mitochondrial DNA. 2012. V. 23. № 2. P. 120–122. https://doi.org/10.3109/19401736.2011.653804
  15. Andrews S. FastQC: A quality control tool for high throughput sequence data. 2010. Available online t: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc
  16. Ewels P., Magnusson M., Lundin S. et al. MultiQC: Summarize analysis results for multiple tools and samples in a single report // Bioinformatics. 2016. V. 32. № 19. P. 3047–3048. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw354
  17. Li H. Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM // Genomics. 2013. https://doi.org/10.48550/arXiv.1303.3997
  18. Danecek P., Bonfield J.K., Liddle J. et al. Twelve years of SAMtools and BCFtools // GigaScience. 2021. V. 10. № 12. https://doi.org/10.1093/gigascience/giab008
  19. Li H. A statistical framework for SNP calling, mutation discovery, association mapping and population genetical parameter estimation from sequencing data // Bioinformatics. 2011. V. 27. № 21. P. 2987–2993.
  20. Li H. Tabix: Fast retrieval of sequence features from generic TAB-delimited files // Bioinformatics. 2011. V. 27. P. 718–719. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq671
  21. Thorvaldsdottir H., Robinson J., Mesirov J. Integrative genomics viewer (Igv): High-performance genomics data visualization and exploration // Briefings in Bioinformatics. 2012. V. 14. № 3. P. 178–192. https://doi.org/10.1093/bib/bbs017
  22. Барминцева А.Е., Мюге Н.С. Генетический полиморфизм сибирского осетра Acipenser baerii Brandt, 1869 в аквакультуре // Генетика. 2018. Т. 54. № 2. С. 216–223.
  23. Барминцева А.Е., Мюге Н.С. Природный генетический полиморфизм и филогеография сибирского осетра Acipenser baerii Brandt, 1869 // Генетика. 2017. Т. 53. № 3. С. 345–355.
  24. Ludwig A., May B., Debus L. et al. Heteroplasmy in the mtDNA control region of sturgeon (Acipenser, Huso and Scaphirhynchus) // Genetics. 2000. V. 156. № 4. P. 1933–1947. https://doi.org/10.1093/genetics/156.4.1933
  25. Водолажский Д.И. Гипервариабельность региона D-петли митохондриальной ДНК русского осетра Acipenser gueldenstaedtii (Acipenseriformes, Acipenseridae) // Вопросы ихтиологии. 2008. Т. 48. № 2. С. 266–275.
  26. Корниенко И.В., Чеботарев Д.А., Махоткин М.А. и др. Терминация репликации и механизмы гетероплазмии митохондриальных ДНК у осетровых рыб // Молекулярная биология. 2019. Т. 53. № 1. С. 53–63. https://doi.org/10.1134/S0026898419010063

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2025 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».