Влияние микрогравитации на кристаллизацию кардиотоксина из яда очковой кобры Naja naja

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Кардиотоксины, относящиеся к семейству трехпетельных токсинов, – основные компоненты яда кобр, проявляющие различные виды биологической активности, включая антимикробную и цитотоксическую, в отношении раковых клеток. Данные о минимальных структурных различиях индивидуальных токсинов необходимы для понимания молекулярных механизмов их действия. Такая информация может быть получена методом рентгеноструктурного анализа высокого разрешения. Исследованы влияние микрогравитации на кристаллическую упаковку и дифракционное качество кристаллов кардиотоксина кобры Naja naja. При кристаллизации на Международной космической станции получены кристаллы, позволяющие получить максимально высокое разрешение для структуры данного токсина. Белок кристаллизовался исключительно в гексагональной пространственной группе, тогда как больше половины кристаллов, полученных в лабораторных условиях, принадлежало к ромбической сингонии.

Об авторах

К. М. Дубова

Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”; Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника” РАН

Email: lera@crys.ras.ru
Россия, Москва; Россия, Москва

П. В. Дубовский

Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН

Email: lera@crys.ras.ru
Россия, Москва

Ю. Н. Уткин

Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН

Email: lera@crys.ras.ru
Россия, Москва

В. Р. Самыгина

Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”; Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника” РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: lera@crys.ras.ru
Россия, Москва; Россия, Москва

Список литературы

  1. Khalil A., Elesawy B.H., Ali T.M. et al. // Molecules. 2021. V. 26. P. 4941. https://doi.org/10.3390/molecules26164941
  2. Dubovskii P.V., Efremov R.G. // Expert Rev. Proteomics. 2018. V. 15. P. 873. https://doi.org/10.1080/14789450.2018.1537786
  3. Kalita B., Utkin Y.N., Mukherjee A.K. // Toxins (Basel). 2022. V. 14. P. 839. https://doi.org/10.3390/toxins14120839
  4. Joubert F.J. // Eur. J. Biochem. 1977. V. 74. P. 387. https://doi.org/10.1111/j.1432-1033.1977.tb11403.x
  5. Gayatri S., Gorai B., Sivaraman T. // Res. J. Pharm. Biol. Chem. Sci. 2016. V. 7. P. 936.
  6. Konshina A.G., Dubovskii P.V., Efremov R.G. // Curr. Protein Pept. Sci. 2012. V. 13 (6). P. 570.
  7. Дубовский П.В., Уткин Ю.Н. // Acta Naturae. 2014. Т. 6. № 3. С. 12.
  8. Chien K.Y., Chiang C.M., Hseu Y.C. // J. Biol. Chem. 1994. V. 269. P. 14473.
  9. Dubovskii P.V., Ignatova A.A., Alekseeva A.S. // Toxins. 2022. V. 15. P. 6. https://doi.org/10.3390/toxins15010006
  10. Dubovskii P.V., Dubova K.M., Bourenkov G. et al. // Toxins. 2022. V. 14. P. 149. https://doi.org/10.3390/toxins14020149
  11. Luna A., Meisel J., Hsu K. et al. // NPJ Microgravity. 2020. V. 6. P. 12. https://doi.org/10.1038/s41526-020-0102-3
  12. Shabalin I.G., Serov A.E., Skirgello O.E. et al. // Crystallography Reports. 2010. V. 55 P. 806. https://doi.org/10.1134/S1063774510050159
  13. Timofeev V., Samygina V. // Crystals. 2022. V. 13. P. 71. https://doi.org/10.3390/cryst13010071
  14. Esposito L., Sica F., Sorrentino G. et al. // Acta Cryst. D. 1998. V. 54. P. 386. https://doi.org/10.1107/s0907444997011992
  15. Dubova K.M., Sokolov A.V., Gorbunov N.P. et al. // Crystallography Reports. 2018. V. 63. P. 951. https://doi.org/10.1134/S1063774518060111
  16. Tanaka H., Inaka K., Sughiyama Sh. // J. Synchrotron Rad. 2004. V. 11. P. 45. https://doi.org/10.1107/S0909049503023446
  17. Takahashi S., Tsurumura T., Aritake K. et al. // Acta Cryst. F. 2010. V. 66. P. 846. https://doi.org/10.1107/S1744309110020828
  18. Boyko K.M., Timofeev V.I., Samygina V.R. et al. // Crystallography Reports. 2016. V. 61. № 5. P. 718. https://doi.org/10.1134/S1063774516050059
  19. Kabsch W. // Acta Cryst. D. 2010. V. 66. P. 133. https://doi.org/10.1107/S0907444909047374
  20. Evans P.R., Murshudov G.N. // Acta Cryst. D. 2013. V. 69. P. 1204. https://doi.org/10.1107/S0907444913000061
  21. Agirre J., Atanasova M., Bagdonas H. et al. // Acta. Cryst. D. 2023. V. 79. P. 449. https://doi.org/10.1107/ S2059798323003595
  22. Schrödinger L., DeLano W. 2020. PyMOL. http://www.pymol.org/pymol
  23. Chruszcz M., Potrzebowski W., Zimmerman M.D. et al. // Protein Sci. 2008. V. 17. P. 623. http://www.proteinscience.org/cgi/doi/ 10.1110/ps.073360508
  24. Shabalin I.G., Tikhonova T.V., Polyakov K.M. et al. // EMBL Annual. 2007. Rep. 2. P. 109.
  25. Eistrikh-Heller P.A., Rubinsky S.V., Samygina V.R. et al. // Crystallography Reports. 2021. V. 66. P. 777. https://doi.org/10.1134/S1063774521050059
  26. Inaka K., Takahashi S., Aritake K. et al. // Cryst. Growth Des. 2011. V. 11. P. 2107. https://doi.org/10.1021/cg101370v
  27. Rahman R.N., Ali M.S., Leow T.C. et al. // Gravitational and Space Biology. 2010. V. 23. P. 89.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2.

Скачать (181KB)
3.

Скачать (415KB)
4.


© Российская академия наук, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».