Application of the Crystal Structure of the SARS-CoV-2 Spike Protein for the Development of a Peptide Vaccine against Virus

A. S. Ivanovsky; Ивановский А. С.; I. A. Kolesnikov; Колесников И. А.; Yu. V. Kordonskaya; Кордонская Ю. В.; A. V.  Ermakov; Ермаков А. В.; M. A. Marchenkova; Марченкова М. А.; V. I. Timofeev; Тимофеев В. И.; Yu. V. Pisarevsky; Писаревский Ю. В.; Yu. A. Dyakova; Дьякова Ю. А.; M. V. Kovalchuk; Ковальчук М. В.

doi:10.31857/S0023476123600349

Применение кристаллической структуры спайкового белка SARS-CoV-2 для разработки пептидной противовирусной вакцины

Авторы: Ивановский А.С.¹, Колесников И.А.², Кордонская Ю.В.²^,1, Ермаков А.В.², Марченкова М.А.²^,1, Тимофеев В.И.²^,1, Писаревский Ю.В.¹^,2, Дьякова Ю.А.², Ковальчук М.В.²^,1
Учреждения:
1. Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника РАН”
2. Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
Выпуск: Том 68, № 6 (2023)
Страницы: 955-958
Раздел: КРИСТАЛЛОГРАФИЯ В БИОЛОГИИ И МЕДИЦИНЕ
URL: https://journal-vniispk.ru/0023-4761/article/view/231845
DOI: https://doi.org/10.31857/S0023476123600349
EDN: https://elibrary.ru/ABZIFA
ID: 231845

Цитировать

Полный текст

Аннотация
Об авторах
Список литературы
Дополнительные файлы
Статистика

Аннотация

На основе спайкового белка вируса SARS-CoV-2 предсказан белок, который может вызывать иммунный ответ. Методом молекулярной динамики подтверждена стабильность белка в растворе. Иммуномоделирование показало, что данный белок вызывает иммунную реакцию и, соответственно, может служить прототипом вакцины.

Список литературы

Chan J.F.-W., Yuan S., Kok K.-H. et al. // Lancet. 2020. V. 395. № 10223. P 514. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30154-9
Zhu N., Zhang D., Wang W. et al. // N. Engl. J. Med. 2020. V. 382. P. 727. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2001017
WHO (2020) Coronavirus Disease (COVID-19) Dashboard. World Heal. Organ.
Clinical management of severe acute respiratory infection when novel coronavirus (2019-nCoV) infection is suspected: interim guidance, WHO, 2020, 28 January.
Randhawa G.S., Soltysiak M.P.M., El Roz H. et al. // PLoS ONE. 2020. V. 16 (1). E. 0232391. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0232391
Dongwan K., Lee J.-Y., Yang J.-S. et al. // Cell. 2020. V. 181. № 4. P. 914. https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.04.011
WHO Draft Landscape of COVID-19 Candidate Vaccines. WHO, Geneva-2020.
Smith Trevor R.F., Patel A., Ramos S. et al. // Nat. Commun. 2020. V. 11. P. 2610. https://doi.org/10.1038/s41467-020-16505-0
Mulligan Mark J., Lyke K.E., Kitchin N. et al. // Nature. 2020. V. 586. P. 589. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2639-4
Zhu F.-C., Guan X.-H., Li Y.-H. et al. // Lancet. 2020. V. 396. № 10249. P. 479. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)31605-6
Gao Q., Bao L., Mao H. et al. // Science. 2020. V. 369. № 6499. P. 77.
Cao Y., Yisimayi A., Jian F. et al. // Nature. 2022. V. 608. P. 593. https://doi.org/10.1038/s41586-022-04980-y
Gallagher T.M., Buchmeier M.J. // Virology. 2001. V. 279. № 2. P. 371. https://doi.org/10.1006/viro.2000.0757
https://pymol.org/2/
Abraham M.J., Murtola T., Schulz R. et al. // SoftwareX. 2015. V. 1. P. 19. https://doi.org/10.1016/j.softx.2015.06.001
Lindorff-Larsen K., Piana S., Palmo K. et al. // Proteins. 2010. V. 78. P. 1950. https://doi.org/10.1002/prot.22711
Berendsen H.J.C., Postma J.P.M., van Gunsteren W.F. et al. // J. Chem. Phys. 1984. V. 81. № 8. P. 3684. https://doi.org/10.1063/1.448118
Parrinello M., Rahman A. // J. Chem. Phys. 1982. V. 76. № 5. P. 2662. https://doi.org/10.1063/1.443248
Hess B., Bekker H., Herman J.C. et al. // J. Comput. Chem. 1997. V. 18. P. 1463. https://doi.org/10.1002/(SICI)1096
Darden T., York D., Pedersen L. // J. Chem. Phys. 1993. V. 98. № 12. P. 10089. https://doi.org/10.1063/1.464397
https://kraken.iac.rm.cnr.it/C-IMMSIM/index.php
Luckheeram R.V., Zhou R., Verma A.D., Xia B. // J. Immunol. Res. 2012. Art. 925135. https://doi.org/10.1155/2012/925135
Rapin N., Lund O., Bernaschi M., Castiglione F. // PubMed. 2010. https://doi.org/10.1371/journal.pone.000986