Search for Potential Epitopes in the Envelope Protein of the African Swine Fever Virus

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

The spatial structure of the envelope protein of African swine fever (ASF) virus is modeled; its topology relative to the cell membrane is calculated; the B- and T-cell epitopes are predicted for this protein; and their immunogenecity, allergenicity, and toxicity are estimated. The variability of protein amino acids and the conservativity of the found epitopes are studied. It is shown that a new peptide vaccine against ASF can be developed based on the found epitopes.

About the authors

I. A. Kolesnikov

National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва

V. I. Timofeev

National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia; Shubnikov Institute of Crystallography, Federal Scientific Research Centre “Crystallography and Photonics,” Russian Academy of Sciences, 119333, Moscow, Russia

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва; Россия, Москва

A. V. Ermakov

National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва

A. S. Ivanovsky

Shubnikov Institute of Crystallography, Federal Scientific Research Centre “Crystallography and Photonics,” Russian Academy of Sciences, 119333, Moscow, Russia

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва

Yu. A. Dyakova

National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва

Yu. V. Pisarevsky

Shubnikov Institute of Crystallography, Federal Scientific Research Centre “Crystallography and Photonics,” Russian Academy of Sciences, 119333, Moscow, Russia; National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва; Россия, Москва

M. V. Kovalchuk

National Research Centre “Kurchatov Institute”, 123182, Moscow, Russia; Shubnikov Institute of Crystallography, Federal Scientific Research Centre “Crystallography and Photonics,” Russian Academy of Sciences, 119333, Moscow, Russia

Author for correspondence.
Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва; Россия, Москва

References

  1. Mettenleiter T.C., Sobrino F. // Animal Viruses: Molecular Biology. 2008. V. 14. P. 5. https://doi.org/10.3201/eid1405.080077
  2. Anderson E.C., Hutchings G.H., Mukarati N., Wilkinson P.J. // Veterinary Microbiology. 1998. V. 62 (1). P. 1. https://doi.org/10.1016/S0378-1135(98)00187-4
  3. Khomenko S., Beltrán-Alcrudo D., Rozstalnyy A. et al. // Empress Watch. 2013. V. 28. P. 1
  4. Mazur-Panasiuk N., Woźniakowski G., Niemczuk K. // Sci Rep. 2019. V. 9. № 4556. https://doi.org/10.1038/s41598-018-36823-0
  5. Colson P., De Lamballerie X., Yutin N. et al. // Arch Virol. 2013. V. 158. P. 2517. https://doi.org/10.1007/s00705-013-1768-6
  6. Dixon L.K., Chapman D.A., Netherton C.L., Upton C. // Virus Res. 2013. V. 173 (1). P. 3.
  7. Netherton C.L., Wileman T.E. // Virus Res. 2013. V. 173 (1). P. 76. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2012.12.014
  8. Gaudreault N.N., Madden D.W., Wilson W.C. et al. // Front. Vet. Sci. 2020. V. 7. 215. https://doi.org/10.3389/fvets.2020.00215
  9. Rodríguez J.M., Yáñez R.J., Almazán F. et al. // J. Virol. 1993. V. 67. № 9. P. 5312. https://doi.org/10.1128/jvi.67.9.5312-5320.1993
  10. Ruiz-Gonzalvo F., Rodríguez F., Escribano J.M. // Virology. 1996. V. 218 (1). P. 285. https://doi.org/10.1006/viro.1996.0193
  11. Abass O.A., Timofeev V.I., Sarkar B. et al. // J. Biomol. Struct. Dynamics. 2021. V. 40 (16). P. 7283. https://doi.org/10.1080/07391102.2021.1896387
  12. Araf Y., Moin A.T., Timofeev V.I. et al. // Front. Immunol. 2022. V. 13. 863234. https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.863234
  13. Q89501. https://nbgi.ru/
  14. Altschul S.F., Gish W., Miller W. et al. // J. Mol. Biol. 1990. V. 215 (3). P. 403.
  15. Jumper J., Evans R., Pritzel A. et al. // Nature. 2021. V. 596. P. 583. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2
  16. Jeppe H., Trigos K.D., Pedersen M.D. et al. // bioRxiv. 2022. https://doi.org/10.1101/2022.04.08.487609
  17. Larsen M.V., Lundegaard C., Lamberth K. et al. // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8. 424. https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-424
  18. http://tools.iedb.org/ellipro/
  19. Ponomarenko J., Bui HH., Li W. et al. // BMC Bioinformatics. 2008. V. 9. 514. https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-514
  20. Dimitrov I., Bangov I., Flower D.R. et al. // J. Mol. Model. 2014. V. 20 (5). 2278. https://doi.org/10.1007/s00894-014-2278-5
  21. Gupta S., Kapoor P., Chaudhary K. et al. // PLoS ONE. 2020. V. 8 (9). e73957. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0073957
  22. Doytchinova I.A., Flower D.R. // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8. 4. https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-4
  23. Bui H., Sidney J.H., Li W. et al. // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8 (1). 361. https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-361
  24. Larsen M.V., Lundegaard C., Lamberth K. et al. // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8. 424. https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-424
  25. Choo S.Y. // Yonsei Med J. 2007. V. 48 (1). P. 11. https://doi.org/10.3349/ymj.2007.48.1.11
  26. Potocnakova L., Bhide M., Pulzova L.B. // J. Immunol. Res. 2016. https://doi.org/10.1155/2016/6760830

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2.

Download (259KB)
Indexing metadata
3.

Download (31KB)
Indexing metadata
4.

Download (181KB)
Indexing metadata
5.

Download (190KB)
Indexing metadata

Copyright (c) 2023 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».