Construction of Vectors for the Genome Editing of Saccharomyces Yeast Using CRISPR-Cas9 System

封面

如何引用文章

全文:

开放存取 开放存取
受限制的访问 ##reader.subscriptionAccessGranted##
受限制的访问 订阅存取

详细

New vectors for the yeast genome editing using CRISPR/Cas9 were constructed. A system for cloning of new targets using the standard methods (PCR‒restriction‒ligation) was developed and successfully applied. The constructed vectors allowed us to obtain the sup35-25 mutants, deletion of the PSH1 gene and disruption of the NAM7 (UPF1). A convenient method for identifying plasmids with a new target was tested. A detailed description of the cloning technique used and selection of plasmids with the new targets is provided.

全文:

受限制的访问

作者简介

A. Matveenko

St Petersburg State University

Email: g.zhuravleva@spbu.ru
俄罗斯联邦, St Petersburg, 199034

A. Mikhailichenko

St Petersburg State University

Email: g.zhuravleva@spbu.ru
俄罗斯联邦, St Petersburg, 199034

G. Zhouravleva

St Petersburg State University; Laboratory of Amyloid Biology SPbU

编辑信件的主要联系方式.
Email: g.zhuravleva@spbu.ru
俄罗斯联邦, St Petersburg, 199034; St Petersburg, 199034

参考

  1. Chernoff Y.O., Lindquist S.L., Ono B., Inge-Vechtomov S.G., Liebman S.W. Role of the chaperone protein Hsp104 in propagation of the yeast prion-like factor [psi+] // Science. 1995. V. 268. P. 880‒884. https://doi.org/10.1126/science.7754373
  2. DiCarlo J.E., Norville J.E., Mali P., Rios X., Aach J., Church G.M. Genome engineering in Saccharomyces cerevisiae using CRISPR-Cas systems // Nucl. Acids Res. 2013. V. 41. P. 4336‒4343.
  3. https://doi.org/10.1093/nar/gkt135
  4. Giersch R.M., Finnigan G.C. Yeast still a beast: diverse applications of CRISPR/Cas editing technology in S. cerevisiae // Yale J. Biol. Med. 2017. V. 90. P. 643‒651.
  5. Gietz R.D., Sugino A. New yeast-Escherichia coli shuttle vectors constructed with in vitro mutagenized yeast genes lacking six-base pair restriction sites // Gene. 1988. V. 74. P. 527‒534.
  6. https://doi.org/10.1016/0378-1119(88)90185-0
  7. Gietz R., Schiestl R., Willems A., Woods R. Studies on the transformation of intact yeast cells by the LiAc/SS-DNA/PEG procedure // Yeast. 1995. V. 11. P. 355‒360. https://doi.org/10.1002/yea.320110408
  8. Horwitz A.A., Walter J.M., Schubert M.G., Kung S.H., Hawkins K., Platt D.M., Hernday A.D., Mahatdejkul-Meadows T., Szeto W., Chandran S.S., Newman J.D. Efficient multiplexed integration of synergistic alleles and metabolic pathways in yeasts via CRISPR-Cas // Cell Syst. 2015 V. 1. P. 88‒96.
  9. https://doi.org/10.1016/j.cels.2015.02.001
  10. Inge-Vechtomov S., Zhouravleva G., Philippe M. Eukaryotic release factors (eRFs) history // Biol. Cell. 2003. V. 95. P. 195–209.
  11. https://doi.org/10.1016/s0248-4900(03)00035-2
  12. Jinek M., Chylinski K., Fonfara I., Hauer M., Doudna J.A., Charpentier E. A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity // Science. 2012. V. 337. P. 816‒821.
  13. https://doi.org/10.1126/science.1225829
  14. Laughery M.F., Hunter T., Brown A., Hoopes J., Ostbye T., Shumaker T., Wyrick J.J. New vectors for simple and streamlined CRISPR-Cas9 genome editing in Saccharomyces cerevisiae // Yeast. 2015. V. 32. P. 711‒720. https://doi.org/10.1002/yea.3098
  15. Maksiutenko E.M., Barbitoff Y.A., Matveenko A.G., Moskalenko S.E., Zhouravleva G.A. Gene amplification as a mechanism of yeast adaptation to nonsense mutations in release factor genes // Genes (Basel). 2021. V. 12. Art. 2019. https://doi.org/10.3390/genes12122019
  16. Mans R., van Rossum H.M., Wijsman M., Backx A., Kuijpers N.G., van den Broek M., Daran-Lapujade P., Pronk J.T., van Maris A.J., Daran J.M. CRISPR/Cas9: a molecular Swiss army knife for simultaneous introduction of multiple genetic modifications in Saccharomyces cerevisiae // FEMS Yeast Res. 2015. V. 15. Art. fov004.
  17. https://doi.org/10.1093/femsyr/fov004
  18. Moskalenko S.E., Chabelskaya S.V., Inge-Vechtomov S.G., Philippe M., Zhouravleva G.A. Viable nonsense mutants for the essential gene SUP45 of Saccharomyces cerevisiae // BMC Mol. Biol. 2003. V. 10. Art. 2.
  19. https://doi.org/10.1186/1471-2199-4-2
  20. Volkov K., Aksenova A., Soom M., Osipov K., Svitin A., Kurischko C., Shkundina I., Ter-Avanesyan M., Inge-Vechtomov S., Mironova L. Novel non-Mendelian determinant involved in the control of translation accuracy in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. 2002. V. 160. Р. 25‒36. https://doi.org/10.1093/genetics/160.1.25

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
下载
2. Fig. 1. Creation of a convenient target cloning system into a vector for editing the Saccharomyces cerevisiae genome using CRISPR-Cas9. (a) — A diagram of the location of the sup35-25 mutation and targets S35(-25) A and S35(-25) B in the SUP35 gene. (b) — A map of the YEplac181GC9H-sgS35 plasmid(-25) B; created using the SnapGene Viewer program. (c) — A scheme for obtaining sup35-25 mutants. (d) — Colony growth of strain 74-D694 transformed by plasmids in these combinations. (e) is a scheme for cloning new targets into the YEplac181GC9H-sgS35(-25) B vector and selecting E. coli colonies carrying a correctly constructed new vector.

下载 (485KB)
索引源数据

版权所有 © Russian Academy of Sciences, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».