Bacterial Communities within the Freshwater Lymnaeid Snail Kamtschaticana kamtschatica (Middendorff, 1850) in Northeastern Siberia

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

This is the first report on microbial communities associated with the freshwater snail Kamtschaticana kamtschatica inhabiting diverse types of water basins in Eastern Siberia and the Russian Far East. Using metabarcoding data based on the 16S rRNA gene fragments, taxonomic profiling of bacterial communities associated with snails from three basins of the Magadan Oblast was carried out. Predominant phyla in the studied bacterial communities were Pseudomonadota, Bacillota, Cyanobacteriota, Actinomycetota, Verrucomicrobiota, Planctomycetota, and Bacteroidota. The highest alpha-diversity, according to the Chao1 index, was revealed in the mollusks from the Orotukan reservoir. The relative abundance of bacteria of the genera Snowella, Leptolyngbya, Nodosilinea, Arenimonas, and Polaromonas significantly distinguished the mollusks of this habitat from those of the other two. The greatest similarities in the composition of the microbiota in K. kamtschatica were found for the genus Pseudomonas, which was present in the majority of samples in the amount of more than 1% and was not found in the sediment samples. Obtained data on the diversity and composition of bacterial communities associated with lymnaeid snails are of fundamental importance for the ecology of freshwater mollusks.

Full Text

Restricted Access

About the authors

A. S. Aksenov

N. Laverov Federal Center for Integrated Arctic Research, Ural Branch, Russian Academy of Sciences; Northern (Arctic) Federal University

Author for correspondence.
Email: a.s.aksenov@narfu.ru
Russian Federation, Arkhangelsk, 163020; Arkhangelsk, 163002

O. Ya. Kisil

N. Laverov Federal Center for Integrated Arctic Research, Ural Branch, Russian Academy of Sciences; Northern (Arctic) Federal University

Email: s.aksenov@narfu.ru
Russian Federation, Arkhangelsk, 163020; Arkhangelsk, 163002

A. S. Chervochkina

Northern (Arctic) Federal University

Email: s.aksenov@narfu.ru
Russian Federation, Arkhangelsk, 163002

I. S. Khrebtova

N. Laverov Federal Center for Integrated Arctic Research, Ural Branch, Russian Academy of Sciences

Email: s.aksenov@narfu.ru
Russian Federation, Arkhangelsk, 163020

K. S. Mantsurova

N. Laverov Federal Center for Integrated Arctic Research, Ural Branch, Russian Academy of Sciences; Northern (Arctic) Federal University

Email: s.aksenov@narfu.ru
Russian Federation, Arkhangelsk, 163020; Arkhangelsk, 163002

Yu. V. Bespalaya

N. Laverov Federal Center for Integrated Arctic Research, Ural Branch, Russian Academy of Sciences

Email: s.aksenov@narfu.ru
Russian Federation, Arkhangelsk, 163020

O. V. Aksenova

N. Laverov Federal Center for Integrated Arctic Research, Ural Branch, Russian Academy of Sciences

Email: s.aksenov@narfu.ru
Russian Federation, Arkhangelsk, 163020

References

  1. Недолужко А.В., Кадников В.В., Белецкий А.В., Шарко Ф.С., Цыганкова С.В., Марданов А.В., Равин Н.В., Скрябин К.Г. Микроорганизмы, ассоциированные с микронасекомыми Megaphragma amalphitanum и Scydosella musawasensis // Микробиология. 2017. Т. 86. C. 520–522.
  2. Nedoluzhko A.V., Kadnikov V.V., Beletsky A.V., Sharko F.S., Tsygankova S.V., Mardanov A.V., Ravin N.V., Skryabin K.G. Microorganisms associated with microscopic insects Megaphragma amalphitanum and Scydosella musawasensis // Microbiology (Moscow). 2017. V. 86. P. 532‒533.
  3. Aldridge D.C., Ollard I., Bespalaya Y.V., Bolotov I.N., Douda K., Geist J., Haag W.R., Klunzinger M.W., Lopes-Lima M., Mlambo M.C., Riccardi N., Sousa R., Strayer D.L., Torres S.H., Vaughn C.C., Zając T., Zieritz A. Freshwater mussel conservation: a global horizon scan of emerging threats and opportunities // Global Change Biol. 2022. V. 29. P. 575–589.
  4. Bespalaya Y.V., Aksenova O.V., Bolotov I.N., Aksenov A.S. Freshwater mollusks in lakes of the Solovetsky Islands (White Sea) // Lake Water: Properties and Uses (Case Studies of Hydrochemistry and Hydrobiology of Lakes in Northwest Russia). Ch. 10. N.Y.: Nova Sci. Publishers, 2021. P. 249‒267.
  5. Böhm M., Dewhurst-Richman N.I., Seddon M., Ledger S.E.H., Albrecht C., Allen D., Bogan A.E., Cordeiro J. et al. The conservation status of the world’s freshwater molluscs // Hydrobiologia. 2021. V. 848. P. 3231–3254.
  6. Carella F., Aceto S., Pollaro F., Miccio A., Iaria C., Carrasco N., Prado P., De Vico G. A mycobacterial disease is associated with the silent mass mortality of the pen shell Pinna nobilis along the Tyrrhenian coastline of Italy // Sci. Rep. 2019. V. 9. Art. 2725.
  7. Chiarello M., Bucholz J.R., McCauley M., Vaughn S.N., Hopper G.W., Gonzalez I.S., Atkinson C.L., Lozier J.D., Jackson C.R. Environment and co-occuring native mussel species, but not host genetics, impact the microbiome of a freshwater invasive species (Corbicula fluminea) // Front. Microbiol. 2022. V. 13. Art. 800061.
  8. Dar M.A., Pawar K.D., Pandit R.S. Gut microbiome analysis of snails: a biotechnological approach // Organismal and Molecular Malacology / Ed. S. Ray. InTech., 2017. P. 189–217.
  9. Hu Z., Chen X., Chang J., Yu J., Tong Q., Li S., Niu H. Compositional and predicted functional analysis of the gut microbiota of Radix auricularia (Linnaeus) via high-throughput Illumina sequencing // PeerJ. 2018. V. 6. Art. e5537.
  10. Kivistik C., Kairo K., Tammert H., Sokolova I.M., Kisand V., Herlemann D.P.R. Distinct stages of the intestinal bacterial community of Ampullaceana balthica after salinization // Front. Microbiol. 2022. V. 13. Art. 767334.
  11. Marzocchi U., Bonaglia S., Zaiko A., Quero G.M., Vybernaite-Lubiene I., Politi T., Samuiloviene A., Zilius M., Bartoli M., Cardini U. Zebra mussel holobionts fix and recycle nitrogen in lagoon sediments // Front. Microbiol. 2021. V. 11. Art. 610269.
  12. Richard J.C., Campbell L.J., Leis E.M., Agbalog R.E., Dunn C.D., Waller D.L., Knowles S., Putnam J.G., Goldberg T.L. Mussel mass mortality and the microbiome: evidence for shifts in the bacterial microbiome of a declining freshwater bivalve // Microorganisms. 2021. V. 9. Art. 1976.
  13. Schols R., Vanoverberghe I., Huyse T., Decaestecker E. Host-bacteriome transplants of the schistosome snail host Biomphalaria glabrata reflect species-specific associations // FEMS Microbiol. Ecol. 2023. V. 99. P. 1–9.
  14. Vinarski M.V., Aksenova O.V., Bespalaya Yu.V., Kondakov A.V., Tomilova A.A., Khrebtova I.S., Gofarov M.Yu., Bolotov I.N. One beringian genus less: a re-assesment of Pacifimyxas Kruglov & Starobogatov, 1985 (Mollusca: Gastropoda: Lymnaeidae) questions the current estimates of beringian biodiversity // J. Zool. Syst. Evol. Res. 2021. V. 59. P. 44–59.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2. Fig. 1. A schematic map of the research area indicating the sampling sites: SEIM — Seymchan River (blue dots); ORO — Orotukan reservoir (green dots); MAG — floodplain lake at the mouth of the Magadanka River (red dots). The scale ruler for clam shells is 2.5 mm.

Download (257KB)
Indexing metadata
3. Fig. 2. α-Diversity (a) and taxonomic composition (b) of bacterial communities associated with Kamtschaticana kamtschatica ponds and soils in freshwater reservoirs of the Magadan region.

Download (329KB)
Indexing metadata

Copyright (c) 2024 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».