T4-Like Cyanophages of Lake Baikal: Genetic Diversity and Biogeography

Мұқаба

Дәйексөз келтіру

Толық мәтін

Ашық рұқсат Ашық рұқсат
Рұқсат жабық Рұқсат берілді
Рұқсат жабық Тек жазылушылар үшін

Аннотация

The work deals with investigation of genetic diversity and biogeography of T4-like cyanophages from the shallow bay of the Posolsk Sor (Lake Baikal), based on analysis of the g20 marker gene. High diversity of g20 gene fragments and their uniqueness were revealed. The greatest similarity was noted with the previously obtained sequences from Lake Baikal and with those from freshwater ecosystems: oligotrophic Lake Green, Lake Round, oligomesotrophic Lake Ancy, and mesotrophic Lake Bourget. From the point of view of biogeography, it was determined that the phage sequences were similar to the previously obtained ones from different Lake Baikal ecotopes than to those from other ecosystems.

Толық мәтін

Рұқсат жабық

Авторлар туралы

S. Potapov

Limnological Institute, Siberian Branch, Russian Academy of Sciences

Хат алмасуға жауапты Автор.
Email: poet1988@list.ru
Ресей, Irkutsk, 664033

I. Tikhonova

Limnological Institute, Siberian Branch, Russian Academy of Sciences

Email: poet1988@list.ru
Ресей, Irkutsk, 664033

E. Krechetova

Irkutsk State University Pedagogical Institute

Email: poet1988@list.ru
Ресей, Irkutsk, 664011

O. Belykh

Limnological Institute, Siberian Branch, Russian Academy of Sciences

Email: poet1988@list.ru
Ресей, Irkutsk, 664033

Әдебиет тізімі

  1. Бутина Т.В., Потапов С.А., Белых О.И., Дамдинсурэн Н., Чойдаш Б. Генетическое разнообразие цианофагов семейства Myoviridae в озере Байкал // Известия ИГУ. Сер. Биология. Экология. 2012. Т. 5. № 3. С. 17–22.
  2. Бутина Т.В., Потапов С.А., Белых О.И., Беликов С.И. Генетическое разнообразие цианофагов семейства Myoviridae в составе сообщества байкальской губки Lubomirskia baicalensis // Генетика. 2015. Т. 51. С. 384–388.
  3. Butina T.V., Potapov S.A., Belykh O.I., Belikov S.I. Genetic diversity of the family Myoviridae cyanophages in the community of the Baikal sponge Lubomirskia baicalensis // Genetics. 2015. V. 51. P. 313–317.
  4. Andrews S. FastQC: A Quality Control Tool for High Throughput Sequence Data // 2010. [Online]. Available online at:
  5. http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/.
  6. Belykh O.I., Sorokovikova E.G, Saphonova A., Tikhonova I.V. Autotrophic picoplankton of Lake Baikal: composition, abundance, and structure // Hydrobiologia. 2006. V. 568S. P. 9‒17.
  7. Bolger A.M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data // Bioinformatics. 2014. V. 30. P. 2114–2120.
  8. Edgar R.C. Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST // Bioinformatics. 2010. V. 26. P. 2460‒2461.
  9. Fuller N.J., Wilson W.H., Joint I.R., Mann N.H. Occurrence of a sequence in marine cyanophages similar to that of T4 g20 and its application to PCR-based detection and quantification techniques // Appl. Environ. Microbiol. 1998. V. 64. P. 2051–2060.
  10. Hall T. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT // Nucleic Acids Symp. Ser. 1999. V. 41. P. 95–98.
  11. Huelsenbeck J.P., Ronquist F. MRBAYES: bayesian inference of phylogenetic trees // Bioinformatics. 2001. V. 17. P. 754‒755.
  12. Kumar S. Stecher G., Tamura K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets // Mol. Biol. Evol. 2016. V. 33. P. 1870‒1874.
  13. Potapov S.A., Tikhonova I.V., Krasnopeev A.Y., Suslova M.Y., Zhuchenko N.A., Drucker V.V., Belykh O.I. Communities of T4-like bacteriophages associated with bacteria in Lake Baikal: diversity and biogeography // Peer J. 2022. V. 10. Art. e12748.
  14. Rambaut A. 2010. FigTree v1.3.1. Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh, Edinburgh. http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/ (дата обращения 15.01.2023).
  15. Rozas J., Ferrer-Mata A., Sánchez-DelBarrio J.C., Guirao-Rico S., Librado P., Ramos-Onsins S.E., Sánchez-Gracia A. DnaSP 6: dNA sequence polymorphism analysis of large data sets // Mol. Biol. Evol. 2017. V. 34. P. 3299–3302.
  16. Shtykova Yu.R., Suslova M. Yu., Drucker V.V., Belykh O.I. Modern approach to the assessment of the sanitary-bacteriological condition of Lake Baikal // Limnol. Freshwater Biol. 2019. V. 2. P. 210‒217.
  17. Suttle C.A. Marine viruses — major players in the global ecosystem // Nature Revs. Microbiol. 2007. V. 5. P. 801–812.
  18. Wang K., Chen F. Genetic diversity and population dynamics of cyanophage communities in the Chesapeake Bay // Aquat. Microb. Ecol. 2004. V. 34. P. 105–116.
  19. Wilhelm S.W., Carberry M.J., Eldridge M.L., Poorvin L., Saxton M.A., Doblin M.A. Marine and freshwater cyanophages in a Laurentian Great Lake: evidence from infectivity assays and molecular analyses of g20 genes // Appl. Environ. Microbiol. 2006 V. 72. P. 4957–4963.
  20. Zhong Y., Chen F., Wilhelm St.W., Poorvin L., Hodson R.E. Phylogenetic diversity of marine cyanophage isolates and natural virus communities as revealed by sequences of viral capsid assembly protein gene g20 // Society. 2002. V. 68. P. 1576–1584.
  21. Zhong X., Jacquet S. Prevalence of viral photosynthetic and capsid protein genes from cyanophages in two large and deep perialpine lakes // Appl. Environ. Microbiol. 2013. V. 79. P. 7169–7178.

Қосымша файлдар

Қосымша файлдар
Әрекет
1. JATS XML
2. Fig. 1. UPGMA dendrogram constructed using the sequence of the g20 gene (amino acid level). BsL — Lubomirskia baicalensis; BwC — water, southern basin; SB — water, southern basin; MB — water, middle basin; NB — water, northern basin. A sample from this study is highlighted in bold.

Жүктеу (128KB)

© Russian Academy of Sciences, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».