Application of Flow Cytometry for Viability Assessment of Mutants for Translation Termination Factors in the Yeast Saccharomyces cerevisiae

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

Nonsense mutations in the essential SUP45 and SUP35 genes, encoding translation termination factors, affect the viability of Saccharomyces cerevisiae cells. Flow cytometry revealed that the viability of mutants was 3.5‒4 times lower compared to the wild-type. Moreover, the mutants were found to have higher sensitivity to ultrasonic treatment.

Full Text

Restricted Access

About the authors

E. P. Efremova

St. Petersburg State University

Email: g.zhuravleva@spbu.ru
Russian Federation, St Petersburg, 199034

O. M. Zemlyanko

St. Petersburg State University; Laboratory of Amyloid Biology SPBU

Email: g.zhuravleva@spbu.ru
Russian Federation, St Petersburg, 199034; St Petersburg, 199034

G. A. Zhouravleva

St. Petersburg State University; Laboratory of Amyloid Biology SPBU

Author for correspondence.
Email: g.zhuravleva@spbu.ru
Russian Federation, St Petersburg, 199034; St Petersburg, 199034

References

  1. Журавлева Г.А., Бондарев С.А., Землянко О.М., Москаленко С.Е. Роль белков, взаимодействующих с факторами терминации трансляции eRF1 и eRF3, в регуляции трансляции и прионизации // Мол. биология. 2022. Т. 56. С. 206–226.
  2. https://doi.org/10.31857/S002689842201013X
  3. Alexandrov A., Grosfeld E., Mitkevich O., Bidyuk V., Nostaeva A., Kukhtevich I., Schneider R., et al. Systematic identification of yeast mutants with increased rates of cell death reveals rapid stochastic necrosis associated with cell division // bioRxiv. 2021.
  4. https://doi.org/10.1101/2021.10.20.465133
  5. Barbitoff Y., Matveenko A., Matiiv A., Maksiutenko E., Moskalenko S., Drozdova P., Polev D., Beliavskaia A., Danilov L., Predeus A., Zhouravleva G. Chromosome-level genome assembly and structural variant analysis of two laboratory yeast strains from the Peterhof Genetic Collection lineage // G3: Genes, Genomes, Genetics (Bethesda). 2021. V. 11.
  6. https://doi.org/10.1093/g3journal/jkab029
  7. Chabelskaya S., Kiktev D., Inge-Vechtomov S., Philippe M., Zhouravleva G. Nonsense mutations in the essential gene SUP35 of Saccharomyces cerevisiae are non-lethal // Mol. Genet. Genoms. 2004. V. 272. P. 297–307. https://doi.org/10.1007/s00438-004-1053-1
  8. Davey H., Guyot S. Estimation of microbial viability using flow cytometry // Curr. Protoc. Cytom. 2020. V. 93. Art. e72. https://doi.org/10.1002/cpcy.72
  9. Gietz R., Schiestl R., Willems A., Woods R. Studies on the transformation of intact yeast cells by the LiAc/SS-DNA/PEG procedure // Yeast. 1995. V. 11. P. 355‒360. https://doi.org/10.1002/yea.320110408
  10. Inge-Vechtomov S., Zhouravleva G., Philippe M. Eukaryotic release factors (eRFs) history // Biol. Cell. 2003. V. 95. P. 195–209.
  11. https://doi.org/10.1016/s0248-4900(03)00035-2
  12. Kaiser C., Michaelis S., Mitchell A. Spring Harbor laboratory course manual. NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1994. 234 p.
  13. Kwolek-Mirek M., Zadrag-Tecza R. Comparison of methods used for assessing the viability and vitality of yeast cells // FEMS Yeast Res. 2014. V. 14. P. 1068–1079.
  14. https://doi.org/10.1111/1567-1364.12202
  15. Maksiutenko E., Barbitoff Y., Matveenko A., Moskalenko S., Zhouravleva G. Gene amplification as a mechanism of yeast adaptation to nonsense mutations in release factor genes // Genes (Basel). 2021. V. 12. Art. 2019. https://doi.org/10.3390/genes12122019
  16. Merritt G., Naemi W., Mugnier P., Webb H., Tuite M., von der Haar T. Decoding accuracy in eRF1 mutants and its correlation with pleiotropic quantitative traits in yeast // Nucl. Acids Res. 2010. V. 38. P. 5479–5492.
  17. https://doi.org/10.1093/nar/gkq338
  18. Moskalenko S., Chabelskaya S., Philippe M., Inge-Vechtomov S., Zhouravleva G. Viable nonsense mutants for the essential gene SUP45 of Saccharomyces cerevisiae // BMC Mol. Biol. 2003. V. 4.
  19. https://doi.org/10.1186/1471-2199-4-2
  20. RStudio Team (2020). RStudio: Integrated Development for R. RStudio, PBC, Boston, MA.
  21. URL: http://www.rstudio.com/
  22. Sambrook J., Fritsch E., Maniatis T. Molecular cloning: a laboratory manual // 2nd edn. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. 1659 p.
  23. Valouev I., Kushnirov V., Ter-Avanesyan M. Yeast polypeptide chain release factors eRF1 and eRF3 are involved in cytoskeleton organization and cell cycle regulation // Cell Motil. Cytoskeleton. 2002. V. 52. P. 161–173. https://doi.org/10.1002/cm.10040
  24. Volkov K., Aksenova A., Soom M., Osipov K., Svitin A., Kurischko C., Shkundina I., Ter-Avanesyan M., Inge-Vechtomov S., Mironova L. Novel non-mendelian determinant involved in the control of translation accuracy in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. 2002. V. 160. Р. 25‒36.
  25. https://doi.org/10.1093/genetics/160.1.25
  26. Zhouravleva G., Frolova L., Le Goff X., Le Guellec R., Inge-Vechtomov S., Kisselev L., Philippe M. Termination of translation in eukaryotes is governed by two interacting polypeptide chain release factors, eRF1 and eRF3 // EMBO J. 1995. V. 14. P. 4065–4072.
  27. https://doi.org/.1002/j.1460-2075.1995.tb00078.x

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2. Fig. 1. Mutations in the SUP45 and SUP35 genes lead to a decrease in viability. The data of flow cytofluorometry (single cell populations) for clones carrying alleles SUP45 (panel A) or SUP35 (panel B) are presented. FSC-A is a parameter of direct light scattering by area. FL3-A::PI-A is a fluorescent detection channel (610/20 nm) that registers the intensity of the fluorescent signal (in this case, propidium iodide) by area.

Download (318KB)
Indexing metadata

Copyright (c) 2024 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».