Лиганды, специфичные к определенным последовательностям пар оснований ДНК. XIX. Синтез, спектральные характеристики, вирусологические и биохимические исследования флуоресцентных симметричных димерных трисбензимидазолов DB3(n)

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Синтезирована серия новых флуоресцентных узкобороздочных лигандов DB3(n) и охарактеризованы свойства этих лигандов. Соединения DB3(n) на основе димерных трисбензимидазолов обладают способностью связываться с АТ-участками ДНК. Синтез DB3(n), трисбензимидазольные фрагменты которых связаны олигометиленовыми линкерами разной длины (n = 1, 5, 9), основан на конденсации мономерного трисбензимидазола MB3 с α,ω-алкилдикарбоновыми кислотами. DB3(n) в субмикромолярной концентрации (0.20–0.30 мкМ) оказались эффективными ингибиторами каталитической активности интегразы ВИЧ-1. Обнаружено, что DB3(n) ингибирует каталитическую активность ДНК-топоизомеразы I в низких микромолярных концентрациях.

Об авторах

А. Ф. Арутюнян

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук

Email: zhuze@eimb.ru
Россия, 119991, Москва

А. А. Костюков

Институт биохимической физики им. Н.М. Эмануэля Российской академии наук

Email: zhuze@eimb.ru
Россия, 119334, Москва

С. П. Королёв

Химический факультет Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова; Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского
Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова

Email: zhuze@eimb.ru
Россия, 119991, Москва; Россия, 119991, Москва

М. Б. Готтих

Химический факультет Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова; Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского
Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова

Email: zhuze@eimb.ru
Россия, 119991, Москва; Россия, 119991, Москва

О. Ю. Сусова

Институт канцерогенеза Национального медицинского исследовательского центра онкологии им. Н.Н. Блохина

Email: zhuze@eimb.ru
Россия, 115478, Москва

Д. Н. Калюжный

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук

Email: zhuze@eimb.ru
Россия, 119991, Москва

А. Л. Жузе

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук

Автор, ответственный за переписку.
Email: zhuze@eimb.ru
Россия, 119991, Москва

Список литературы

  1. Koval V.S., Arutyunyan A.F., Salyanov V.I., Kostyukov A.A., Melkina O.E., Zavilgelsky G.B., Klimova R.R., Kushch A.A., Korolev S.P., Agapkina Yu.Yu., Gottikh M.B., Vaiman A.V., Rybalkina E.Yu., Susova O.Yu., Zhuze A.L. (2020) DNA sequence-specific ligands. XVIII. Synthesis, physico-chemical properties; genetic, virological, and biochemical studies of fluorescent dimeric bisbenzimidazoles DBPA(n). Bioorg. Med. Chem. 28, 115378.
  2. Bhaduri S., Ranjan N., Arya Dev P. (2018) An overview of recent advances in duplex DNA recognition by small molecules. Beilstein J. Org. Chem. 14, 1051–1086.
  3. Rahman A., O′Sullivan P., Rozas I. (2019) Recent developments in compounds acting in the DNA minor groove. Med. Chem. Comm. 10, 26–40.
  4. Battersby A.R. (1988) Synthetic and biosynthetic studies on vitamin B12. J. Nat. Prod. 51, 643–661.
  5. Gudmundsson K.S., Freeman G.A., Drach J.C., Townsend L.B. (2000) Synthesis of fluorosugar analogues of 2,5,6-trichloro-1-(β-D-ribofuranosyl)benzimidazole as antivirals with potentially increased glycosidic bond stability. J. Med. Chem. 43, 2473–2478.
  6. Skalitzky D.J., Marakovits J.T., Maegley K.A., Ekker A., Yu X.H., Hostomsky Z., Webber S.E., Eastmn B.W., Almassy R., Li J., Curtin N.J., Newell D.R., Calvert A.H., Griffin R.J., Golding B.T. (2003) Tricyclic benzimidazoles as potent poly(ADP-ribose) polymerase-1 inhibitors. J. Med. Chem. 46, 210–213.
  7. He C.Y., Yang J., Wu B.-G., Risen L., Swayze E.E. (2004) Synthesis and biological evaluations of novel benzimidazoles as potential antibacterial agents. Bioorg. Med. Chem. Lett. 14, 1217–1220.
  8. Seth P.P., Miyaji A., Jefferson E.A., Kristin S.-L., Osgood S.A., Propp S.S., Ranken R., Massire C., Sampath R., Ecker D.J., Swayze E.E., Griffey R.H. (2005) SAR by MS discovery of a new class of RNA-binding small molecules for the hepatitis C virus: internal ribosome entry site IIA subdomain. J. Med. Chem. 48, 7099–8102.
  9. Tanious F.A., Hamelberg D., Bailly C., Czarny A., Boykin D.W., Wilson W.D. (2004) DNA sequence dependent monomer–dimer binding modulation of asymmetric benzimidazole derivatives. J. Am. Chem. Soc. 126, 143–153.
  10. Bailly C., Chessari G., Carrasco C., Joubert A., Mann J., Wilson W.D., Neidle S. (2003) Sequence-specific minor groove binding by bis-benzimidazoles: water molecules in ligand recognition. Nucl. Acids Res. 31, 1514–1524.
  11. Keri R.S., Hiremathad A., Budagumpi S.I., Nagaraja B.M. (2015) Comprehensive review in current developments of benzimidazole-based medicinal chemistry. Chem. Biol. Drug Des. 86, 19–65.
  12. Latt S.A., Stetten G., Juergens L.A., Buchanan G.R., Gerald P.S. (1975) Comprehensive review in current developments of benzimidazole-based medicinal chemistry. J. Histochem. Cytochem. 23, 493–505.
  13. Громыко А.В., Салянов В.И., Стрельцов С.А., Олейников В.А., Королев С.П., Готтих М.Б., Жузе А.Л. (2007) Лиганды, специфичные к определенным последовательностям пар оснований ДНК. XIII. Новые димерные молекулы Хёхста 33258 – ингибиторы интегразы ВИЧ-1 in vitro. Биоорган. химия. 33, 613–623.)
  14. Королев С.П., Ташлицкий В.Н., Смолов М.А., Громыко А.В., Жузе А.Л., Агапкина Ю.Ю., Готтих М.Б. (2010) Ингибирование интегразы ВИЧ-1 димерными бисбензимидазолами с различной структурой линкера. Молекуляр. биология. 44, 718–727.
  15. Leh H., Brodin P., Bischerour J., Deprez E., Tauc P., Brochon J.C., LeCam E., Coulaud D., Auclair C., Mouscadet, J.F. (2000) Determinants of Mg-dependent activities of recombinant human immunodeficiency virus type 1 integrase. Biochemistry. 39, 9285–9294.
  16. Евдокимов Ю.М. Салянов В.И., Нечипуренко Ю.Д., Скуридин С.Г., Захарова М.А., Спенер Ф., Палумбо М. (2003) Молекулярные конструкции (суперструктуры) с регулируемыми свойствами на основе двухцепочечных нуклеиновых кислот. Молекуляр. биология. 37, 340–355.
  17. Yevdokimov Yu.M., Skuridin S.G., Nechipurenko Y.D., Zakharov M.A., Salyanov V.I., Kurnosov A.A., Kuznetsov V.D., Nikiforov V.N. (2005) Nanoconstructions based on double-stranded nucleic acids. Int. J. Biol. Macromol. 36,103–115.
  18. Pjura P.E., Grzeskowiak K., Dickerson R.E. (1987) Binding of Hoechst 33258 to the minor groove of B‑DNA. J. Mol. Biol. 197, 257–271.
  19. Teng M.K., Usman N., Frederick C.A., Wang A.H. (1988) The molecular structure of the complex of Hoechst 33258 and the DNA dodecamer d(CGCGAATTCGCG). Nucl. Acids Res.16, 2671–2690.
  20. Pommier Y., Johnson A.A., Marchand C. (2005) Integrase inhibitors to treat HIV/AIDS. Nat. Rev. Drug Discov. 4, 236–248.
  21. Leung C.H., Chan D.S.-H., Ma V.P.-Y., Ma D.-L. (2013) DNA-binding small molecules as inhibitors of transcription factors. Med. Res. Rev. 33, 823–846.

Дополнительные файлы


© А.Ф. Арутюнян, А.А. Костюков, С.П. Королёв, М.Б. Готтих, О.Ю. Сусова, Д.Н. Калюжный, А.Л. Жузе, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».