Recombinase Polymerase Amplification for Rapid Detection of Human Bacterial Pneumonia Pathogens

Мұқаба

Дәйексөз келтіру

Толық мәтін

Ашық рұқсат Ашық рұқсат
Рұқсат жабық Рұқсат берілді
Рұқсат жабық Тек жазылушылар үшін

Аннотация

A diagnostic system based on recombinase polymerase amplification (RPA) has been developed to identify six bacterial pathogens of human pneumonia. Species-specific primers have been designed and optimized to conduct a multiplex reaction in one common volume. Labeled primers were used for reliable discrimination of amplification products close in size. Identification of the pathogen was carried out by visual analysis of the electrophoregram. The analytical sensitivity of the developed multiplex RPA was 102‒103 copies of DNA. The specificity of the system was determined by the absence of cross-amplification of the studied DNA samples of pneumonia pathogens for each pair of primers, as well as for the DNA of Mycobacterium tuberculosis H37rν, and amounted to 100%. The analysis execution time is less than an 1 h, including electrophoretic reaction control. The test system can be used in specialized clinical laboratories for rapid analysis of samples from patients with suspected pneumonia.

Авторлар туралы

S. Lapa

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Хат алмасуға жауапты Автор.
Email: lapa@biochip.ru
Russia, 119991, Moscow

S. Surzhikov

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: lapa@biochip.ru
Russia, 119991, Moscow

S. Blagodatskikh

Scientific Center of Applied Microbiology and Biotechnology

Email: lapa@biochip.ru
Russia, 142279, Moscow Region, Obolensk

V. Shershov

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: lapa@biochip.ru
Russia, 119991, Moscow

A. Chudinov

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: lapa@biochip.ru
Russia, 119991, Moscow

Әдебиет тізімі

  1. Campigotto A., Mubareka S. (2015) Influenza-associated bacterial pneumonia; managing and controlling infection on two fronts. Expert. Rev. Anti. Infect. Ther. 13, 55–68.
  2. Noskin G.A., Glassroth J. (1996) Bacterial pneumonia associated with HIV-1 infection. Clin. Chest. Med. 17, 713–723.
  3. Henig O., Kaye K.S. (2017) Bacterial pneumonia in older adults. Infect. Dis. Clin. North. Am. 31, 689–713.
  4. Eshwara V.K., Mukhopadhyay C., Rello J. (2020) Community-acquired bacterial pneumonia in adults: an update. Indian. J. Med. Res. 151, 287–302.
  5. Harris M., Clark J., Coote N., Fletcher P., Harnden A., McKean M., Thomson A. (2011) British thoracic society standards of care committee. British thoracic society guidelines for the management of community acquired pneumonia in children: update 2011. Thorax. 66 (Suppl. 2), ii1–ii23.
  6. Cunha B.A. (2006) The atypical pneumonias: clinical diagnosis and importance. Clin. Microbiol. Infect. 12(Suppl. 3), 12–24.
  7. Azoulay E., Russell L., Van de Louw A., Metaxa V., Bauer P., Povoa P., Montero J.G., Loeches I.M., Mehta S., Puxty K., Schellongowski P., Rello J., Mokart D., Lemiale V., Mirouse A. (2020) Diagnosis of severe respiratory infections in immunocompromised patients. Intensive Care Med. 46, 298–314.
  8. Mabie M., Wunderink R.G. (2003) Use and limitations of clinical and radiologic diagnosis of pneumonia. Semin. Respir. Infect. 18, 72–79.
  9. Budayanti N.S., Suryawan K., Iswari I.S., Sukrama D.M. (2019) The quality of sputum specimens as a predictor of isolated bacteria from patients with lower respiratory tract infections at a tertiary referral hospital, Denpasar, Bali-Indonesia. Front. Med. (Lausanne). 6, 64.
  10. Lee N., Rainer T.H., Ip M., Zee B., Ng M.H., Antonio G.E., Chan E., Lui G., Cockram C.S., Sung J.J., Hui D.S. (2006) Role of laboratory variables in differentiating SARS-coronavirus from other causes of community-acquired pneumonia within the first 72 h of hospitalization. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 25, 765–772.
  11. Dorigo-Zetsma J.W., Zaat S.A., Wertheim-van Dillen P.M., Spanjaard L., Rijntjes J., van Waveren G., Jensen J.S., Angulo A.F., Dankert J. (1999) Comparison of PCR, culture, and serological tests for diagnosis of Mycoplasma pneumoniae respiratory tract infection in children. J. Clin. Microbiol. 37, 14–17.
  12. Лапа С.А., Клочихина Е.С., Мифтахов Р.А., Золотов А.М., Заседателев А.С., Чудинов А.В. (2020) Мультиплексная ПЦР для выявления бактериальных возбудителей инфекционной пневмонии. Биоорг. химия. 46, 550–552.
  13. Lapa S.A., Klochikhina E.S., Miftakhov R.A., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. (2021) Development of multi-primer PCR system with an open architecture for rapid detection of infectious pneumonia causative agents. AIP Conf. Proc. 2388, 030018.
  14. Piepenburg O., Williams C.H., Stemple D.L., Armes N.A. (2006) DNA detection using recombination proteins. PLoS Biol. 4, e204.
  15. Lobato I.M., O’Sullivan C.K. (2018) Recombinase polymerase amplification: basics, applications and recent advances. Trends Analyt. Chem. 98, 19–35.
  16. Wilson K. (2001) Preparation of genomic DNA from bacteria. Curr. Protoc. Mol. Biol. 56, 2.4.1–2.4.5.
  17. Лапа С.А., Мифтахов Р.А., Клочихина Е.С., Аммур Ю.И., Благодатских С.А., Шершов В.Е., Заседателев А.С., Чудинов А.В. (2021) Разработка мультиплексной ОТ-ПЦР с иммобилизованными праймерами для идентификации возбудителей инфекционной пневмонии человека. Молекуляр. биология. 55, 944–955.
  18. Клочихина Е.С., Шершов В.Е., Кузнецова В.Е., Лапа С.А., Чудинов А.В. (2021) Особенности оптимизации мультипраймерной ПЦР для выявления возбудителей инфекционной пневмонии человека. Тонкие хим. технологии. 16, 225–231.

Қосымша файлдар

Қосымша файлдар
Әрекет
1. JATS XML
Жүктеу
2.

Жүктеу (1MB)
Метадеректер

© С.А. Лапа, С.А. Суржиков, С.А. Благодатских, В.Е. Шершов, А.В. Чудинов, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».