Журнал был создан по инициативе В. В. Докучаева его учениками, он сыграл особую роль в распространении идей Докучаевской школы почвоведения в России и за рубежом. Он стал первым в мире изданием, всесторонне освещающим все проблемы почвоведения.
Решение об издании журнала «Почвоведение» (рус. дореф. почвовѣдѣніе) было принято 16 декабря 1898 года. Почвенная комиссия (основана в 1888 году) Императорского Вольного экономического общества (ИВЭО) рассмотрела сообщение об ассигновании Первым отделением ИВЭО 600 рублей на издание журнала и обсудила его организацию.
Был избран первый редактор журнала — П. В. Отоцкий, и редакционный комитет для заведования отделами журнала в составе: Н. П. Адамова, П. Ф. Баракова, Н. А. Богословского, К. Д. Глинки, П. А. Замятченского, Д. О. Ивановского, П. С. Коссовича, Н. М. Сибирцева, Г. И. Танфильева и А. Р. Ферхмина.
В 1899 году в Санкт-Петербурге вышел первый номер журнала, как периодическое издание Почвенной комиссии. Первая книжка журнала была отпечатана в конце февраля, но задержана Главным управлением по делам печати из-за того, что министром внутренних дел не были утверждены ни программа журнала, ни его редактор. Вольное экономическое общество предложило для ускорения дела издавать журнал под заглавием «Труды ИВЭО, Отдел почвоведения». Однако П. В. Отоцкий настоял на том, чтобы Комиссия не приняла этого предложения и было постановлено дождаться утверждения журнала Министерством внутренних дел. Оно последовало в том же году, и журнал с первого дня начал выходить под названием «Почвоведение».
На Второй Международной конференции почвоведов (Стокгольм, 1910) было принято решение о преобразовании журнала в международный орган и его издании на двух языках: русском и одном из западно-европейских (французском, немецком или английском).
Наименование версии журнала на английском языке с 1992: Eurasian Soil Science, 1958–1991 Soviet Soil Science.