Database of Intermediates of Enzyme-Catalyzed Chemical Reactions ENIAD

A. A. Moskovsky; Московский А. А.; D. A. Firsov; Фирсов Д. А.; M. G. Khrenova; Хренова М. Г.; V. A. Mironov; Миронов В. А.; T. I. Mulashkina; Мулашкина Т. И.; A. M. Kulakova; Кулакова А. М.; A. V. Nemukhin; Немухин А. В.

doi:10.31857/S0044453723090133

База данных интермедиатов химических реакций ферментативного катализа ENIAD

Авторы: Московский А.А.¹, Фирсов Д.А.¹, Хренова М.Г.¹^,2, Миронов В.А.¹, Мулашкина Т.И.¹, Кулакова А.М.¹, Немухин А.В.¹^,3
Учреждения:
1. Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Химический факультет
2. ФИЦ Биотехнологии РАН
3. ИБХФ имени Н.М. Эмануэля РАН
Выпуск: Том 97, № 9 (2023)
Страницы: 1324-1328
Раздел: ХЕМОИНФОРМАТИКА И КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ
Статья получена: 15.10.2023
Статья опубликована: 01.09.2023
URL: https://journal-vniispk.ru/0044-4537/article/view/136666
DOI: https://doi.org/10.31857/S0044453723090133
EDN: https://elibrary.ru/XKQAYW
ID: 136666

Цитировать

Полный текст

Аннотация
Об авторах
Список литературы
Дополнительные файлы
Статистика

Аннотация

Для ферментативного катализа характерны многостадийные химические реакции на пути от фермент-субстратных комплексов до продуктов. В ряде случаев в ходе экспериментальных исследований удается характеризовать структуру и свойства интермедиатов сложных химических реакций в белках. Применение современных компьютерных методов моделирования позволяет существенно дополнить знание о механизмах реакций ферментативного катализа и представить подробные данные о реакционных интермедиатах, включая структуры с атомным разрешением. Накопленные к настоящему времени материалы позволяют создать уникальную базу данных, названную ENIAD (ENzyme-In-Action-Data bank). В статье описаны принципы построения базы данных ENIAD, а также мультиплатформенный веб-интерфейс для доступа к данным (https://lcc.chem.msu.ru/eniad/).

Ключевые слова

ферментативный катализ, реакционные интермедиаты, молекулярное моделирование, базы данных

Список литературы

Варфоломеев С.Д. Химическая энзимология. М.: Научный мир, 2019. С. 543.
Berman H.M., Henrick K., Nakamura H. // Nature Structural Biology. 2003. V. 10. № 12. P. 980. https://doi.org/10.1038/nsb1203-980
Holliday G.L., Andreini C., Fischer J.D. et al. // Nucleic Acids Res. 2012. V. 40. P. D783.https://doi.org/10.1093/nar/gkr799
Nagano N., Nakayama N., Ikeda K. et al. // Ibid. 2015. V. 43. P. D453.https://doi.org/10.1093/nar/gku946
Ribeiro A.J.M., Holliday J.L., Furnham N. et al. // Ibid. 2018. V. 46. P. D618.https://doi.org/10.1093/nar/gkx1012
Furnham N., Holliday G.L., de Beer T.A.P. et al. // Ibid. 2014. V. 42. P. D485.https://doi.org/10.1093/nar/gkt1243
Warshel A., Levitt M. // J. Mol. Biol. 1976. V. 103. P. 227. https://doi.org/10.1016/0022-2836(76)90311-9
Senn H.M., Thiel W. // Angew. Chemie Int. Ed. 2009. V. 48. P. 1198. https://doi.org/10.1002/anie.200802019
Grigorenko B.L., Kots E.D., Nemukhin A.V. // Org. Biomol. Chem. 2019. V. 17. P. 4879.https://doi.org/10.1039/C9OB00463G
Khrenova M.G., Grigorenko B.L., Kolomeisky A.B. et al. // J. Phys. Chem. B. 2015. V. 119. № 40. P. 12838.https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.5b07238
Khrenova M.G., Kots E.D., Nemukhin A.V. // Ibid. 2016. V. 120. № 16. P. 3873.https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.6b03363
Docker, Inc. https://www.docker.com, 2019.
The Linux Foundation. https://kubernetes.io, 2019.
Brekhov A.T., Mironov V.A., Moskovsky A.A. et al. // J. Phys.: Conf. Ser. 2019. V. 1392. P. 012049.https://doi.org/10.1088/1742-6596/1392/1/012049
PostgreSQL Global Development Group. https://www.postgresql.org, 2019.
Latino D.A.R.S., Aires-de-Sousa J. // Chemoinf. and Comput. Chem. Biol. 2011. V. 672. P. 325.https://doi.org/10.1007/978-1-60761-839-3_13
O’Boyle N.M., Holliday G.L., Almonacid D.E. et al. // J. Mol. Biol. 2007. V. 368. P. 1484.https://doi.org/10.1016/j.jmb.2007.02.065
Almonacid D.E., Babbitt P.C. // Curr. Opin. Chem. Biol. 2011. V. 15. P. 435.https://doi.org/10.1016/j.cbpa.2011.03.008