WEEGIT – software for visualization and annotation of the electrophysiological activity registration data

封面

如何引用文章

全文:

开放存取 开放存取
受限制的访问 ##reader.subscriptionAccessGranted##
受限制的访问 订阅存取

详细

Wizard for EEG Information Tabling – “WEEGIT” is a software designed for visualization and annotation of the long-lasting records of activity. Long-lasting records of raw data are used in various areas of life sciences and well represented in neuroscience. In spite of development of other techniques and approaches the electrophysiological activity registration remains the “golden standard” in neurobiological research. Therefore, we developed and verified “WEEGIT” as a powerful and convenient tool for electrophysiological recordings’ description. We combined the most important features presented in other commercial and noncommercial software in the “WEEGIT”. Presented software can operate with widely used formats of records. ”WEEGIT” allows adaptive visualizing of up to 512 channels of record in different timescale without loss of efficiency and consumption of large machine resources. Visualizing also includes optional built-in temporal-spatial analysis (density of current sources or the density of action potentials) displayed as a background image. Integration of a set of optional filtering and signal transforming procedures allows improving record visualization. “WEEGIT” has a convenient graphical user interface with opportunity of simultaneous time browsing and annotating of the records in one workspace. Annotation can be done by simple text information typing as well as an interactive placing of specialized labels and objects. Software also allows saving data in the resampled format, both for the whole record and for user-defined events. In conclusion, “WEEGIT” provides a great set of benefits for the convenient workflow for beginners and specialists in the electrophysiological area of research, including preparation of the data for further specialized analysis.

作者简介

D. Suchkov

INSERM UMR1249, INMED, Aix-Marseille University

编辑信件的主要联系方式.
Email: suchkov.dmitriy.ksu@gmail.com
France, Marseille

V. Shumkova

Kazan Federal University

Email: suchkov.dmitriy.ksu@gmail.com
Russia, Kazan

V. Sitdikova

Kazan Federal University

Email: suchkov.dmitriy.ksu@gmail.com
Russia, Kazan

V. Silaeva

Kazan Federal University

Email: suchkov.dmitriy.ksu@gmail.com
Russia, Kazan

A. Logashkin

Kazan Federal University

Email: suchkov.dmitriy.ksu@gmail.com
Russia, Kazan

A. Mamleev

Kazan Federal University

Email: suchkov.dmitriy.ksu@gmail.com
Russia, Kazan

M. Minlebaev

INSERM UMR1249, INMED, Aix-Marseille University; Kazan Federal University

Email: suchkov.dmitriy.ksu@gmail.com
France, Marseille; Russia, Kazan

参考

  1. Altman Y. Findjobj – find java handles of Matlab graphic objects. MATLAB Central File Exchange 2023. https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/14317-findjobj-find-java-handles-of-matlab-graphic-objects
  2. Buzsaki G., Anastassiou C.A., Koch C. The origin of extracellular fields andcurrents — eeg, ecog, lfp and spikes. Nature Reviews Neuroscience 2012. 13 (6): 407–420. https://doi.org/10.1038/nrn3241
  3. Hazan L., Zugaro M., Buzsaki G. Klusters, neuroscope, ndmanager: A free software suite for neurophysiological data processing and visualization. Journal of Neuroscience Methods 2006. 155 (2): 207–216. https://doi.org/10.1016/j.jneumeth.2006.01.017
  4. Nasiotis K., Cousineau M., Tadel F., Peyrache A., Leahy R.M., Pack C.C., Baillet S. Integrated open-source software for multiscale electrophysiology. Scientific Data 2019. 6 (1): 231. https://doi.org/10.1038/s41597-019-0242-z
  5. Patel Y.A., George A., Dorval A.D., White J.A., Christini D.J., Butera R.J. Hard real-time closed-loop electrophysiology with the real-time experiment interface (rtxi). PLOS Computational Biology 2017. 13 (5): e1005430. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005430
  6. Siegle J.H., Lopez A.C., Patel Y.A., Abramov K., Ohayon S., Voigts J. Openephys: an open-source, plugin-based platform for multichannel electrophysiology. Journal of Neural Engineering 2017. 14 (4): 045003. https://doi.org/10.1088/1741-2552/aa5eea
  7. Tadel F., Baillet S., Mosher J.C., Pantazis D., Leahy R.M. Brainstorm: A userfriendly application for meg/eeg analysis. Computational Intelligence and Neuroscience 2011. https://doi.org/10.1155/2011/879716

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
2.

下载 (1MB)
3.

下载 (1MB)
4.

下载 (2MB)
5.

下载 (1MB)
6.

下载 (1MB)

版权所有 © D.S. Suchkov, V.V. Shumkova, V.R. Sitdikova, V.M. Silaeva, A.E. Logashkin, A.R. Mamleev, M.G. Minlebaev, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».