Intrinsically Disordered Regions Affect the Expression of Toll-Like Receptor TIR Domains in Soluble Form

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

Here we investigate the effect of the C-terminal region on the solubility of TLR4 and TLR10 TIR domains upon the heterologous expression in Escherichia coli. We demonstrated that the absence of this region significantly enhances the yields of globular domains in a soluble form. These findings complement the protocols, previously established to synthesize the TLR TIR domains for the structural studies by various techniques, including by NMR spectroscopy.

About the authors

V. A. Lushpa

Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry of the Russian Academy of Sciences

Moscow, 142290 Russia

M. V. Goncharuk

Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry of the Russian Academy of Sciences

Moscow, 142290 Russia

A. S Arseniev

Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry of the Russian Academy of Sciences

Moscow, 142290 Russia

K. S. Mineev

Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry of the Russian Academy of Sciences; Institute of Organic Chemistry and Chemical Biology, Goethe University Frankfurt

Moscow, 142290 Russia; Frankfurt am Main, 60438 Germany

S. A. Goncharuk

Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry of the Russian Academy of Sciences

Email: ms.goncharuk@gmail.com
Moscow, 142290 Russia

References

  1. Medzhitov R. // Nat. Rev. Immunol. 2001. V. 1. P. 135-145. https://doi.org/10.1038/35100529
  2. Akira S., Takeda K., Kaisho T. // Nat. Immunol. 2001. V. 2. P. 675-680. https://doi.org/10.1038/90609
  3. El-Zayat S., Sibaii H., Mannaa F. // Bull. Natl. Res. Cent. 2019. V. 43. P. 187. https://doi.org/10.1186/s42269-019-0227-2
  4. Duan T., Du Y., Xing C., Wang H., Wang R. // Front. Immunol. 2022. V. 13. P. 812774. https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.812774
  5. Akira S., Takeda K. // Nat. Rev. Immunol. 2004. V. 4. P. 499-511. https://doi.org/10.1038/nri1391
  6. Gay N., Symmons M., Gangloff M., Bryant C. // Nat. Rev. Immunol. 2014. V. 14. P. 546-558. https://doi.org/10.1038/nri3713
  7. Montero V., de Andrés M. // Allergol. Immunopathol. 2009. V. 37. P. 252-263. https://doi.org/10.1016/j.aller.2009.04.004
  8. Lin Y., Verma A., Hodgkinson C. // Curr. Genomics. 2012. V. 13. P. 633-645. https://doi.org/10.2174/138920212803759712
  9. Zhang Y., Liu J., Wang C., Liu J., Lu W. // Front. Immunol. 2021. V. 12. P. 672346. https://doi.org/10.3389/fimmu.2021.672346
  10. Chen Y., Wu K., Wu H. // Int. J. Mol. Sci. 2024. V. 25. P. 5037. https://doi.org/10.3390/ijms25095037
  11. Wang K., Huang H., Zhan Q., Ding H., Li Y. // MedComm. 2024. V. 5. P. e549. https://doi.org/10.1002/mco2.549
  12. Thakur K., Bolshette N., Trandafir C., Jamdade V., Istrate A., Gogoi R., Cucuianu A. // Exp. Hematol. 2015. V. 43. P. 158-167. https://doi.org/10.1016/j.exphem.2014.11.003
  13. Farooq M., Batool M., Kim M., Choi S. // Front. Cell Dev. Biol. 2021. V. 9. P. 756315. https://doi.org/10.3389/fcell.2021.756315
  14. Ohto U., Shibata T., Tanji H., Ishida H., Krayukhina E., Uchiyama S., Miyake K., Shimizu T. // Nature. 2015. V. 520. P. 702-705. https://doi.org/10.1038/nature14138
  15. Su L., Wang Y., Wang J., Mifune Y., Morin M., Jones B., Moresco E., Boger D., Beutler B., Zhang H. // J. Med. Chem. 2019. V. 62. P. 2938-2949. https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.8b01583
  16. Yoon S., Kurnasov O., Natarajan V., Hong M., Gudkov A., Osterman A., Wilson I. // Science. 2012. V. 335. P. 859-864. https://doi.org/10.1126/science.1215584
  17. Park B., Song D., Kim H., Choi B., Lee H., Lee J. // Nature. 2009. V. 458. P. 1191-1195. https://doi.org/10.1038/nature07830
  18. Tanji H., Ohto U., Shibata T., Taoka M., Yamauchi Y., Isobe T., Miyake K., Shimizu T. // Nat. Struct. Mol. Biol. 2015. V. 22. P. 109-115. https://doi.org/10.1038/nsmb.2943
  19. Jin M., Kim S., Heo J., Lee M., Kim H., Paik S., Lee H., Lee J. // Cell. 2007. V. 130. P. 1071-1082. https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.09.008
  20. Kang J., Nan X., Jin M., Youn S., Ryu Y., Mah S., Han S., Lee H., Paik S., Lee J. // Immunity. 2009. V. 31. P. 873-884. https://doi.org/10.1016/j.immuni.2009.09.018
  21. Kornilov F., Shabalkina A., Lin C., Volynsky P., Kot E., Kayushin A., Lushpa V., Goncharuk M., Arseniev A., Goncharuk S., Wang X., Mineev K. // Nat. Commun. 2023. V. 14. P. 1503. https://doi.org/10.1038/s41467-023-37042-6
  22. Mineev K., Goncharuk S., Goncharuk M., Volynsky P., Novikova E., Aresinev A. // Sci. Rep. 2017. V. 7. P. 1-12. https://doi.org/10.1038/s41598-017-07250-4
  23. Mineev K., Goncharuk S., Arseniev A. // FEBS Lett. 2014. V. 588. P. 3802-3807. https://doi.org/10.1016/j.febslet.2014.08.031
  24. Jang T., Park H. // J. Mol. Biol. 2014. V. 426. P. 3305-3313. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2014.07.024
  25. Xu Y., Tao X., Shen B., Horng T., Medzhitov R., Manley J., Tong L. // Nature. 2000. V. 408. P. 111-115. https://doi.org/10.1038/35040600
  26. Nyman T., Stenmark P., Flodin S., Johansson I., Hammarström M., Nordlund P. // J. Biol. Chem. 2008. V. 283. P. 11861-11865. https://doi.org/10.1074/jbc.C800001200
  27. Lushpa V., Goncharuk M., Lin C., Zalevsky A., Talyzina I., Luginina A., Vakhrameev D., Shevtsov M., Goncharuk S., Arseniev A., Borshchevskiy V., Wang X., Mineev K. // Commun. Biol. 2021. V. 4. P. 1-12. https://doi.org/10.1038/s42003-021-02532-0
  28. Lushpa V., Goncharuk M., Talyzina I., Arseniev A., Bocharov E., Mineev K., Goncharuk S. // PLoS One. 2024. V. 19. P. e0304997. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0304997
  29. Jumper J., Evans R., Pritzel A., Green T., Figurnov M., Ronneberger O., Tunyasuvunakool K., Bates R., Žídek A., Potapenko A., Bridgland A., Meyer C., Kohl S., Ballard A., Cowie A., Romera-Paredes B., Nikolov S., Jain R., Adler J., Back T., Petersen S., Reiman D., Clancy E., Zielinski M., Steinegger M., Pacholska M., Berghammer T., Bodenstein S., Silver D., Vinyals O., Senior A., Kavukcuoglu K., Kohli P., Hassabis D. // Nature. 2021. V. 596. P. 583-589. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2
  30. Goncharuk M., Lushpa V., Goncharuk S., Arseniev A., Mineev K. // Protein. Expr. Purif. 2021. V. 181. P. 105832. https://doi.org/10.1016/j.pep.2021.105832

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2025 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».