TERT Promoter Mutation Analysis in Glioma Samples by Allele-Specific Biochip Hybridization

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

Somatic mutations in the promoter of the telomerase reverse transcriptase gene TERT can cause reactivation of the telomerase enzyme, which stimulates neoplastic processes in the body. C228T and C250T mutations of the TERT gene promoter (TERTp) are most often found in brain gliomas, for which they are important diagnostic and prognostic markers. To detect TERTp mutations, an approach involving amplification of the promoter region and subsequent hybridization with immobilized probes on a biological microarray (biochip) has been developed. Using this approach, the mutational status of TERTp in 94 glioma samples (astrocytoma, oligodendroglioma, glioblastoma) was investigated. To verify the genotyping results, we used data from Illumina platform targeting sequencing and Sanger direct sequencing. In total, TERTp mutations were detected in 62 of 94 samples (66%), most commonly in patients with glioblastoma (71%). The C228T mutation (69%) was significantly more frequent compared to the C250T mutation (31%). The results of biochip validation on a collection of clinical samples show that it can be used as a convenient and reliable diagnostic tool in genetic analysis of CNS tumors.

About the authors

V. O. Varachev

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, 119991 Russia

I. O. Barinova

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, 119991 Russia

O. Yu. Susova

N.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology, Ministry of Health of the Russian Federation

Moscow, 115478 Russia

A. A. Mitrofanov

N.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology, Ministry of Health of the Russian Federation

Moscow, 115478 Russia

S. A. Surzhikov

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, 119991 Russia

I. V. Grechishnikova

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, 119991 Russia

A. S. Zasedatelev

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, 119991 Russia

A. V. Chudinov

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, 119991 Russia

T. V. Nasedkina

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: tanased06@rambler.ru
Moscow, 119991 Russia

References

  1. Jafri M.A., Ansari S.A., Alqahtani M.H., Shay J.W. // Genome Med. 2016. V. 8. P. 69. https://doi.org/10.1186/s13073-016-0324-x
  2. Gupta S., Vanderbilt C.M., Lin Y.T., Benhamida J.K., Jungbluth A.A., Rana S., Momeni-Boroujeni A., Chang J.C., Mcfarlane T., Salazar P., Mullaney K., Middha S., Zehir A., Gopalan A., Bale T.A., Ganly I., Arcila M.E., Benayed R., Berger M.F., Ladanyi M., Dogan S. // J. Mol. Diagn. 2021. V. 23. P. 253-263. https://doi.org/10.1016/j.jmoldx.2020.11.003
  3. Hafezi F., Perez Bercoff D. // Cells. 2020. V. 9. P. 749. https://doi.org/10.3390/cells9030749
  4. Louis D.N., Perry A., Wesseling P., Brat D.J., Cree I.A., Figarella-Branger D., Hawkins C., Ng H.K., Pfister S.M., Reifenberger G., Soffietti R., von Deimling A., Ellison D.W. // Neuro Oncol. 2021. V. 23. P. 1231- 1251. https://doi.org/10.1093/neuonc/noab106
  5. Hasanau T., Pisarev E., Kisil O., Nonoguchi N., Le Calvez-Kelm F., Zvereva M. // Biomedicines. 2022. V. 10. P. 728. https://doi.org/10.3390/biomedicines10030728
  6. Diplas B.H., Liu H., Yang R., Hansen L.J., Zachem A.L., Zhao F., Bigner D.D., McLendon R.E., Jiao Y., He Y., Waitkus M.S., Yan H. // Neuro Oncol. 2019. V. 21. P. 440-450. https://doi.org/10.1093/neuonc/noy167
  7. Fujioka Y., Hata N., Akagi Y., Kuga D., Hatae R., Sangatsuda Y., Michiwaki Y., Amemiya T., Takigawa K., Funakoshi Y., Sako A., Iwaki T., Iihara K., Mizoguchi M. // J. Neurooncol. 2021. V. 152. P. 47-54. https://doi.org/10.1007/s11060-020-03682-7
  8. Adachi J.I., Shirahata M., Suzuki T., Mishima K., Uchida E., Sasaki A., Nishikawa R. // Brain Tumor Pathol. 2021. V. 38. P. 201-209. https://doi.org/10.1007/s10014-021-00403-4
  9. Zacher A., Kaulich K., Stepanow S., Wolter M., Köhrer K., Felsberg J., Malzkorn B., Reifenberger G. // Brain Pathol. 2017. V. 27. P. 146-159. https://doi.org/10.1111/bpa.12367
  10. Varachev V.O., Guskov D.A., Shekhtman A.P., Rogozhin D.V., Polyakov S.A., Zacedatelev A.S., Chudinov A.V., Nasedkina T.V. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2023. V. 49. P. 1137-1142. https://doi.org/10.1134/s1068162023050205
  11. Иконникова А.Ю., Шершов В.Е., Мороз Ю.В., Василисков В.А., Лапа С.А., Мифтахов Р.А., Кузнецова В.Е., Чудинов А.В., Наседкина Т.В. // Биофизика. 2021. Т. 6. С. 31-39. https://doi.org/10.31857/S000630292101004X
  12. Yuan Y., Qi C., Maling G., Xiang W., Yanhui L., Ruofei L., Yunhe M., Jiewen L., Qing M. // J. Clin. Neurosci. 2016. V. 26. P. 57-62. https://doi.org/10.1016/j.jocn.2015.05.066
  13. Huang D.S., Wang Z., He X.J., Diplas B.H., Yang R., Killela P.J., Meng Q., Ye Z.Y., Wang W., Jiang X.T., Xu L., He X.L., Zhao Z.S., Xu W.J., Wang H.J., Ma Y.Y., Xia Y.J., Li L., Zhang R.X., Jin T., Zhao Z.K., Xu J., Yu S., Wu F., Liang J., Wang S., Jiao Y., Yan H., Tao H.Q. // Eur. J. Cancer. 2015. V. 51. P. 969-976. https://doi.org/10.1016/j.ejca.2015.03.010
  14. Hewer E., Phour J., Gutt-Will M., Schucht P., Dettmer M.S., Vassella E.J. // Neuropathol. Exp. Neurol. 2020. V. 79. P. 430-436. https://doi.org/10.1093/jnen/nlaa004
  15. Li J., Han Z., Ma C., Chi H., Jia D., Zhang K., Feng Z., Han B., Qi M., Li G., Li X., Xue H. // Ann. Clin. Transl. Neurol. 2024. V. 11. P. 2176-2187. https://doi.org/10.1002/acn3.52138
  16. Варачев В.О., Сусова О.Ю., Митрофанов А.А., Краснов Г.С., Насхлеташвили Д.Р., Аммур Ю.И., Бежанова С.Д., Севян Н.В., Прозоренко Е.В., Бекяшев А.Х., Наседкина Т.В. // Усп. мол. онкологии. 2024. Т. 11. С. 68-78. https://doi.org/10.17650/2313-805X-2024-11-3-68-78
  17. Краснов Г.С., Гукасян Л.Г., Абрамов И.С., Наседкина Т.В. // Мол. биология. 2021. Т. 5. С. 829-845. https://doi.org/10.31857/S0026898421050050

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2025 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».