ФЛУОРЕСЦЕНТНОЕ МАРКИРОВАНИЕ GC-БОГАТОЙ ДНК-МАТРИЦЫ РАЗЛИЧНЫМИ ПРОИЗВОДНЫМИ НУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ГИБРИДИЗАЦИОННОГО АНАЛИЗА НА БИОЛОГИЧЕСКОМ МИКРОЧИПЕ

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Исследована эффективность маркирования GC-богатой области промотора гена TERT в геноме человека производными 5'-трифосфатов 2'-дезоксиуридина (dU) и 2'-дезоксицитидина (dC), содержащими цианиновые красители Cy5 и Cy7 в качестве флуоресцентной метки. Методом ПЦР в реальном времени оценивали влияние модифицированных нуклеотидов на эффективность ПЦР, также определяли степень включения нуклеотидов в ПЦР-продукт. Эффективность маркирования ДНК-матрицы определяли по интенсивности флуоресцентного сигнала при проведении аллель-специфичной гибридизации на биологическом микрочипе. Наибольший уровень флуоресценции ячеек биочипа наблюдали для производных dU-Cy7 по сравнению с производными dU- и dC-Cy5. В то же время в случае GC-богатой ДНК-матрицы использование производных dC-Cy5 давало принципиально лучший результат по сравнению с производным dU-Cy5. Таким образом, модифицированные аналоги Cy7, способные встраиваться в ДНК при проведении ПЦР, в меньшей степени зависят от GC-состава ДНК-матрицы и выступают более универсальными флуоресцентными метками для диагностических целей. Наиболее перспективным представляется дальнейшее применение модифицированных аналогов Cy7 при разработке тест-систем формата “лаборатория-на-чипе”.

Об авторах

И. О. Баринова

ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН

Россия, 119991 Москва

В. Е. Шершов

ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН

Россия, 119991 Москва

В. О. Варачев

ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН

Россия, 119991 Москва

С. А. Суржиков

ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН

Россия, 119991 Москва

И. В. Гречишникова

ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН

Россия, 119991 Москва

О. А. Заседателева

ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН

Россия, 119991 Москва

Т. В. Наседкина

ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН

Email: tanased06@rambler.ru
Россия, 119991 Москва

А. В. Чудинов

ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН

Россия, 119991 Москва

Список литературы

  1. Stumpf A., Brandstetter T., Hübner J., Rühe J. // PLoS One. 2019. V. 14. P. e0225525. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0225525
  2. Dullaert-de Boer M., Akkerman O.W., Vermeer M., Hess D.L.J., Kerstjens H.A.M., Anthony R.M., van der Werf T.S., van Soolingen D., van der Zanden A.G.M. // PLoS One. 2018. V. 13. P. e0190847. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0190847
  3. Ikonnikova A.Y., Filippova M.A., Surzhikov S.A., Pozhitnova V.O., Kazakov R.E., Lisitsa T.S., Belkov S.A., Nasedkina T.V. // Drug Metab. Pers. Ther. 2020. V. 36. P. 33-40. https://doi.org/10.1515/dmpt-2020-0155
  4. Leevy W.M., Gammon S.T., Johnson J.R., Lampkins A.J., Jiang H., Marquez M., Piwnica-Worms D., Suckow M.A., Smith B.D. // Bioconj. Chem. 2008. V. 19. P. 686-692. https://doi.org/10.1021/bc700376v
  5. Шершов В.Е., Иконникова А.Ю., Василисков В.А., Лапа С.А., Мифтахов Р.А., Кузнецова В.Е., Чудинов А.В., Наседкина Т.В. // Биофизика. 2020. Т. 65. С. 865-871. https://doi.org/10.31857/S0006302920050038
  6. Фесенко Д.О., Гусейнов Т.О., Лапа С.А., Кузнецова В.Е., Шершов В.Е., Спицын М.А., Наседкина Т.В., Заседателев А.С., Чудинов А.В. // Мол. биология. 2018. Т. 52. С. 533-542. https://doi.org/10.7868/S0026898418030175
  7. Иконникова А.Ю., Шершов В.Е., Мороз Ю.В., Василисков В.А., Лапа С.А., Мифтахов Р.А., Кузнецова В.Е., Чудинов А.В., Наседкина Т.В. // Биофизика. 2021. Т. 66. С. 31-39. https://doi.org/10.31857/S000630292101004X
  8. Bell R.J., Rube H.T., Xavier-Magalhães A., Costa B.M., Mancini A., Song J.S., Costello J.F. // Mol. Cancer Res. 2016. V. 14. P. 315-323. https://doi.org/10.1158/1541-7786.MCR-16-0003
  9. Фесенко Д.О., Абрамов И.С., Шершов В.Е., Кузнецова В.Е., Суржиков С.А., Гречишникова И.В., Барский В.Е., Чудинов А.В., Наседкина Т.В. // Мол. биология. 2018. Т. 52. С. 997-1005. https://doi.org/10.1134/S0026898418060071
  10. Lapa S.A., Volkova O.S., Spitsyn M.A., Shershov V.E., Kuznetsova V.E., Guseinov T.O., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2019. V. 45. P. 263-272. https://doi.org/10.1134/S1068162019040046
  11. Иконникова А.Ю., Лисица Т.С., Шершов В.Е., Спицын М.А., Гусейнов Т.О., Фесенко Д.О., Лапа С.А., Кузнецова В.Е., Заседателев А.С., Чудинов А.В., Наседкина Т.В. // Биофизика. 2017. Т. 62. С. 1093- 1098.
  12. Boyer A.E., Lipowska M., Zen J.-M., Patonay G. // Anal. Lett. 1992. V. 25. P. 415-428. https://doi.org/10.1080/00032719208016105
  13. Varachev V.O., Guskov D.A., Shekhtman A.P., Rogozhin D.V., Polyakov S.A., Zacedatelev A.S., Chudinov A.V., Nasedkina T.V. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2023. V. 49. P. 1137-1142. https://doi.org/10.1134/S1068162023050205
  14. Varachev V., Shekhtman A., Guskov D., Rogozhin D., Zasedatelev A., Nasedkina T. // Diagnostics (Basel). 2024. V. 14. P. 200. https://doi.org/10.3390/diagnostics14020200

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».