СИКВЕНС-СПЕЦИФИЧНОСТЬ ДИМЕРНЫХ БИСБЕНЗИМИДАЗОЛОВ К АТ-ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯМ ДНК РАЗЛИЧНОГО НУКЛЕОТИДНОГО СОСТАВА, ОПРЕДЕЛЕННАЯ С ПОМОЩЬЮ ФУТПРИНТИНГА

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Сайт-специфичность связывания с ДНК трех серий узкобороздочных лигандов - димерных бисбензимидазолов DB2(n), DB2P(n) и DB2Py(n) - впервые определена методом футпринтинга с ДНКазой I. Соединения состоят из двух бисбензимидазольных блоков, соединенных между собой олигометиленовыми линкерами различной длины (n). У DB2(n) и DB2P(n) общий мономер MB2 представляет собой аналог Hoechst 33342, в котором удалено гидрофобное этоксифенильное ядро и на его место введена гидрофильная аминометиленовая группа. В состав структуры молекул серии DB2Py(n) входят два бензимидазольных кольца и одна пирролкарбоксамидная группа, являющаяся структурной единицей антибиотика нетропсина, специфичного к АТ-последовательностям ДНК. Показано, что все исследуемые соединения имеют специфичность в отношении АТ-пар нуклеотидов ДНК. Димерные бисбензимидазолы серии DB2P(n) и DB2(n) обладают повышенным сродством к последовательностям (AATT)3 и ТТТТ. Для DB2Py(n) определена высокая специфичность к АТ-богатым последовательностям и склонность первоочередно связываться с TTTT-мотивом. Все исследованные соединения не взаимодействуют с последовательностями, содержащими менее четырех AT-пар оснований. Результаты демонстрируют потенциал этих соединений как инструментов для воздействия на определенные последовательности ДНК, что открывает перспективы их применению в молекулярной биологии и разработке лекарственных препаратов.

Об авторах

Д. С. Набережнов

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН; “НМИЦонкологии им. Н.Н. Блохина” Минздрава России

Россия, 119991 Москва; Россия, 115522 Москва

А. Ф. Арутюнян

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Россия, 119991 Москва

А. Д. Бениаминов

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Россия, 119991 Москва

Н. М. Смирнов

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Россия, 119991 Москва

Д. Н. Калюжный

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Россия, 119991 Москва

А. Л. Жузе

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Россия, 119991 Москва

О. Ю. Сусова

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН; “НМИЦонкологии им. Н.Н. Блохина” Минздрава России

Email: susovaolga@gmail.com
Россия, 119991 Москва; Россия, 115522 Москва

Список литературы

  1. Wu K., Peng X., Chen M., Li Y., Tang G., Peng J., Peng Y., Cao X. // Chem. Biol. Drug. Des. 2022. V. 99. P. 736-757. https://doi.org/10.1111/cbdd.14022
  2. Tyagi Y.K., Jali G., Singh R. // Med. Chem. 2022. V. 22. P. 3280-3290. https://doi.org/10.2174/1871520622666220429134818
  3. Alniss H.Y., Al-Jubeh H.M., Msallam Y.A., Siddiqui R., Makhlouf Z., Ravi A., Hamdy R., Soliman S.S.M., Khan N.A. // Eur. J. Med. Chem. 2024. V. 271. P. 116440. https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2024.116440
  4. Pan T., He X., Chen B., Chen H., Geng G., Luo H., Zhang H., Bai C. // Eur. J. Med. Chem. 2015. V. 5. P. 500-513. https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2015.03.050
  5. Phan N.K., Huynh T.K., Nguyen H.P., Le Q.T., Nguyen T.C., Ngo K.K., Nguyen T.H., Ton K.A., Thai K.M., Hoang T.K. // ACS Omega. 2023. V. 28. P. 28733-28748. https://doi.org/10.1021/acsomega.3c03530
  6. Teng M.K., Usman N., Frederick C.A., Wang A.H. // Nucleic Acids Res. 1988. V. 25. P. 2671-2690. https://doi.org/10.1093/nar/16.6.2671
  7. Breusegem S.Y., Clegg R.M., Loontiens F.G. // J. Mol. Biol. 2002. V. 1. P. 1049-1061. https://doi.org/10.1006/jmbi.2001.5301
  8. Bazhulina N.P., Nikitin A.M., Rodin S.A., Surovaya A.N., Kravatsky Y.V., Pismensky V.F., Archipova V.S., Martin R., Gursky G.V. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2009. V. 26. P. 701-718. https://doi.org/10.1080/07391102.2009.10507283
  9. Streltsov S.A., Gromyko A.V., Oleinikov V.A., Zhuze A.L. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2006. V. 24. P. 285-302. https://doi.org/10.1080/07391102.2006.10507121
  10. Ivanov A.A., Salianov V.I., Strel’tsov S.A., Cherepanova N.A., Gromova E.S., Zhuze A.L. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2011. V. 37. P. 530-541. https://doi.org/10.1134/s1068162011040054
  11. Ivanov A.A., Koval V.S., Susova O.Y., Salyanov V.I., Oleinikov V.A., Stomakhin A.A., Shalginskikh N.A., Kvasha M.A., Kirsanova O.V., Gromova E.S., Zhuze A.L. // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2015. V. 1. P. 2634-2638. https://doi.org/10.1016/j.bmcl.2015.04.087
  12. Neidle S. // Nat. Prod. Rep. 2001. V. 18. P. 291-309. https://doi.org/10.1039/a705982e
  13. Susova O.Y., Karshieva S.S., Kostyukov A.A., Moiseeva N.I., Zaytseva E.A., Kalabina K.V., Zusinaite E., Gildemann K., Smirnov N.M., Arutyunyan A.F., Zhuze A.L. // Act. Nat. 2024. V. 16. P. 86-100. https://doi.org/10.32607/actanaturae.27327
  14. Naberezhnov D.S., Kirsanov K.I., Glazunov V.Y., Belitskiy G.A., Yakubovskaya M.G. // Russ. Fundam. Res. 2015. V. 2. P. 5599-5604.
  15. Caneva R., De Simoni A., Mayol L., Rossetti L., Savino M. // Biochim. Biophys. Acta. 1997. V. 7. P. 93-97. https://doi.org/10.1016/s0167-4781(97)00091-2
  16. Isagulieva A.K., Kaluzhny D.N., Beniaminov A.D., Soshnikova N.V., Shtil A.A. // Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. P. 8871. https://doi.org/10.3390/ijms23168871

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».