Intravital genotyping of Japanese sea cucumber, Apostichopus japonicus (Selenka, 1867) (Echinodermata: Holothuroidea), for aquaculture and population genetics studies

封面

如何引用文章

全文:

开放存取 开放存取
受限制的访问 ##reader.subscriptionAccessGranted##
受限制的访问 订阅存取

详细

DNA extraction of Japanese sea cucumber, Apostichopus japonicus (Selenka, 1867), was performed from the tube feet and from the longitudinal muscle band as a control. DNA isolated from the tube feet was of a high quality and suitable for further molecular genetics studies. The opportunity to obtain genetic material from a living individual opens up new prospects for population monitoring, release of individuals back to the environment, and selection of aquatic organisms with high polymorphism for breeding in aquaculture.

作者简介

V. Yagodina

Zhirmunsky National Scientific Center of Marine Biology, Far Eastern Branch, Russian Academy of Sciences; Institute of the World Ocean, Far Eastern Federal University

Email: iagodinavd@gmail.com
Vladivostok, 690041 Russia; Vladivostok, 690022 Russia

V. Brykov

Zhirmunsky National Scientific Center of Marine Biology, Far Eastern Branch, Russian Academy of Sciences

Vladivostok, 690041 Russia

参考

  1. Гаврилова Г.С. Товарное выращивание дальневосточного трепанга. Владивосток: ТИНРО-центр. 2013. 99 с.
  2. Adachi K., Okumura S.I., Moriyama S. Genetic structure of Japanese sea cucumbers (Apostichopus japonicus) along the Sanriku coast supports the effect of earthquakes and related tsunamis // Genetica. 2018. V. 146. № 6. P. 497–503.
  3. Arafa S., Sadok S., El Abed A. Assessment of magnesium chloride as an anaesthetic for adult sea urchins (Paracentrotus lividus): incidence on mortality and spawning // Aquacult. Res. 2007. V. 38. P. 1673–1678.
  4. Chen L., Li Q., Yang J. Microsatellite genetic variation in wild and hatchery populations of the sea cucumber (Apostichopus japonicus Selenka) from northern China // Aquacult. Res. 2008. V. 39. P. 1541–1549.
  5. Chen M., Gao L., Zhang W. et al. Identification of forty-five gene-derived polymorphic microsatellite loci for the sea cucumber, Apostichopus japonicus // J. Genet. 2013. V. 92. P. e31–e35. http://www.ias.as.in/jgenet/OnlineResources/92/e31.pdf. https://doi.org/10.1007/s12041-013-0234-2
  6. Crespi-Abril A.C., Rubilar T. Ethical considerations for echinoderms: new initiatives in welfare // Animals (Basel). 2023. V. 13. Art. ID3377.
  7. Edgar R.C. MUSCLE: a multiple sequence alignment method with reduced time and space complexity // BMC Bioinform. 2004. V. 5. Art. ID113.
  8. Furlan E., Stoklosa J., Griffiths J. et al. Small population size and extremely low levels of genetic diversity in island populations of the platypus, Ornithorhynchus anatinus // Ecol. Evol. 2012. V. 2. № 4. P. 844–857.
  9. Kang J.-H., Kim Y.-K., Kim M.-J. et al. Genetic differentiation among populations and color variants of sea cucumbers (Stichopus japonicus) from Korea and China // Int. J. Biol. Sci. 2011. V. 7. № 3. P. 323–332.
  10. Kanno M., Li Q., Kijima A. Isolation and characterization of twenty microsatellite loci in Japanese sea cucumber (Stichopus japonicus) // Mar. Biotechnol. 2005. V. 7. P. 179–183.
  11. Liao M., Wang Y., Rong X. et al. Development of new microsatellite DNA markers from Apostichopus japonicus and their cross-species application in Parastichopus parvimensis and Pathallus mollis // Int. J. Mol. Sci. 2011. V. 12. P. 5862–5870.
  12. Madeira P., Stefanni S., Ávila S.P. Non-destructive tissue sampling and the use of PCR-RFLPs in two edible sea cucumbers from the north-eastern Atlantic, Holothuria mammata Grube, 1840 and H. sanctori Delle Chiaje, 1823 (Echinodermata: Holothuroidea) // Eur. Zool. J. 2018. V. 85. № 1. P. 89–94.
  13. Method for extracting DNA by echinoderm living body sampling. https://patents.google.com/patent/CN101168760A/en
  14. Nowland S.J., Jerry D.R., Southgate P.C. A non-destructive tissue sampling technique for holothurians to facilitate extraction of DNA for genetic analysis // Invertebr. Biol. 2015. V. 134. № 3. P. 252–259.
  15. Oh G.-W., Ko S.-C., Lee D.H. et al. Biological activities and biomedical potential of sea cucumber (Stichopus japonicus): a review // Fish. Aquat. Sci. 2017. V. 20. Art. ID28.
  16. Peakall R., Smouse P.E. GenAlEx 6.5: Genetic Analysis in Exel. Population genetic software for teaching and research – an update // Bioinformatics. 2012. V. 28. № 19. P. 2537–2539.
  17. Peng W., Bao Z.M., Du H.X. et al. Development and characterization of 70 novel microsatellite markers for the sea cucumber (Apostichopus japonicus) // Genet. Mol. Res. 2012. V. 11. № 1. P. 434–439.
  18. Rozas J., Ferrer-Mata A., Sánchez-DelBarrio J.C. et al. DnaSP 6: DNA Sequence Polymorphism analysis of large datasets // Mol. Biol. Evol. 2017. V. 34. № 12. P. 3299–3302.
  19. Shangguan J., Li Z. Development of novel microsatellite markers for Holothurian scabra (Holothuriidae), Apostichopus japonicus (Stichopodidae) and cross-species testing in other sea cucumbers // Chin. J. Oceanol. Limnol. 2018. V. 36. P. 519–527.
  20. Soliman T., Kanno M., Kijima A., Yamazaki Y. Population genetic structure and gene flow in the Japanese sea cucumber Apostichopus japonicus across Toyama Bay, Japan // Fish. Sci. 2012. V. 78. P. 775–783.
  21. Sulardiono B., Hartoko A., Aini A.N. et al. Genetic diversity of commercial sea cucumbers Stichopus (Echinoderm: Stichopodidae) based on DNA Barcoding in Karimunjawa, Indonesia // Biodiversitas. 2022. V. 23. № 2. P. 922–927.
  22. Tamura K., Stecher G., Kumar S. MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 11 // Mol. Biol. Evol. 2021. V. 38. P. 3022–3027.
  23. Technelysium DNA Sequencing Software. South Brisbane, Australia. https://technelysium.com.au
  24. Wei J.-L., Cong J.-J., Sun Z.-H. et al. A rapid and reliable method for genetic sex identification in sea cucumber, Apostichopus japonicus // Aquaculture. 2021. V. 543. Art. ID737021.
  25. Yan J., Jing J., Mu X. et al. A genetic linkage map of the sea cucumber (Apostichopus japonicus) based on microsatellites and SNPs // Aquaculture. 2013. V. 404–405. P. 1–7.

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
下载

版权所有 © Russian Academy of Sciences, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».