PLASMIDS OF ARCHAEA AS POSSIBLE ANCESTORS OF DNA-CONTAINING VIRUSES

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

Тhе kingdom Archaea, as well as Bacteria, belongs to the overkingdom Prokaryota. Halophilic archaea (Halorubrum lacusprofundi) isolated from Antarctic saline lakes contain plasmids (pR1SE) that code proteins taking part in the formation of membranes of archaea vesicles. The molecular and biological properties of pR1SE and the peculiarity of its interaction with sensitive cells are considered in this article. The role of structural proteins coded by pR1S in the process of formation of vesicle membrane complex is paid special attention. Plasmid-containing archaea vesicles model some properties of viruses. Archaea plasmids can be viewed as possible ancestors of DNA-containing viruses.

About the authors

D. K. Lvov

National Research Center for Epidemiology and Microbiology named after the honorary academician N.F. Gamaleya

Author for correspondence.
Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation

T. E. Sizikova

48 Central Scientific Research Institute

Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation

V. N. Lebedev

48 Central Scientific Research Institute

Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation

S. V. Borisevich

48 Central Scientific Research Institute

Email: 48cnii@mil.ru
Russian Federation

References

  1. Lwoff A., Tournier P. The classification of viruses. Ann. Rev. Microbiol. 1966; 20: 45-74.
  2. Race N.R. Time for a change. Nature. 2006; 441(7091): 289.
  3. Van Regenmortel M.H. Introduction to the species concept in virus taxonomy. In: Van Regenmortel M.H., Fanquet C.M., Bishop D.H., Carstens E.B., Estes M.K., Lemon S.M., et al. Virus Taxonomy. Seventh report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. London: Elsevier Academic Press; 2000.
  4. Жданов В.М., Львов Д.К. Место вирусов в биосфере. В кн.: Львов Д.К., ред. Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных. М.: МИА; 2013: 46-66.
  5. Жданов В.М., Львов Д.К. Эволюция возбудителей инфекционных болезней. М.: Медицина; 1984.
  6. Goldstain R., Sevidg J., Ljungquist E. Propogation of satellite phage P4 as a plasmid. Proc. Nat. Acad. Sci. 1982; 79(2): 515-9.
  7. Carstens E.B. Introduction to virus taxonomy. In: King A.M.Q., Adams M.J., Carstens E.B., Lefkowitz E.Y. Virus Taxonomy. Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. London: Elsevier Academic Press; 2012: 3-7.
  8. Van Regenmortel M.H. Virus species, a much overlooked but essential concept in virus classification. Intervirology. 1990; 31(5): 241-54.
  9. Stoet P., Ziller W. Archebacterial bacteriophages. In: Enciclopedia of Virology. Volume 1. London: Elsevier Academic Press; 1994: 50-8.
  10. Franzmn P.D., Stackebrandt E., Sanderson K., Volkman J.K., Cameron D.E., Stevenson P.L., et al. Halobacterium lacusprofundi sp. nov., a halophilic bacterium isolated from Deep Lake, Antarctica. Syst. Appl. Microbiol. 1988; 11(1): 20-7.
  11. DeMaere M.Z., Williams T.J., Allen M.A., Brown M.V., Gibson J.A., Rich J., et al. High level of intergenera gene exchange shapes the evolution of haloarchaea in an isolated Antarctic lake. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2013; 110(42): 16939-44.
  12. Chutkan H., MacDonald I., Manning A., Kuehn M.J. Quantitative and qualitative preparation of bacterial outer membrane vesicles. In: Delcour H., ed. Bacterial Cell Surfaces: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology. New York: Springer Science; 2013.
  13. Anderson I.J., DasSarma P., Lucas S., Copeland A., Lapidys A., Del Rio T.G., et al. Complete genome sequence of the Antarctic Halorubrum lacusprofundi type strain АСАМ 34. Stand. Genomic. Sci. 2016; 11(1): 70.
  14. Tschitschko B., Williams T.J., Allen M.A., Zhong L., Raftery M.J., Cavicchioli R. Ecophysiological distinctions of Haloarchaea from a Hypersaline Antarctic Lake as Determined by metaproteomics. Appl. Environ. Microbiol. 2016; 82(11): 3165-73.
  15. Tschitschko B., Williams T.J., Allen M.A., Páez-Espino D., Kyrpides N., Zhong L., et al. Antarctic archaea-virus interactions: metaproteome-led analysis of invasion, evasion and adaptation. ISME J. 2015; 9(9): 2094-107.
  16. Soler M., Marguet E., Verbavatz J.M., Forterre P. Virus-like vesicles and extracellular DNA produced by hyperthermophilic archaea of the order Thermococcales. Res. Microbiol. 2008; 159(5): 390-9.
  17. Antwerpen M.H., Georgi E., Zoeller L., Woelfel R., Stoecker K., Scheid P. Whole-Genome Sequencing of a Pandoravirus isolated from Keratitis-inducing Acanthamoeba. Genome Announc. 2015; 3(2): 1-2.
  18. Benamar S., Reteno D.G., Bandaly V., Labas N., Raoult D., La Scola B. Faustoviruses: Comparative genomics of new Megavirales Family members. Front. Microbiol. 2016; 7: 3.
  19. Dornas F.P., Khalil J.Y.B., Pagnier I., Raoult D., Abrahao J., La Scola B. Isolation of new Brazilian giant viruses from environmental samples using a panel of protozoa. Front. Microbiol. 2015; 6(1086): 1-9.
  20. Sharma V., Colson P., Chabrol O., Scheid P., Pontarotti P., Raoult D. Welcome to pandoraviruses at the ‘Fourth TRUC’ club. Front. Microbiol. 2015; 6(423): 1-11.
  21. Aherfi S., Colson P., La Scola B., Raoult D. Giant Viruses of Amoebas: An Update. Front. Microbiol. 2016; 7: 349.
  22. Claverie J.M., Abergel C. Giant viruses: The difficult breaking of multiple epistemological barriers. Stud. Hist. Philos. Biol. Biomed. Sci. 2016; 59: 89-99.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2018 Lvov D.K., Sizikova T.E., Lebedev V.N., Borisevich S.V.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».