Epstein–Barr virus (Herpesviridae: Gammaherpesvirinae: Lymphocryptovirus: Human gammaherpesvirus 4) in Kalmyks and Slavs living in Russia: virus types, LMP1 oncogene variants, and malignancies

封面

如何引用文章

全文:

详细

Introduction. The discovery of the Epstein-Barr virus types (Herpesviridae: Gammaherpesvirinae: Lymphocryptovirus: Human gammaherpesvirus 4) (EBV) – EBV-1 and EBV-2, which have different transforming abilities in vitro, stimulated the study of their prevalence in populations in order to elucidate the relationship with malignant neoplasms.

The aims of the work are to study the prevalence of EBV-1 and EBV-2 among representatives of 2 ethnic groups of Russia, Kalmyks and Slavs, sequencing analysis of the LMP1 oncogene in virus isolates, and analysis of the correlation between virus types and the incidence of certain forms of tumors.

Materials and methods. DNA samples were isolated from the biological material of oral swabs obtained from ethnic Kalmyks of the Republic of Kalmykia (RK) (n = 50) and Slavs, residents of the Moscow Region (MR) (n = 40). DNA samples were used to amplify EBV DNA, followed by determination of its concentration per 1 cell of washout, amplification of the LMP1 oncogene in viral samples, their sequencing, and determination of LMP1 protein variants.

Results. It has been established that with the same burden of EBV among representatives of both ethnic groups in the Kalmyk group, the ratio of persons infected with transforming and non-transforming types of the virus was almost the same (EBV-1 – 51%; and EBV-2 – 49%). Meanwhile, in the group of Slavs the transforming EBV-1 type virus dominated (80.6%). The predominance of EBV-1 type in representatives of the Slavs correlated with increased incidence of certain forms of tumors in the population of the MR when compared with similar values in the population of the RK, where both types of the virus were prevalent. Differences between the compared rates of cancer incidence were not statistically significant. Analysis of viral isolates showed a similar set of LMP1 variants in both ethnic groups.

Conclusion. In order to establish the influence of EBV types on the incidence of malignant tumors, additional studies involving representatives of various ethnic groups from different geographical regions are needed.

作者简介

Vladimir Gurtsevitch

Research Institute of Carcinogenesis, FSBI «National Medical Research Center of Oncology named after N.N. Blokhin» of the Ministry of Health of Russia

Email: gurtsevitch-vlad-88@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-1840-4364

doctor of medical sciences, professor, Principal Scientific Adviser, Laboratory of Viral Carcinogenesis

俄罗斯联邦, 24 Kashirskoe Shosse, Moscow, 115478

Alexandra Lubenskaya

Research Institute of Carcinogenesis, FSBI «National Medical Research Center of Oncology named after N.N. Blokhin» of the Ministry of Health of Russia

Email: lubenskaya.96@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-3953-7449

Researcher, Laboratory of Viral Carcinogenesis, Research Institute of Carcinogenesis

俄罗斯联邦, 24 Kashirskoe Shosse, Moscow, 115478

Natalia Senyuta

Research Institute of Carcinogenesis, FSBI «National Medical Research Center of Oncology named after N.N. Blokhin» of the Ministry of Health of Russia

Email: nat.senyuta@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-8915-8274

PhD Med., Scientific Adviser, Laboratory of Viral Carcinogenesis

俄罗斯联邦, 24 Kashirskoe Shosse, Moscow, 115478

Tatiana Dushenkina

Research Institute of Carcinogenesis, FSBI «National Medical Research Center of Oncology named after N.N. Blokhin» of the Ministry of Health of Russia

Email: tatyana.dushenkina@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-8279-514X

research laboratory assistant, Laboratory of Viral Carcinogenesis

俄罗斯联邦, 24 Kashirskoe Shosse, Moscow, 115478

Ksenia Smirnova

Research Institute of Carcinogenesis, FSBI «National Medical Research Center of Oncology named after N.N. Blokhin» of the Ministry of Health of Russia; FSAEI HE «Pirogov Russian National Medical University of the Ministry of the Health of Russia (Pirogov Medical University)»,

编辑信件的主要联系方式.
Email: skv.lab@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-6209-977X

PhD Biol., Head of the Laboratory of Viral Carcinogenesis

俄罗斯联邦, 24 Kashirskoe Shosse, Moscow 115478; 117997, Moscow

参考

  1. Davison A.J., Eberle R., Ehlers B., Hayward G.S., McGeoch D.J., Minson A.C., et al. The order Herpesvirales. Arch. Virol. 2009; 154(1): 171–7. https://doi.org/10.1007/s00705-008-0278-4
  2. Dolan A., Addison C., Gatherer D., Davison A.J., McGeoch D.J. The genome of Epstein–Barr virus type 2 strain AG876. Virology. 2006; 350(1): 164–70. https://doi.org/10.1016/j.virol.2006.01.015
  3. Young L.S., Rickinson A.B. Epstein–Barr virus: 40 years on. Nat. Rev. Cancer. 2004; 4(10): 757–68. https://doi.org/10.1038/nrc1452
  4. Moore P.S., Chang Y. Why do viruses cause cancer? Highlights of the first century of human tumour virology. Nat. Rev. Cancer. 2010; 10(12): 878–89. https://doi.org/10.1038/nrc2961
  5. McGeoch D.J. Molecular evolution of the γ–Herpesvirinae. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 2001; 356(1408): 421–35. https://doi.org/10.1098/rstb.2000.0775
  6. Sample J., Young L., Martin B., Chatman T., Kieff E., Rickinson A., et al. Epstein–Barr virus types 1 and 2 differ in their EBNA-3A, EBNA-3B, and EBNA-3C genes. J. Virol. 1990; 64(9): 4084–92. https://doi.org/10.1128/JVI.64.9.4084-4092.1990
  7. Gratama J.W., Ernberg I. Molecular epidemiology of Epstein–Barr virus infection. Adv. Cancer Res. 1995; 67: 197–255.
  8. Coleman C.B., Wohlford E.M., Smith N.A., King C.A., Ritchie J.A., Baresel P.C., et al. Epstein–Barr virus type 2 latently infects T cells, inducing an atypical activation characterized by expression of lymphotactic cytokines. J. Virol. 2015; 89(4): 2301–12. https://doi.org/10.1128/JVI.03001-14
  9. Kaymaz Y., Oduor C.I., Yu H., Otieno J.A., Ong’echa J.M., Moormann A.M., et al. Comprehensive transcriptome and mutational profiling of endemic Burkitt lymphoma reveals EBV type-specific differences. Mol. Cancer Res. 2017; 15(5): 563–76. https://doi.org/10.1158/1541-7786.MCR-16-0305
  10. Bentz G.L., Whitehurst C.B., Pagano J.S. Epstein–Barr virus latent membrane protein 1 (LMP1) C-terminal-activating region 3 contributes to LMP1-mediated cellular migration via its interaction with Ubc9. J. Virol. 2011; 85(19): 10144–53. https://doi.org/10.1128/JVI.05035-11
  11. Li H.P., Chang Y.S. Epstein–Barr virus latent membrane protein 1: structure and functions. J. Biomed. Sci. 2003; 10(5): 490–504. https://doi.org/10.1007/BF02256110
  12. Dawson C.W., Port R.J., Young L.S. The role of the EBV-encoded latent membrane proteins LMP1 and LMP2 in the pathogenesis of nasopharyngeal carcinoma (NPC). Semin. Cancer Biol. 2012; 22(2): 144–53. https://doi.org/10.1016/j.semcancer.2012.01.004
  13. Edwards R.H., Seillier-Moiseiwitsch F., Raab-Traub N. Signature amino acid changes in latent membrane protein 1 distinguish Epstein–Barr virus strains. Virology. 1999; 261(1): 79–95. https://doi.org/10.1006/viro.1999.9855
  14. Saechan V., Settheetham-Ishida W., Kimura R., Tiwawech D., Mitarnun W., Ishida T. Epstein–Barr virus strains defined by the latent membrane protein 1 sequence characterize Thai ethnic groups. J. Gen. Virol. 2010; 91(Pt. 8): 2054–61. https://doi.org/10.1099/vir.0.021105-0
  15. Saechan V., Mori A., Mitarnun W., Settheetham-Ishida W., Ishida T. Analysis of LMP1 variants of EBV in Southern Thailand: evidence for strain-associated T-cell tropism and pathogenicity. J. Clin. Virol. 2006; 36(2): 119–25. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2006.01.018
  16. Gantuz M., Lorenzetti M.A., Chabay P.A., Preciado M.V. A novel recombinant variant of latent membrane protein 1 from Epstein Barr virus in Argentina denotes phylogeographical association. PLoS One. 2017; 12(3): e0174221. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0174221
  17. Burrows J.M., Bromham L., Woolfit M., Piganeau G., Tellam J., Connolly G., et al. Selection pressure-driven evolution of the Epstein–Barr virus-encoded oncogene LMP1 in virus isolates from Southeast Asia. J. Virol. 2004; 78(13): 7131–7. https://doi.org/10.1128/JVI.78.13.7131-7137.2004
  18. Lin H.J., Cherng J.M., Hung M.S., Sayion Y., Lin J.C. Functional assays of HLA A2-restricted epitope variant of latent membrane protein 1 (LMP-1) of Epstein–Barr virus in nasopharyngeal carcinoma of Southern China and Taiwan. J. Biomed. Sci. 2005; 12(6): 925–36. https://doi.org/10.1007/s11373-005-9017-y
  19. Smirnova K.V., Senyuta N.B., Botezatu I.V., Dushenkina T.E., Lubenskaya A.K., Frolovskaya A.A., et al. Epstein–Barr virus in the ethnic Tatars population: the infection and sequence variants of LMP1 oncogene [Virus Epshteyna–Barr u etnicheskikh tatar: infitsirovannost’ i sikvensnye varianty onkogena LMP1]. Uspekhi molekulyarnoy onkologii. 2018; 5(3): 65–74. https://doi.org/10.17650/2313-805X-2018-5-3-65-74 (in Russian)
  20. Hahn P., Novikova E., Scherback L., Janik C., Pavlish O., Arkhipov V., et al. The LMP1 gene isolated from Russian nasopharyngeal carcinoma has no 30-bp deletion. Int. J. Cancer. 2001; 91(6): 815–21. https://doi.org/10.1002/1097-0215(200002)9999:9999<::aid-ijc1122>3.0.co;2-w
  21. Salahuddin S., Khan J., Azhar J., Khan J., Muhammad N. Prevalence of Epstein–Barr virus genotypes in Pakistani lymphoma patients. Asian Pac. J. Cancer Prev. 2018; 19: 3153–9. https://doi.org/10.31557/APJCP.2018.19.11.3153
  22. Lo Y.M., Chan L.Y., Chan A.T., Leung S.F., Lo K.W., Zhang J. Quantitative and temporal correlation between circulating cell-free Epstein–Barr virus DNA and tumor recurrence in nasopharyngeal carcinoma. Cancer Res. 1999; 59(21): 5452–5.
  23. Lawrence J.B., Villnave C.A., Singer R.H. Sensitive, high-resolution chromatin and chromosome mapping in situ: presence and orientation of two closely integrated copies of EBV in a lymphoma line. Cell. 1988; 52(1): 51–61. https://doi.org/10.1016/0092-8674(88)90530-2
  24. Botezatu I.V., Kondratova V.N., Shelepov V.P., Lichtenstein A.V. DNA melting analysis: application of the “open tube” format for detection of mutant KRAS. Anal. Biochem. 2011; 419(2): 302–8. https://doi.org/10.1016/j.ab.2011.08.015
  25. Smirnova K.V., Diduk S.V., Senyuta N.B., Gurtsevitch V.E.. Molecular biological properties of the Epstein-Barr virus LMP1 gene: structure, function and polymorphism. [Molekulyarno-biologicheskie svoystva gena LMP1 virusa Epshteyna-Barra: struktura, funktsiya i polimorfizm] Voprosi Virusologii. 2015; 60(3):5-13. (in Russian)
  26. Scheinfeld A.G., Nador R.G., Cesarman E., Chadburn A., Knowles D.M. Epstein–Barr virus latent membrane protein-1 oncogene deletion in post-transplantation lymphoproliferative disorders. Am. J. Pathol. 1997; 151(3): 805–12.
  27. Miller W.E., Edwards R.H., Walling D.M., Raab-Traub N. Sequence variation in the Epstein–Barr virus latent membrane protein 1. J. Gen. Virol. 1994; 75(Pt. 10): 2729–40. https://doi.org/10.1099/0022-1317-75-10-2729
  28. Kanai K., Satoh Y., Saiki Y., Ohtani H., Sairenji T. Difference of Epstein–Barr virus isolates from Japanese patients and African Burkitt’s lymphoma cell lines based on the sequence of latent membrane protein 1. Virus Genes. 2007; 34(1): 55–61. https://doi.org/10.1007/s11262-006-0010-y
  29. Senyuta N., Yakovleva L., Goncharova E., Scherback L., Diduk S., Smirnova K., et al. Epstein–barr virus latent membrane protein 1 polymorphism in nasopharyngeal carcinoma and other oral cavity tumors in Russia. J. Med. Virol. 2014; 86(2): 290–300. https://doi.org/10.1002/jmv.23729
  30. Schuster V., Ott G., Seidenspinner S., Kreth H.W. Common Epstein–Barr virus (EBV) type-1 variant strains in both malignant and benign EBV-associated disorders. Blood. 1996; 87(4): 1579–85.
  31. Khanim F., Yao Q.Y., Niedobitek G., Sihota S., Rickinson A.B., Young L.S. Analysis of Epstein–Barr virus gene polymorphisms in normal donors and in virus-associated tumors from different geographic locations. Blood. 1996; 88(9): 3491–501.
  32. Lubenskaya A.K., Senyuta N.B., Botezatu I.V., Dushenkina T.E., Liechtenstein A.V., Gurtsevich V.E., Smirnova K.V. Epstein-Barr virus in Adyghes and Slavs in Russia: types of virus, LMP1 variants and malignancies. [Virus Epshteyna–Barr u adygeytsev i slavyan v Rossii: tipy virusa, varianty LMP1 i zlokachestvennye novoobrazovaniya] Materialy VI Vserossiyskoy konferentsii po molekulyarnoy onkologii, 21–23 dekabrya 2021 g., Moskva. Uspekhi molekulyarnoy onkologii. 2021; 4(8): 96–97. (in Russian)

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
下载

版权所有 © Problems of Virology, 2022

Creative Commons License
此作品已接受知识共享署名 4.0国际许可协议的许可

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».