Генотипирование вируса эпидемического паротита (Paramyxoviridae: Orthorubulavirus: Mumps orthorubulavirus) как элемент лабораторного подтверждения инфекции

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. Эпидемический паротит (ЭП) – вирусное заболевание, имеющее высокую социальную значимость. Национальная программа «Элиминация кори и краснухи, достижение устойчивой спорадической заболеваемости эпидемическим паротитом в Российской Федерации (2021–2025 гг.)» ставит цель постепенной интеграции надзора за ЭП в существующую систему надзора за корью и краснухой. Одним из ключевых компонентов надзора является лабораторное подтверждение случаев ЭП. В настоящее время существует два подхода к лабораторной верификации ЭП – серологический и молекулярно-генетический.

Цель работы – молекулярно-генетическая характеристика вирусов ЭП (ВЭП), циркулировавших в Российской Федерации в 2022 г.

Материалы и методы. Для исследования были взяты образцы соскоба с внутренней поверхности щеки у 11 больных ЭП. Вирусная РНК была выделена напрямую из образцов и использована в качестве матрицы для ОТ-ПЦР. Было проведено секвенирование ПЦР-продуктов по методу Сенгера, проведён филогенетический анализ в программе MEGA-X.

Результаты. У всех обследованных выявлен ВЭП, принадлежащий генотипу G. Филогенетический анализ показал наличие двух геногрупп вируса – G-1 и G-2, существенно отличающихся от вирусов, циркулировавших в других странах.

Заключение. Выявление двух генетических групп ВЭП на ограниченной территории позволяет предполагать высокое генетическое разнообразие патогена.

Об авторах

Т. С. Рубальская

ФБУН «Московский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского» Роспотребнадзора

Автор, ответственный за переписку.
Email: rubalskaia@gabrich.ru
ORCID iD: 0000-0003-0838-7353

руководитель лаборатории прикладной иммунохимии

Россия, 125212, г. Москва

Д. В. Ерохов

ФБУН «Московский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского» Роспотребнадзора

Email: erokhovdenis@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-7163-7840

научный сотрудник лаборатории прикладной иммунохимии

Россия, 125212, г. Москва

П. Е. Жердева

ФБУН «Московский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского» Роспотребнадзора

Email: polya-zherdeva@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7635-4353

младший научный сотрудник лаборатории прикладной иммунохимии

Россия, 125212, г. Москва

А. В. Милихина

ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Республике Дагестан»

Email: milihina_alina@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-4831-2922

зав. вирусологической лабораторией

Россия, 367009, г. Махачкала

А. А. Гаджиева

ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Республике Дагестан»

Email: ai.gazhiewa@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-1919-6483

зав. отделом обеспечения эпидемиологического надзора

Россия, 367009, г. Махачкала

Н. Т. Тихонова

ФБУН «Московский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского» Роспотребнадзора

Email: tikhmail@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-8762-4355

профессор, доктор биологических наук, главный научный сотрудник лаборатории цитокинов

Россия, 125212, г. Москва

Список литературы

  1. Национальная программа «Элиминация кори и краснухи, достижение устойчивой спорадической заболеваемости эпидемическим паротитом в Российской Федерации (2021–2025 гг.)». М.; 2020.
  2. СанПиН 3.3686–21. Санитарно-эпидемиологические требования по профилактике инфекционных болезней. М.; 2020.
  3. ВОЗ. Позиция ВОЗ в отношении вакциноуправляемых инфекций. Available at: https://www.who.int/publications/m/item/vaccine-preventable-diseases-surveillance-standards-mumps
  4. Чехляева Т.С., Ерохов Д.В., Андриевская И.Ю., Жердева П.Е., Тихонова Н.Т. Обзор генетического разнообразия вируса эпидемического паротита (Paramyxoviridae: Orthorubulavirus: Mumps orthorubulavirus). Вопросы вирусологии. 2022; 67(2): 95–106. https://doi.org/10.36233/0507-4088-98
  5. Государственный доклад главного санитарного врача «О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2021 году»; 2021. Available at: https://www.rospotrebnadzor.ru/documents/details.php?ELEMENT_ID=21796
  6. Информационный бюллетень «Заболеваемость корью, краснухой, эпидемическим паротитом в Российской Федерации за 2022 год (6 месяцев)». Available at: http://www.gabrich.ru/measles-center.html
  7. Lee J.Y., Kim Y.Y., Shin G.C., Na B.K., Lee J.S., Lee H.D., et al. Molecular characterization of two genotypes of mumps virus circulated in Korea during 1998–2001. Virus Res. 2003; 97(2): 111–6. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2003.08.006
  8. Saitou N., Nei M. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol. Biol. Evol. 1987; 4(4): 406–25. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a040454
  9. Tamura K. Estimation of the number of nucleotide substitutions when there are strong transition-transversion and G+ C-content biases. Mol. Biol. Evol. 1992; 9(4): 678–87. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a040752
  10. WHO. Mumps virus nomenclature update: 2012. Wkly Epidemiol. Rec. 2012; 87(22): 217–24.
  11. Li J., Claes Ö., Myers R., Rota P.A., Nakayama T., Forcic D., et al. Genomic diversity of mumps virus and global distribution of the 12 genotypes. Rev. Med. Virol. 2014; 25(2): 85–101. https://doi.org/10.1002/rmv.1819
  12. Afzal M.A., Buchanan J., Heath A.B., Minor P.D. Clustering of mumps virus isolates by SH gene sequence only partially reflects geographical origin. Arch. Virol. 1997; 142(2): 227–38. https://doi.org/10.1007/s007050050073
  13. Cohen C., White J.M., Savage E.J., Glynn J.R., Choi Y., Andrews N., et al. Vaccine effectiveness estimates, 2004–2005 mumps outbreak, England. Emerg. Infect. Dis. 2007; 13(1): 12–7. https://doi.org/10.3201/eid1301.060649
  14. Šantak M., Košutić-Gulija T., Tešović G., Ljubin-Sternak S., Gjenero-Margan I., Betica-Radić L., et al. Mumps virus strains isolated in Croatia in 1998 and 2005: Genotyping and putative antigenic relatedness to vaccine strains. J. Med. Virol. 2006; 78(5): 638–43. https://doi.org/10.1002/jmv.20587
  15. Carr M.J., Moss E., Waters A., Dean J., Jin L., Coughlan S., et al. Molecular epidemiological evaluation of the recent resurgence in mumps virus infections in Ireland. J. Clin. Microbiol. 2010; 48(9): 3288–94. https://doi.org/10.1128/JCM.00434-10
  16. Anis E., Grotto I., Moerman L., Warshavsky B., Slater P.E., Lev B. Mumps outbreak in Israel’s highly vaccinated society: are two doses enough? Epidemiol. Infect. 2012; 140(3): 439–46. https://doi.org/10.1017/S095026881100063X
  17. Otto W., Mankertz A., Santibanez S., Saygili H., Wenzel J., Jilg W., et al. Ongoing outbreak of mumps affecting adolescents and young adults in Bavaria, Germany, August to October 2010. Euro Surveill. 2010; 15(50): 19748.
  18. Echevarría J.E., Castellanos A., Sanz J.C., Pérez C., Palacios G., Martínez de Aragón M.V., et al. Circulation of mumps virus genotypes in Spain from 1996 to 2007. J. Clin. Microbiol. 2010; 48(4): 1245–54. https://doi.org/10.1128/JCM.02386-09
  19. Rivailler P., Hickman C., Rota P. Mumps surveillance in the United States. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KF143768.1
  20. Hiebert J., Severini A. Mumps surveillance in Canada. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/popset/?term=MN911767.1
  21. Hiebert J., Schulz H., Zubach V., Severini A. Mumps surveillance in Canada. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/popset?DbFrom=nuccore&Cmd=Link&LinkName=nuccore_popset&IdsFromResult=1796908945
  22. Hiebert J., Severini A. Mumps surveillance in Canada. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/popset?DbFrom=nuccore&Cmd=Link&LinkName=nuccore_popset&IdsFromResult=1796906304
  23. Dembinski J.L. Mumps virus genotype G strain MuVs/Fredrikstad.NOR/13.20[G] small hydrophobic protein (SH) gene, complete cds. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MT339438.1
  24. Tallo T., Brytting M. Mumps orthorubulavirus small hydrophobic protein (SH) gene, complete cds. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/popset?DbFrom=nuccore&Cmd=Link&LinkName=nuccore_popset&IdsFromResult=1479792882
  25. Dembinski J.L. Mumps virus genotype G strain MuVs/Fredrikstad.NOR/13.20[G] small hydrophobic protein (SH) gene, complete cds. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MT339438.1
  26. Mishra B., Pujhari S.K., Dhiman V., Mahalakshmi P., Bharadwaj A., Pokhrel S., et al. Genotyping and subtyping of mumps virus isolates from the Indian subcontinent. Arch. Virol. 2013; 158(11): 2359–63. https://doi.org/10.1007/s00705-013-1717-4

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Филогенетическое дерево штаммов вируса эпидемического паротита, изолированных в России в 2022 г. (n = 11, длина фрагмента SH-гена 316 нт).

Скачать (169KB)
Метаданные

© Рубальская Т.С., Ерохов Д.В., Жердева П.Е., Милихина А.В., Гаджиева А.А., Тихонова Н.Т., 2023

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».