Хантавирусы (Hantaviridae: Orthohantavirus), циркулирующие среди насекомоядных на Дальнем Востоке России

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. Насекомоядные являются новым природным резервуаром хантавирусов (Hantaviridae), широко распространённых по всему миру. Четыре вида хантавирусов, ассоциированных с бурозубками, выявлены в двух регионах Дальнего Востока РФ: два генетических варианта вируса Seewis (SWSV), вирусы Lena River (LENV), Kenkeme (KKMV) и Yakeshi (YKSV).

Цель работы – исследование географического распространения хантавирусов среди бурозубок рода Sorex в южной части Дальнего Востока.

Материалы и методы. Образцы лёгочной ткани бурозубок, отловленных в четырёх административных регионах Дальнего Востока, исследовали на присутствие РНК хантавирусов в полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР). Филогенетический анализ полученных последовательностей вирусного генома проводили с использованием программы MEGA-X.

Результаты. Установлена циркуляция хантавирусов в бурозубках рода Sorex в Еврейской автономной области, Хабаровском, Приморском краях и в Сахалинской области. На острове Сахалин нами был обнаружен новый генетический вариант вируса YKSV и его новый природный носитель – когтистая бурозубка (S. ungiuculatus). Показано, что вариант ARTV-Sc вируса SWSV циркулирует на побережье Хабаровского и Приморского краёв среди S. caecutiens. Вирусы KKMV и SWSV (вариант ARTV-St) обнаружены в Еврейской автономной области среди S. roboratus и S. tundrensis соответственно.

Заключение. Установлено распространение хантавирусов в бурозубках рода Sorex на всей исследованной территории Дальнего Востока России. Полученные результаты свидетельствуют о коэволюции хантавирусов SWSV, KKMV и YKSV с их природными носителями в ареалах их обитания.

Об авторах

Л. Н. Яшина

ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора

Автор, ответственный за переписку.
Email: yashina@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0003-2844-7835

доктор биологических наук, ведущий научный сотрудник

Россия, 630559, р.п. Кольцово, Новосибирская область

Л. И. Иванов

ФКУЗ «Хабаровская противочумная станция» Роспотребнадзора

Email: yashina@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0003-0349-837X

врач-вирусолог

Россия, 680031, г. Хабаровск

Г. Г. Компанец

ФГАОУ ВО «Дальневосточный федеральный университет»

Email: yashina@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0001-7315-6119

кандидат медицинских наук, доцент Департамента фундаментальной медицины Школы медицины

Россия, 690950, г. Владивосток

Н. И. Здановская

ФКУЗ «Хабаровская противочумная станция» Роспотребнадзора

Email: yashina@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0001-5507-7521

врач-вирусолог

Россия, 680031, г. Хабаровск

М. Ю. Карташов

ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора

Email: yashina@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0002-7857-6822

кандидат биологических наук, старший научный сотрудник

Россия, 630559, р.п. Кольцово, Новосибирская область

Список литературы

  1. Clement J., Maes P., Lagrou K., Van Ranst M., Lameire N. A unifying hypothesis and a single name for a complex globally emerging infection: hantavirus disease. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2012; 31(1): 1–5. https://doi.org/10.1007/s10096-011-1456-y
  2. Zhang Y.Z. Discovery of hantaviruses in bats and insectivores and the evolution of the genus Hantavirus. Virus Res. 2014; 187: 15–21. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2013.12.035
  3. Arai S., Yanagihara R. Genetic diversity and geographic distribution of bat-borne hantaviruses. Curr. Issues Mol. Biol. 2020; 39: 1–28. https://doi.org/10.21775/cimb.039.001
  4. Heinemann P., Tia M., Alabi A., Anon J.C., Auste B., Essbauer S., et al. Human infections by non-rodent-associated hantaviruses in Africa. J. Infect. Dis. 2016; 214(10): 1507–11. https://doi.org/10.1093/infdis/jiw401
  5. Wei Z., Shimizu K., Nishigami K., Tsuda Y., Sarathukumara Y., Muthusinghe D.S., et al. Serological methods for detection of infection with shrew-borne hantaviruses: Thottapalayam, Seewis, Altai, and Asama viruses. Arch. Virol. 2021; 166(1): 275–80. https://doi.org/10.1007/s00705-020-04873-3
  6. Yashina L.N., Abramov S.A., Gutorov V.V., Dupal T.A., Krivopalov A.V., Panov V.V., et al. Seewis virus: phylogeography of a shrew-borne hantavirus in Siberia, Russia. Vector Borne Zoonotic. Dis. 2010; 10(6): 585–91. https://doi.org/10.1089/vbz.2009.0154
  7. Kang H.J., Gu S.H., Yashina L.N., Cook J.A., Yanagihara R. Highly divergent genetic variants of soricid-borne Altai Virus (Hantaviridae) in Eurasia suggest ancient host-switching events. Viruses. 2019; 11(9): 857. https://doi.org/10.3390/v11090857
  8. Yashina L.N., Abramov S.A., Zhigalin A., Smetannikova N.A., Dupal T.A., Krivopalov A.V., et al. Geographic distribution and phylogeny of soricine shrew-borne Seewis virus and Altai Virus in Russia. Viruses. 2021; 13(7): 1286. https://doi.org/10.3390/v13071286
  9. Arai S., Kang H.J., Gu S.H., Ohdachi S.D., Cook J.A., Yashina L.N., et al. Genetic diversity of Artybash virus in the Laxmann’s shrew (Sorex caecutiens). Vector Borne Zoonotic Dis. 2016; 16(7): 468–75. https://doi.org/10.1089/vbz.2015.1903
  10. Maes P., Adkins S., Alkhovsky S.V., Avšič-Županc T., Ballinger M.J., Bente D.A., et al. Taxonomy of the order Bunyavirales: Second update 2018. Arch. Virol. 2019; 164(3): 927–41. https://doi.org/10.1007/s00705-018-04127-3
  11. Kang H.J., Arai S., Hope A.G., Cook J.A., Yanagihara R. Novel hantavirus in the flat-skulled shrew (Sorex roboratus). Vector Borne Zoonotic Dis. 2010; 10(6): 593–7. https://doi.org/10.1089/vbz.2009.0159
  12. Яшина Л.Н., Абрамов С.А., Дупал Т.А., Якименко В.В., Танцев А.К., Малышев Б.С. и др. Хантавирусы в популяциях насекомоядных на территории Сибири. Проблемы особо опасных инфекций. 2018; (4): 89–93. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2018-4-89-93
  13. Yashina, L.N., Panov V.V., Abramov S.A., Smetannikova N.A., Luchnikova E.M., Dupal T.A., et al. Academ virus, a novel hantavirus in the Siberian Mole (Talpa altaica) from Russia. Viruses. 2022; 14: 309 https://doi.org/10.3390/v14020309
  14. Yashina L.N., Kartashov M.Y., Wang W., Li K., Zdanovskaya N.I., Ivanov L.I., et al. Co-circulation of distinct shrew-borne hantaviruses in the far east of Russia. Virus Res. 2019; 272: 197717. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2019.197717
  15. Guo W.P., Lin X.D., Wang W., Tian J.H., Cong M.L., Zhang H.L., et al. Phylogeny and origins of hantaviruses harbored by bats, insectivores, and rodents. PLoS Pathog. 2013; 9(2): e1003159. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1003159
  16. Klempa B., Fichet-Calvet E., Lecompte E., Auste B., Aniskin V., Meisel H., et al. Hantavirus in African wood mouse, Guinea. Emerg. Infect. Dis. 2006; 12(5): 838–40. https://doi.org/10.3201/eid1205.051487
  17. Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms. Mol. Biol. Evol. 2018; 35(6): 1547–9. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Расположение точек отлова на территории Дальнего Востока России (включая ранее проведённые исследования), где были выявлены инфицированные хантавирусами бурозубки рода Sorex: 1) Ленинское, 2) Биробиджан, 3) Николаевка, 4) Хехцир, 5) Галкино, 6) Ландыши, 7) Токи, 8) окрестности Владивостока, 9) Холмск. Идентифицированные хантавирусы обозначены цветом: SWSV/ARTV-Sc (синий), SWSV/ARTV-St (зеленый), KKMV (сине-зеленый), YKSV (малиновый), LENV (красный).

Скачать (244KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Филогенетическое дерево, отображающее взаимосвязи российских РНК-изолятов хантавирусов, ассоциированных с бурозубками рода Sorex (зелёный шрифт), выявленных на Дальнем Востоке России, и штаммов хантавирусов из других регионов мира от насекомоядных, грызунов и летучих мышей. Деревья построены на основе фрагмента L-сегмента генома методом максимального правдоподобия с использованием модели GTR + I + Γ, индексы поддержки рассчитаны для 1000 повторов. Жирным шрифтом и кружком выделены исследованные РНК-изоляты хантавирусов.

Скачать (481KB)
Метаданные

© Яшина Л.Н., Иванов Л.И., Компанец Г.Г., Здановская Н.И., Карташов М.Ю., 2023

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».