Evaluation of the dynamics of detection of viable SARS-CoV-2 (Coronaviridae: Betacoronavirus: Sarbecovirus) in biological samples obtained from patients with COVID-19 in a health care setting, as one of the indicators of the infectivity of the virus

封面

如何引用文章

全文:

详细

Introduction. The study of the mechanisms of transmission of the SARS-CoV-2 virus is the basis for building a strategy for anti-epidemic measures in the context of the COVID-19 pandemic. Understanding in what time frame a patient can spread SARS-CoV-2 is just as important as knowing the transmission mechanisms themselves. This information is necessary to develop effective measures to prevent infection by breaking the chains of transmission of the virus.

The aim of the work – is to identify the infectious SARS-CoV-2 virus in patient samples in the course of the disease and to determine the duration of virus shedding in patients with varying severity of COVID-19.

Materials and methods. In patients included in the study, biomaterial (nasopharyngeal swabs) was subjected to analysis by quantitative RT-PCR and virological determination of infectivity of the virus.

Results. We have determined the timeframe of maintaining the infectivity of the virus in patients hospitalized with severe and moderate COVID-19. Based on the results of the study, we made an analysis of the relationship between the amount of detected SARS-CoV-2 RNA and the infectivity of the virus in vitro in patients with COVID-19. The median time of the infectious virus shedding was 8 days. In addition, a comparative analysis of different protocols for the detection of the viral RNA in relation to the identification of the infectious virus was carried out.

Conclusion. The obtained data make it possible to assess the dynamics of SARS-CoV-2 detection and viral load in patients with COVID-19 and indicate the significance of these parameters for the subsequent spread of the virus and the organization of preventive measures.

作者简介

Nadezhda Kuznetsova

National Research Center for Epidemiology and Microbiology named after Honorary Academician N.F. Gamaleya of the Ministry of Health of the Russian Federation

Email: nadyakuznetsova0@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-7399-7628

PhD in Biology, Senior Researcher

俄罗斯联邦, 123098, Moscow

Darya Ogarkova

National Research Center for Epidemiology and Microbiology named after Honorary Academician N.F. Gamaleya of the Ministry of Health of the Russian Federation

Email: DashaDv1993@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-1152-4120

Junior Researcher

俄罗斯联邦, 123098, Moscow

Vladimir Gushchin

National Research Center for Epidemiology and Microbiology named after Honorary Academician N.F. Gamaleya of the Ministry of Health of the Russian Federation

编辑信件的主要联系方式.
Email: wowaniada@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-9397-3762

PhD in Biology, Leading Researcher

俄罗斯联邦, 123098, Moscow

Natalya Antipyat

Infectious Clinical Hospital No. 1 of the Department of Health of the Moscow

Email: natadoc70@bk.ru
ORCID iD: 0000-0001-8578-2838

Deputy Chief Physician, doctor of infectious diseases

俄罗斯联邦, 125367, Moscow

Valeria Bacalin

Peoples’ Friendship University of Russia

Email: bacalinmed@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-0491-9925

Resident of the Department of Infectious Diseases with courses in Epidemiology and Phthisiology

俄罗斯联邦, 117198, Moscow

Olga Burgasova

Peoples’ Friendship University of Russia

Email: olgaburgasova@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-5486-0837

Dr. Sci. (Med.), professor

俄罗斯联邦, 117198, Moscow

Lyudmila Vasilchenko

National Research Center for Epidemiology and Microbiology named after Honorary Academician N.F. Gamaleya of the Ministry of Health of the Russian Federation

Email: milavasilchenko97@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-0780-7782

Junior Researcher

俄罗斯联邦, 123098, Moscow

Alexey Samkov

Infectious Clinical Hospital No. 1 of the Department of Health of the Moscow

Email: a.a.samkov@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-0365-3096

Deputy Chief Medical Officer, doctor of infectious diseases

俄罗斯联邦, 125367, Moscow

Yana Simakova

National Research Center for Epidemiology and Microbiology named after Honorary Academician N.F. Gamaleya of the Ministry of Health of the Russian Federation

Email: nadyakuznetsova0@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-5033-6931

Researcher

俄罗斯联邦, 123098, Moscow

Elizaveta Divisenko

National Research Center for Epidemiology and Microbiology named after Honorary Academician N.F. Gamaleya of the Ministry of Health of the Russian Federation

Email: elizaveta.divisenko@yandex.ru

Junior Researcher

俄罗斯联邦, 123098, Moscow

Andrei Siniavin

National Research Center for Epidemiology and Microbiology named after Honorary Academician N.F. Gamaleya of the Ministry of Health of the Russian Federation

Email: andreysi93@ya.ru
ORCID iD: 0000-0001-7576-2059

Researcher

俄罗斯联邦, 123098, Moscow

Artem Tkachuk

National Research Center for Epidemiology and Microbiology named after Honorary Academician N.F. Gamaleya of the Ministry of Health of the Russian Federation

Email: artem.p.tkachuk@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-3262-4873

PhD in Biology, Leading Researcher

俄罗斯联邦, 123098, Moscow

Liudmila Kolobukhina

National Research Center for Epidemiology and Microbiology named after Honorary Academician N.F. Gamaleya of the Ministry of Health of the Russian Federation

Email: lkolobuchina@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-5775-3343

MD, Dr. Sci. (Med.), professor

俄罗斯联邦, 123098, Moscow

Elena Shidlovskaya

National Research Center for Epidemiology and Microbiology named after Honorary Academician N.F. Gamaleya of the Ministry of Health of the Russian Federation

Email: lenitsa@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-8199-6417

Researcher

俄罗斯联邦, 123098, Moscow

Igor Tyurin

Infectious Clinical Hospital No. 1 of the Department of Health of the Moscow

Email: ikb1@zdrav.mos.ru
ORCID iD: 0000-0002-5696-1586

Candidate of Medical Sciences, Chief physician, doctor of the highest qualification category, anesthesiologist-resuscitator

俄罗斯联邦, 125367, Moscow

Irina Kruzhkova

National Research Center for Epidemiology and Microbiology named after Honorary Academician N.F. Gamaleya of the Ministry of Health of the Russian Federation

Email: irina-kru@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-1983-481X

Researcher

俄罗斯联邦, 123098, Moscow

Vladimir Zlobin

National Research Center for Epidemiology and Microbiology named after Honorary Academician N.F. Gamaleya of the Ministry of Health of the Russian Federation

Email: vizlobin@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-0164-5113

Dr. Sci. (Med.), professor, Academician of the RAS, Chief Researcher

俄罗斯联邦, 123098, Moscow

Maria Nikiforova

National Research Center for Epidemiology and Microbiology named after Honorary Academician N.F. Gamaleya of the Ministry of Health of the Russian Federation

Email: marianikiforova@inbox.ru
ORCID iD: 0000-0001-5823-6508

Researcher

俄罗斯联邦, 123098, Moscow

Mikhail Odnoralov

Infectious Clinical Hospital No. 1 of the Department of Health of the Moscow

Email: nadyakuznetsova0@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-0525-6075

Resident

俄罗斯联邦, 125367, Moscow

Alexander Gintsburg

National Research Center for Epidemiology and Microbiology named after Honorary Academician N.F. Gamaleya of the Ministry of Health of the Russian Federation

Email: gintsburg@gamaleya.org
ORCID iD: 0000-0003-1769-5059

Dr. Sci. (Biol.), professor, Academician of the RAS, Director

俄罗斯联邦, 123098, Moscow

参考

  1. WHO. Naming the coronavirus disease (COVID-19) and the virus that causes it. Available at: https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-guidance/naming-the-coronavirus-disease-(covid-2019)-and-the-virus-that-causes-it
  2. Kolobukhina L.V., Burgasova O.A., Kraeva L.A., Gushchin V.A., Burtseva E.I., Kruzhkova I.S., et al. Clinical and laboratory profile of patients with COVID-19 admitted to hospital in Moscow between may and July 2020. Infektsionnye bolezni. 2021; 19(2): 5–15. https://doi.org/10.20953/1729-9225-2021-2-5-15 (in Russian)
  3. Killingley B., Mann A.J., Kalinova M., Boyers A., Goonawardane N., Zhou J., et al. Safety, tolerability and viral kinetics during SARS-CoV-2 human challenge in young adults. Nat. Med. 2022; 28(5): 1031–41. https://doi.org/10.1038/s41591-022-01780-9
  4. Salahshoori I., Mobaraki-Asl N., Seyfaee A., Mirzaei Nasirabad N., Dehghan Z., Faraji M., et al. Overview of COVID-19 disease: virology, epidemiology, prevention diagnosis, treatment, and vaccines. Biologics. 2021; 1(1): 2–40. https://doi.org/10.3390/biologics1010002
  5. Verity R., Okell L.C., Dorigatti I., Winskill P., Whittaker C., Imai N., et al. Estimates of the severity of coronavirus disease 2019: a model-based analysis. Lancet Infect. Dis. 2020; 20(6): 669–77. https://doi.org/10.1016/s1473-3099(20)30243-7
  6. He X., Lau E.H.Y., Wu P., Deng X., Wang J., Hao X., et al. Temporal dynamics in viral shedding and transmissibility of COVID-19. Nat. Med. 2020; 26(5): 672–5. https://doi.org/10.1038/s41591-020-0869-5
  7. Meyerowitz E.A., Richterman A., Gandhi R.T., Sax P.E. Transmission of SARS-CoV-2: A review of viral, host, and environmental factors. Ann. Intern. Med. 2021; 174(1): 69–79. https://doi.org/10.7326/m20-5008
  8. WHO. Transmission of SARS-CoV-2: implications for infection prevention precautions. Available at: https://www.who.int/news-room/commentaries/detail/transmission-of-sars-cov-2-implications-for-infection-prevention-precautions
  9. Cheng M.P., Papenburg J., Desjardins M., Kanjilal S., Quach C., Libman M., et al. Diagnostic testing for severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2. Ann. Intern. Med. 2020; 172(11): 726–34. https://doi.org/10.7326/m20-1301
  10. Shen M., Zhou Y., Ye J., Abdullah Al-Maskri A.A., Kang Y., Zeng S., et al. Recent advances and perspectives of nucleic acid detection for coronavirus. J. Pharm. Anal. 2020; 10(2): 97–101. https://doi.org/10.1016/j.jpha.2020.02.010
  11. Cevik M., Tate M., Lloyd O., Maraolo A.E., Schafers J., Ho A. SARS-CoV-2, SARS-CoV, and MERS-CoV viral load dynamics, duration of viral shedding, and infectiousness: a systematic review and meta-analysis. Lancet Microbe. 2021; 2(1): e13–22. https://doi.org/10.1016/s2666-5247(20)30172-5
  12. Zhang Y., Cen M., Hu M., Du L., Hu W., Kim J.J., et al. Prevalence and persistent shedding of fecal SARS-CoV-2 RNA in patients with COVID-19 infection: a systematic review and meta-analysis. Clin. Transl. Gastroenterol. 2021; 12(4): e00343. https://doi.org/10.14309/ctg.0000000000000343
  13. Fontana L.M., Villamagna A.H., Sikka M.K., McGregor J.C. Understanding viral shedding of severe acute respiratory coronavirus virus 2 (SARS-CoV-2): Review of current literature. Infect. Control Hosp. Epidemiol. 2021; 42(6): 659–68. https://doi.org/10.1017/ice.2020.1273
  14. WHO. Living guidance for clinical management of COVID-19. Available at: https://www.who.int/publications/i/item/WHO-2019-nCoV-clinical-2021-2
  15. Kruglova N., Siniavin A., Gushchin V., Mazurov D. Different neutralization sensitivity of SARS-CoV-2 cell-to-cell and cell-free modes of infection to convalescent sera. Viruses. 2021; 13(6): 1133. https://doi.org/10.3390/v13061133
  16. HKU Med. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) in suspected human cases by RT-PCR. Available at: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/peiris-protocol-16-1-20.pdf?sfvrsn=af1aac73_4
  17. Corman V.M., Landt O., Kaiser M., Molenkamp R., Meijer A., Chu D.K.W., et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 2020; 25(3): 2000045. https://doi.org/10.2807/1560-7917.es.2020.25.3.2000045
  18. Read J.M., Green C.A., Harrison E.M., Docherty A.B., Funk S., Harrison J., et al. Hospital-acquired SARS-CoV-2 infection in the UK’s first COVID-19 pandemic wave. Lancet. 2021; 398(10305): 1037–8. https://doi.org/10.1016/s0140-6736(21)01786-4
  19. Richterman A., Meyerowitz E.A., Cevik M. Hospital-acquired SARS-CoV-2 infection: lessons for public health. JAMA. 2020; 324(21): 2155–6. https://doi.org/10.1001/jama.2020.21399
  20. CDC. Centers for Disease Control and Prevention. Ending Isolation and Precautions for People with COVID-19: Interim Guidance; 2023 Available at: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/hcp/duration-isolation.html
  21. Shidlovskaya E.V., Kuznetsova N.A., Divisenko E.V., Nikiforova M.A., Siniavin A.E., Ogarkova D.A., et al. The value of rapid antigen tests for identifying carriers of viable SARS-CoV-2. Viruses. 2021; 13(10): 2012. https://doi.org/10.3390/v13102012

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
下载

版权所有 © Kuznetsova N.A., Ogarkova D.A., Gushchin V.A., Antipyat N.А., Bacalin V.V., Burgasova O.A., Vasilchenko L.A., Samkov A.A., Simakova Y.V., Divisenko E.V., Siniavin A.E., Tkachuk A.P., Kolobukhina L.V., Shidlovskaya E.V., Tyurin I.N., Kruzhkova I.S., Zlobin V.I., Nikiforova M.A., Odnoralov M.A., Gintsburg A.L., 2023

Creative Commons License
此作品已接受知识共享署名 4.0国际许可协议的许可

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».