A decade genetic diversity in Circulating influenza B virus in Iran (2010–2019): Divergence from WHO-recommended vaccine strains

Cover Image

Cite item

Full Text

Abstract

Background. Data on the disease burden and circulation patterns of influenza B virus lineages for Iran are limited.

Objective. This review aims to describe the pattern of influenza B occurrence in Iran, comparing it with the proposed vaccine strains and determining the match and mismatch with the prescribed vaccine annually.

Methods. Various sources were used to retrieve information of the data; such as information from an online search of databases such as FluNet, GISAID, and NCBI. After extracting protein sequence records in GISAID, sequence alignment with vaccine strain and construction of a phylogenetic tree were performed. Subsequently, categories of the registered circulating strains were evaluated for matching with the vaccine strains.

Results. Of the total registered influenza-positive samples, 20.21% were related to influenza B virus. The phylogenic tree was designed based on 43 samples registered in the GISAID database; 76.74 and 23.25% sequences were of Yamagata and Victoria lineages, respectively. The most prevalent influenza B virus strains circulating during the study years belonged to the Yamagata lineage. In general, the match of the influenza B virus predominant circulating strains with administrated vaccines was observed in Iran. However, a high level of mismatch between the vaccine strain and Iranian isolates was identified in 2016‒2017.

Conclusion. The review of match and mismatch in influenza vaccine in order to improve the composition of the prescribed vaccine in each region is very important because the vaccine efficacy decreased when the strain included in vaccine did not match the circulating epidemic strain.

About the authors

Amir Emami

Shiraz University of medical sciences

Author for correspondence.
Email: emami.microbia@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-4510-1820

Ph.D (Microbiology), Department of Microbiology, Burn & Wound Healing Research Center

Iran, Islamic Republic of, Shiraz

Neda Pirbonyeh

Shiraz University of Medical Sciences

Email: pirbonyeh@yahoo.com
ORCID iD: 0000-0001-5700-3913

Department of Microbiology, Burn & Wound Healing Research Center, Department of Bacteriology and Virology

Iran, Islamic Republic of, Shiraz

Afagh Moattari

Shiraz University of Medical Sciences

Email: moattari.a@sums.ac.ir
ORCID iD: 0000-0003-4394-9622

Ph.D. (Bacteriology and Virology), Professor of Medical Virology, Department of Bacteriology and Virology

Iran, Islamic Republic of, Shiraz

Fatemeh Javanmardi

Shiraz University of Medical Sciences

Email: javanmardi.biostat@yahoo.com
ORCID iD: 0000-0001-8841-0861

кандидат наук (биостатистика), кафедра биостатистики

Iran, Islamic Republic of, Shiraz

References

  1. Chen H., Park S.G., Choi N., Moon J.I., Dang H., Das A., et al. SERS imaging-based aptasensor for ultrasensitive and reproducible detection of influenza virus A. Biosens. Bioelectron. 2020; 167: 112496. https://doi.org/10.1016/j.bios.2020.112496
  2. Tavakoli F., Moattari A., Shamsi Shahr Abadi M., Kadivar M.R., Khodadad N., Pirbonyeh N., et al. Antigenic variation of the haemagglutinin gene of the influenza A (H1N1) pdm09 virus circulating in Shiraz, February-April 2013. Iran. J. Immunol. 2015; 12(3): 198–208.
  3. Houser K., Subbarao K. Influenza vaccines: challenges and solutions. Cell Host Microbe. 2015; 17(3): 295–300. https://doi.org/10.1016/j.chom.2015.02.012
  4. WHO. Influenza (Seasonal). Available at: https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/influenza-(seasonal)
  5. Kim H., Webster R.G., Webby R.J. Influenza virus: dealing with a drifting and shifting pathogen. Viral Immunol. 2018; 31(2):174–83. https://doi.org/10.1089/vim.2017.0141
  6. CDC. 2021-2022 U.S. Flu Season: Preliminary In-Season Burden Estimates. Available at: https://www.cdc.gov/flu/about/burden/2021-2022.htm#2021-burden-est
  7. Gaglani M., Vasudevan A., Raiyani C., Murthy K., Chen W., Reis M., et al. Effectiveness of trivalent and quadrivalent inactivated vaccines against influenza B in the United States, 2011-2012 to 2016-2017. Clin. Infect. Dis. 2021; 72(7): 1147–57. https://doi.org/10.1093/cid/ciaa102
  8. Paul Glezen W., Schmier J.K., Kuehn C.M., Ryan K.J., Oxford J. The burden of influenza B: a structured literature review. Am. J. Public Health. 2013; 103(3): e43-51. https://doi.org/10.2105/ajph.2012.301137
  9. Rota P.A., Wallis T.R., Harmon M.W., Rota J.S., Kendal A.P, Nerome K. Cocirculation of two distinct evolutionary lineages of influenza type B virus since 1983. Virology. 1990; 175(1): 59–68. https://doi.org/10.1016/0042-6822(90)90186-u
  10. McAuley J.L., Gilbertson B.P., Trifkovic S., Brown L.E., McKimm-Breschkin J.L. Influenza virus neuraminidase structure and functions. Front. Microbiol. 2019; 10: 39. https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.00039
  11. Flannery B., Clippard J., Zimmerman R.K., Nowalk M.P., Jackson M.L., Jackson L.A., et al. Early estimates of seasonal influenza vaccine effectiveness – United States, January 2015. MMWR Morb. Mortal. Wkly Rep. 2015; 64(1): 10–5.
  12. Monto A.S., Petrie J.G. Improving influenza vaccine effectiveness: ways to begin solving the problem. Clin. Infect. Dis. 2019; 69(10): 1824–6. https://doi.org/10.1093/cid/ciz416
  13. Tricco A.C., Chit A., Soobiah C., Hallett D., Meier G., Chen M.H., et al. Comparing influenza vaccine efficacy against mismatched and matched strains: a systematic review and meta-analysis. BMC Med. 2013; 11: 153. https://doi.org/10.1186/1741-7015-11-153
  14. Flannery B., Kondor R.J.G., Chung J.R., Gaglani M., Reis M., Zimmerman R.K., et al. Spread of antigenically drifted influenza A (H3N2) viruses and vaccine effectiveness in the United States during the 2018–2019 season. J. Infect. Dis. 2020; 221(1): 8–15. https://doi.org/10.1093/infdis/jiz543
  15. Paules C.I., Fauci A.S. Influenza vaccines: good, but we can do better. J. Infect. Dis. 2019; 219(Suppl. 1): S1–4. https://doi.org/10.1093/infdis/jiy633
  16. Update: influenza activity – United States, 2010-11 season, and composition of the 2011-12 influenza vaccine. MMWR Morb. Mortal. Wkly Rep. 2011; 60(21): 705–12.
  17. Jackson D., Elderfield R.A., Barclay W.S. Molecular studies of influenza B virus in the reverse genetics era. J. Gen. Virol. 2011; 92(Pt. 1): 1–17. https://doi.org/10.1099/vir.0.026187-0
  18. Lee Y., Kim K., Ko E., Lee Y., Kim M., Kwon Y., et al. New vaccines against influenza virus. Clin. Exp. Vaccine Res. 2014; 3(1): 12–28. https://doi.org/10.7774/cevr.2014.3.1.12
  19. Use of influenza A (H1N1) 2009 monovalent vaccine: recommendations of the Advisory Committee on Immunization Practices (ACIP), 2009. MMWR Recomm. Rep. 2009; 58(RR-10): 1–8.
  20. Puzelli S., Di Martino A., Facchini M., Fabiani C., Calzoletti L., Di Mario G., et al. Co-circulation of the two influenza B lineages during 13 consecutive influenza surveillance seasons in Italy, 2004–2017. BMC Infect. Dis. 2019; 19(1): 990. https://doi.org/10.1186/s12879-019-4621-z
  21. WHO Expert Committee on Biological Standardization: Fifty-fourth Report; 2005.
  22. Skowronski D., Masaro C., Kwindt T., Mak A., Petric M., Li Y., et al. Estimating vaccine effectiveness against laboratory-confirmed influenza using a sentinel physician network: results from the 2005-2006 season of dual A and B vaccine mismatch in Canada. Vaccine. 2007; 25(15): 2842–51. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2006.10.002
  23. Carrat F., Flahault A. Influenza vaccine: the challenge of antigenic drift. Vaccine. 2007; 25(39-40): 6852–62. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2007.07.027
  24. Luna E.J.A., Gattás V.L., Campos S.R.S.L.C. Effectiveness of the Brazilian influenza vaccination policy: a systematic review. Epidemiol. Serv. Saúde. 2014; 23(3): 559–75. https://doi.org/10.5123/S1679-49742014000300020
  25. Olsen S.J., Azziz-Baumgartner E., Budd A.P., Brammer L., Sullivan S., Pineda R.F., et al. Decreased influenza activity during the COVID-19 pandemic – United States, Australia, Chile, and South Africa, 2020. Am. J. Transplant. 2020; 20(12): 3681–5. https://doi.org/10.1111/ajt.16381
  26. Barros E.N., Cintra O., Rossetto E., Freitas L., Colindres R. Patterns of influenza B circulation in Brazil and its relevance to seasonal vaccine composition. Braz. J. Infect. Dis. 2016; 20(1): 81–90. https://doi.org/10.1016/j.bjid.2015.09.009
  27. Okoli G.N., Racovitan F., Righolt C.H., Mahmud S.M. Variations in seasonal influenza vaccine effectiveness due to study characteristics: a systematic review and meta-analysis of test-negative design studies. Open Forum Infect. Dis. 2020; 7(7): ofaa177. https://doi.org/10.1093/ofid/ofaa177

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2. Fig. 1. Annual flu (A and B) circulation extracted from the WHO/FluNet database in the last decade.

Download (227KB)
Indexing metadata
3. Fig. 2. Cladogram of influenza B virus isolated during the study time.

Download (1MB)
Indexing metadata

Copyright (c) 2023 Emami A., Pirbonyeh N., Moattari A., Javanmardi F.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».