Генетическое разнообразие вируса гриппа B, циркулирующего в Иране в течение десятилетия (2010–2019 гг.): отличие от рекомендованных ВОЗ вакцинных штаммов

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. Данные о распространенности и особенностях циркуляции линий вируса гриппа B в Иране ограничены.

Цель. Описать характер заболеваемости гриппом В в Иране в контексте применявшихся для вакцинации штаммов и определить их соответствие актуальным штаммам вируса гриппа В.

Методы. С целью сбора информации проводили онлайн-поиск в базах данных: FluNet, GISAID и NCBI. Для аминокислотных последовательностей вируса гриппа В, взятых из базы данных GISAID, было выполнено их выравнивание с вакцинным штаммом и построение филогенетического дерева. Затем последовательности циркулирующих штаммов оценивали на соответствие вакцинным штаммам.

Результаты. Из общего числа зарегистрированных последовательностей вирусов гриппа 20,21% принадлежали вирусу гриппа В. Филогенетическое дерево было построено на основе 43 последовательностей, зарегистрированных в базе данных GISAID; 76,74 и 23,25% последовательностей принадлежали линиям В/Ямагата и В/Виктория соответственно. Наиболее распространенные штаммы вируса гриппа В, циркулировавшие в годы исследования, относились к линии В/Ямагата. В целом в Иране наблюдалось совпадение преобладающих циркулирующих штаммов вируса гриппа В со штаммами, применяемыми в вакцинах. Однако в период 2016–2017 гг. был зарегистрирован высокий уровень несоответствия вакцинного штамма иранским изолятам.

Заключение. Анализ соответствия штаммов вакцин, применяющихся для профилактики гриппа, циркулирующим эпидемическим штаммам вируса крайне важен для улучшения состава используемых в разных регионах вакцин, поскольку при их несоответствии эффективность вакцинации снижается.

Об авторах

Amir Emami

Ширазский университет медицинских наук

Автор, ответственный за переписку.
Email: emami.microbia@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-4510-1820

кандидат наук (микробиология), Научно-исследовательский центр травматологии, кафедра микробиологии

Иран, Шираз

Neda Pirbonyeh

Ширазский университет медицинских наук

Email: pirbonyeh@yahoo.com
ORCID iD: 0000-0001-5700-3913

Научно-исследовательский центр травматологии, кафедра микробиологии, кафедра бактериологии и вирусологии

Иран, Шираз

Afagh Moattari

Ширазский университет медицинских наук

Email: moattari.a@sums.ac.ir
ORCID iD: 0000-0003-4394-9622

кандидат наук (бактериология и вирусология), профессор медицинской вирусологии, кафедра биостатистики

Иран, Шираз

Fatemeh Javanmardi

Ширазский университет медицинских наук

Email: javanmardi.biostat@yahoo.com
ORCID iD: 0000-0001-8841-0861

Ph.D of Biostatistics, Department of Biostatistics, School of Medicine

Иран, Шираз

Список литературы

  1. Chen H., Park S.G., Choi N., Moon J.I., Dang H., Das A., et al. SERS imaging-based aptasensor for ultrasensitive and reproducible detection of influenza virus A. Biosens. Bioelectron. 2020; 167: 112496. https://doi.org/10.1016/j.bios.2020.112496
  2. Tavakoli F., Moattari A., Shamsi Shahr Abadi M., Kadivar M.R., Khodadad N., Pirbonyeh N., et al. Antigenic variation of the haemagglutinin gene of the influenza A (H1N1) pdm09 virus circulating in Shiraz, February-April 2013. Iran. J. Immunol. 2015; 12(3): 198–208.
  3. Houser K., Subbarao K. Influenza vaccines: challenges and solutions. Cell Host Microbe. 2015; 17(3): 295–300. https://doi.org/10.1016/j.chom.2015.02.012
  4. WHO. Influenza (Seasonal). Available at: https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/influenza-(seasonal)
  5. Kim H., Webster R.G., Webby R.J. Influenza virus: dealing with a drifting and shifting pathogen. Viral Immunol. 2018; 31(2):174–83. https://doi.org/10.1089/vim.2017.0141
  6. CDC. 2021-2022 U.S. Flu Season: Preliminary In-Season Burden Estimates. Available at: https://www.cdc.gov/flu/about/burden/2021-2022.htm#2021-burden-est
  7. Gaglani M., Vasudevan A., Raiyani C., Murthy K., Chen W., Reis M., et al. Effectiveness of trivalent and quadrivalent inactivated vaccines against influenza B in the United States, 2011-2012 to 2016-2017. Clin. Infect. Dis. 2021; 72(7): 1147–57. https://doi.org/10.1093/cid/ciaa102
  8. Paul Glezen W., Schmier J.K., Kuehn C.M., Ryan K.J., Oxford J. The burden of influenza B: a structured literature review. Am. J. Public Health. 2013; 103(3): e43-51. https://doi.org/10.2105/ajph.2012.301137
  9. Rota P.A., Wallis T.R., Harmon M.W., Rota J.S., Kendal A.P, Nerome K. Cocirculation of two distinct evolutionary lineages of influenza type B virus since 1983. Virology. 1990; 175(1): 59–68. https://doi.org/10.1016/0042-6822(90)90186-u
  10. McAuley J.L., Gilbertson B.P., Trifkovic S., Brown L.E., McKimm-Breschkin J.L. Influenza virus neuraminidase structure and functions. Front. Microbiol. 2019; 10: 39. https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.00039
  11. Flannery B., Clippard J., Zimmerman R.K., Nowalk M.P., Jackson M.L., Jackson L.A., et al. Early estimates of seasonal influenza vaccine effectiveness – United States, January 2015. MMWR Morb. Mortal. Wkly Rep. 2015; 64(1): 10–5.
  12. Monto A.S., Petrie J.G. Improving influenza vaccine effectiveness: ways to begin solving the problem. Clin. Infect. Dis. 2019; 69(10): 1824–6. https://doi.org/10.1093/cid/ciz416
  13. Tricco A.C., Chit A., Soobiah C., Hallett D., Meier G., Chen M.H., et al. Comparing influenza vaccine efficacy against mismatched and matched strains: a systematic review and meta-analysis. BMC Med. 2013; 11: 153. https://doi.org/10.1186/1741-7015-11-153
  14. Flannery B., Kondor R.J.G., Chung J.R., Gaglani M., Reis M., Zimmerman R.K., et al. Spread of antigenically drifted influenza A (H3N2) viruses and vaccine effectiveness in the United States during the 2018–2019 season. J. Infect. Dis. 2020; 221(1): 8–15. https://doi.org/10.1093/infdis/jiz543
  15. Paules C.I., Fauci A.S. Influenza vaccines: good, but we can do better. J. Infect. Dis. 2019; 219(Suppl. 1): S1–4. https://doi.org/10.1093/infdis/jiy633
  16. Update: influenza activity – United States, 2010-11 season, and composition of the 2011-12 influenza vaccine. MMWR Morb. Mortal. Wkly Rep. 2011; 60(21): 705–12.
  17. Jackson D., Elderfield R.A., Barclay W.S. Molecular studies of influenza B virus in the reverse genetics era. J. Gen. Virol. 2011; 92(Pt. 1): 1–17. https://doi.org/10.1099/vir.0.026187-0
  18. Lee Y., Kim K., Ko E., Lee Y., Kim M., Kwon Y., et al. New vaccines against influenza virus. Clin. Exp. Vaccine Res. 2014; 3(1): 12–28. https://doi.org/10.7774/cevr.2014.3.1.12
  19. Use of influenza A (H1N1) 2009 monovalent vaccine: recommendations of the Advisory Committee on Immunization Practices (ACIP), 2009. MMWR Recomm. Rep. 2009; 58(RR-10): 1–8.
  20. Puzelli S., Di Martino A., Facchini M., Fabiani C., Calzoletti L., Di Mario G., et al. Co-circulation of the two influenza B lineages during 13 consecutive influenza surveillance seasons in Italy, 2004–2017. BMC Infect. Dis. 2019; 19(1): 990. https://doi.org/10.1186/s12879-019-4621-z
  21. WHO Expert Committee on Biological Standardization: Fifty-fourth Report; 2005.
  22. Skowronski D., Masaro C., Kwindt T., Mak A., Petric M., Li Y., et al. Estimating vaccine effectiveness against laboratory-confirmed influenza using a sentinel physician network: results from the 2005-2006 season of dual A and B vaccine mismatch in Canada. Vaccine. 2007; 25(15): 2842–51. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2006.10.002
  23. Carrat F., Flahault A. Influenza vaccine: the challenge of antigenic drift. Vaccine. 2007; 25(39-40): 6852–62. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2007.07.027
  24. Luna E.J.A., Gattás V.L., Campos S.R.S.L.C. Effectiveness of the Brazilian influenza vaccination policy: a systematic review. Epidemiol. Serv. Saúde. 2014; 23(3): 559–75. https://doi.org/10.5123/S1679-49742014000300020
  25. Olsen S.J., Azziz-Baumgartner E., Budd A.P., Brammer L., Sullivan S., Pineda R.F., et al. Decreased influenza activity during the COVID-19 pandemic – United States, Australia, Chile, and South Africa, 2020. Am. J. Transplant. 2020; 20(12): 3681–5. https://doi.org/10.1111/ajt.16381
  26. Barros E.N., Cintra O., Rossetto E., Freitas L., Colindres R. Patterns of influenza B circulation in Brazil and its relevance to seasonal vaccine composition. Braz. J. Infect. Dis. 2016; 20(1): 81–90. https://doi.org/10.1016/j.bjid.2015.09.009
  27. Okoli G.N., Racovitan F., Righolt C.H., Mahmud S.M. Variations in seasonal influenza vaccine effectiveness due to study characteristics: a systematic review and meta-analysis of test-negative design studies. Open Forum Infect. Dis. 2020; 7(7): ofaa177. https://doi.org/10.1093/ofid/ofaa177

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1.

Скачать (227KB)
Метаданные
3. Рис. 2.

Скачать (1MB)
Метаданные

© Emami A., Pirbonyeh N., Moattari A., Javanmardi F., 2023

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».