Shrew-borne hantaviruses (Hantaviridae: Orthohantavirus) in the Far East of Russia

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

Introduction. Insectivores are newly recognized hantaviral reservoir worldwide. Four distinct shrew-borne hantaviruses (family Hantaviridae) have been identified in two regions located in southern and northern part of the Russian Far East, two genetic variants of Seewis virus (SWSV), Lena River virus (LENV), Kenkeme virus (KKMV) and Yakeshi virus (YKSV). Here, we describe geographic distribution of shrew-borne hantaviruses in southern part of the Russian Far East: Jewish Autonomous region, Khabarovsk Krai, Primorsky Krai and Sakhalin region.

Materials and methods. Lung samples from shrews of genus Sorex, captured in the four regions of Far Eastern Russia, were examined for hantavirus RNA using reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Phylogenetic analysis of the partial nucleotide sequences of viral genome was conducted using MEGA X software.

Results. New genetic variant of YKSV was identified in new reservoir host, long-clawed shrew (S. ungiuculatus) from Sakhalin Island. Genetic variant of SWSV, ARTV-Sc, has been found to circulate among S. caecutiens on the seacoast of Khabarovsk and Primorsky Krai. KKMV virus and second genetic variant of SWSV, ARTV-St, were found in S. roboratus and S. tundrensis, respectively from Jewish Autonomous region.

Conclusion. Sorex-borne hantaviruses were found in all studied regions of Far Eastern Russia. Our results demonstrated co-evolution of SWSV, KKMV, and YKSV viruses throughout the geographic distribution of its hosts.

About the authors

L. N. Yashina

State Research Center of Virology and Biotechnology “VECTOR” of Rospotrebnadzor

Author for correspondence.
Email: yashina@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0003-2844-7835

Doctor of Science, Leading Scientist

Russian Federation, 630559, Koltsovo, Novosibirsk Region

L. I. Ivanov

Khabarovsk Antiplague Station of Rospotrebnadzor

Email: yashina@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0003-0349-837X

Doctor in Virology

Russian Federation, 680031, Khabarovsk

G. G. Kompanets

Far Eastern Federal University

Email: yashina@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0001-7315-6119

PhD in Medicine, Assistant Professor of Department of Fundamental Medicine, School of Medicine

Russian Federation, 690950, Vladivostok

N. I. Zdanovskaya

Khabarovsk Antiplague Station of Rospotrebnadzor

Email: yashina@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0001-5507-7521

Doctor in Virology

Russian Federation, 680031, Khabarovsk

M. Yu. Kartashov

State Research Center of Virology and Biotechnology “VECTOR” of Rospotrebnadzor

Email: yashina@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0002-7857-6822

PhD in Biology Science, Senior Researcher

Russian Federation, 630559, Koltsovo, Novosibirsk Region

References

  1. Clement J., Maes P., Lagrou K., Van Ranst M., Lameire N. A unifying hypothesis and a single name for a complex globally emerging infection: hantavirus disease. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2012; 31(1): 1–5. https://doi.org/10.1007/s10096-011-1456-y
  2. Zhang Y.Z. Discovery of hantaviruses in bats and insectivores and the evolution of the genus Hantavirus. Virus Res. 2014; 187: 15–21. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2013.12.035
  3. Arai S., Yanagihara R. Genetic diversity and geographic distribution of bat-borne hantaviruses. Curr. Issues Mol. Biol. 2020; 39: 1–28. https://doi.org/10.21775/cimb.039.001
  4. Heinemann P., Tia M., Alabi A., Anon J.C., Auste B., Essbauer S., et al. Human infections by non-rodent-associated hantaviruses in Africa. J. Infect. Dis. 2016; 214(10): 1507–11. https://doi.org/10.1093/infdis/jiw401
  5. Wei Z., Shimizu K., Nishigami K., Tsuda Y., Sarathukumara Y., Muthusinghe D.S., et al. Serological methods for detection of infection with shrew-borne hantaviruses: Thottapalayam, Seewis, Altai, and Asama viruses. Arch. Virol. 2021; 166(1): 275–80. https://doi.org/10.1007/s00705-020-04873-3
  6. Yashina L.N., Abramov S.A., Gutorov V.V., Dupal T.A., Krivopalov A.V., Panov V.V., et al. Seewis virus: phylogeography of a shrew-borne hantavirus in Siberia, Russia. Vector Borne Zoonotic. Dis. 2010; 10(6): 585–91. https://doi.org/10.1089/vbz.2009.0154
  7. Kang H.J., Gu S.H., Yashina L.N., Cook J.A., Yanagihara R. Highly divergent genetic variants of soricid-borne Altai Virus (Hantaviridae) in Eurasia suggest ancient host-switching events. Viruses. 2019; 11(9): 857. https://doi.org/10.3390/v11090857
  8. Yashina L.N., Abramov S.A., Zhigalin A., Smetannikova N.A., Dupal T.A., Krivopalov A.V., et al. Geographic distribution and phylogeny of soricine shrew-borne Seewis virus and Altai Virus in Russia. Viruses. 2021; 13(7): 1286. https://doi.org/10.3390/v13071286
  9. Arai S., Kang H.J., Gu S.H., Ohdachi S.D., Cook J.A., Yashina L.N., et al. Genetic diversity of Artybash virus in the Laxmann’s shrew (Sorex caecutiens). Vector Borne Zoonotic Dis. 2016; 16(7): 468–75. https://doi.org/10.1089/vbz.2015.1903
  10. Maes P., Adkins S., Alkhovsky S.V., Avšič-Županc T., Ballinger M.J., Bente D.A., et al. Taxonomy of the order Bunyavirales: Second update 2018. Arch. Virol. 2019; 164(3): 927–41. https://doi.org/10.1007/s00705-018-04127-3
  11. Kang H.J., Arai S., Hope A.G., Cook J.A., Yanagihara R. Novel hantavirus in the flat-skulled shrew (Sorex roboratus). Vector Borne Zoonotic Dis. 2010; 10(6): 593–7. https://doi.org/10.1089/vbz.2009.0159
  12. Yashina L.N., Abramov S.A., Dupal T.A., Yakimenko V.V., Tantsev A.K., Malyshev B.S., et al. Hantaviruses in insectivore populations in Siberia. Problemy osobo opasnykh infektsiy. 2018; (4): 89–93. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2018-4-89-93 (in Russian)
  13. Yashina, L.N., Panov V.V., Abramov S.A., Smetannikova N.A., Luchnikova E.M., Dupal T.A., et al. Academ virus, a novel hantavirus in the Siberian Mole (Talpa altaica) from Russia. Viruses. 2022; 14: 309 https://doi.org/10.3390/v14020309
  14. Yashina L.N., Kartashov M.Y., Wang W., Li K., Zdanovskaya N.I., Ivanov L.I., et al. Co-circulation of distinct shrew-borne hantaviruses in the far east of Russia. Virus Res. 2019; 272: 197717. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2019.197717
  15. Guo W.P., Lin X.D., Wang W., Tian J.H., Cong M.L., Zhang H.L., et al. Phylogeny and origins of hantaviruses harbored by bats, insectivores, and rodents. PLoS Pathog. 2013; 9(2): e1003159. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1003159
  16. Klempa B., Fichet-Calvet E., Lecompte E., Auste B., Aniskin V., Meisel H., et al. Hantavirus in African wood mouse, Guinea. Emerg. Infect. Dis. 2006; 12(5): 838–40. https://doi.org/10.3201/eid1205.051487
  17. Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms. Mol. Biol. Evol. 2018; 35(6): 1547–9. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2. Fig. 1. The locations of the collection sites in the Far East of Russia (including previous studies), where hantavirus-infected shrews of genus Sorex were captured: 1) Leninskoye, 2) Birobidzhan, 3) Nikolaevka, 4) Khekhtsir, 5) Galkino, 6) Lili, 7) Toki, 8) suburbs of Vladivostok City, 9) Holmsk. Detected hantaviruses are designated with following colors: SWSV/ARTV-Sc (dark blue), SWSV/ARTV-St (green), KKMV (blue), YKSV (magenta), LENV (red).

Download (244KB)
Indexing metadata
3. Fig. 2. Phylogenetic tree of Sorex-borne hantaviruses (colored in green) identified in the Far East of Russia in relationship to strains from insectivores, rodents and bats from other regions of the world. Tree, generated by maximum-likelihood method, was based on the L segment sequences, under the best-fit GTR + I + G model with 1000 bootstrap replicates. Strains from this study are shown in bold lettering and circles.

Download (481KB)
Indexing metadata

Copyright (c) 2023 Yashina L.N., Ivanov L.I., Kompanets G.G., Zdanovskaya N.I., Kartashov M.Y.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».