Вспомогательный белок Vpr вируса иммунодефицита человека 1-го типа (Retroviridae: Orthoretrovirinae: Lentivirus: Human immunodeficiency virus-1): особенности генетических вариантов вируса, циркулировавших на территории Московской области в 2019–2020 гг.

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. Vpr является многофункциональным вспомогательным белком ВИЧ-1, который проявляет свою активность на разных этапах жизненного цикла вируса. Олигомеризация белка является необходимым условием для проникновения Vpr в вирион и последующего его участия на ранних этапах ВИЧ-инфекции. К настоящему времени определены естественные аминокислотные замены в Vpr, ассоциированные с прогрессированием заболевания; рассматривается возможность создания средств терапии на основе Vpr.

Цель исследования – изучение особенностей Vpr у наиболее распространенных генетических вариантов ВИЧ-1, циркулировавших на территории Московской области в 2019–2020 гг.

Материалы и методы. Исследовали образцы ВИЧ-1, полученные от 231 пациента ГБУЗ МО «Центр профилактики и борьбы со СПИД» в период 2019–2020 гг. с разными стадиями заболевания, по схеме: экстракция провирусной ДНК, амплификация гена vpr, секвенирование, анализ полученных данных. Изучали консенсусные последовательности Vpr наиболее распространенных в России генетических вариантов и их пространственные структуры, вариабельность Vpr вариантов ВИЧ-1 суб-субтипа A6 (Vpr-A6) у пациентов с разными стадиями заболевания.

Результаты. Особенности Vpr различных генетических вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в России, могут влиять на формирование его олигомерных форм. Не было выявлено ни одного сайта со статистически значимыми различиями в частоте встречаемости аминокислотных замен у пациентов с разными стадиями заболевания.

Заключение. Белки Vpr генетических вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в России, могут иметь различия в функциональных свойствах. Варианты Vpr-A6 имели низкую вариабельность у пациентов с разными стадиями заболевания, в связи с чем Vpr-А6 может рассматриваться как объект для создания средств терапии.

Об авторах

Анна Игоревна Кузнецова

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Автор, ответственный за переписку.
Email: a-myznikova@list.ru
ORCID iD: 0000-0001-5299-3081

канд. биол. наук, заведующая лабораторией вирусов лейкозов, ведущий научный сотрудник Института вирусологии им. Д.И. Ивановского

Россия, 123098, г. Москва

Анастасия Александровна Антонова

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: aantonova1792@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-9180-9846

канд. биол. наук, научный сотрудник лаборатории вирусов лейкозов, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

Россия, 123098, г. Москва

Екатерина Александровна Макеева

ФГАОУ ВО «Московский политехнический университет»

Email: makeevakaty13@gmail.com
ORCID iD: 0009-0005-7085-3361

студентка факультета химической технологии и биотехнологии

Россия, 107023, г. Москва

Кристина Вячеславовна Ким

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: kimsya99@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-4150-2280

младший научный сотрудник лаборатории вирусов лейкозов, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

Россия, 123098, г. Москва

Яна Михайловна Мунчак

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: yana_munchak@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-4792-8928

младший научный сотрудник лаборатории вирусов лейкозов, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

Россия, 123098, г. Москва

Екатерина Никитична Меженская

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: belokopytova.01@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-3110-0843

канд. биол. наук, научный сотрудник лаборатории вирусов лейкозов, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

Россия, 123098, г. Москва

Елена Александровна Орлова-Морозова

ГБУЗ МО «Центр профилактики и борьбы со СПИД»

Email: orlovamorozova@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-2495-6501

канд. мед. наук, заведующая амбулаторно-поликлиническим отделением

Россия, 140053, г. Котельники, Московская область

Александр Юрьевич Пронин

ГБУЗ МО «Центр профилактики и борьбы со СПИД»

Email: alexanderp909@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-9268-4929

канд. мед. наук, главный врач

Россия, 140053, г. Котельники, Московская область

Алексей Геннадьевич Прилипов

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: a_prilipov@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-8755-1419

д-р биол. наук, ведущий научный сотрудник, заведующий лабораторией молекулярной генетики Института вирусологии им. Д.И. Ивановского

Россия, 123098, г. Москва

Оксана Валериановна Галзитская

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России; ФБУН «Институт теоретической и экспериментальной биофизики» Российской академии наук

Email: ogalzit@vega.protres.ru
ORCID iD: 0000-0002-3962-1520

д-р физ.-мат. наук, заведующая лабораторией биоинформатики, главный научный сотрудник ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи», Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

Россия, 123098, г. Москва; 142290, г. Пущино, Московская область

Список литературы

  1. Kogan M., Rappaport J. HIV-1 accessory protein Vpr: Relevance in the pathogenesis of HIV and potential for therapeutic intervention. Retrovirology. 2011; 8: 25. https://doi.org/10.1186/1742-4690-8-25
  2. Morellet N., Bouaziz S., Petitjean P., Roques B.P. NMR structure of the HIV-1 regulatory protein VPR. J. Mol. Biol. 2003; 327(1): 215–27. https://doi.org/10.1016/s0022-2836(03)00060-3
  3. Sawaya B.E., Khalili K., Gordon J., Taube R., Amini S. Cooperative interaction between HIV-1 regulatory proteins Tat and Vpr modulates transcription of the viral genome. J. Biol. Chem. 2000; 275(45): 35209–14. https://doi.org/10.1074/jbc.M005197200
  4. Fritz J.V., Dujardin D., Godet J., Didier P., De Mey J., Darlix J.L., et al. HIV-1 Vpr oligomerization but not that of Gag directs the interaction between VPR and GAG. J. Virol. 2010; 84(3): 1585–96. https://doi.org/10.1128/JVI.01691-09
  5. Venkatachari N.J., Walker L.A., Tastan O., Le T., Dempsey T.M., Li Y., et al. Human immunodeficiency virus type 1 Vpr: oligomerization is an essential feature for its incorporation into virus particles. Virol. J. 2010; 7: 119. https://doi.org/10.1186/1743-422X-7-119
  6. Nodder S.B., Gummuluru S. Illuminating the role of VPR in HIV infection of myeloid cells. Front. Immunol. 2019; 10: 1606. https://doi.org/10.3389/fimmu.2019.01606
  7. Vanegas-Torres C.A., Schindler M. HIV-1 Vpr functions in primary CD4+ T Cells. Viruses. 2024; 16(3): 420. https://doi.org/10.3390/ v16030420
  8. Zhang F., Bieniasz P.D. HIV-1 VPR induces cell cycle arrest and enhances viral gene expression by depleting CCDC137. Elife. 2020; 9: e55806. https://doi.org/10.7554/eLife.55806
  9. Huang C.Y., Chiang S.F., Lin T.Y., Chiou S.H., Chow K.C. HIV-1 VPR triggers mitochondrial destruction by impairing Mfn2-mediated ER-mitochondria interaction. PLoS One. 2012; 7(3): e33657. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0033657
  10. Zhao L., Wang S., Xu M., He Y., Zhang X., Xiong Y., et al. VPR counteracts the restriction of LAPTM5 to promote HIV-1 infection in macrophages. Nat. Commun. 2021; 12(1): 3691. https://doi.org/10.1038/s41467-021-24087-8
  11. Eldin P., Péron S., Galashevskaya A., Denis-Lagache N., Cogné M., Slupphaug G., et al. Impact of HIV-1 Vpr manipulation of the DNA repair enzyme UNG2 on B lymphocyte class switch recombination. J. Transl. Med. 2020; 18(1): 310. https://doi.org/10.1186/s12967-020-02478-7
  12. Casey Klockow L., Sharifi H.J., Wen X., Flagg M., Furuya A.K., Nekorchuk M., et al. The HIV-1 protein Vpr targets the endoribonuclease Dicer for proteasomal degradation to boost macrophage infection. Virology. 2013; 444(1-2): 191–202. https://doi.org/10.1016/j.virol.2013.06.010
  13. Li G., Makar T., Gerzanich V., Kalakonda S., Ivanova S., Pereira E.F.R., et al. HIV-1 VPR-induced proinflammatory response and apoptosis are mediated through the Sur1-Trpm4 channel in astrocytes. mBio. 2020; 11(6): e02939–20. https://doi.org/10.1128/mbio.02939-20
  14. Mukerjee R., Chang J.R., Del Valle L., Bagashev A., Gayed M.M., Lyde R.B., et al. Deregulation of microRNAs by HIV-1 VPR protein leads to the development of neurocognitive disorders. J. Biol. Chem. 2011; 286(40): 34976–85. https://doi.org/10.1074/jbc.M111.241547
  15. James T., Nonnemacher M.R., Wigdahl B., Krebs F.C. Defining the roles for VPR in HIV-1-associated neuropathogenesis. J. Neurovirol. 2016; 22(4): 403–15. https://doi.org/10.1007/s13365-016-0436-5
  16. Fabryova H., Strebel K. VPR and its cellular interaction partners: R we there yet? Cells. 2019; 8(11): 1310. https://doi.org/10.3390/cells8111310
  17. González M.E. The HIV-1 VPR protein: A multifaceted target for therapeutic intervention. Int. J. Mol. Sci. 2017; 18(1): 126. https://doi.org/10.3390/ijms18010126
  18. Dampier W., Antell G.C., Aiamkitsumrit B., Nonnemacher M.R., Jacobson J.M., Pirrone V., et al. Specific amino acids in HIV-1 Vpr are significantly associated with differences in patient neurocognitive status. J. Neurovirol. 2017; 23(1): 113–24. https://doi.org/10.1007/s13365-016-0462-3
  19. Hadi K., Walker L.A., Guha D., Murali R., Watkins S.C., Tarwater P., et al. Human immunodeficiency virus type 1 VPR polymorphisms associated with progressor and non-progressor individuals alter VPR-associated functions. J. Gen. Virol. 2014; 95(3): 700–11. https://doi.org/10.1099/vir.0.059576-0
  20. Colle J.H., Rose T., Rouzioux Ch., Garcia A. Two highly variable Vpr84 and Vpr85 residues within the HIV-1-Vpr C-terminal protein transduction domain control transductionnal activity and define a clade specific polymorphism. World Journal of AIDS. 2014; (4): 148–55. https://doi.org/10.4236/wja.2014.4201
  21. Hagiwara K., Ishii H., Murakami T., Takeshima S.N., Chutiwitoonchai N., Kodama E.N., et al. Synthesis of a VPR-binding derivative for use as a novel HIV-1 inhibitor. PLoS One. 2015; 10(12): e0145573. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0145573
  22. Milani A., Baesi K., Agi E., Marouf G., Ahmadi M., Bolhassani A. HIV-1 accessory proteins: which one is potentially effective in diagnosis and vaccine development? Protein Pept. Lett. 2021; 28(6): 687–98. https://doi.org/10.2174/0929866528999201231213610
  23. Bbosa N., Kaleebu P., Ssemwanga D. HIV subtype diversity worldwide. Curr. Opin. HIV AIDS. 2019; 14(3): 153–60. https://doi.org/10.1097/COH.0000000000000534
  24. Антонова А.А., Кузнецова А.И., Ожмегова Е.Н., Лебедев А.В., Казеннова Е.В., Ким К.В. и др. Генетическое разнообразие ВИЧ-1 на современном этапе эпидемии в Российской Федерации: увеличение распространенности рекомбинантных форм. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2023; 15(3): 61–72. https://doi.org/10.22328/2077-9828-2023-15-3-61-72 https://elibrary.ru/tpwttn
  25. Antonova A., Kazennova E., Lebedev A., Ozhmegova E., Kuznetsova A., Tumanov A., et al. Recombinant forms of HIV-1 in the last decade of the epidemic in the Russian Federation. Viruses. 2023; 15(12): 2312. https://doi.org/10.3390/v15122312
  26. Maksimenko L.V., Sivay M.V., Totmenin A.V., Shvalov A.N., Skudarnov S.E., Ostapova T.S., et al. Novel HIV-1 A6/B recombinant forms (CRF133_A6B and URF_A6/B) circulating in Krasnoyarsk region, Russia. J. Infect. 2022; 85(6): 702–69. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2022.10.001
  27. Halikov M.R., Ekushov V.E., Totmenin A.V., Gashnikova N.M., Antonets M.E., Tregubchak T.V., et al. Identification of a novel HIV-1 circulating recombinant form CRF157_A6C in Primorsky Territory, Russia. J. Infect. 2024; 88(2): 180–2. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2023.11.005
  28. Miller S.A., Dykes D.D., Polesky H.F. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucleic. Acids. Res. 1988; 16(3): 1215. https://doi.org/10.1093/nar/16.3.1
  29. Struck D., Lawyer G., Ternes A.M., Schmit J.C., Bercoff D.P. COMET: adaptive context-based modeling for ultrafast HIV-1 subtype identification. Nucleic Acids Res. 2014; 42(18): e144. https://doi.org/10.1093/nar/gku739
  30. Schultz A.K., Bulla I., Abdou-Chekaraou M., Gordien E., Morgenstern B., Zoaulim F., et al. jpHMM: recombination analysis in viruses with circular genomes such as the hepatitis B virus. Nucleic Acids Res. 2012; 40(Web Server issue): W193–8. https://doi.org/10.1093/nar/gks414
  31. Nguyen L.T., Schmidt H.A., von Haeseler A., Minh B.Q. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies. Mol. Biol. Evol. 2015; 32(1): 268–74. https://doi.org/10.1093/molbev/msu300
  32. Larsson A. AliView: a fast and lightweight alignment viewer and editor for large datasets. Bioinformatics. 2014; 30(22): 3276–8. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu531
  33. Darriba D., Taboada G.L., Doallo R., Posada D. jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing. Nat. Methods. 2012; 9(8): 772. https://doi.org/10.1038/nmeth.2109
  34. Letunic I., Bork P. Interactive Tree Of Life (iTOL) v5: an online tool for phylogenetic tree display and annotation. Nucleic Acids Res. 2021; 49(W1): W293–6. https://doi.org/10.1093/nar/gkab301
  35. Lobanov M.Y., Sokolovskiy I.V., Galzitskaya O.V. IsUnstruct: prediction of the residue status to be ordered or disordered in the protein chain by a method based on the Ising model. J. Biomol. Struct. Dyn. 2013; 31(10): 1034–43. https://doi.org/10.1080/07391102.2012.718529
  36. Jumper J., Evans R., Pritzel A., Green T., Figurnov M., Ronneberger O., et al. Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold. Nature. 2021; 596(7873): 583–9. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2
  37. Березов Т.Т., Коровкин Б.Ф. Биологическая химия. М.: Медицина; 1998.
  38. Lobanov M.Y., Pereyaslavets L.B., Likhachev I.V., Matkarimov B.T., Galzitskaya O.V. Is there an advantageous arrangement of aromatic residues in proteins? Statistical analysis of aromatic interactions in globular proteins. Comput. Struct. Biotechnol. J. 2021; 19: 5960–8. https://doi.org/10.1016/j.csbj.2021.10.036
  39. Nair M., Gettins L., Fuller M., Kirtley S., Hemelaar J. Global and regional genetic diversity of HIV-1 in 2010-21: systematic review and analysis of prevalence. Lancet Microbe. 2024; 5(11): 100912. https://doi.org/10.1016/S2666-5247(24)00151-4
  40. Bouman J.A., Venner C.M., Walker C., Arts E.J., Regoes R.R. Per-pathogen virulence of HIV-1 subtypes A, C and D. Proc. Biol. Sci. 2023; 290(1998): 20222572. https://doi.org/10.1098/rspb.2022.2572
  41. Sami Saribas A., Cicalese S., Ahooyi T.M., Khalili K., Amini S., Sariyer I.K. HIV-1 Nef is released in extracellular vesicles derived from astrocytes: evidence for Nef-mediated neurotoxicity. Cell Death Dis. 2017; 8(1): e2542. https://doi.org/10.1038/cddis.2016.467
  42. Cafaro A., Schietroma I., Sernicola L., Belli R., Campagna M., Mancini F., et al. Role of HIV-1 tat protein interactions with host receptors in HIV infection and pathogenesis. Int. J. Mol. Sci. 2024; 25(3): 1704. https://doi.org/10.3390/ijms25031704
  43. Khan N., Geiger J.D. Role of Viral Protein U (VPU) in HIV-1 infection and pathogenesis. Viruses. 2021; 13(8): 1466. https://doi.org/10.3390/v13081466
  44. Ruiz A.P., Ajasin D.O., Ramasamy S., DesMarais V., Eugenin E.A., Prasad V.R. A naturally occurring polymorphism in the HIV-1 tat basic domain inhibits uptake by bystander cells and leads to reduced neuroinflammation. Sci. Rep. 2019; 9(1): 3308. https://doi.org/10.1038/s41598-019-39531-5
  45. Lebedev A., Kim K., Ozhmegova E., Antonova A., Kazennova E., Tumanov A., et al. Rev protein diversity in HIV-1 group M clades. Viruses. 2024; 16(5): 759. https://doi.org/10.3390/v16050759
  46. Лапавок И.А. Анализ полиморфизма неструктурных областей генома варианта ВИЧ-1, доминирующего в России: Автореф. дисс. … канд. биол. наук. М.; 2009. https://elibrary.ru/nkranl
  47. Антонова А.А., Лебедев А.В., Ожмегова Е.Н., Шлыкова А.В., Лаповок И.А., Кузнецова А.И. Вариабельность неструктурных белков у вариантов ВИЧ-1 суб-субтипа А6 (Retroviridae: Orthoretrovirinae: Lentivirus: Human immunodeficiency virus-1, sub-subtype A6), циркулирующих в разных регионах Российской Федерации. Вопросы вирусологии. 2024; 69(5): 470–80. https://doi.org/10.36233/0507-4088-262 https://elibrary.ru/wbbkuq
  48. Murzakova A., Kireev D., Baryshev P., Lopatukhin A., Serova E., Shemshura A., et al. Molecular epidemiology of HIV-1 subtype G in the Russian Federation. Viruses. 2019; 11(4): 348. https://doi.org/10.3390/v11040348
  49. Щемелев А.Н., Семенов А.В., Останкова Ю.В., Найденова Е.В., Зуева Е.Б., Валутите Д.Э. и др. Генетическое разнообразие вируса иммунодефицита человека (ВИЧ-1) в Калининградской области. Вопросы вирусологии. 2022; 67(4): 310–21. https://elibrary.ru/bkswno
  50. Makinson A., Masquelier B., Taieb A., Peytavin G., Waldner-Combernoux A., Collin G., et al. Presence of numerous stop codons in HIV-1 reverse transcriptase proviral DNA sequences from patients with virological response to HAART. AIDS. 2006; 20(9): 1327–9. https://doi.org/10.1097/01.aids.0000232242.51286.7b
  51. Alidjinou E.K., Deldalle J., Robineau O., Hallaert C., Meybeck A., Huleux T., et al. Routine drug resistance testing in proviral HIV-1 DNA: Prevalence of stop codons and hypermutation, and associated factors. J. Med. Virol. 2019; 91(9): 1684–7. https://doi.org/10.1002/jmv.25474
  52. Бобкова М.Р. Дефектные провирусы ВИЧ: возможное участие в патогенезе ВИЧ-инфекции. Вопросы вирусологии. 2024; 69(5): 399–414. https://doi.org/10.36233/0507-4088-261 https://elibrary.ru/pselci
  53. Rossenkhan R., Novitsky V., Sebunya T.K., Musonda R., Gashe B.A., Essex M. Viral diversity and diversification of major non-structural genes vif, vpr, vpu, tat exon 1 and rev exon 1 during primary HIV-1 subtype C infection. PLoS One. 2012; 7(5): e35491. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0035491
  54. Shen C., Gupta P., Wu H., Chen X., Huang X., Zhou Y., et al. Molecular characterization of the HIV type 1 vpr gene in infected Chinese former blood/plasma donors at different stages of diseases. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2008; 24(4): 661–6. https://doi.org/10.1089/aid.2007.0270

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Схематическое изображение первичной структуры белка Vpr. M – метионин; E – глутаминовая кислота; D – аспарагиновая кислота; T – треонин; L – лейцин; A – аланин; V – валин; H – гистидин; F – фенилаланин; I – изолейцин; Y – тирозин; W – триптофан; R – аргинин; S – серин; Vpr T-Helper/CD4+ Epitope region (major) – область белка Vpr, в которой преимущественно были картированы эпитопы, распознающиеся иммунной системой для последующего развития CD4+-T-клеточного ответа (https://www.hiv.lanl.gov/content/immunology/maps/helper/Vpr.html); Vpr CTL/CD8+ Epitope region (major) – область белка Vpr, в которой преимущественно были картированы эпитопы, распознающиеся иммунной системой для последующего развития CD8+-цитотоксического Т-клеточного ответа (https://www.hiv.lanl.gov/content/immunology/maps/ctl/Vpr.html).

Скачать (127KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Активности белка Vpr. ОТ – обратная транскрипция; Vpr – белок Vpr; Env – белок Env; PIC – прединтеграционный комплекс.

Скачать (524KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Карта генома с исследуемой областью vpr у образцов 1311001072 (а) и 1311001115 (б).

Скачать (125KB)
Метаданные
5. Рис. 4. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей гена vpr ВИЧ-1 (n = 254, модель замещения нуклеотидов – TIM1 + I + G4). Референсные последовательности выделены красным цветом, исследуемые – черным. Красной звездочкой отмечены нуклеотидные последовательности, отнесенные к потенциальным уникальным рекомбинантам.

Скачать (955KB)
Метаданные
6. Рис. 5. Карта генома с исследуемой областью vpr у образца 1311001105. Пунктиром отмечена область, образованная фрагментом ВИЧ-1 рекомбинантных форм CRF02_AG и CRF63_02A6.

Скачать (54KB)
Метаданные
7. Рис. 6. Консенсусные последовательности Vpr ВИЧ-1 суб-субтипа А6, субтипа В и рекомбинантной формы CRF63_02A6, выравненные относительно Vpr_model (последовательность белка Vpr, анализируемого при определении пространственной структуры [2]). Точками обозначены позиции аминокислотных остатков (а.о.), в которых а.о. в консенсусах соответствовали референсу. Аминокислоты классифицированы на основе полярности радикалов. Неполярные аминокислоты: G (глицин), A (аланин), V (валин), L (лейцин), I (изолейцин), P (пролин) отмечены синим цветом; полярные незаряженные аминокислоты: S (серин), T (треонин), C (цистеин), M (метионин), N (аспарагин), Q (глутамин) – зеленым; ароматические аминокислоты: F (фенилаланин), тирозин (Y), W (триптофан), гистидин (H) – желтым; отрицательно заряженные аминокислоты: аспарагиновая кислота (D) и глутаминовая кислота (E) – оранжевым; положительно заряженные аминокислоты: лизин (K), аргинин (R) – красным [37, 38].

Скачать (362KB)
Метаданные
8. Рис. 7. Сравнение профилей неструктурированных участков для консенсусных последовательностей суб-субтипа А6, субтипа В и CRF63_02A6 и Vpr_model, предсказанные программой IsUnstruct. a – Vpr_model: развернутые участки с 1–15 и с 86–96 а.о.; б – консенсус суб-субтипа А6: развернутые участки с 1–15 и с 84–96 а.о.; в – консенсус субтипа В: развернутые участки с 1–16 и с 86–96 а.о.; г – консенсус CRF63_02A6: развернутые участки с 1–15 и с 86–96 а.о.

Скачать (620KB)
Метаданные
9. Рис. 8. Мономерные, димерные и олигомерные формы белка Vpr вариантов Vpr_model, суб-субтипа А6, субтипа В, рекомбинантной формы CRF63_02A6, предсказанные программой AlphaFold 2. a – мономерные формы белка Vpr; б – димерные формы белка Vpr; в – тетрамерная форма белка Vpr; г – гексамерная форма белка Vpr.

Скачать (602KB)
Метаданные
10. Рис. 9. Совмещение гексамерных структур Vpr. Hexamer A6 and Hexamer Vpr_model – гексамер консенсусной последовательности белка суб-субтипа А6 и гексамер Vpr_model; Hexamer B and Hexamer Vpr_model – гексамер консенсусной последовательности белка субтипа B и гексамер Vpr_model; Hexamer CRF63_02A6 and Hexamer Vpr_model – гексамер консенсусной последовательности рекомбинантной формы CRF63_02A6 и гексамер Vpr_model; Hexamer A6 and Hexamer B – гексамер консенсусной последовательности суб-субтипа А6 и гексамер консенсусной последовательности субтипа B; Hexamer A6 and Hexamer CRF63_02A6 – гексамер консенсусной последовательности суб-субтипа А6 и гексамер консенсусной последовательности CRF63_02A6; Hexamer B and Hexamer CRF63_02A6 – гексамер консенсусной последовательности субтипа B и гексамер консенсусной последовательности CRF63_02A6; Среднеквадратичное отклонение между Cα-атомами для разных пар гексамеров показано на рисунке, которое изменяется от 16,9 Å до 37,8 Å.

Скачать (703KB)
Метаданные

© Кузнецова А.И., Антонова А.А., Макеева Е.А., Ким К.В., Мунчак Я.М., Меженская Е.Н., Орлова-Морозова Е.А., Пронин А.Ю., Прилипов А.Г., Галзитская О.В., 2025

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».