Разработка модели нейронной сети для выявления патологических митозов в гистологических препаратах

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Обоснование. Современные компьютерные системы позволяют оцифровывать и исследовать изображения гистологических препаратов, что натолкнуло авторов на идею использования инструментов машинного обучения в цифровой патогистологии. Возможности нейронных сетей находить субвизуальные особенности изображения на оцифрованных гистологических препаратах создают основу для лучшего качественного и количественного анализа изображений. Существующие методы машинного обучения дают хорошие показатели по точности и скорости при распознавании различных изображений, что позволяет надеяться на их широкое применение, в том числе и в онкологической диагностике.

Цель. Использовать методы математического моделирования для выявления патологических митозов в гистологических препаратах как основного признака различия злокачественного и доброкачественного опухолевого процесса.

Материалы и методы. В качестве набора данных для модели нейронной сети применялись гистологические изображения НМИЦ травматологии и ортопедии им. Н.Н. Приорова. Тестирование модели выполнено с помощью 188 гистологических стёкол 67 пациентов, проходивших лечение в институте. Гистологические препараты были отсканированы на микроскопе Leica Aperio CS2 с разрешением ×400 и преобразованы в формат JPEG с последующей обработкой. Далее в потоковом режиме был выполнен анализ тестовых изображений с использованием созданной модели нейронной сети с целью получения координат искомого объекта диагностики — патологического митоза и вероятности, с которой модель находила объект данной категории. Полученные изображения были проанализированы врачом-патологоанатомом на предмет соответствия выявленного объекта патологическому митозу.

Результаты. Авторы выбрали архитектуру, разработали методологию обучения нейронной сети и создали модель, которую можно использовать для обнаружения патологических митозов в гистологических препаратах. Авторы не пытаются заменить врача, а показывают возможность комплексного подхода к анализу данных компьютерной системой и врачом-патологоанатомом.

Заключение. Разработанная математическая модель нейронной сети, используемая в составе технологического решения для распознавания патологических митозов в отсканированных гистологических препаратах, может применяться как инструмент для сокращения времени исследования и повышения точности диагностики врача-патологоанатома.

Об авторах

Геннадий Николаевич Берченко

Национальный медицинский исследовательский центр травматологии и ортопедии им. Н.Н. Приорова

Автор, ответственный за переписку.
Email: berchenko@cito-bone.ru
ORCID iD: 0000-0002-7920-0552
SPIN-код: 3367-2493

доктор медицинских наук, профессор, заведующий отделением, врачь-патологоанатом, цитолог

Россия, 127299, Москва, ул. Приорова, 10

Нина Вениаминовна Федосова

Национальный медицинский исследовательский центр травматологии и ортопедии им. Н.Н. Приорова

Email: hard_sign@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-0829-9188
SPIN-код: 5380-3194
Россия, 127299, Москва, ул. Приорова, 10

Михаил Геннадьевич Кочан

Национальный медицинский исследовательский центр травматологии и ортопедии им. Н.Н. Приорова

Email: mk_system@mail.ru
ORCID iD: 0009-0002-0699-1370
Россия, 127299, Москва, ул. Приорова, 10

Дмитрий Викторович Машошин

Национальный медицинский исследовательский центр травматологии и ортопедии им. Н.Н. Приорова

Email: dima_mash@mail.ru
ORCID iD: 0009-0003-5442-5055
SPIN-код: 7612-1311
Россия, 127299, Москва, ул. Приорова, 10

Список литературы

  1. Dorfman H.D., Czerniak B. Bone tumors. 2nd edition. St. Louis: Mosby, 2015. 1261 p.
  2. Girshick R. Fast R-CNN. In: IEEE International Conference on Computer Vision (ICCV), 2015.
  3. Ren S., He K., Girshick R., Sun J. Faster R-CNN: Towards Real-Time Object Detection with Region Proposal Networks // IEEE Trans Pattern Anal Mach Intell. 2017. Vol. 39, № 6. Р. 1137–1149. doi: 10.1109/TPAMI.2016.2577031
  4. Ren S., He K., Girshick R., Zhang X., Sun J. Object Detection Networks on Convolutional Feature Maps // IEEE Trans Pattern Anal Mach Intell. 2017. Vol. 39, № 7. Р. 1476–1481. doi: 10.1109/TPAMI.2016.2601099
  5. Lin T-Y., Dollár P., Girshick R., He K., Hariharan B., Belongie S. Feature Pyramid Networks for Object Detection, Computer Science > Computer Vision and Pattern Recognition [Submitted on 9 Dec 2016 (v1), last revised 19 Apr 2017 (this version, v2)]. Режим доступа: https://arxiv.org/abs/1612.03144
  6. Girshick R., Donahue J., Darrell T., Malik J. Rich feature hierarchies for accurate object detection and semantic segmentation. In: CVPR, 2014. arXiv: 1311.2524.
  7. Girshick R., Donahue J., Darrell T., Malik J. Region-Based Convolutional Networks for Accurate Object Detection and Segmentation // IEEE Trans Pattern Anal Mach Intell. 2016. Vol. 38, № 1. Р. 142–58. doi: 10.1109/TPAMI.2015.2437384
  8. Uijlings J., van de Sande K., Gevers T., Smeulders A. Selective search for object recognition // International Journal of Computer Vision. 2013. Vol. 104, № 2. P. 154–171. doi: 10.1007/s11263-013-0620-5
  9. He K., Gkioxari G., Dollar P., Girshick R., Mask R-CNN // IEEE Trans Pattern Anal Mach Intell. 2020. Vol. 42, № 2. Р. 386–397. doi: 10.1109/TPAMI.2018.2844175
  10. Detectron [Интернет]. Режим доступа: https://github.com/facebookresearch/Detectron
  11. Pantanowitz L., Quiroga-Garza G.M., BienRonen L., et al. An artificial intelligence algorithm for prostate cancer diagnosis in whole slide images of core needle biopsies: a blinded clinical validation and deployment study // Lancet Digital Health. 2020. Vol. 2, № 8. Р. e407–e416. doi: 10.1016/S2589-7500(20)30159-X
  12. Pantanowitz L., Hartman D., Yan Qi, Eun Yoon Cho, et al. Accuracy and efficiency of an artificial intelligence tool when counting breast mitoses // Diagn Pathol. 2020. Vol. 15, № 1. Р. 80. doi: 10.1186/s13000-020-00995-z
  13. Van EttenIn A. Satellite Imagery Multiscale Rapid Detection with Windowed Networks. arXiv: 1809.09978v1. Режим доступа: https://arxiv.org/pdf/1809.09978.pdf
  14. Simonyan K., Zisserman A. Very deep convolutional networks for large-scale image recognition. 10 Apr 2015. arXiv: 1409.1556. Режим доступа: https://arxiv.org/pdf/1409.1556.pdf
  15. Barisonia L., Hodgin J.B. Digital pathology in nephrology clinical trials, research, and pathology practice // Curr Opin Nephrol Hypertens. 2017. Vol. 26, № 6. Р. 450–459. doi: 10.1097/MNH.0000000000000360
  16. Burt J.R., Torosdagli N., Khosravan N., et al. Deep learning beyond cats and dogs: recent advances in diagnosing breast cancer with deep neural networks // Br J Radiol. 2018. Vol. 91, № 1089. Р. 20170545. doi: 10.1259/bjr.20170545
  17. Mermel C., Kunal Nagpal M.S. Using AI to identify the aggressiveness of prostate cancer // Google Health. 2020. Режим доступа: https://blog.google/technology/health/using-ai-identify-aggressiveness-prostate-cancer
  18. Nagpal K., Foote D., Tan F., et al. Development and Validation of a Deep Learning Algorithm for Gleason Grading of Prostate Cancer from Biopsy Specimens // JAMA Oncol. 2020. Vol. 6, № 9. Р. 1–9. doi: 10.1001/jamaoncol.2020.2485

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2. Рис. 1. Фотография гистологического изображения фрагмента злокачественной опухоли с наличием патологического митоза, выполненная при увеличении ×1000, разрешение 1632×1229 пикселей.

3. Рис. 2. Фрагмент изображения «патологический митоз», выделенный для опознавания моделью при увеличении ×1000, разрешение 90×87 пикселей.

Скачать (138KB)
4. Рис. 3. Фотография патологического митоза при увеличении ×400, разрешение 1632×1229 пикселей.

5. Рис. 4. Фрагмент изображения «патологический митоз», выделенный для опознавания моделью при увеличении ×400, разрешение 30×40 пикселей.

Скачать (146KB)
6. Рис. 5. Модель вернула ответ об успешном нахождении объекта «митоз».

Скачать (234KB)
7. Рис. 6. Результат работы программы прорисовки объекта на изображении. Модель выявила патологический митоз с вероятностью 97,4%.

Скачать (182KB)
8. Рис. 7. Модель определила один объект как несколько.

Скачать (220KB)
9. Рис. 8. Модель нашла объект «патологический митоз» с вероятностью 99,2%.

Скачать (168KB)

© Эко-Вектор, 2024

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных

 

Используя сайт https://journals.rcsi.science, я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных») даю согласие на обработку персональных данных на этом сайте (текст Согласия) и на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика» (текст Согласия).