Metabolomic research in oncology


如何引用文章

全文:

详细

This paper deals with the questions of the metabolomics research results application in medicine. The central idea metabolomics is to identify the specific biomarkers in a biological sample used in a diagnostics. The volatile organic compounds - metabolites isolated from various tissues and biological fluids (blood, urine, sputum, exhaled air) are considered as biomarkers. The paper also describes main methods of separation and identification of volatile organic compounds (gas chromatography, mass spectrometry, nuclear magnetic resonance spectroscopy) applied in metabolomics. The paper presents some results of laboratory research aimed at the detection of different organs ’ cancer biomarkers. The quality characteristics of the metabolome from a biological patient sample with different pathology are discussed. Special attention is paid to the application of metabolomics possibilities in experimental medicine. The presented material will be of some help in solving the problems of early diagnosis of cancer.

作者简介

Raisa Furina

Republican clinical hospital

Email: furina_raisa@mail.ru
doctor-endoscopist 424030, Yoshkar-Ola, Russia Federation

参考

  1. Чиссов В.И., Старинский В.В., Петрова Г.В., ред. Злокачественные новообразования в России в 2008 году (заболеваемость и смертность). М.; 2010.
  2. Jordan K.W., Nordenstam J., Lauwers G.Y. Metabolomic characterization of human rectal adenocarcinoma with intact tissue magnetic resonance spectroscop. Dis. Colon Rect. 2009; 52 (3): 520-5.
  3. Daviss B. Growing pains for metabolomics. Scientist. 2005; 19 (8): 25-8.
  4. Catchpole G., Platzer A., Weikert C., Kempkensteffen C., Johannsen M., Krause H. et al. Metabolic profiling reveals key metabolic features of renal cell carcinoma. J. Cell. Mol. Med. 2011; 15: 109-18.
  5. Denkert C., Budczies J., Fiehn O., Wohlgemuth G., Scholz M., Kind T. et al. Metabolite profiling of human colon carcinoma-deregulation of TCA cycle and amino acid turnover. Mol. Cancer. 2008; 7: 72.
  6. Sreekumar A., Poisson L.M., Rajendiran T.M., Khan A.P., Cao Q., Yu J. et al. Metabolomic profiles delineate potential role for sarcosine in prostate cancer progression. Nature. 2009; 457: 910-4.
  7. Pauling L., Robinson A.B., Teranishi R., Cary P. Quantitative analysis of urine vapor and breath by gas-liquid partition chromatography. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1971; 68: 2374-6.
  8. Wishart D.S., Tzur D., Knox C. HMDB: the Human Metabolome Database. Nucleic Acids Res. 2007; 35: 521-6.
  9. Царев Н.И., Царев В.И., Катраков И.Б. Практическая газовая хроматография. Барнаул: Издательство Алтайского Университета; 2000.
  10. Silva C.L., Passos M., Camara J.S. Investigation of urinary volatile organic metabolites as potential cancer biomarkers by solidphase microextraction in combination with gas chromatography-mass spectrometry. Br. J. Cancer. 2011; 105: 1894-904.
  11. Patti G.J., Yanes O., Siuzdak G. Innovation: Metabolomics: the apogee of the omics trilogy. Nature Rev. Mol. Cell. Biol. 2012; 13: 263-9.
  12. Sands C.J., Coen M., Ebbels T.M., Holmes E., Lindon J.C., Nicholson J.K. Data-driven approach for metabolite relationship recovery in biological 1H NMR data sets using iterative statistical total correlation spectroscopy. Analyt. Chem. 2011; 83: 2075-82.
  13. Veenstra T.D. Metabolomics: the final frontier. Genome Medicine. 2012; 4: 40.
  14. Denkert C., Budczies J., Kind T., Weichert W., Tablack P., Sehouli J. et al. Mass spectrometry-based metabolic profiling reveals different metabolite patterns in invasive ovarian carcinomas and ovarian borderline tumors. Cancer Res. 2006; 66: 10 795-804.
  15. Xue R., Dong L., Zhang S., Deng, C., Liu T., Wang J. et al. Investigation of volatile biomarkers in liver cancer blood using solidphase microextraction and gas chromatography/mass spectrometry. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008; 22 (18): 1181-6.
  16. Brown M.V., McDunnl J.E., Gunstl P.R., Smith E.M., Milburn M.V., Troyer D.A. et al. Cancer detection and biopsy classification using concurrent histopathological and metabolomic analysis of core biopsies. Genom Med. 2012; 4: 1-33.
  17. Hartmann M., Zimmermann D., Nolte J. Changes of the metabolism of the colon cancer cell line SW-480 under serum-free and serum-reduced growth conditions. In Vitro Cell.Dev.Biol. Anim. 2008; 44: 458-63.
  18. Zimmermann D., Hartmann M., Moyer M.P., Nolte J., Baumbach J.I. Determination of volatile products of human colon cell line metabolism by GC/MS analysis. Metabolomics. 2007; 3: 13-7.
  19. Wolf F., Wandke C., Isenberg N., Geley S. Dose-dependent effects of stable cyclin B1 on progression through mitosis in human cells. EMBO J. 2006; 25: 2802-13.
  20. Jiang S., Jung Song M., Shin E.-C., Lee M.-O., Jong Kim S., Han Park J. Apoptosis in human hepatoma cell lines by chemotherapeutic drugs via fas-dependent and fas-independent pathways. Hepatology. 1999; 29 (1): 101-10.
  21. Dunn W.B., Broadhurst D., Begley P., Zelena E., Francis-Mc-Intyre S., Anderson N. et al. Procedures for large-scale metabolic profiling of serum and plasma using gas chromatography and liquid chromatography coupled to mass spectrometry. Nature. 2011; 6 (7): 1060-83.

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
下载

版权所有 © Eco-Vector, 2014


 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».