INDEL-GENOTYPING OF VIBRIO CHOLERAE STRAINS


Cite item

Full Text

Abstract

The aim of this work was to genotype Vibrio cholerae strains, based on 9 INDEL-markers. We identified 26 genotypes in 223 strains studied. Based on the cluster analysis, all genotypes were grouped into 8 clusters. A geographic attachment to specific regions was characteristic for some of the clusters. Toxigenic strains formed a separate cluster and have genotypes different from atoxigenic strains. All strains V cholerae O1 Eltor, isolated from 1929 to 2014, had an identical genotype, different from the genotypes of V. cholerae O1 classical and V. cholerae O139. A loss of cholera toxin gene was shown to fail to give rise in the alteration of INDEL-genotype. This allows us recommend this genotyping method for the identification strains that had a cholera toxin gene in the past. Under annual isolation of strains of V. cholerae from environmental objects, their population was established to be particular due to a high level of genetic diversity. This makes it possible to propose the use of the diversity index as one of the criteria for the assessment of epidemiological risk.

About the authors

Aleksey S. Vodop’yanov

Rostov-on-Don Anti-Plague Institute, Federal Service for Consumer Rights Protection and Human Welfare Supervision

Email: alexvod@gmail.com
MD, PhD, head of the virology group of the Rostov-on-Don Anti-Plague Institute, Federal Service for Consumer Rights Protection and Human Welfare Supervision, 117, Gorky Street, Rostov-on-Don, 344002, Russian Federation 117, Gorky Street, Rostov-on-Don, 344002, Russian Federation

S. O Vodop’yanov

Rostov-on-Don Anti-Plague Institute, Federal Service for Consumer Rights Protection and Human Welfare Supervision

доктор мед. наук, зав. лаб. биохимии микробов ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора 117, Gorky Street, Rostov-on-Don, 344002, Russian Federation

I. P Oleynikov

Rostov-on-Don Anti-Plague Institute, Federal Service for Consumer Rights Protection and Human Welfare Supervision

науч. сотр. лаб. биохимии микробов ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора 117, Gorky Street, Rostov-on-Don, 344002, Russian Federation

B. N Mishan’kin

Rostov-on-Don Anti-Plague Institute, Federal Service for Consumer Rights Protection and Human Welfare Supervision

доктор мед. наук, вед. науч. сотр. лаб. диагностики особо опасных инфекций ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора. 117, Gorky Street, Rostov-on-Don, 344002, Russian Federation

References

  1. Онищенко Г.Г., Москвитина Э.А., Водопьянов А.С., Монахова Е.В., Писанов Р.В., Водопьянов С.О. и др. Ретроспективный молекулярно-эпидемиологический анализ эпидемии холеры в Республике Дагестан в 1994. Пробл. особо опасных инф. 2016; 4: 33-41. doi: 10.21055/0370-1069-2016-4-33
  2. Титова С.В., Кругликов В.Д., Ежова М.И., Водопьянов А.С., Архангельская И.В., Водопьянов С.О., Москвитина Э.А. Анализ динамики выделения и биологических свойств штаммов V. cholerae O1 El-Tor, изолированных из водных объектов на территории Ростовской области с 2003-2014 гг. Здоровье населения и среда обитания. 2015; 2 (263): 39-41.
  3. Смирнова Н.И., Кульшань Т.А., Краснов Я.М. MLVA-типирование клинических штаммов Vibrio cholerae, изолированных в разные периоды текущей пандемии холеры. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2015; 1: 15-22.
  4. Мишанькин Б.H., Водопьянов А.С., Ломов Ю.M., Романова Л.В., Водопьянов С.О., Сучков И.Ю. и др. Ретроспективный VNTR-анализ генотипов штаммов Vibrio cholerae O1, выделенных на территории ростовской области в годы VII пандемии холеры. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2004; 4: 28.
  5. Тимофеев В.С., Кудрявцева Т.Ю., Мокриевич А.Н., Павлов В.М., Дятлов И.А. Молекулярное типирование штаммов Francisella tularensis методом мультилокусного анализа вариабельности числа тандемных повторов. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2014; 1: 8-15.
  6. Платонов М.Е., Евсеева В.В., Дентовская С.В., Анисимов А.П. Молекулярное типирование Yersinia pestis. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2013; 2: 3-12.
  7. Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Олейников И.П., Мишанькин Б.Н., Кругликов В.Д., Архангельская И.В. и др. INDEL- и VNTR-типирование штаммов Vibrio cholerae, выделенных в 2013 году из объектов окружающей среды на территории Российской Федерации. Здоровье населения и среда обитания. 2015; 5 (266): 41-4.
  8. Simpson E.H. Measurement of diversity. Nature (London). 1949; Vol. 163, No 4148.
  9. Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods. Molecular Biology and Evolution. 2011; 28: 2731-9.
  10. Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Мишанькин Б.Н., Олейников И.П. Алгоритм компьютерного VNTR-типирования на основе неполных сиквенсов ДНК-штаммов Vibrio cholerae, выделенных на Гаити в 2010 г. Здоровье населения и среда обитания. 2013; 3 (240): 28-30.
  11. Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Мишанькин Б.Н., Олейников И.П. Корреляция области вариабельного тандемного повтора VcB (VNTR VcB) и гена токсин-корегулируемых пилей (tcpA) у возбудителя холеры: компьютерный анализ. Здоровье населения и среда обитания. 2014; 4 (253): 14-6.
  12. Кульшань Т.А., Топорков А.В., Смирнова Н.И. Генетические изменения вирулентных штаммов холерных вибрионов биовара Эльтор при их обитании в водной среде. Пробл. особо опасных инф. 2006; 1 (91): 41-4.
  13. Щелканова Е.Ю., Кульшань Т.А., Заднова С.П., Агафонов Д.А., Смирнова Н.И. Конструирование штамма-продуцента В-субъединицы холерного токсина на модели атоксигенного геноварианта Vibrio cholerae. Холера и патогенные для человека вибрионы. В кн.: Материалы проблемной комиссии (48.04) Координационного научного совета по санитарно-эпидемиологической охране территории Российской Федерации. Ростов-на-Дону: Дониздат; 2015, Вып. 28: 144-6.
  14. Анисимов А.П. Внутривидовое разнообразие Yersinia pestis. Успехи современного естествознания. 2003; 10: 50-2.
  15. Маркова Ю.А., Савилов Е.Д. Использование показателей разнообразия возбудителя для оценки состояния эпидемического процесса. Журн. инфекционной патологии. 1999; 2-3: 10-5.
  16. Беляков В.Д. Введение в эпидемиологию инфекционных и неинфекционных болезней. М.: Медицина; 1989.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2017 Eco-vector


 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».