Оптимизация лечения больных микробной экземой на основе данных полногеномного секвенирования: от эмпирического подхода к персонализированной системной антибактериальной терапии

Обоснование. Каждый человек обладает уникальным составом кожной и кишечной микробиоты, включающей резидентные и транзиторные микроорганизмы, формирующие строго индивидуальный профиль. В работе проводится сравнительный анализ микробиома кишечника и поражённых участков кожи у больных микробной экземой. Эффективность персонализированного подбора системного антибиотика с учётом данных антибиотикорезистентности оценивается с помощью нового молекулярно-генетического метода полногеномного секвенирования (WGS), который способствует углублённому изучению состава микробиома и выявлению ключевых в патогенезе микробной экземы микроорганизмов.

Цель исследования ― оценить эффективность комплексного лечения пациентов с хронической микробной экземой, включающего персонализированный подбор системных антибактериальных препаратов на основе данных молекулярно-генетического анализа микробиома кожи и кишечника с использованием полногеномного секвенирования WGS.

Методы. В проспективном клиническом контролируемом рандомизированном исследовании приняли участие 60 больных микробной экземой в стадии обострения, которые были разделены на две группы по 30 человек. В группе сравнения терапия велась согласно федеральным клиническим рекомендациям; в основной группе системный антибактериальный препарат подбирали персонализировано на основе данных антибиотикорезистентности, полученных с помощью метода полногеномного секвенирования WGS. Биоматериалы с кожи и кишечные пробы у пациентов брали до начала терапии, на 14-й, 21-й дни и спустя 6 месяцев после лечения. Оценка выраженности кожной симптоматики проводилась с использованием индекса EASI. Исследование было направлено на характеристику микробного состава кожи и кишечника путём определения доли (%) отдельных представителей микробиоты.

Результаты. У пациентов в период обострения наблюдалось смещение микробного равновесия как на коже, так и в кишечнике в сторону S. aureus, C. difficile, K. pneumoniae, P. aeruginosa, E. coli. К 6-му месяцу наблюдения у пациентов обеих групп отмечались положительная динамика кожного патологического процесса и снижение микробной колонизации кожи в очагах поражения микробной экземы, при этом микробиом кишечника у пациентов основной группы показал более выраженную положительную динамику в восстановлении микробного баланса.

Заключение. Использование клинического метагеномного WGS-секвенирования обеспечивает высокоточную характеристику таксономического состава исследуемых микробиомов. В группе, получавшей персонализированную антимикробную терапию, отмечено более быстрое восстановление кожного и кишечного микробиоценоза по сравнению с группой сравнения.