Characteristics of the gut microbiota of patients with dyspepsia

Мұқаба

Дәйексөз келтіру

Толық мәтін

Ашық рұқсат Ашық рұқсат
Рұқсат жабық Рұқсат берілді
Рұқсат жабық Тек жазылушылар үшін

Аннотация

Introduction: Studying the relationship between functional dyspepsia and gut microbiota will provide insight into the role of individual microorganisms and their metabolic products in the development of this pathology. The aim of the study was to analyze the microbiota of patients diagnosed with functional dyspepsia.

Materials and methods: Using the Ion Torrent PGM platform, sequencing of the V3 region of the 16S rRNA gene was performed.

Results: Differential analysis of the abundance showed that patients with dyspepsia have Corynebacterium jeikeium and Eggerthella lenta bacteria in the intestines, which have previously been associated with a number of inflammatory diseases. A relationship was established between Erysipelotrichaceae UCG-003 bacterium, Fusicatenibacter saccharivorans and Turicibacter sanguinis and dyspepsia.

Conclusion: The fecal microbiota characteristics of patients with dyspepsia were studied. The results showed a relationship between individual species and this pathology. For the first time, the relationship between the species Erysipelotrichaceae UCG-003 bacterium, Fusicatenibacter saccharivorans and Turicibacter sanguinis and functional dyspepsia was demonstrated.

Толық мәтін

##article.viewOnOriginalSite##

Авторлар туралы

Inna Burakova

Voronezh State University of Engineering Technologies

Хат алмасуға жауапты Автор.
Email: vitkalovai@inbox.ru
ORCID iD: 0000-0002-5881-0845

Junior Researcher, Laboratory of Metagenomics and Food Biotechnology

Ресей, Revolution av. 19, Voronezh, 394036

Maria Gryaznova

Voronezh State University of Engineering Technologies

Email: mariya-vg@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-2076-3868

Junior Researcher, Laboratory of Metagenomics and Food Biotechnology

Ресей, Revolution av. 19, Voronezh, 394036

Yulia Smirnova

Voronezh State University of Engineering Technologies

Email: dyd16@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-5820-1804

Junior Researcher, Laboratory of Metagenomics and Food Biotechnology

Ресей, Revolution av. 19, Voronezh, 394036

Polina Morozova

Voronezh State University of Engineering Technologies; Voronezh State University

Email: ms.cloud00.00@mail.ru
ORCID iD: 0009-0000-0075-9170

Engineer, Laboratory of Metagenomics and Food Biotechnology; Student of the Department of Genetics, Cytology and Bioengineering

Ресей, Revolution av. 19, Voronezh, 394036; Universitetskaya sq. 1, Voronezh, 394018

Pavel Chizhkov

Voronezh State University

Email: qooleer@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-5626-0579

3rd year Postgraduate Student, Faculty of Medical and Biological Sciences, Department of Genetics, Cytology and Bioengineering

Ресей, Universitetskaya sq. 1, Voronezh, 394018

Svetlana Lagutina

Voronezh State Medical University Named after N.N. Burdenko

Email: svlagutina97@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-3730-5265

Assistant, Department of Outpatient Therapy

Ресей, Studencheskaya st. 10, Voronezh, 394036

Mikhail Syromyatnikov

Voronezh State University of Engineering Technologies; Voronezh State University

Email: mihan.vrn@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-9028-0613

Leading Researcher, Laboratory of Metagenomics and Food Biotechnology; Associate Professor, Department of Genetics, Cytology and Bioengineering, Candidate of Biological Sciences, Associate Professor

Ресей, Revolution av. 19, Voronezh, 394036; Universitetskaya sq. 1, Voronezh, 394018

Әдебиет тізімі

  1. Karakan T., Ozkul C., Küpeli Akkol E., Bilici S., Sobarzo-Sánchez E., Capasso R. Gut-Brain-Microbiota Axis: Antibiotics and Functional Gastrointestinal Disorders. Nutrients. 2021; 13 (2): 389. doi: 10.3390/nu13020389.
  2. Du L.J., Chen B.R., Kim J.J., Kim S., Shen J.H., Dai N. Helicobacter pylori eradication therapy for functional dyspepsia: Systematic review and meta-analysis. World J. Gastroenterol. 2016; 22 (12): 3486–95. doi: 10.3748/wjg.v22.i12.3486.
  3. Сафина Д.Д., Абдулхаков С.Р., Маркелова М.И., Григорьева Т.В., Булыгина Е.А., Маланин С.Ю., Васильев И.Ю., Синягина М.Н., Абдулхаков Р.А., Киясов И.А. Изменения таксономического состава микробиоты кишечника под влиянием эрадикационной терапии Helicobacter pylori. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. 2018; 159 (11): 48–61. doi: 10.31146/1682-8658-ecg-159-11-48-61. [Safina D.D., Abdulkhakov S.R., Markelova M.I., Grigoryeva T.V., Boulygina E.A., Malanin S.Yu., Vasilyev I.Yu., Siniagina M.N., Abdulkhakov R.A., Kiyasov I.A. Changes in the taxonomic composition of the intestinal microbiota under the influence of Helicobacter pylori eradication therapy. Experimental and Clinical Gastroenterology. 2018; 159 (11): 48–61 (in Russian)]
  4. Серкова М.Ю., Павлова Е.Ю., Оганезова И.А. Функциональная диспепсия и кишечная микробиота: возможна ли взаимосвязь? Фарматека. 2018; 13: 23. doi: 10.18565/pharmateca.2018.13.23-29. [Serkova M.Yu., Pavlova E.Yu., Oganezova I.A. Functional dyspepsia and intestinal microbiota: is a relationship possible? Pharmateka. 2018; 13: 23 (in Russian)]
  5. Koloski N.A., Jones M., Talley N.J. Evidence that independent gut-to-brain and brain-to-gut pathways operate in the irritable bowel syndrome and functional dyspepsia: a 1-year population-based prospective study. Aliment Pharmacol Ther. 2016; 44 (6): 592–600. doi: 10.1111/apt.13738.
  6. Ивашкин В.Т., Маев И.В., Шептулин А.А., Лапина Т.Л., Трухманов А.С., Картавенко И.М., Киприанис В.А., Охлобыстина О.З. Клинические рекомендации Российской гастроэнтерологической ассоциации по диагностике и лечению функциональной диспепсии. Рос журн гастроэнтерол гепатол колопроктол 2017; 27 (1): 50–61. doi: 10.22416/1382-4376-2017-27-1-50-61 [Ivashkin V.T., Mayev I.V., Sheptulin A.A., Lapina T.L., Trukhmanov A.S., Kartavenko I.M., Kiprianis V.A., Okhlobystina O.Z. Diagnosis and treatment of the functional dyspepsia: clinical guidelines of the Russian Gastroenterological Association. Ross z gastroentrerol gepatol koloproktol 2017; 27 (1): 50–61 (In Russ.)]
  7. Ai D., Pan H., Li X., Gao Y., Liu G., Xia L.C. Identifying Gut Microbiota Associated With Colorectal Cancer Using a Zero-Inflated Lognormal Model. Front Microbiol. 2019; 10: 826. doi: 10.3389/fmicb.2019.00826.
  8. Wang T., Cai G., Qiu Y., Fei N., Zhang M., Pang X., Jia W., Cai S., Zhao L. Structural segregation of gut microbiota between colorectal cancer patients and healthy volunteers. ISME J. 2012; 6 (2): 320–9. doi: 10.1038/ismej.2011.109.
  9. Martin R., Bermúdez-Humarán L.G., Langella P. Searching for the Bacterial Effector: The Example of the Multi-Skilled Commensal Bacterium Faecalibacterium prausnitzii. Front Microbiol. 2018; 9: 346. doi: 10.3389/fmicb.2018.00346.
  10. Takeshita K., Mizuno S., Mikami Y., Sujino T., Saigusa K., Matsuoka K., Naganuma M., Sato T., Takada T., Tsuji H., Kushiro A., Nomoto K., Kanai T. A Single Species of Clostridium Subcluster XIVa Decreased in Ulcerative Colitis Patients. Inflamm Bowel Dis. 2016; 22 (12): 2802–10. doi: 10.1097/MIB.0000000000000972.
  11. Cotozzolo E., Cremonesi P., Curone G., Menchetti L., Riva F., Biscarini F., Marongiu M.L., Castrica M., Castiglioni B., Miraglia D., Luridiana S., Brecchia G. Characterization of Bacterial Microbiota Composition along the Gastrointestinal Tract in Rabbits. Animals (Basel). 2020; 11 (1): 31. doi: 10.3390/ani11010031.
  12. Kalyana Chakravarthy S., Jayasudha R., Ranjith K., Dutta A., Pinna N.K., Mande S.S., Sharma S., Garg P., Murthy S.I., Shivaji S. Alterations in the gut bacterial microbiome in fungal Keratitis patients. PloS one. 2018; 13 (6): e0199640. doi: 10.1371/journal.pone.0199640.
  13. Gargari G., Mantegazza G., Cremon C., Taverniti V., Valenza A., Barbaro M.R., Marasco G., Duncan R., Fiore W., Ferrari R., De Vitis V., Barbara G., Guglielmetti S. Collinsella aerofaciens as a predictive marker of response to probiotic treatment in non-constipated irritable bowel syndrome. Gut Microbes. 2024; 16 (1): 2298246. doi: 10.1080/19490976.2023.2298246.
  14. Ракова Е.Б., Немченко У.М., Попкова С.М., Сердюк Л.В., Долгих В.В., Иванова Е.И., Савелькаева М.В. Видовая характеристика бифидобактерий в кишечном биотопе детей с функциональной диспепсией. Клиническая лабораторная диагностика. 2015; 60 (10): 50–3. Rakova E.B., Nemchenko U.M., Popkova S.M., Serdyuk L.V., Dolgikh V.V., Ivanova E.I., Savelkaeva M.V. Species characteristics of bifidobacteria in the intestinal biotope of children with functional dyspepsia. Clinical laboratory diagnostics. 2015; 60 (10): 50–3 (in Russian).
  15. Zhang, Y., Fan, K., Li, L., He, J., Sun, Y. Peptostreptococcus anaerobius is a potential diagnostic biomarker of colorectal cancer. Cellular and Molecular Biology. 2023; 69 (10): 244–7. doi: 10.14715/cmb/2023.69.10.36.
  16. Tas A., Köklü S., Yüksel I., Başar O., Akbal E., Cimbek A. No significant association between halitosis and upper gastrointestinal endoscopic findings: a prospective study. Chin Med J. (Engl). 2011; 124 (22): 3707–10.
  17. Ugarte-Torres A., Gillrie M.R., Griener T.P., Church D.L. Eggerthella lenta Bloodstream Infections Are Associated With Increased Mortality Following Empiric Piperacillin-Tazobactam (TZP) Monotherapy: A Population-based Cohort Study. Clin Infect Dis. 2018; 67 (2): 221–8. doi: 10.1093/cid/ciy057. PMID: 29373647.

Қосымша файлдар

Қосымша файлдар
Әрекет
1. JATS XML
Жүктеу
2. Fig. 1. Characteristics of the microbiome composition of feces from patients with dyspepsia at the type level

Жүктеу (64KB)
Метадеректер
3. Fig. 2. Indicators of microbiome α-diversity in patients with dyspepsia and without gastrointestinal pathology

Жүктеу (70KB)
Метадеректер
4. Fig. 3. An indicator of microbiome β-diversity in patients with dyspepsia and those without gastrointestinal pathology

Жүктеу (55KB)
Метадеректер
5. Fig. 4. Characteristics of the microbiome in patients with dyspepsia

Жүктеу (119KB)
Метадеректер

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».