О математическом моделировании молекулярных нано-машин


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Представлены основные идеи нового подхода к математическому моделированию «нано-машин» - макромолекулярных структур, прототипами которых являются белки-ферменты. В центре подхода лежит моделирование многомасштабной флуктуационно-динамической подвижности белка ультраметрическим случайным процессом. В терминах p-адических уравнений вида «реакция - диффузия» предложена модель, демонстрирующая работу молекулярной машины. Показано, что подобное многомасштабное моделирование позволяет обнаружить неожиданные возможности селективного управления функциональным циклом.

Об авторах

Владик Аванесович Аветисов

Институт химической физики им. Н. Н. Семенова РАН

Email: avetisov@chph
д.ф.-м.н., зав. лабораторией, лаб. теории сложных систем; Институт химической физики им. Н. Н. Семенова РАН

Альберт Хакимович Бикулов

Институт химической физики им. Н. Н. Семенова РАН

Email: bikulov1903@rambler.ru
к.ф.-м.н., старший научный сотрудник, лаб. теории сложных систем; Институт химической физики им. Н. Н. Семенова РАН

Александр Петрович Зубарев

Самарский государственный университет

Email: , apzubarev@mail.ru
к.ф.-м.н., ведущий научный сотрудник, лаб. математической физики; Самарский государственный университет

Список литературы

  1. Jencks W. P. Catalysis in Chemistry and Enzymology. New York: McGraw-Hill, 1969.
  2. Шайтан К. В., Рубин А. Б. Конформационная динамика белков и простейшие молекулярные «машины» // Биофизика, 1982. Т. 27, No 3. С. 386-390.
  3. Блюменфельд Л. А. Проблемы биологической физики / Физика жизненных процессов. М.: Наука, 1974. 336 с.
  4. Fenimore P. W., Frauenfelder H., McMahom B. H., Young R. D. Proteins are paradigms of stochastic complexity // Physica A, 2005. Vol. 351, no. 1. Pp. 1-13.
  5. Frauenfelder H., Wolynes P. Biomolecules: Where the physics of complexity and simplicitymeet // Physics Today, 1994. Vol. 47, no. 2. Pp. 58-64.
  6. Avetisov V. A., Bikulov A. Kh., Kozyrev S. V. Application of p-adic analysis to models of breaking of replica symmetry // J. Phys. A, Math. Gen., 1999. Vol. 32, no. 50. Pp. 8785-8791.
  7. Avetisov V. A., Bikulov A. Kh., Kozyrev S. V., Osipov V. A. p-adic models of ultrametric diffusion constrained by hierarchical energy landscapes // J. Phys. A, Math. Gen., 2002. Vol. 35, no. 2. Pp. 177-189.
  8. Avetisov V. A., Bikulov A. Kh. Osipov V. A. p-Adic description of characteristic relaxation in complex systems // J. Phys. A, Math. Gen., 2003. Vol. 36, no. 15. Pp. 4239-4246.
  9. Avetisov V. A., Bikulov A. Kh. Protein ultrametricity and spectral diffusion in deeply frozen proteins // Biophys. Rev. and Lett., 2008. Vol. 3, no. 3. Pp. 387-396.
  10. Владимиров В. С, Волович И. В., Зеленов Е. И. p-Адический анализ и математическая физика. М.: Физматлит, 1994. 352 с.
  11. Zelenov E. I. p-Adic analysis and mathematical physics. Vol. 1 / Series on Soviet and East European Mathematics. Singapore: World Scientific Publishing Co., Inc., 1994. 319 pp.
  12. Avetisov V. A., Bikulov A. Kh., Zubarev A. P. First passage time distribution and the number of returns for ultrametric random walks // J. Phys. A, Math. Theor., 2009. Vol. 42, no. 8. Pp. 085003-08521.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Самарский государственный технический университет, 2011

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».