CHARACTERIZATION OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS STRAINS (A 15-YEAR SURVEY IN LENINGRAD REGION, RUSSIA)

封面

如何引用文章

全文:

详细

In the late 90-ies of XX century in Russia there was an exacerbation of the epidemic situation of tuberculosis (TB) and “explosive” increase in pathogen drug resistances. Regardless of lower incidence of pulmonary TB in recent years, the number of cases caused by multidrug-resistant (MDR) mycobacteria was increasing due to a reduction in the effectiveness of treatment. Among the 11 subjects of the North-West Federal District the Leningrad Region is leading in the number of ineffective chemotherapy outcomes in newly diagnosed bacteriologically confirmed TB cases. A specific feature of the current epidemic situation in the Leningrad Region is the prevalence (74.1% in 2014) of MDR strains among previously treated patients with pulmonary TB. The aim of the research was a comparative genotypic characterization of Mycobacterium tuberculosis strains, isolated from patients with chronic pulmonary tuberculosis in the Leningrad Region in 1999–2004 and 2010–2014. As defined by spoligotyping, the Beijing family genotype was prevailing among M. tuberculosis strains of previously treated patients from Leningrad region (76.5% in 2010–2014 versus 56.3% in 1999–2004). The proportion of other genotypes strains — LAM and T decreased from 16.7 and 12.5% to 10.3 and 2.9%, respectively. The proportion of multi-drug resistance in the studied subpopulations of the Beijing genotype strains remained virtually constant (86.5 and 88.9%). The extensive drug resistance was not observed among MDR Beijing strains in 1999–2004, whereas in 2010–2014 it reached 33.3%. MIRU-VNTR-typing (12 loci) of 68 M. tuberculosis strains revealed 20 profiles; of these, five were presented by clusters MIT1, MIT46, MIT16, MIT17, MIT571, comprising two or more strains. The largest clusters MIT16 (223325153533) and MIT17 (223325173533) included 25 (48.1%) and 21 (40.4%) apparently highly transmissible Beijing genotype strains. Previously, clinical significance and mainly epidemic pathways for MDR M. tuberculosis Beijing strains belonging to these MIRU-VNTR-types were proved in a number of Russian regions. These findings require in-depth analysis of the situation in the region studied.

作者简介

A. Vyazovaya

St. Petersburg Pasteur Institute

编辑信件的主要联系方式.
Email: annavyazovaya@pasteurorg.ru

PhD (Biology), Senior Researcher, Laboratory of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics

197101, Russian Federation, St. Petersburg, Mira str., 14, Phone: +7 (812) 233-21-49. Fax: +7 (812) 233-20-92

俄罗斯联邦

V. Vetrov

St. Petersburg Pasteur Institute

Email: fake@neicon.ru

Researcher, Laboratory of Epidemiology of Infectious and Non-Infectious Diseases

俄罗斯联邦

L. Lyalina

St. Petersburg Pasteur Institute

Email: fake@neicon.ru

PhD, MD (Medicine), Professor, Head of the Laboratory of Epidemiology of Infectious and Non-Infectious Diseases

俄罗斯联邦

I. Mokrousov

St. Petersburg Pasteur Institute

Email: fake@neicon.ru

PhD, MD (Biology), Head, Laboratory of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics

俄罗斯联邦

N. Solovieva

Research Institute of Phthisiopulmonology

Email: fake@neicon.ru

PhD (Medicine), Head of the Bacteriological Laboratory

俄罗斯联邦

V. Zhuravlev

Research Institute of Phthisiopulmonology

Email: fake@neicon.ru

Head of Department of the Laboratory Diagnostics

俄罗斯联邦

B. Vishnevskiy

Research Institute of Phthisiopulmonology

Email: fake@neicon.ru

PhD, MD (Medicine), Professor, Head Researcher, Department of Laboratory Diagnostics

俄罗斯联邦

O. Narvskaya

St. Petersburg Pasteur Institute

Research Institute of Phthisiopulmonology

Email: fake@neicon.ru

PhD, MD (Medicine), Professor, Leading Researcher, Laboratory of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics, St. Petersburg Pasteur Institute, St. Petersburg, Russian Federation; Scientific Advisor, Department of Laboratory Diagnostics, Research Institute of Phthisiopulmonology, St. Petersburg, Russian Federation

俄罗斯联邦

参考

  1. Габбасова Л.А., Касаева Т.Ч., Стерликов С.А., Нечаева О.Б., Обухова О.В., Одинцов В.Е., Чебагина Т.Ю. Отраслевые и экономические показатели противотуберкулезной работы в 2009–2014 гг. Методика расчета показателей и статистические материалы по результатам пятилетнего наблюдения. М.: РИО ЦНИИОИЗ, 2015. 68 с. [Gabbasova L.A., Kasayeva T.C., Sterlikov S.A., Nechayev O.B., Obukhov O.V., Odintsov V.E., Chebagina T.Y. Otraslevye i ekonomicheskie pokazateli protivotuberkuleznoi raboty v 2009–2014 gg. Metodika rascheta pokazatelei i statisticheskie materialy po rezul’tatam pyatiletnego nablyudeniya [Industry and economic indicators of antituberculosis activities in 2009–2014. The methodology of calculation of indicators and statistical data based on results of the five-year surveillance]. Moscow: FPHI RIO, 2015. 68 p.]
  2. Маркелов Ю.М., Нарвская О.В. Циркуляция штаммов возбудителя туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью на территории Республики Карелия // Туберкулез и болезни легких. 2010. № 2. С. 54–56. [Markelov Yu.M., Narvskaya O.V. Circulation of multidrug-resistant tuberculosis pathogen strains in the Republic of Karelia. Tuberkulez i bolezni legkih = Tuberculosis and Lung Diseases, 2010, no. 2, pp. 54–56. (In Russ.)]
  3. Огарков О.Б., Медведева Т.В., Zozio T., Погорелов В.И., Некипелов О.М., Гутникова М.Ю., Купцевич Н.Ю., Ушаков И.В., Sola C. Молекулярное типирование штаммов микобактерий туберкулеза в Иркутской области (Восточная Сибирь) в 2000–2005 гг. // Молекулярная медицина. 2007. № 2. С. 33–38. [Ogarkov О.В., Medvedeva T.V., Zozio Т., Pogorelov V.I., Nekipelov O.M., Gutnikova M.Yu., Kuptsevich N.Yu., Ushakov I.V., Sola С. Molecular typing of Mycobacterium tuberculosis strains in the Irkutsk Region (Eastern Siberia) in 2000–2005. Molekulyarnaya meditsina = Molecular Medicine, 2007, no. 2, pp. 33–38. (In Russ.)]
  4. Умпелева Т.В., Вязовая А.А., Еремеева Н.И., Кравченко М.А., Нарвская О.В., Скорняков С.Н. Генетические особенности возбудителя туберкулеза в Уральском федеральном округе России // Туберкулез и болезни легких. 2016. Т. 94, № 8. C. 60–65. [Umpeleva T.V., Vyazovaya A.A., Eremeeva N.I., Kravchenko M.A., Narvskaya O.V., Skorniakov S.N. Specific genetic features of Mycobacterium tuberculosis in Ural Federal District of Russia. Tuberkulez i bolezni legkih = Tuberculosis and Lung Diseases, 2016, vol. 94, no. 8, pp. 60–65. (In Russ.)]
  5. Яблонский П.К., Вишневский Б.И., Соловьева Н.С., Маничева О.А., Догонадзе М.З., Мельникова Н.Н., Журавлев В.Ю. Лекарственная устойчивость Mycobacterium tuberculosis при различных локализациях заболевания // Инфекция и иммунитет. 2016. Т. 6, № 2. С. 133–140. [Yablonskii P.K., Vishnevskiy B.I., Solovyeva N.S., Manicheva O.A., Dogonadze M.Z., Melnikova N.N., Zhuravlev V.Yu. Drug resistance of Mycobacterium tuberculosis in different localizations of the disease. Infektsiya i immunitet = Russian Journal of Infection and Immunity. 2016, vol. 6, no. 2, pp. 133–140. doi: 10.15789/2220- 7619-2016-2-133-140 (In Russ.)]
  6. Drobniewski F., Balabanova Y., Nikolayevsky V., Ruddy M., Kuznetzov S., Zakharova S., Melentyev A., Fedorin I. Drug-resistant tuberculosis, clinical virulence, and the dominance of the Beijing strain family in Russia. JAMA, 2005, vol. 293, no. 22, pp. 2726–2731.
  7. Gibson A., Huard R., Gey van Pittius N., Lazzarini L., Driscoll J., Kurepina N., Zozio T., Sola C., Spindola S., Kritski A., Fitzgerald D., Kremer K., Mardassi H., Chitale P., Brinkworth J., Garcia de Viedma D., Gicquel B., Pape J., Van Soolingen D., Kreiswirth B., Warren R., Van Helden P., Rastogi N., Suffys P., Lapa e Silva J., Ho J. Application of sensitive and specific molecular methods to uncover global dissemination of the major RDRio Sublineage of the Latin American-Mediterranean Mycobacterium tuberculosis spoligotype family. J. Clin. Microbiol., 2008, vol. 46, no. 4, pp. 1259–1267.
  8. Kamerbeek J., Schouls L., Kolk A., Van Agterveld M., Van Soolingen D., Kuijper S., Bunschoten A., Molhuizen H., Shaw R., Goyal M., Van Embden J. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology. J. Clin. Microbiol., 1997, vol. 35, no. 4, pp. 907–914.
  9. Mokrousov I. Genetic geography of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: a multifacet mirror of human history? Infect. Genet. Evol., 2008, vol. 8, no. 6, pp. 777–785. doi: 10.1016/j.meegid.2008.07.003
  10. Mokrousov I. Mycobacterium tuberculosis phylogeography in the context of human migration and pathogen’s pathobiology: Insights from Beijing and Ural families. Tuberculosis (Edinb). 2015, no. 95 (suppl.), pp. S167–176.
  11. Mokrousov I., Vyazovaya A., Otten T., Zhuravlev V., Pavlova E., Tarashkevich L., Krishevich V., Vishnevsky B., Narvskaya O. Mycobacterium tuberculosis population in northwestern Russia: an update from Russian-EU/Latvian border region. PLoS One. 2012, vol. 7, no. 7:e41318. doi: 10.1371/journal.pone.0041318.
  12. Mokrousov I., Vyazovaya A., Solovieva N., Sunchalina T., Markelov Y., Chernyaeva E., Melnikova N., Dogonadze M., Starkova D., Vasilieva N.,Gerasimova A., Kononenko Y., Zhuravlev V., Narvskaya O. Trends in molecular epidemiology of drug-resistant tuberculosis in Republic of Karelia, Russian Federation. BMC Microbiol., 2015, no. 15: 279. doi: 10.1186/s12866-015-0613-3
  13. Supply P., Allix C., Lesjean S., Cardoso-Oelemann M., Rüsch-Gerdes S., Willery E., Savine E., De Haas P., Van Deutekom H., Roring S., Bifani P., Kurepina N., Kreiswirth B., Sola C., Rastogi N., Vatin V., Gutierrez M.C., Fauville M., Niemann S., Skuce R., Kremer K., Locht C., Van Soolingen D. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unitvariable- number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis. J. Clin. Microbiol., 2006, vol. 44, no. 12, pp. 4498–4510.
  14. Van Embden J., Cave M., Crawford J., Dale J., Eisenach K., Gicquel B., Hermans P., Martin C., McAdam R., Shinnick T., Small P. Strain identification on Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: recommendations for a standardized metho dology. J. Clin. Microbiol., 1993, no. 31, pp. 406–409.
  15. Vyazovaya A., Mokrousov I., Solovieva N., Mushkin A., Manicheva O., Vishnevsky B., Zhuravlev V., Narvskaya O. Tuberculous spondylitis in Russia and prominent role of multidrug-resistant clone Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148. Antimicrob. Agents Chemother., 2015, vol. 59, no. 4, pp. 2349–2357.

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML

版权所有 © Vyazovaya A.A., Vetrov V.V., Lyalina L.V., Mokrousov I.V., Solovieva N.S., Zhuravlev V.Y., Vishnevskiy B.I., Narvskaya O.V., 2017

Creative Commons License
此作品已接受知识共享署名 4.0国际许可协议的许可

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».