СРАВНЕНИЕ ГЕНОМОВ ВИРУСОВ ГРИППА A(H1N1)pdm09, ПОЛУЧЕННЫХ ИЗ РАЗЛИЧНЫХ ТИПОВ ВИРУССОДЕРЖАЩЕГО МАТЕРИАЛА

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

В данной работе проведено сравнение генетических последовательностей вирусов гриппа, секвенированных из клинических образцов (носоглоточных мазков) и изолятов, выделенных на клетках линии MDCK и в развивающихся куриных эмбрионах. В ходе исследования были получены данные о том, что 1–2-кратное пассирование вирусов гриппа в клетках MDCK не приводит к возникновению дополнительных мутаций в геноме вируса гриппа, и генетический материал этого вируса идентичен генетическому материалу из клинического образца. При пассировании вирусов в куриных эмбрионах в течение 1–2 пассажей генетический материал вируса отличается от генетического материала из клинического образца, так как появляются мутации в рецепторной области гемагглютинина, приводящие к замене аминокислот (Q223R). Мутация Q223R меняет рецепторную специфичность  гемагглютинина с рецепторов человеческого типа (α-2,6-сиаловые  кислоты) на рецепторы птичьего типа (α-2,3-сиаловые кислоты). Полученные данные совпадают с данными японских исследователей, показавших, что аналогичная замена в гене гемагглютинина выявлена у японских штаммов вируса гриппа подтипа А(H1N1)pdm09, пассируемых в куриных эмбрионах в течение 1–2 пассажей. При дальнейшем их пассировании в куриных эмбрионах количество приобретенных адаптационных мутаций в поверхностных антигенах этих вирусов увеличивается. Таким образом, нами показано, что для генетического анализа эпидемически актуальных штаммов вирусов гриппа для рутинных задач эпидемиологического надзора использование прямого секвенирования  клинических образцов, содержащих генетический материал вирусов, дает возможность получить наиболее достоверные данные, повысить их оперативность, поскольку позволяет сэкономить время, обычно затрачиваемое на вирусовыделение. В случае, если необходимо провести предварительное выделение вирусов, например, при отсутствии возможности провести полногеномную амплификацию из клинического образца (низкое содержание материала, присутствие ингибиторов полимеразной цепной реакции), оптимальным является вирусовыделение на клетках линии MDCK с минимальным количеством пассажей, что и используется в практике эпидемического надзора.

Об авторах

А. В. Фадеев

ФГБУ НИИ гриппа Минздрава России

Автор, ответственный за переписку.
Email: artem.fadeev@influenza.spb.ru

Фадеев Артем Викторович - научный сотрудник лаборатории молекулярной вирусологии.

197376, Санкт-Петербург, ул. Профессора  Попова, 15/17,. Тел.: 8 (812) 499-15-20 (служебн.)

Россия

И. Н. Жилинская

ФГБУ НИИ гриппа Минздрава России

Email: fake@neicon.ru

Доктор биологических наук, ведущий научный сотрудник, лаборатории системной вирусологии 

Россия

Список литературы

  1. Ramadhany R., Yasugi M., Nakamura S., Daidoji T., Watanabe Y., Takahashi K., Ikuta K., Nakaya T. Tropism of pandemic 2009 H1N1 inf luenza A virus. Front. Microbiol., 2012, vol. 3, p. 128. doi: 10.3389/fmicb.2012.00128
  2. Shepard S.S., Meno S., Bahl J., Wilson M.M., Barnes J., Neuhaus E. Viral deep sequencing needs an adaptive approach: IRMA, the iterative refinement meta-assembler. BMC Genomics, 2016, vol. 17, p. 708. doi: 10.1186/s12864-016-3030-6
  3. Zhou B., Wentworth D.E. Inf luenza A virus molecular virology techniques. Methods Mol. Biol., 2012, vol. 865, pp. 175–192. doi: 10.1007/978-1-61779-621-0_11

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Фадеев А.В., Жилинская И.Н., 2017

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».