RETROSPECTIVE ANALYSIS OF SLOVENIAN MYCOBACTERIUM AVIUM COMPLEX AND MYCOBACTERIUM ABSCESSUS COMPLEX ISOLATES AND MOLECULAR RESISTANCE PROFILE

封面

如何引用文章

全文:

详细

Abstract. Mycobacteria belonging to Mycobacterium (M.) avium complex (MAC) and M. abscessus complex (MABSC) are the most frequent causes of mycobacteriosis in the world. In the last few years MAC and MABSC taxonomy was rapidly changing due to new molecular methods conveying the possibility to differentiate between species. New techniques are able to identify M. chimaera that was previously recognized as M. intracellulare and also differentiate subspecies of MABSC. Due to their natural habitat, non-tuberculous mycobacteria (NTM) are constantly exposed to various concentrations of antimicrobial drugs and other chemicals and consequently they had developed different mechanisms of resistance. Macrolides and aminoglycosides are frequently used drugs to treat MAC and MABSC infections. The aim of our nation-wide survey was to obtain information about MABSC subspecies prevalence in Slovenia and to assess the percentage of misidentifications of M. chimaera isolates as M. intracellulare in the past. Moreover, the purpose of our study was to reveal, which of the two species M. intracellulare or M. chimaera is clinically more relevant in Slovenia. Further, the aim of the study was to detect mutations in erm(41), rrl and rrs genes, which are known to convey macrolide resistance (erm(41) and rrl) and aminoglycoside resistance (rrs). One hundred and thirty-two Slovenian mycobacterial isolates obtained from the National Mycobacterial Collection that belong to MAC and MABSC were analysed. GenoType NTM-DR was used to differentiate M. intracellulare from M. chimaera and subspecies of MABSC. Our results showed that 48% of previously identified M. intracellulare isolates were actually M. chimaera isolates and that M. abscessus subsp. abscessus was the most frequent subspecies of MABSC. Most of the MABSC isolates carried the inducible macrolide resistance genes (erm(41) and rrl), however none of the isolates of MAC and MABSC had mutations in rrs genes for aminoglycoside resistance.

作者简介

S. Truden

University Clinic of Respiratory and Allergic Diseases Golnik, Golnik

编辑信件的主要联系方式.
Email: sara.truden@klinika-golnik.si

MSc, Analytics, National Reference Laboratory for Mycobacteria

Golnik 36, 4204 Golnik, Slovenia, National Reference Laboratory
Phone: +386 4 2569 409. Fax: +386 4 2569 117

斯洛文尼亚

M. Žolnir-Dovč

University Clinic of Respiratory and Allergic Diseases Golnik, Golnik

Email: fake@neicon.ru
PhD, Head of National Reference Laboratory for Mycobacteria 斯洛文尼亚

E. Sodja

University Clinic of Respiratory and Allergic Diseases Golnik, Golnik

Email: fake@neicon.ru
PhD, Research Associate, National Reference Laboratory for Mycobacteria 斯洛文尼亚

M. Starčič Erjavec

University of Ljubljana, Ljubljana

Email: fake@neicon.ru
PhD, Full Professor for Molecular Biology, Teaching Assistant, Department of Biology, Biotechnical Faculty 斯洛文尼亚

参考

  1. Falkinham J.O. Surrounded by mycobacteria: nontuberculous mycobacteria in the human environment. J. App. Microbiol., 2009, vol. 107, no. 2, pp. 356–367. doi: 10.1111/j.1365-2672.2009.04161.x
  2. Kehrmann J., Kurt N., Rueger K., Bange F.C., Buer J. GenoType NTM-DR for identifying Mycobacterium abscessus subspecies and determining molecular resistance. J. Clin. Microbiol., 2016, vol. 54, no. 6, pp. 1653–1655. doi: 10.1128/JCM.00147-16
  3. Kim H.Y., Kook Y., Yun Y.J., Park C.G., Lee N.Y., Shim T.S., Kim B.J., Kook Y.H. Proportions of Mycobacterium massiliense and Mycobacterium bolletii strains among Korean Mycobacterium chelonae-Mycobacterium abscessus group isolates. J. Clin. Microbiol., 2008, vol. 46, pp. 3384–3390. doi: 10.1128/JCM.00319-08
  4. Mok S., Rogers T.R., Fitzgibbon M. Evaluation of GenoType NTM-DR assay for identification of Mycobacterium chimaera. J. Clin. Microbiol., 2017, vol. 55, no. 6, pp. 1821–1826. doi: 10.1128/JCM.00009-17
  5. Mougari F., Bouziane F., Crockett F., Nessar R., Chau F., Veziris N., Sapriel G., Raskine L., Cambau E. Selection of resistance to clarithromycin in Mycobacterium abscessus subspecies. Antimicrob. Agents Chemother., 2016, vol. 61, no. 1, pp. 9. doi: 10.1128/AAC.00943-16
  6. Mougari F., Loiseau J., Veziris N., Bernard C., Bercot B., Sougakoff W., Jarlier V., Raskine L., Cambau E. Evaluation of the new GenoType NTM-DR kit for the molecular detection of antimicrobial resistance in non-tuberculous mycobacteria. J. Antimicrob. Chemother., 2017, vol. 72, no. 6, pp. 1669–1677. doi: 10.1093/jac/dkx021
  7. Roux A.-L., Catherinot E., Ripoll F., Soismier N., Macheras E., Ravilly S., Bellis G., Vibet M.-A., Le Roux E., Lemonnier L., Gutierrez C., Vincent V., Fauroux B., Rottman M., Guillemot D., Gaillard J.L. Multicenter study of prevalence of nontuberculous mycobacteria in patients with cystic fibrosis in France. J. Clin. Microbiol., 2009, vol. 47, pp. 4124–4128. doi: 10.1128/JCM.01257-09
  8. Sax H., Bloemberg G., Hasse B., Sommerstein R., Kohler P., Achermann Y., Rössle M., Falk V., Kuster P.S., Böttger C.E., Weber R. Prolonged outbreak of Mycobacterium chimaera infection after open-chest heart surgery. Clin. Infect. Dis., 2015, vol. 61, no. 1, pp. 67–75. doi: 10.1093/cid/civ198
  9. Schweickert B., Goldenberg O., Richter E., Göbel U. B., Petrich A., Buchholz P., Moter A. Occurrence and clinical relevance of Mycobacterium chimaera sp. nov., Germany. Emerg. Infect. Dis., 2008, vol. 14, no. 9, pp. 1443–1446. doi: 10.3201/eid1409.071032: 1443-1446
  10. Stout J.E., Koh W.J., Yew W.W. Update on pulmonary disease due to non-tuberculous mycobacteria. Int. J. Infect. Dis., 2016, vol. 45, pp. 123–134. doi: 10.1016/j.ijid.2016.03.006
  11. Tortoli E., Rindi L., Garcia M.J., Chiaradonna P., Dei R., Garzelli C., Kroppenstedt R.M., Lari N., Mattei R., Mariottini A., Mazzarelli G., Murcia M.I., Nanetti A., Piccoli P., Scarparo C. Proposal to elevate the genetic variant MAC-A, included in the Mycobacterium avium complex, to species rank as Mycobacterium chimaera sp. nov.. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2004, vol. 54, no. 4, pp. 1277–1285. doi: 10.1099/ijs.0.02777-0
  12. Van der Werf M.J., Ködmön C., Katalinić-Janković V., Kummik T., Soini H., Richter E., Papaventsis D., Tortoli E., Perrin M., van Soolingen D., Žolnir-Dovč M., Thomsen V.Ø. Inventory study of non-tuberculous mycobacteria in the European Union. BMC Infect. Dis., 2014, vol. 14, no. 62. doi: 10.1186/1471-2334-14-62
  13. Zelazny A.M., Root J.M., Shea Y.R., Colombo R.E., Shamputa I.C., Stock F., Conlan S., McNulty S., Brown-Elliott B.A., Wallace R.J. Jr., Olivier K.N., Holland S.M., Sampaio E.P. Cohort study of molecular identification and typing of Mycobacterium abscessus, Mycobacterium massiliense, and Mycobacterium bolletii. J. Clin. Microbiol., 2009, vol. 47, no. 7, pp. 1985–1995. doi: 10.1128/JCM.01688-08

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
下载

版权所有 © Truden S., Žolnir-Dovč M., Sodja E., Starčič Erjavec M., 2018

Creative Commons License
此作品已接受知识共享署名 4.0国际许可协议的许可

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».