Характеристика ESCHERICHIA COLI, выделенных от пациентов с диарейным синдромом в Гвинейской Республике

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. Диарейные заболевания — глобальная проблема общественного здравоохранения и причина 15% летальных исходов у детей в возрасте до пяти лет, из которых около 80% приходятся на регионы стран Африки и Юго-Восточной Азии. По результатам Глобального многоцентрового исследования (GEMES), проведенного в ряде стран Африки, установлено, что одним из ведущих патогенов высокого риска смерти пациентов в возрасте до пяти лет являются диареегенные E. coli (DEC). В последние десятилетия резистентность микроорганизмов к антибиотикам приобрела глобальный характер. В Гвинейской Республике существует острая необходимость в проведении широкомасштабных исследований по изучению распространения DEC и их резистентности к антибиотикам.

Цель исследования: оценить структуру эшерихиозов и изучить чувствительность к антибиотикам штаммов диареегенных E. coli, выделенных от жителей Гвинейской Республики.

Материалы и методы. Методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с набором реагентов «АмплиСенс® Эшерихиозы-FL» для выявления генетических детерминант DEC: EPEC, EHEC, ETEC, EIEC, EAgEC (ФБУН Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Россия) в период 2019–2022 гг. исследовали 724 пробы испражнений пациентов с ОКИ, из них детей в возрасте 1–5 лет — 72 (9,9%); 6–17 лет — 128 (17,7%); 18 лет и старше — 524 (72,4%). Чувствительность к 15 антимикробным препаратам определяли диско-диффузионным методом на агаре Мюллера–Хинтон (Россия) с дисками Oxoid (Великобритания), согласно рекомендациям EUCAST (2019–2022 гг.). Результаты. За период 2019–2022 гг. в этиологической структуре ОКИ доля эшрихиозов составляла 51,7%. В возрастной структуре значимо чаще DEC встречались у детей раннего возраста 0–5 лет (96,9%, р < 0,05) по сравнению с группой детей школьного возраста 6–17 лет (53,9%) и взрослыми (45,6%). Во все годы наблюдения преобладали штаммы патогруппы EAgEC, на долю которых приходилось 38,4%. На долю других патогрупп — EPEC, ETEC, EIEC и STEC — приходилось 27,2, 17,5, 11,8 и 5,1% соответственно. Штаммы DEC сохраняли чувствительность к меропенему, амикацину и нитрофурантоину. Активность других антибиотиков варьировалась от 11,3% к ампициллину, 28,3% — триметоприм-сульфаметоксазолу, 34% — тетрациклину, до 73,6% — цефалоспоринам, 84,0% — аминогликозидам и 98,1% — фторхинолонам. Заключение. Для снижения бремени диарейных заболеваний на территории Гвинейской Республики необходимо проведение целенаправленных эпидемиологических и микробиологических исследований по выявлению DEC и мониторинга развития резистентности в популяции возбудителей эшерихиозов.

Об авторах

М. А. Макарова

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера; ФБГБОУ ВО Северо-Западный государственный университет имени И.И. Мечникова

Автор, ответственный за переписку.
Email: makmaria@mail.ru

д.м.н., ведущий научный сотрудник лаборатории кишечных инфекций; доцент кафедры медицинской микробиологии

Россия, Санкт-Петербург; Санкт-Петербург

Р. Бальде

Институт прикладной биологии

Email: makmaria@mail.ru

научный сотрудник отдела бактериологии 

Гвинея, Киндия

М. Буаро

Институт прикладной биологии

Email: makmaria@mail.ru

профессор, генеральный директор

Гвинея, Киндия

З. Н. Матвеева

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Email: makmaria@mail.ru

к.м.н., ведущий научный сотрудник лаборатории кишечных инфекций

Россия, Санкт-Петербург

Л. А. Кафтырева

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера; ФБГБОУ ВО Северо-Западный государственный университет имени И.И. Мечникова

Email: makmaria@mail.ru

д.м.н., ведущий научный сотрудник группы эпидемиологии брюшного тифа; профессор кафедры медицинской микробиологии 

Россия, Санкт-Петербург; Санкт-Петербург

Список литературы

  1. Aijuka M., Santiago A.E., Giron J.A., Nataro J.P., Buys E.M. Enteroaggregative Escherichia coli is the predominant diarrheagenic E. coli pathotype among irrigation water and food sources in South Africa. Int. J. Food. Microbiol., 2018, vol. 2, pp. 44–51. doi: 10.1016/j.ijfoodmicro.2018.04.018
  2. Alkofide H., Alhammad A.M., Alruwaili A., Aldemerdash A., Almangour T.A., Alsuwayegh A., Almoqbel D., Albati A., Alsaud A., Enani M. Multidrug-resistant and extensively drug-resistant enterobacteriaceae: prevalence, treatments, and outcomes — a retrospective cohort study. Infect. Drug. Resist., 2020, vol. 24, no. 13, pp. 4653–4662. doi: 10.2147/IDR.S283488
  3. Christaki E., Marcou M., Tofarides A. Antimicrobial resistance in bacteria: mechanisms, evolution, and persistence. J. Mol. Evol., 2020, vol. 88, no. 1, pp. 26–40. doi: 10.1007/s00239-019-09914-3
  4. Dattani S., Spooner F., Ritchie H., Roser M. Diarrheal diseases. Our World in Data, 2023. URL: https://ourworldindata.org/diarrheal-diseases (17.07.2023)
  5. GBD 2017 Causes of Death Collaborators. Global, regional, and national age-sex-specific mortality for 282 causes of death in 195 countries and territories, 1980–2017: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2017. Lancet, 2018, vol. 392, no. 10159, pp. 1736–1788. doi: 10.1016/S0140-6736(18)32203-7
  6. GBD 2017 Disease and Injury Incidence and Prevalence Collaborators. Global, regional, and national incidence, prevalence, and years lived with disability for 354 diseases and injuries for 195 countries and territories, 1990–2017: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2017. Lancet, 2018, vol. 392, no. 10159, pp. 1789–1858. doi: 10.1016/S0140-6736(18)32279-7
  7. Gil-Gil T., Laborda P., Sanz-García F., Hernando-Amado S., Blanco P., Martínez J.L. Antimicrobial resistance: a multifaceted problem with multipronged solutions. Microbiologyopen, 2019, vol. 8, no. 11: e945. doi: 10.1002/mbo3.945
  8. Gomes T.A.T., Elias W.P., Scaletsky I.C.A., Guth B.E.C., Rodrigues J.F., Piazza R.M.F., Ferreira L.C.S., Martinez M.B. Diarrheagenic Escherichia coli. Brazilian J. Microbiol., 2016, vol. 47, pp. 3–30. doi: 10.1016/j.bjm.2016.10.015
  9. Hebbelstrup Jensen B., Adler Sørensen C., Hebbelstrup Rye Rasmussen S., Rejkjær Holm D., Friis-Møller A., Engberg J., Mirsepasi-Lauridsen H.C., Struve C., Hammerum A.M., Porsbo L.J., Petersen R.F., Petersen A.M., Krogfelt K.A. Characterization of diarrheagenic enteroaggregative Escherichia coli in Danish adults-antibiotic treatment does not reduce duration of diarrhea. Front. Cell Infect. Microbiol., 2018, vol. 27, no. 8: 306. doi: 10.3389/fcimb.2018.00306
  10. Ifeanyi C.I., Ikeneche N.F., Bassey B.E., Al-Gallas N., Ben Aissa R., Boudabous A. Diarrheagenic Escherichia coli pathotypes isolated from children with diarrhea in the Federal Capital Territory Abuja, Nigeria. J. Infect. Dev. Ctries, 2015, vol. 9, no. 2, pp. 165–174. doi: 10.3855/jidc.5528
  11. Iijima Y., Oundo J.O., Hibino T., Saidi S.M., Hinenoya A., Osawa K., Shirakawa T., Osawa R., Yamasaki S. High prevalence of diarrheagenic Escherichia coli among children with diarrhea in Kenya. Jpn J. Infect. Dis., 2017, vol. 70, no. 1, pp. 80–83. doi: 10.7883/yoken.JJID.2016.064
  12. Jenkins C. Enteroaggregative Escherichia coli. Curr. Top. Microbiol. Immunol., 2018, vol. 416, pp. 27–50. doi: 10.1007/82_2018_105
  13. Khairy R.M.M., Fathy Z.A., Mahrous D.M., Mohamed E.S., Abdelrahim S.S. Prevalence, phylogeny, and antimicrobial resistance of Escherichia coli pathotypes isolated from children less than 5 years old with community acquired diarrhea in Upper Egypt. BMC Infect. Dis., 2020, vol. 20, no. 1: 908. doi: 10.1186/s12879-020-05664-6
  14. Lόpez-Vélez R., Lebens M., Bundy L., Barriga J., Steffen R. Bacterial travellers’ diarrhea: a narrative review of literature published over the past 10 years. Travel Med. Infect. Dis., 2022, vol. 47: 102293. doi: 10.1016/j.tmaid.2022.102293
  15. Magiorakos A.P., Srinivasan A., Carey R.B., Carmeli Y., Falagas M.E., Giske C.G., Harbarth S., Hindler J.F., Kahlmeter G., Olsson-Liljequist B., Paterson D.L., Rice L.B., Stelling J., Struelens M.J., Vatopoulos A., Weber J.T., Monnet D.L. Multidrug-resistant, extensively drug-resistant and pandrug-resistant bacteria: an international expert proposal for interim standard definitions for acquired resistance. Clin. Microbiol. Infect., 2012, vol. 18, no. 3, pp. 268–281. doi: 10.1111/j.1469-0691.2011.03570.x
  16. Manhique-Coutinho L., Chiani P., Michelacci V., Taviani E., Bauhofer A.F.L., Chissaque A., Cossa-Moiane I., Sambo J., Chilaúle J., Guimarães E.L., Salência J., Cassocera M., Bero D.M., Langa J.P., de Deus N. Molecular characterization of diarrheagenic Escherichia coli isolates from children with diarrhea: A cross-sectional study in four provinces of Mozambique: Diarrheagenic Escherichia coli in Mozambique. Int. J. Infect. Dis., 2022, vol. 121, pp. 190–194. doi: 10.1016/j.ijid.2022.04.054
  17. Mernie G., Kloos H., Adane M. Prevalence of and factors associated with acute diarrhea among children under five in rural areas in Ethiopia with and without implementation of community-led total sanitation and hygiene. BMC Pediatr., 2022, vol. 22, no. 1: 148. doi: 10.1186/s12887-022-03202-8
  18. Tang K.W.K., Millar B.C., Moore J.E. Antimicrobial Resistance (AMR). Br. J. Biomed. Sci., 2023, vol. 80: 11387. doi: 10.3389/bjbs.2023.11387
  19. The World Bank. Under-five deaths data by country. 2019. URL: https://data.worldbank.org/indicator/SH.DTH.MORT (17.07.2023)
  20. United Nations International Children`s Emergency Fund (UNICEF). Diarrhea. 2022. URL: https://data.unicef.org/topic/child-health/diarrheal-disease (17.07.2023)
  21. Vorlasane L., Luu M.N., Tiwari R., Imoto A., Sato M., Huy N.T., Kamiya Y., Moji K. The clinical characteristics, etiologic pathogens and the risk factors associated with dehydration status among under-five children hospitalized with acute diarrhea in Savannakhet Province, Lao PDR. PLoS One, 2023, vol. 18, no. 3: e0281650. doi: 10.1371/journal.pone.0281650
  22. Wolde D., Tilahun G.A., Kotiso K.S., Medhin G., Eguale T. The burden of diarrheal diseases and its associated factors among under-five children in Welkite Town: a community based cross-sectional study. Int. J. Public Health, 2022, vol. 67: 1604960. doi: 10.3389/ijph.2022.1604960
  23. Workie G.Y., Akalu T.Y., Baraki A.G. Environmental factors affecting childhood diarrheal disease among under-five children in Jamma district, South Wello zone, Northeast Ethiopia. BMC Infect. Dis., 2019, vol. 19, no. 1: 804. doi: 10.1186/s12879-019-4445-x
  24. WGO. Acute diarrhea in adults and children: a global perspective. 2012. URL: https://www.worldgastroenterology.org/guidelines/acute-diarrhea/acute-diarrhea-english (17.07.2023)
  25. WHO. Antimicrobial resistance. 17.11.2021. URL: https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/antimicrobial-resistance (17.07.2023)
  26. WHO. Diarrheal disease. 02.05.2017. URL: https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/diarrheal-disease (17.07.2023)
  27. WHO. Ending preventable child deaths from pneumonia and diarrhea by 2025. The integrated Global Action Plan for Pneumonia and Diarrhea (GAPPD). 2013. URL: https://www.who.int/news/item/13-01-2017-ending-preventable-child-deaths-from-pneumonia-and-diarrhea-by-2025 (17.07.2023)
  28. WHO. Global Antimicrobial Resistance System (GLASS). URL: https://www.who.int/initiatives/glass (17.07.2023)
  29. Zhou S.X., Wang L.P., Liu M.Y., Zhang H.Y., Lu Q.B., Shi L.S., Ren X., Wang Y.F., Lin S.H., Zhang C.H., Geng M.J., Zhang X.A., Zhu Y.L., Li Z.J., Fang L.Q., Liu W., Yang W.Z. Characteristics of diarrheagenic Escherichia coli among patients with acute diarrhea in China, 2009–2018. J. Infect., 2021, vol. 83, no. 4, pp. 424–432. doi: 10.1016/j.jinf.2021.08.001

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2. Figure 1. Structure of E. coli infections in the Republic of Guinea, 2019–2022

Скачать (100KB)
3. Figure 2. Antimicrobial agent susceptibility in DEC strains

Скачать (117KB)

© Макарова М.А., Бальде Р., Буаро М., Матвеева З.Н., Кафтырева Л.А., 2023

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».