Comparatively analyzed pattern of Delta and Omicron SARS-CoV-2 genovariant dominated COVID-19 incidence in the population of the Saratov region

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

Despite the stable decline in SARS-CoV-2 virus-caused COVID-19 incidence in most countries worldwide by the end of 2023, spreading of this infection on a global scale remains relevant. Among all known SARS-CoV-2 genovariants, within the last about two years Omicron remains dominant. The distinctive properties of this genovariant are presented by short incubation period (1–5 days), high contagiousness, and a relatively mild disease course due to largest number of genomic mutations among all SARS-CoV-2 genovariants. The first case of Omicron genovariant-caused infection in Russia was recorded in early December 2021. Over many month-monitoring after active spread of the genovariant in Russia, it is obvious that in a number of key characteristics it differs profoundly from previous SARS-CoV-2 genovariants. Analyzing major patterns inherent in COVID-19 epidemic process particularly uncovering geographic features is one of the most crucial activities in COVID-19 surveillance. Here, we provide a comparatively analyzed pattern of Delta and Omicron SARS-CoV-2 genovariant dominated COVID-19 incidence in the population of the Saratov region. For this, there was used statistical reporting from the Office of Rospotrebnadzor for the Saratov Region. The main research method is based on epidemiological analysis. The study data showed that upon Omicron genovariant dominance, an increased percentage in COVID-19 cases among children of varying age, increased rate of infected subjects with unknown source of infection as well as improved clinical disease course were recorded. Regardless of the circulating genovariant, elderly people remain to be in risk group. Thus, after three years of the COVID-19 pandemic, the mutual adaptation for SARS-CoV-2 and human population can be observed, which is accompanied by altered biological properties of the former and the accumulation of herd immunity. Alleviated disease symptoms and decreased mortality rate among Omicron genovariant-infected individuals evidence in favor of further COVID-19 transformation into a seasonal infection.

About the authors

A. A. Zimirova

Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” of Rospotrebnadzor

Author for correspondence.
Email: zi_749@mail.ru

Junior Researcher, Laboratory of Sanitary Protection and Emergency Situations, Epidemiology Department

Russian Federation, Saratov

V. E. Kuklev

Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” of Rospotrebnadzor

Email: zi_749@mail.ru

PhD (Medicine), Leading Researcher, Laboratory of Sanitary Protection and Emergency Situations, Epidemiology Department

Russian Federation, Saratov

V. A. Safronov

Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” of Rospotrebnadzor

Email: zi_749@mail.ru

PhD (Medicine), Leading Researcher, Laboratory of Epidemiological Analysis and Forecasting, Epidemiology Department

Russian Federation, Saratov

I. N. Vyatkin

Department of Rospotrebnadzor for the Saratov Region

Email: zi_749@mail.ru

Head of the Department of Epidemiological Surveillance and Sanitary Protection of the Territory

Russian Federation, Saratov

References

  1. Горелов А.В., Плоскирева А.А., Музыка А.Д. Эволюция клинико-патогенетических особенностей коронавирусной инфекции COVID-19 // РМЖ. Медицинское обозрение. 2022. Т. 6, № 11. С. 626–634. [Gorelov A.V., Ploskireva A.A., Muzyka A.D. Evolution of clinical and pathogenetic features of coronavirus infection COVID-19. RMZh. Meditsinskoe obozrenie = Russian Medical Inquiry, 2022, vol. 6, no. 11, pp. 626–634. (In Russ.)] doi: 10.32364/2587-6821-2022-6-11-626-634
  2. Индийский штамм нашли в 90% исследованных российских образцов коронавируса // Известия. [The Indian strain was found in 90% of the Russian coronavirus samples studied. Izvestia. (In Russ.)] 16.06.2021. URL: https://iz.ru/1179239/2021-06-16/indiiskii-shtamm-nashli-v-90-issledovannykh-rossiiskikh-obraztcov-koronavirusa (21.11.2023)
  3. Объясняем.рф. [Explain.rf (In Russ.)]. URL: https://xn--90aivcdt6dxbc.xn--p1ai/stopkoronavirus (20.11.2023)
  4. Удовиченко С.К., Никитин Д.Н., Жуков К.В., Топорков А.В., Викторов Д.В., Зубарева О.В., Климина И.А., Таратутина М.Н. Эпидемические проявления COVID-19 в Волгоградской области в период 2020–2021 гг. // Вестник ВолГМУ. 2021. № 4 (80). [Udovichenko S.K., Nikitin D.N., Zhukov K.V., Toporkov A.V., Viktorov D.V., Zubareva O.V., Klimina I.A., Taratutina M.N. Epidemic manifestations of COVID-19 in the Volgograd Region in the period 2020–2021. Vestnik VolGMU = Bulletin of Volgograd State Medical University, 2021, no. 4 (80). (In Russ.)] URL: https://cyberleninka.ru/article/n/epidemicheskie-proyavleniya-covid-19-v-volgogradskoy-oblasti-v-period-2020-2021-gg (18.11.2023)
  5. Diamond M., Halfmann P., Maemura T., Iwatsuki-Horimoto K., Iida S., Kiso M., Scheaffer S., Darling T., Joshi A., Loeber S., Foster S., Ying B., Whitener B., Floyd K., Ujie M., Nakajima N., Ito M., Wright R., Uraki R., Li R., Sakai Y., Liu Y., Larson D., Osorio J., Hernandez-Ortiz J., Čiuoderis K., Florek K., Patel M., Bateman A., Odle A., Wong L.Y., Wang Z., Edara V.V., Chong Z., Thackray L., Ueki H., Yamayoshi S., Imai M., Perlman S., Webby R., Seder R., Suthar M., Garcia-Sastre A., Schotsaert M., Suzuki T., Boon A., Kawaoka Y., Douek D., Moliva J., Sullivan N., Gagne M., Ransier A., Case J., Jeevan T., Franks J., Fabrizio T., DeBeauchamp J., Kercher L., Seiler P., Singh G., Warang P., Gonzalez-Reiche A.S., Sordillo E., van Bakel H., Simon V. The SARS-CoV-2 B.1.1.529 Omicron virus causes attenuated infection and disease in mice and hamsters. Res. Sq. [Preprint]. 2021: rs.3.rs-1211792. doi: 10.21203/rs.3.rs-1211792/v1
  6. European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC). Communicable disease threats report. 2021. Week 35, 29 August-4 September. URL: https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/Communicable-disease-threats-report4-september-2021.pdf (14.11.2023)
  7. Guo Y.R., Cao Q.D., Hong Z.S., Tan Y.Y., Chen S.D., Jin H.J., Tan K.S., Wang D.Y., Yan Y. The origin, transmission and clinical therapies on coronavirus disease 2019 (COVID-19) outbreak — an update on the status. Mil. Med. Res., 2020, vol. 7, no. 1: 11. doi: 10.1186/s40779-020-00240-0.
  8. Lin L., Liu Y., Tang X., He D. The disease severity and clinical outcomes of the SARS-CoV-2 variants of concern. Front. Public Health, 2021, vol. 9: 775224. doi: 10.3389/fpubh.2021.775224
  9. Pearson C., Silal S., Li M.W.Z., Dushoff J., Bolker B., Abbott S., van Schalkwyk C., Davies N., Barnard R., Edmunds J., Bingham J., Meyer-Rath G., Jamieson L., Glass A., Wolter N., Govender N., Stevens W., Scott L., Mlisana K., Moultrie H., Pulliam J. Bounding the levels of transmissibility & immune evasion of the Omicron variant in South Africa. MedRxiv. 2021. doi: 10.1101/2021.12.19.21268038
  10. Saxena S.K., Kumar S., Ansari S., Paweska J.T., Maurya V.K., Tripathi A.K., Abdel-Moneim A.S. Characterization of the novel SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529) variant of concern and its global perspective. J. Med. Virol., 2022, vol. 94, no. 4, pp. 1738–1744. doi: 10.1002/jmv.27524
  11. Shang W., Kang L., Cao G., Wang Y., Gao P., Liu J., Liu M. Percentage of asymptomatic Infections among SARS-CoV-2 Omicron variant-positive individuals: a systematic review and meta-analysis. Vaccines (Basel), 2022, vol. 10, no. 7: 1049. doi: 10.3390/vaccines10071049
  12. Singhal T. The emergence of Omicron: challenging times are here again! Indian J. Pediatr., 2022, vol. 89, no. 5, pp. 490–496. doi: 10.1007/s12098-022-04077-4
  13. Tian D., Sun Y., Zhou J., Ye Q. The global epidemic of the SARS-CoV-2 Delta variant, key spike mutations and immune escape. Front. Immunol., 2021, vol. 12: 751778. doi: 10.3389/fimmu.2021.751778
  14. Yang W., Yang S., Wang L., Zhou Y., Xin Y., Li H., Mu W., Wu Q., Xu L., Zhao M., Wang C., Yu K. Clinical characteristics of 310 SARS-CoV-2 Omicron variant patients and comparison with Delta and Beta variant patients in China. Virol. Sin., 2022, vol. 37, no. 5, pp. 704–715. doi: 10.1016/j.virs.2022.07.014

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2. Figure 1. Percentage of SARS-CoV-2 Delta and Omicron genovariant-based COVID-19 cases in various social groups of the Saratov Region

Download (212KB)
Indexing metadata
3. Figure 2. Pattern of COVID-19 severity-based incidence dominated by SARS-CoV-2 Delta and Omicron genovariants in the Saratov Region

Download (142KB)
Indexing metadata
4. Figure 3. COVID-19 mortality rate in the Saratov Region dominated by SARS-CoV-2 Delta and Omicron genovariants (in %)

Download (152KB)
Indexing metadata
5. Figure 4. Percentage of viral pneumonia upon dominance of SARS-CoV-2 Delta and Omicron genovariants in the Saratov Region (in %)

Download (289KB)
Indexing metadata

Copyright (c) 2024 Zimirova A.A., Kuklev V.E., Safronov V.A., Vyatkin I.N.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».